利用Identifiler分型系统推断同胞关系

目的探讨自主开发的同胞关系鉴定自动分析软件（ASI）对Identifiler分型系统进行同胞关系鉴定的可行性。方法应用本课题组所开发的软件ASI,对151对同胞及31 224对人工模拟无关个体进行Identifiler系统的15个常染色体STR基因座分型进行分析,计算亲权指数（PI）、同胞关系概率（WFS）和等位基因匹配情况,所获数据进行统计分析,自动计算排序。结果当WFS大于99.999%时,同胞个体占39.07%,无关个体占0%,两组具有显著差异,可以推断两个体同胞关系。当WFS介于1%~99.999%范围内,同胞个体和无关个体有部分重叠,同胞个体占60.93%,无关个体占21.3%,两者具有一定差异,可以通过增加检测STR基因座,再结合案情加作Y-STR、m tDNA检测,以推断两个体是否具有同胞关系。当WFS小于1%时,同胞个体占0%,无关个体占78.7%,可以推断两个体不具有同胞关系。个体间等位基因匹配结果表明：在检测Identifiler体系15个STR基因座时,当两个体常染色体STR基因座的全相同数目≥5时,或全不同数目≤1时,提示为同胞关系;当两个体全不同数目≥6时,或全相同数目≤1时,提示为无关个体,以此作为预测有无同胞关系的界值。结论Identifiler系统及同胞关系鉴定自动分析软件ASI可用于推断同胞关系。

采用Identifiler系统进行全同胞关系判定的准则探讨

目的探讨采用Identifiler系统进行全同胞关系判定时共有等位基因数(IAn)和全相同基因座数(A2)的标准。方法依据IAn和A2的有限分布,将IAn的31种取值代入已建立的判别函数,获得判定全同胞时IAn和A2的阈值,据此确定4种标准,对经Identifiler系统分型的280对全同胞和2003对无关个体对进行全同胞判定。采用ITO法计算累积全同胞指数(CFSI),并采用CFSI>1、CFSI≥5、CFSI≥20、CFSI≥100 4种标准同样进行全同胞判定。计算上述8个标准判定全同胞的敏感度、特异性、准确度、阳性预测值和阴性预测值,通过Kappa检验比较基于IAn和A2的判定标准与CFSI标准判定结果的一致性。结果满足(Ⅰ)IAn≥15且A2≥4、或(Ⅱ)IAn≥16且A2≥3、或(Ⅲ)IAn≥17且A2≥3、或(Ⅳ)IAn≥18且A2≥3者均可认定为全同胞。上述4项标准与CFSI的4项标准进行全同胞判定的准确度、特异性和阴性预测值均大于0.9500。标准Ⅱ与CFSI≥5、标准Ⅲ与CFSI≥20、标准Ⅳ与CFSI≥100 3组判定标准的各项指标均接近,Kappa值分别为0.904 9、0.9204和0.9083,其中,标准Ⅲ与CFSI≥20对全同胞的阳性预测值和阴性预测值均大于0.950 0。结论 IAn≥17且A2≥3是采用Identifiler系统进行全同胞判定的简便易行且有效的标准,这一标准与CFSI≥20相当。

Identifiler体系在276例单亲亲权鉴定中的应用分析

目的探讨Identifiler体系在单亲亲权鉴定案例中的应用价值。方法采用荧光标记STR-PCR复合扩增、毛细管电泳基因分型技术,应用3100 Avant遗传分析仪对276例单亲亲权鉴定的个体进行15个短串联重复串联序列(STR)基因座的基因分型。结果在276例的单亲亲权鉴定中,认定亲权关系199例,占72.10%,其中亲权指数(CPI)≥2 000,父权相对机会(RCP)≥99.95%有183例,13例CPI<2 000,3例出现一个基因座单步突变;排除亲权关系77例,占27.90%,其中2例只出现1～2个不符合遗传规律基因座,通过加测母亲样本,排除指标均大于3个。结论应用Identifiler体系的15个STR基因座对常规单亲亲权案例能成功地开展鉴定分析工作,但当CPI<2 000或有1～2不符合遗传规律基因座时,须增加检测基因座和加测母亲样本,以提高亲权指数或增加排除指标,规避可能的错误鉴定结论。

Identifiler体系在亲子鉴定中的应用分析

目的运用AmpFlSTR Identifiler PCR扩增试剂盒用于亲子鉴定126例,探索此试剂盒在亲子鉴定案例中的应用价值。方法采用荧光标记STR-PCR复合扩增、毛细管电泳基因分型技术,应用ABI 310遗传分析仪对126例亲子鉴定的个体进行15个STR位点的基因分型。结果在126例亲子鉴定中,否定亲权的25个案例中均至少有3个位点不符;认定亲权的101例中,亲子关系指数(RCP)均>99.98%,在认定的亲子关系中,有3例出现1个位点的基因突变。结论应用Identifiler体系的15个STR位点的基因鉴定,能成功地开展亲子鉴定,并显著提高了亲子关系指数。

Identifiler和Sinofiler试剂盒在亲权鉴定中的应用与评估

目的应用与评估Identifiler和Sinofiler试剂盒在亲权鉴定中的应用价值。方法应用五色荧光标记复合扩增系统对106例亲权鉴定的血样进行PCR扩增,用ABI3100-Avant遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳,用GeneMapper v3.2软件进行基因分型,评估Identifiler和Sinofiler试剂盒在中国汉族人群中的适用性。结果在不排除的案例中Sinofiler比Identifiler具有较高的PI值,在排除的案例中Sinofiler比Identifiler具有较多的排除指标。结论Sinofiler比Identifiler更适用于中国汉族人群的亲权鉴定。

Identifiler体系在绒毛取样术中取材鉴定的应用

[目的]研究利用Identifiler体系对孕早期绒毛取材进行鉴定,以避免母体DNA的污染影响产前诊断的准确性。[方法]收集15例需行绒毛取样产前诊断的早孕期病人,用Identifiler体系的16基因位点进行检测病人外周血及绒毛DNA,判断绒毛DNA是否存在污染,从而决定是否利用绒毛进行产前基因诊断。[结果]检出2例存在母体DNA污染,于孕中期重新取羊水进行产前基因诊断,13例判断不存在污染的绒毛DNA进行基因诊断,其结果与出生后新生儿的结果完全符合。[结论]Identifiler体系在判断孕早期绒毛取样术取材的污染鉴定方面,有着非常准确的作用,可以考虑采用。

运用Identifiler试剂盒对硅珠法提取石蜡包埋组织DNA质量的评估

目的:运用硅珠法从石蜡包埋的组织中提出DNA,Identifiler试剂盒评估DNA质量。方法:南京医科大学第一附属医院病理科2009～2011年石蜡包块49例,运用硅珠法提取石蜡包埋组织DNA,通过紫外分光光度计测定DNA纯度和Identifiler试剂盒PCR后3130型毛细管电泳仪分析提取DNA片段的完整性。结果:经紫外分光光度计测定胃癌组织D(260 nm)/D(280nm)均值为1.84±0.02,肺癌组织为1.85±0.02,甲状腺癌组织为1.82±0.02,3组间比较P>0.05,因此硅珠法提取石蜡包埋组织DNA不会因组织差异而影响提取效果;Identifiler试剂盒PCR后毛细管电泳显示其提取效果,46例(93%)得出完整的16个基因座STR峰型。结论:硅珠法可应用于多种组织的DNA提取,并保证提取DNA样品的纯度和完整度。

Identifiler体系在三联体亲权鉴定中的突变现象分析

目的:观察Identifiler体系在三联体亲权鉴定中的突变现象及特点。方法:使用ABI-3130XL型遗传分析仪对66个肯定亲权关系的案例进行Identifiler体系的STR分型。结果:在66个案例中共出现5次单等位基因突变,父系突变与母系突变比例为4:1。结论:STR基因座突变现象较为常见。当出现突变时,应加测基因座或增加其他检测方法,以提高鉴定结论的可靠性。

11250个无关个体中罕见等位基因及其频率

作者在Identifiler系统应用检案过程中,发现一些等位基因阶梯以外的基因,即罕见等位基因,本文对11250个无关个体中发现的罕见等位基因进行了分析。

2种体系在单亲亲权鉴定中的应用分析

目的分析比较Identifiler与Sinofiler 2种体系在单亲亲权鉴定中的应用价值。方法 Chelex-100法提取全血基因组,采用Identifiler和Sinofiler 2种体系对15个STR基因座进行检测,判定基因型,计算其父权指数(PI)值与累计父权指数(CPI)值,根据亲子鉴定判断标准判定结果。结果 Identifiler体系检测126例单亲亲权鉴定案例,其中75例CPI≥10 000,30例CPI<10 000,2例出现单基因座突变;19例排除亲权关系,排除位点均≥4;Sinofiler体系共检测114例单亲亲权鉴定案例,其中82例CPI≥10 000,12例CPI<10 000,1例出现单基因座突变;19例排除亲权关系,2例排除位点为3个,17例排除位点≥4。结论 2种体系单独应用于单亲亲权鉴定均存在局限性。

中国人群亲权鉴定常用STR基因座平均突变率的估计

目的对亲权鉴定中常用STR基因座在中国人群中的平均突变率进行估计,并与美国人群中的相应数据进行比较。方法突变数据来自按拟定标准筛选获得的15篇国内文献及本中心数据。对中国不同地区同一STR基因座突变率无显著差异的突变数据进行合并,计算中国人群该STR基因座的平均突变率,并采用Poisson分布的近似正态分布法计算该STR基因座平均突变率的95%可信区间。对中国人群和美国人群中常用STR基因座平均突变率的95%可信区间进行比较。结果 Identifiler和PowerPlex 16两个系统所包含的17个亲权鉴定常用STR基因座在中国不同地区人群中的突变率无显著差异,合并计算其平均突变率介于0.0120%～0.2078%,不同STR基因座的平均突变率差异显著(P<0.0001)。这17个亲权鉴定常用STR基因座在中国人群中的累积突变率达到1.9836%。结论本研究通过文献分析获得中国大样本人群的FGA等17个STR基因座突变率数据,对于疑似突变案例的累积亲权指数计算具有借鉴价值。

现场生物检材Identifiler Plus直接扩增方法的应用研究

目的探讨非直接扩增试剂Identifiler Plus Kit直接扩增现场微量生物检材的可行性。方法选取270份现场血样、68份烟蒂和194份脱落细胞擦拭物,采用Identifiler Plus和Identifiler-Direct Kit直接扩增法及Chelex-100提取法对样本进行检测。结果 PCR遗传分析数据显示Identifiler Plus Kit直接扩增法对现场血样检测成功率为96.1%,对烟蒂及脱落细胞擦拭物检测成功率为分别为86.8%和64.9%。结论 Identifiler Plus Kit能有效应用于血痕、烟蒂、脱落细胞擦拭物等现场生物检材的直接扩增。

Identifiler和STRtyper-10F/G系统在500例单亲亲子鉴定中的应用分析

目的运用Identifiler和STRtyper-10F/G扩增试剂盒用于单亲亲子鉴定500例,探索两试剂盒联用在亲子鉴定案例中的应用价值。方法提取血样本基因组DNA,采用荧光标记STR-PCR复合扩增、毛细管电泳基因分型技术,应用ABI3130遗传分析仪对500例单亲亲子鉴定的个体进行24个STR基因座的基因分型。结果在500例单亲亲子鉴定中,否定亲权的80个案例中均至少有5个基因座不符;认定亲权的420例中,累积父权指数均>10000。在认定的亲子关系中,有17例出现1个基因座的基因突变,其中一步突变16例,两步突变1例。结论联合应用Identifiler和STRtyper-10F/G体系的24个STR基因座的基因鉴定,能成功地开展单亲亲子鉴定。

Identifiler体系在单亲血缘关系鉴定中应用价值的研究

目的 研究 16基因位点Identifiler体系在单亲血缘关系法医鉴定中的应用价值。 方法 对无关个体中随机抽样组成的假设父—子二联体 10 0例、正常人群中已知真父—子二联体 10 0例及已知非父—子二联体 10 0例、实际单亲血缘关系亲子鉴定案 2 2 8例、特意省去母亲的二联体鉴定案 136例 ,应用Identifiler体系的 16基因位点进行检测 ,得出每案例的RCP值 ,将检测结果同应用其他体系检测的结果比对 ,同三联体检测结果比对 ,同真实情况比对 ,计算出单独使用Identifiler体系在单亲血缘关系法医鉴定中的正确率。 结果 对 2 2 8例单亲鉴定案应用Identifiler体系检测的结果 ,同应用ProfilerPlus和Cofiler两个体系再加用 2 4个其他位点银染检测 (共 37个位点 )的结果完全相同 ;对无关个体 10 0例及真父—子二联体 10 0例及非父—子二联体 10 0例 ,用Identifiler体系检测的结果同调查核实的真实情况完全相符 ;对 136例特意省去母亲的二联体案 ,用Identifiler体系检测的结果同原实际检案中三联体检测的结果完全相同。 结论 单独使用Identifiler体系完全可以解决法医亲子鉴定中的单亲血缘关系鉴定问题。

血样Identifiler~ Plus Kit直接扩增法在DNA数据库建设中的研究与应用

目的探讨Identifiler Plus Kit直接扩增血样的方法,并应用于DNA数据库建设。方法 60份血样分别打孔于8连管中,用56℃ddH2O分别孵育0min、5min、10min、15min,离心弃上清,相应加入Identifiler Plus Kit与Identifiler Direct Kit PCR反应液,电泳并比较检测结果;同一血样按上述方法重复3次,比较检测结果的可重复性;对10000余份血样直接扩增并统计分析其成功率。结果 0min与5min ddH2O孵育的血样Identifiler Plus Kit与Identifiler Direct Kit扩增想比较,分析峰值均衡性及RFU其效果相当;同一份血样检测结果表明具有良好的重复性;对10000余份血样检测完整的遗传图谱成功率98.5%。结论 Identifiler Plus Kit可用于大规模的DNA数据库建设。

直扩试剂盒检验接触DNA检材初探

接触性微量DNA检材的检验是法医物证学实际检案中的难点,目前所涉及相关检材呈现多样化、微量化趋势[1]。法医学实践中Identifiler Direct直扩试剂盒主要用于违法人员数据库建设,而用于现场检材则较少,用于微量DNA检材则更少。本文总结本实验室近年来采用该试剂盒对接触性微量DNA检材进.

3种常见PCR扩增试剂盒对陈旧口腔拭子检验效率比较

目的比较GlobalFiler、PowerPlex 21及Identifiler Plus3种PCR扩增试剂盒对陈旧口腔拭子的检验效率。方法采用硅珠法提取150份保存7-13年陈旧口腔拭子的DNA,分别用GlobalFiler、PowerPlex 21及Identifiler Plus试剂盒进行扩增检测,比较分析所得分型数据。结果在150份降解样本的检验结果中,GlobalFiler试剂盒21个常染色体STR基因座有效分型检出率为76%,PowerPlex 21试剂盒20个STR基因座检出率为74.93%,Identifiler Plus所含的15个STR基因座检出率为77.56%。结论对于陈旧口腔拭子检材,Identifiler Plus检验成功率最高,需要更多基因座时,GlobalFiler优于PowerPlex 21。