北京犬ITS-2 rDNA的PCR扩增、克隆及分析

本研究以从中国广东深圳某动物医院采集的北京犬血液样品为研究对象,经反复摸索,选用LATaq酶结合降落PCR方法,成功地扩增出北京犬的核糖体基因组(rDNA)的第2内转录间隔区(ITS-2)序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明,ITS-2片段大小为1138bp,GC含量为83.57%。本研究为犬线粒体等真核生物高GC含量序列的有效扩增作了有益的探索。

PCR Amplication and Sequencing of ITS-2 rDNA of Leucocytozoon caulleryi

The second internal transcribed spacer (ITS-2) of Leucocytozoon caulleryi was amplified by PCR using a pair of conserved primers and cloned into the T-T windows of plasmid pGEM-T easy vector. The inserts were successfully sequenced and the results revealed that the ITS-2 plus flanking sequence (ITS2+) was composed of 270 nucleotides. and the ITS-2 was 113 bp in length. The ITS-2 of L. caulleryi was analysed by NCBI Blast, and the degree of homology of the ITS-2 of L. caulleryi was compared with that of Eimeria tenella , Candida tropicalis and Saccharomyces kluyveri and others by wDNASIS. The results showed that the ITS-2 of L. caulleryi is characteristic and has the greatest similarity with E. tenella (21.2%).

猪食道口线虫ITS-1和ITS-2rDNA的PCR-SSCP分析

以采自我国不同地区猪体的食道口线虫虫株为研究对象,PCR扩增出ITS-1和ITS-2序列片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)方法分析PCR产物,对不同地区食道口线虫进行分子鉴定。所有样品经SSCP分析显示两种带型,第一种为有齿食道口线虫带型,另一种为未定种食道口线虫带型。代表性样品的测序结果表明,未定种食道口线虫带型的样品为四棘食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪四棘食道口线虫的ITS序列,并建立了区分有齿食道口线虫和四棘食道口线虫的PCR-SSCP方法,从而为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。

拮抗酵母菌0732-1的鉴定及其ITS-5.8S rDNA序列分析

从石河子地区西瓜叶片上分离获得1株对哈密瓜细菌性果斑病菌-燕麦嗜酸菌属西瓜亚种(Acidovorax avena subsp.citrulli)有显著拮抗作用的酵母菌0732-1,对该菌株形态学观察、培养性状观察、生理生化测定,以及结合ITS-5.8S rDNA序列同源性分析。结果表明:酵母菌0732-1为异常毕赤酵母(Pichiaanomala Kurtzman),首次证明了P.anomala对哈密瓜细菌性果斑病菌具有生防作用。

陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA与ITS-2序列分析及种系发育关系研究

为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系,试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品,PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列,测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析,计算A、T、G和C的含量,并对这两个基因的遗传多样性进行分析,比较其种内、种间差异,构建种系发育树。结果表明:测序所获得的鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的长度分别为637,350 bp;其中18S rRNA基因序列的A、T、G和C的含量分别为24.5%~25.2%、26.1%~26.4%、28.3%~28.7%和20.3%~20.9%,A+T含量为50.6%~51.6%,G+C含量为48.6%~49.6%,种内差异为0~1.6%;与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为5.18%~61.38%;ITS-2基因序列中的A、T、G和C的含量分别为28.9%~29.1%、38.0%~38.6%、19.1%~19.7%与12.9%~13.7%,A+T含量为66.9%~67.7%,G+C含量为32.0%~33.4%,种内差异为0~2.3%,与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为55.95%~58.42%。此外,所构建的两个种系发育树具有类似的拓扑结构,均显示来自于陕西省榆林地区的28条鸡蛔虫共同聚为一个分支。说明来自于陕西省榆林地区鸡蛔虫的ITS-2序列呈AT偏好,其18S rRNA、ITS-2基因序列均具有种内差异小而种间差异大的特点,且个体之间存在一定程度的遗传差异,但它们之间的亲缘关系较近。

大熊猫等八种野生珍稀动物蛔虫ITS-2基因的序列分析

为了探讨寄生在大熊猫、小熊猫、黑猩猩、白眉长臂猿和4种熊科动物(北极熊、棕熊西藏亚种、狗熊四川亚种和棕熊东北亚种)体内蛔虫的分类地位,测定了核糖体第二内转录间隔区(ITS-2)基因序列,并对这些序列进行同源性分析和采用UPGMA法构建分子系统树。结果表明:寄生在大熊猫、小熊猫和4种熊科动物体内的蛔虫均为贝蛔属蛔虫;寄生在黑猩猩和白眉长臂猿体内的蛔虫为蛔属蛔虫。分析结果提示蛔虫与宿主之间存在协同进化关系。

福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析

采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。

4种大型水母类ITS-5.8S rDNA序列分析及其在钵水母类系统分析中的应用

由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇（Rhopilema esculentum）、沙蜇（Nemopilema nomurai）、海月水母（Aurelia sp.）、白色霞水母（Cyanea nozakii）4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲（Scyphomedusae）ITS1（the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer）同源序列对其进行序列分析并构建系统树,分析ITS1序列片段在大型水母种类鉴定方面的可行性及其在钵水母类系统及演化中的应用。结果显示,4种水母的ITS-5.8S rDNA序列变异较大且具有明显的序列长度多态性,序列长度范围675~833 bp。钵水母纲很多种类的ITS1序列具有种内长度多态性现象,这种长度多态性主要是由于微卫星重复次数不同所造成的。钵水母纲科间遗传距离为0.295~0.491,种间遗传距离为0.024~0.812;除白色霞水母和海蜇外,种内个体间遗传距离为0.000~0.099。采用ML法（maximum likelihood）和贝叶斯法（Bayesian）构建的分子系统树拓扑结构不完全相同且与形态分类学的观点不太一致。研究表明,ITS基因序列在钵水母纲不同阶元间变异较大,适合于钵水母纲种类鉴定和属内种间水平的系统进化研究。

基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。

基于rDNA ITS1和ITS2序列的褐飞虱、白背飞虱和灰飞虱的分子鉴定

本研究测定了褐飞虱Nilaparvata lugens、白背飞虱Sogatella furcifera和灰飞虱Laodelphaxstriatellus的rDNA ITS1和ITS2的序列,以探讨这3种稻飞虱的分子鉴定方法。3种飞虱的ITS1和ITS2侧翼区(18S,5.8S和28S)序列相对稳定,但ITS1和ITS2序列在3种飞虱中变异较大。ITS1在所分析的438个位点中可变位点达294个,ITS2在分析的403个位点中可变位点为177个。根据3种飞虱rDNA的ITS1和ITS2序列设计了特异性引物,应用特异性引物对样品进行了PCR扩增,分析发现3种飞虱ITS1区的特异性引物扩增效果不理想,而ITS2区的特异性引物可以稳定地扩增出明显的目的DNA条带。因此,采用ITS2区的特异性引物可以对3种飞虱进行快速的分子鉴定。

福建省不同地理株白纹伊蚊rDNA ITS2基因多态性分析

目的探讨福建省不同地理环境白纹伊蚊rDNA ITS2基因序列特征。方法在闽东福鼎市、闽北武夷山市、闽中涵江区和闽南东山县分别现场采集5个点的白纹伊蚊幼虫,实验室饲养,收集羽化成蚊,用75%酒精-20℃保存,PCR特异扩增白纹伊蚊rDNAITS2,用生物信息系统进行白纹伊蚊rDNAITS2基因多态性的分析。结果 PCR特异扩增福建省4个不同地理环境白纹伊蚊rDNA ITS2,在琼脂凝胶电泳上获得500bp左右的扩增片段。序列分析福建不同地理环境的白纹伊蚊在rDNA ITS2表现了基因的多态性,其rDNA ITS2基因单核苷酸存在转换、颠换和缺失,而同一地理环境的5只白纹伊蚊rDNA ITS2基因序列没有差异。结论福建省不同地理区域的白纹伊蚊在rDNA ITS2区表现的遗传多态性,可能与蚊虫生态环境如海拔高度、气温、降雨量和湿度等有一定的关系。

长耳珠母贝核rRNA基因ITS-2序列分析

以相应引物聚合酶链式反应(PCR)扩增长耳珠母贝(Pinctadachemnitzi)核核糖体RNA基因第2转录间隔区(ITS 2),PCR产物大小约500bp,经克隆、测序,所得序列包含5.8S和28SrRNA基因部分序列和ITS 2全序列,4种碱基含量分别为27.11%(A)、24.95%(G)、21.26%(T)和26.68%(C)。5个克隆的DNA序列差异为0.0%—0.4%,不存在个体内变异。对其潜在应用进行了讨论。

Shiraia sp.SUPER-H168 ITS-5.8S rDNA序列分析及产竹红菌素条件初步优化

对产竹红菌素的菌株SUPER-H168的ITS5-8S rDNA进行了序列测定和进化树聚类分析,表明其属于竹黄属;对该菌株固态发酵产竹红菌素的条件进行了初步优化,得到的初步优化条件为玉米渣25g,麸皮5g,葡萄糖1.5g,NaNO_3 0.15g,znSO_4·7H_2O 0.03g,起始含水量为50%,起始pH为7.0,培养温度为30℃。在该条件下发酵18d,竹红菌素的产量为9.37mg/g干基。

兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析

为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。

深圳市白纹伊蚊rDNA ITS2区克隆及SNP分析

目的克隆和序列分析深圳市白纹伊蚊核糖体DNA(rDNA)第2内转录间隔区(ITS2),并探明其rDNA ITS2核酸的特异性及不同个体在rDNA ITS2区的单核甘酸的多态性(Single Nuclear Polymorphism,SNP),以便利用ITS2基因的高度保守性及其蚊媒不种群在ITS2片段的多态性来分子鉴别白纹伊蚊。方法PCR特异扩增白纹伊蚊rDNA ITS2,利用QIAquick技术从琼脂糖胶上回收纯化扩增的目的ITS2 DNA片段,纯化后的目的ITS2 DNA片段被连接到TA载体上,在含有青霉素的琼脂糖胶平面上筛选含目的ITS2 DNA片段的阳性克隆,阳性克隆经含有青霉素的LB液体培养基培养,用Ultrapure^(TM)质粒提取试剂盒提取克隆质粒,用双酶切鉴定插入的片段大小,DNA序列分析仪分析每个蚊rDNA ITS2的序列,用生物信息系统进行白纹伊蚊rDNA ITS2 SNP的差异分析。结果518bp全长的深圳市白纹伊蚊rDNA ITS2被克隆和序列分析,深圳市四个不同地理的白纹伊蚊rDNA ITS2的同一性为97％,而两个地方之间的比较有99％的同一性,其rDNA ITS2基因单核苷酸存在转换、颠换和缺失,在518bp的范围内有6个C→T,2个A→G的转换,3A→T,一个A→C的颠换,3个CG和一个AC缺失。结论白纹伊蚊rDNA ITS2有高度的保守性,不同个体也表现了单核苷酸的多态性。

基于28S rDNA D2基因片段与形态特征的矛茧蜂亚科系统发育研究(膜翅目:茧蜂科)

本研究选取矛茧蜂亚科Doryctinae（昆虫纲Insecta：膜翅目Hymenoptera：茧蜂科Braconidae）的6族15属18种做内群，茧蜂科其它7亚科11属11种做外群，首次结合同源核糖体28S rDNA D2基因序列片段和100个形态学和解剖学特征对该亚科进行了系统发育学研究。利用“非圆口类”的小腹茧蜂亚科Microgastrinae为根，以PAUP’4．0和MrBayes3．0B4软件分别应用最大简约法（MP）和贝叶斯法对矛茧蜂亚科的分子数据和分子数据与非分子数据的结合体进行了运算分析；并以PAUP’4．0对矛茧蜂亚科的28SrDNAD2基因序列片段的碱基组成与碱基替代情况进行了分析。结果表明：矛茧蜂亚科的28SrDNAD2基因序列片段的GC含量在39．33％～48．28％之间变动，而对于碱基替代情况来讲，矛茧蜂亚科各成员间序列变异位点上颠换（transversion）大于转换（transition）。不同的分析算法所产生的系统发育树都表明矛茧蜂亚科是一个界限分明的单系群；在矛茧蜂亚科内，除了吉丁茧蜂族Siragrini为单系群外，其他族（矛茧蜂族Doryctini和方头茧蜂族Hecabolini）都是并系群。对于矛茧蜂亚科内各属之间的相互亲缘关系，不同算法所得的系统发育树的拓扑结构不完全一致，表明矛茧蜂亚科内（属及族）的系统发育关系还有待于进一步研究。

基于16S rDNA和28S rDNA D2基因序列与形态特征联合分析的中国角顶叶蝉亚科系统发育研究(半翅目:叶蝉科)(英文)

首次在国内利用28S rDNA D2区段和16S rDNA基因序列,结合50个形态特征对角顶叶蝉亚科(Deltocephalinae)[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]19个属进行系统发育分析研究。从无水乙醇浸泡保存的标本中提取基因组DNA并扩增了19个内群和1种外群Typhlocybinae[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]种类的28S rDNA D2基因片段并测序,同时扩增了16SrDNA基因片段并测序11条,采用了GenBank中1个种类的16S rDNA同源序列。采用PAUP*4.0和MrBayes3.0两个分析软件和3种建树方法,利用同源28S D2 rDNA和16S rDNA两个基因序列与形态特征结合进行系统发育分析研究。分析结果表明,二叉叶蝉族Macrostelini是一个单系,并在角顶叶蝉亚科的系统发育中处于基部的位置,是内群中最原始的族;角顶叶蝉族Deltocephalini中除了纹翅叶蝉属Nakaharanus,其余各属构成单系;殃叶蝉族Euscelini内属的归属比较混乱,可能是一个并系群,属间差异有待进一步研究。隆额叶蝉族Paralimnini与顶带叶蝉族Athysanini是姐妹群。带叶蝉属Scaphoideus与纹翅叶蝉属Nakaharanus是姐妹群,二者与木叶蝉属Phlogotettix的关系最近,三者构成一个单系,建议将三者归为带叶蝉族Scaphoideini。研究结果还表明,小眼叶蝉族Xestocephalini和Balcluthini的系统发育位置不明,有待进一步研究。

基于28S rDNA序列的姬小蜂科(膜翅目,小蜂总科)分类

选择28S rDNA D2区基因,针对GenBank中姬小蜂科总计542条相关序列,借助Blast Align、MUSCLE及TNT等生物信息学软件进行计算分析,提出了一种基于亚科水平的姬小蜂科快速DNA分类鉴定方法。建树结果对目前分类系统中姬小蜂科4亚科分类体系(Bouek,1988)予以支持;综合分析结果基本支持对于姬小蜂亚科以及灿小蜂亚科的分族、分属方法。同时对地位不明的两属Anselmella和Ophelimus的分类学地位提出了假设。

虫卵ITS-2序列分析鉴别华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫的研究

目的建立以分子生物学技术为基础的华支睾吸虫与扇棘单睾吸虫的ITS-2序列分析鉴别方法。方法在华支睾吸虫流行区采集华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫成虫,从成虫虫体分离并收集虫卵。以蛔虫、鞭虫、钩虫、蛲虫做对照虫种,按不同虫种和虫卵数分成5个实验组,各组分别提取DNA,并扩增ITS-2序列,对扩增产物进行测序并作同源性分析以确保为目标片段,根据PCR扩增产物电泳获得的条带判定虫种。结果以华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫虫卵DNA为模板的PCR产物电泳图谱分别在400bp、500bp左右各显示一条明显条带;在以两种虫卵DNA混合液为模板的PCR产物中,电泳图谱在400bp左右和500bp左右各显示明显条带。将测序得到的两种核苷酸序列进行Blast比对后,显示与GenBank中相应的华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫序列高度同源。混入四种肠道线虫虫卵DNA的PCR产物中,除目的条带外,无其他条带。结论该方法可以对华支睾吸虫及扇棘单睾吸虫虫卵进行鉴别,且结果不受常见四种肠道线虫虫卵干扰,敏感性和特异性较高,可作为两虫种的鉴别检测方法。