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ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5.8s基因上单核苷酸多态性位点 被引量:5
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作者 宋沁馨 张心悦 +2 位作者 卜莹 周国华 冯芳 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期274-278,共5页
目的:查找并发现参类药材的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法:根据ITS及5.8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物,利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法(ALM-ASA)进行检测。结果:PCR反... 目的:查找并发现参类药材的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法:根据ITS及5.8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物,利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法(ALM-ASA)进行检测。结果:PCR反应体系优化后,能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型,出现294bp条带的为人参,111bp条带的为西洋参。结论:ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,结果准确,可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5.8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。 展开更多
关键词 人参 西洋参 单核苷酸多态性(sNP) ITs5.8s基因 alm-asa
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Molecular phylogeny of Pneumocystis based on 5.8S rRNA gene and the internal transcribed spacers of rRNA gene sequences 被引量:9
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作者 LI ZiHui1,2, FENG XianMin1, LU SiQi1, ZHANG Fan1, WANG FengYun1 & HUANG Song1 1 Department of Pathogenic Biology, Capital Medical University, Beijing 100069, China 2 Beijing Tuberculosis and Thoracic Tumor Research Institute, Beijing 101100, China 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2008年第5期445-452,共8页
To clarify the phylogenetic relationships and species status of Pneumocystis, the 5.8S rRNA gene and the internal transcribed spacers (ITS, 1 and 2) of Pneumocystis rRNA derived from rat, gerbil and human were amplifi... To clarify the phylogenetic relationships and species status of Pneumocystis, the 5.8S rRNA gene and the internal transcribed spacers (ITS, 1 and 2) of Pneumocystis rRNA derived from rat, gerbil and human were amplified, cloned and sequenced. The genetic distance matrix of six Pneumocystis species compared with other fungi like Taphrina and Saccharomyces indicated that the Pneumocystis genus contained multiple species including Pneumocystis from gerbil. The phylogenetic tree also showed that Pneumocystis from human and monkey formed one group and four rodent Pneumocystis formed another group. Among the four members, Pneumocystis wakefieldiae was most closely related to Pneumocystis murina and Pneumocystis carinii, and was least related to gerbil Pneumocystis. 展开更多
关键词 PNEUMOCYsTIs PHYLOGENY 5.8s RRNA gene internal transcribed sPACERs
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不同树龄葡萄自然发酵过程中酵母菌的研究 被引量:17
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作者 刘树文 常亚维 +2 位作者 胡廷 焦红茹 刘丽丽 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2008年第7期51-56,63,共7页
【目的】研究葡萄树龄与葡萄自然发酵过程中葡萄酒相关酵母菌之间的关系。【方法】利用WL营养培养基,对分离自华夏长城葡萄酒厂葡萄生产基地、不同树龄(2,3,5年)西拉葡萄自然发酵液的240株酵母菌进行了聚类分析。【结果】240株酵母菌共... 【目的】研究葡萄树龄与葡萄自然发酵过程中葡萄酒相关酵母菌之间的关系。【方法】利用WL营养培养基,对分离自华夏长城葡萄酒厂葡萄生产基地、不同树龄(2,3,5年)西拉葡萄自然发酵液的240株酵母菌进行了聚类分析。【结果】240株酵母菌共分为5个WL营养类型。结合酵母菌菌株5.8 S rDNA-ITS区基因序列分析,不同树龄西拉葡萄自然发酵液中的酵母菌共有5种,分别为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、陆生伊萨酵母(Is-satchenkia terricola)、克鲁维毕赤酵母(Pichia kluyveri)、浅黄隐球酵母(Cryptococcus flavescens)、葡萄汁有孢汉逊酵母(Hanseniaspora uvarum)。不同树龄西拉葡萄自然发酵过程中酵母菌的种类及其比例是变化的。【结论】用树龄较高的葡萄发酵,可加速发酵的启动,缩短发酵周期,同时有利于性状优良野生酿酒酵母菌株的筛选。 展开更多
关键词 西托葡萄 树龄 酵母菌 自然发酵 5.8s rDNA—ITs基因序列
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1株具抑菌活性除虫菊内生真菌的菌种鉴定 被引量:9
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作者 易晓华 朱明旗 +2 位作者 冯俊涛 李琰 张兴 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2008年第8期165-169,共5页
【目的】明确1株具抑菌活性的除虫菊内生真菌(编号为Y2)的种属分类地位。【方法】将在PDA培养基上培养7 d的Y2菌株,转接于PDA、PSA、Czapek(CA)、DYPA、WA、CLA、PA、VBC、CMA等9种培养基培养,并结合25℃间歇光照培养、变温培养、... 【目的】明确1株具抑菌活性的除虫菊内生真菌(编号为Y2)的种属分类地位。【方法】将在PDA培养基上培养7 d的Y2菌株,转接于PDA、PSA、Czapek(CA)、DYPA、WA、CLA、PA、VBC、CMA等9种培养基培养,并结合25℃间歇光照培养、变温培养、紫外线照射与黑暗交替培养等方法诱导产孢,进行形态学初步鉴定;采用分子生物学方法对Y2菌株rDNA的ITS基因(ITS-5.8 S rDNA)进行PCR扩增、测序,利用相关软件对PCR产物序列进行分析。【结果】该菌株在CLA、PA和VBC 3种培养基上产生了大型分生孢子堆,大型分生孢子着生在分生孢子梗顶端,呈镰刀形,微弯曲,具5-7个横隔,小型分生孢子具0-1个横隔,初步鉴定为镰刀菌;其rDNA的ITS基因序列分析结果表明,其基因序列与尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)的同源性达到100%。【结论】根据形态学和分子生物学方法鉴定可知,Y2菌株为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)。 展开更多
关键词 除虫菊 内生真菌 分生孢子诱导 尖孢镰刀菌 ITs序列
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猪三毛滴虫长春株的形态观察及其5.8 S rRNA基因分析 被引量:5
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作者 李建华 韩红卫 +1 位作者 宫鹏涛 张西臣 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期121-124,共4页
对从长春地区腹泻仔猪结肠中分离到的1株毛滴虫进行了形态观察,并采用PCR扩增该毛滴虫的5.8SrRNA基因,测序后与国外已报道的三毛滴虫进行核酸同源性分析,并应用DNAStar软件绘制系统发育进化树。形态观察表明分离的毛滴虫为猪三毛滴虫。... 对从长春地区腹泻仔猪结肠中分离到的1株毛滴虫进行了形态观察,并采用PCR扩增该毛滴虫的5.8SrRNA基因,测序后与国外已报道的三毛滴虫进行核酸同源性分析,并应用DNAStar软件绘制系统发育进化树。形态观察表明分离的毛滴虫为猪三毛滴虫。猪三毛滴虫长春分离株5.8SrRNA序列与国外已报道的三毛滴虫高度同源。系统发育进化树表明该序列与已报道的猪三毛滴虫5.8SrRNA(序列号U85966.1),牛胎儿三毛滴虫5.8SrRNA(序列号U85967.1,AF339736.1,AF466749.1,AF466750.1,AF466751.1)和T.mobiliensis5.8SrRNA(序列号U86612.1)同属于一个亚群,但与另1株猪三毛滴虫5.8SrRNA(序列号AY349190.1)亲缘关系较远。形态观察和5.8SrRNA基因分析表明,从长春地区分离的猪毛滴虫为猪三毛滴虫。 展开更多
关键词 猪三毛滴虫 形态观察 5.8srRNA基因
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Phylogenetic status of Pneumocystis from corticosteroid-treated gerbils
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作者 RODNEY D Adam 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2010年第10期1239-1246,共8页
Pneumocystis spp. infect the lungs of multiple mammalian species and cause disease in immunosuppressed individuals. The Pneumocystis isolates that have been studied to date fall into two major clades, those from prima... Pneumocystis spp. infect the lungs of multiple mammalian species and cause disease in immunosuppressed individuals. The Pneumocystis isolates that have been studied to date fall into two major clades, those from primates and those from rodents. Within each of these clades, different species have been described on the basis of host specificity and differences in sequence and morphology. Here, we demonstrate that dexamethasone immunosuppression consistently results in histologically apparent lung infection in gerbils (28/35 animals). Sequence analysis of the 18S, 5.8S and internal transcribed spacer regions of the rDNA and a portion of the mitochondrial large subunit rDNA demonstrated that this gerbil Pneumocystis is grouped with other rodent Pneumocystis spp., but is distinct from them. Our results suggest that gerbil Pneumocystis differs sufficiently from Pneumocystis species found in other rodents to be considered a separate species. 展开更多
关键词 5.8s RRNA gene GERBIL internal transcribed spacers (ITs) mitochondrial large subunit (mtLs) RRNA gene 18s RRNA gene PNEUMOCYsTIs
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SNP测定结合芯片电泳法快速鉴别人参和西洋参 被引量:14
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作者 宋沁馨 冯芳 +1 位作者 张心悦 周国华 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期1-5,共5页
目的:建立快速、准确的单核苷酸多态性(SNP)测定法鉴别人参、西洋参及2种样本的混合物。方法:根据ITS和5.8s基因上人参、西洋参的SNP位点设计特异性引物进行PCR扩增,每对PCR引物中有1条引物的3′端正好位于SNP位点上,当互补时发生PCR扩... 目的:建立快速、准确的单核苷酸多态性(SNP)测定法鉴别人参、西洋参及2种样本的混合物。方法:根据ITS和5.8s基因上人参、西洋参的SNP位点设计特异性引物进行PCR扩增,每对PCR引物中有1条引物的3′端正好位于SNP位点上,当互补时发生PCR扩增反应,否则无扩增产物;另1条引物决定着PCR产物的长度。用芯片电泳法检测PCR产物的长度,根据PCR的电泳条带大小进行鉴别。为了减少非特异性扩增,在引物3′端的第3个碱基处人为引入1个错配碱基。结果:当退火温度为55℃时,出现252bp条带的为人参,430bp条带的为西洋参。该鉴别反应特异性高、重现性好、操作简便,能在同一反应中准确鉴别人参、西洋参。一系列不同比例的混合样本测定结果表明,可以检出5%的掺杂成分。电泳分离时间小于100s。结论:通过测定人参和西洋参基因组DNA中的SNP,可以进行品种鉴别和质量控制,可用于中药材的快速鉴定。 展开更多
关键词 人参 西洋参 单核苷酸多态性(sNP) ITs5.8s基因 芯片电泳
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