牦牛和普通牛DRB1*Intron1-exon2序列变异分析

为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变,第2外显子区检测到17处SNPs,两区域均表现为高度多态;单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象,A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高;聚类分析表明,牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富,可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。

系统性红斑狼疮患者血清中Tim-1蛋白水平及其基因多态性

目的:检测T细胞免疫球蛋白黏蛋白域蛋白-1(Tim-1)在系统性红斑狼疮患者和健康对照组血清中的浓度,比较不同基因型间Tim-1蛋白的浓度,及其基因第4外显子插入/缺失多态性,分析其与系统性红斑狼疮的关系。方法:采用ELISA方法测定Tim-1蛋白在血清中的浓度;PCR反应检测TIM-1的第4外显子插入与缺失多态性,计算基因型与等位基因的频率。结果:系统性红斑狼疮患者和健康对照组血清中Tim-1蛋白的浓度分别是:(263.083±276.953)和(58.527±92.424)pg/ml,两组之间的差异有统计学意义;SLE患者TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子与缺失/插入杂合子的Tim-1蛋白的浓度分别为(307.360±284.079)和(191.750±256.708)pg/ml,两组之间无显著性差异。健康对照组TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子与缺失/插入杂合子的Tim-1蛋白的浓度分别为(70.295±109.917)和(40.468±41.739)pg/ml,两组之间无显著性差异。对照组的TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子,缺失/插入杂合子,插入/插入纯合子基因型频率分别是0.617,0.321,0.062;系统性红斑狼疮患者相应的基因型频率是0.652,0.326,0.022。两组之间无显著性差异。结论:Tim-1蛋白在系统性红斑狼疮患者血清中的浓度升高,与系统性红斑狼疮的正相关。但是第4外显子插入与缺失多态性与系统性红斑狼疮无相关性,该突变不改变Tim-1蛋白在血清中的水平。

CTLA-4基因多态性与豫南地区汉族人群1型糖尿病的相关性

目的探讨细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)基因第一外显子+49 A/G的多态性与豫南地区汉族人群1型糖尿病(T1DM)的相关性。方法采用PCR-RFLP技术分析108 T1DM患者及100例正常对照组的CTLA-4基因第一外显子+49 A/G多态性。结果 T1DM组等位基因+49G频率明显高于正常对照组(P=0.001),基因型GG明显高于正常对照组(P=0.005)。结论 CTLA-4基因第一外显子+49 A/G多态性与豫南地区T1DM易感性相关。

中国人NF1基因突变分析

目的通过对28个家系56例Ⅰ型神经纤维瘤病患者NF1-GRD相邻外显子进行突变检测,探讨和分析中国人NF1基因的突变规律、突变类型、机制以及与临床表型的相关性,以期发现潜在的突变热点。方法采用聚合酶链反应-单链构象多态性和(或)异源双链分析(SSCP/HA)技术,结合DNA测序方法,对56例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的NF1基因第20、28、29、39号外显子的突变或多态性进行筛查。结果在所检测的28个家系中有一家系父子3例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的NF1基因第20号外显子均出现异常移动的电泳条带,重复检测单链构象多态实验无异常发现,而异源双链实验则仍显示有1条移动异常的双链电泳条带,DNA测序证实为该家系第20号外显子上T→G的杂合性突变,即Leu1141Arg错义突变。同时发现,另1例Ⅰ型神经纤维瘤病患者的第28号外显子亦表现为电泳条带移动异常,测序证实为第28号外显子5'端上游第28位核苷酸G→T杂合子。未发现第29号和39号外显子电泳条带移动异常。结论聚合酶链反应-单链构象多态性与异源双链分析联合应用,可提高Ⅰ型神经纤维瘤病基因突变检测的敏感性和阳性检出率。所测28个家系56例患者NF1基因的第20、28、29及39号外显子并非突变热点或突变率相对较高的区域。

德国牧羊犬FSHR基因第1外显子SNP T89C与产仔数关系研究

为了研究FSHR基因与产仔数的关系,试验以警用德国牧羊犬种母犬基因组为模板,应用PCR技术克隆FSHR基因第1外显子,测序检测单核苷酸多态性(SNP)T89C位点,并进一步分析基因型对产仔数的影响。结果表明:FSHR基因第1外显子SNP T89C CC基因型个体产仔数显著少于TT基因型个体产仔数(P<0.05),说明SNP T89C位点与德国牧羊犬产仔数存在相关性。

水牛、大额牛和牦牛抑制素α亚基编码基因外显子1多态性分析

为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1中存在c.73C>A替换,为同义替换,河流型和沼泽型水牛编码产物一致;在大额牛的INHA基因外显子1中发现c.62C>T、c.187G>A替换,分别引起INHA中氨基酸发生p.P21L、p.V63M改变,两者均为相同性质氨基酸的替换;在牦牛中发现c.62C>T、c.129A>G替换,前者也引起编码氨基酸发生p.P21L替换,后者为同义替换。在INHA基因5'侧翼区所测出的序列中,水牛、大额牛和牦牛等物种内均未发现SNP位点,但在种间发现存在c.-6T>G的替换,大额牛、牦牛和普通牛均为c.-6G,而水牛为c.-6T。在INHA基因内含子中,水牛的第31～36位核苷酸处发现有6个碱基的缺失,即c.262+31_262+36delTCTGAC;该位点在河流型水牛中野生型(+/+)占主体,而在沼泽型水牛中则缺失型(-/-)占主体。在大额牛、牦牛和普通牛等其它牛科物种的内含子中均未发现该缺失,但与水牛相比,大额牛、牦牛和普通牛内含子中发现缺失c.262+78_262+79delTG。序列比对显示,INHA基因外显子1序列中c.43A和c.67G为水牛中所特有,而c.173A和c.255G为大额牛、牦牛和普通牛所共有,c.24C、c.47G、c.174T和c.206T为山羊所特有。大额牛、牦牛和普通牛间INHA基因外显子1序列差异较小,而山羊和水牛与它们间的差异相对较大。

水牛前脑锌指蛋白(FEZL)基因外显子1多态性研究

试验根据已有的哺乳动物FEZL基因序列设计引物,采用PCR产物直接测序技术对河流型与沼泽型水牛共144头水牛(属于10个群体)的FEZL基因第1外显子进行了序列测定和比较分析。结果表明,水牛FEZL基因第1外显子长度为907bp,水牛群体中FEZL基因第1外显子存在1个SNP(c.165G>A),属于同义替换,其buffaloG等位基因在群体中已接近固定;河流型和沼泽型两类水牛群体中FEZL基因第1外显子多个连续的甘氨酸残基编码区都为13G类型;水牛与普通牛、人、小鼠、马、猪和狗的FEZL基因第1外显子序列差异较大,推测水牛的FEZL在功能上可能与普通牛等其他物种存在差异;尽管两类水牛连续的甘氨酸残基编码区都为13G类型,但其可能与水牛乳腺炎易感性无直接关联。研究结果可为水牛乳腺炎的抗病育种提供遗传背景资料。

小尾寒羊MyoG基因外显子1的克隆及多态性分析

为促进畜禽育种工作的发展,采用测序法和群体遗传学方法进行数据分析,提取12月龄绵羊血液DNA,依据GenBank中羊MyoG基因序列扩增外显子1,研究小尾寒羊肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)基因外显子在群体中的多态性。结果表明:在外显子1第211 bp位存在C>T的突变,共得到AA、AB、BB三种基因型。绵羊AA、AB、BB基因型频率分别为0.529,0.353,0.118;等位基因A和B的基因频率分别为0.706和0.294;其中AA基因型频率在0.5以上,为优势基因型。纯合度(Ho)为0.584;杂合度(He)为0.416;有效等位基因(Ne)为1.712;多态信息含量(PIC)为0.330,在0.25~0.50,为中度多态。DNAStar软件对片段同源性对比分析发现其与山羊的同源性为99%,与牦牛的同源性为97%,与猪的同源性为92%。

杜撒♂×大长撒♀F_(1)代猪ARHGEF37基因多态性及其对生长性状的影响

【目的】揭示ARHGEF37基因多态性及其对猪生长性状的影响,为利用该基因标记推进滇撒猪配套系的进一步选育及开发利用提供参考依据。【方法】以274头杜撒♂×大长撒♀F;代猪为试验材料,采用PCR扩增产物直接测序法检测ARHGEF37基因外显子8多态性,采用最小二乘模型分析各SNP位点基因型及单倍型组合对5个生长性状的影响。【结果】在杜撒♂×大长撒♀F;代猪ARHGEF37基因外显子8上检测出C1262G、T1293C、G1395A和C1398T 4个SNPs位点,分别以CC、TT、GA、CC基因型、等位基因C、T、G、C及单倍型CTGC的频率最高;除T1293C位点外,其余各位点的杂合度在0.4552~0.4940,遗传多样性较丰富。C1262G位点GG基因型个体达100 kg体重日龄(258.93±2.95 d)显著高于CG基因型个体(249.87±2.68 d)(P<0.05,下同),CG基因型个体30~60 kg日增重(462.44±15.44 g)显著高于CC基因型个体(409.29±14.30 g);T1293C位点TT基因型个体30~60 kg日增重(445.04±9.70 g)极显著高于TC基因型个体(329.33±42.26 g)(P<0.01),TT基因型个体30~100 kg日增重(516.96±6.44 g)显著高于TC基因型和CC基因型个体(470.92±28.08 g和480.64±16.94 g)。此外,达60 kg体重日龄和达100 kg体重日龄均以CTGC/GTGC组合最短(161.84±5.07 d和241.00±5.11 d),CTGC/CCGC组合最长(188.80±11.33 d和272.60±11.42 d);30~60 kg日增重和30~100 kg日增重分别以CTGC/GTAT组合和CTGC/GTGC组合最高(479.56±20.66 g和545.42±19.76 g),均以CTAC/CCGC组合最低(275.00±84.33 g和437.00±55.88 g)。【结论】ARHGEF37基因的G1395A和C1398T位点的遗传多样性较丰富;C1262G位点的CG基因型、T1293C位点的TT基因型及CTGC/GTGC单倍型组合对杜撒♂×大长撒♀F;代生长性状的影响较大,携带有CTGC单倍型个体的各生长性状均处于较高水平。

抑制素α亚基基因5'UTR区在苏淮猪中的多态性分析

[目的]探究抑制素α亚基基因(INHA)5'UTR区多态性与苏淮猪产仔数相关性,为苏淮猪的分子选育工作提供理论依据。[方法]选取189头健康苏淮母猪,通过PCR扩增和测序对INHA基因5'UTR区基因多态性进行了检测,同时利用生物信息学方法分析该序列特征,最后通过群体遗传学和生物信息学分析了不同基因型对苏淮猪产仔数的影响。[结果]在苏淮猪INHA基因5'UTR调控区-42G>A处发现一个SNP位点,对其进行多态性分析,存在3种基因型,分别为GG、GA、AA,且基因型分布不符合哈代温伯格定律(P<0.01)。G等位基因为优势等位基因,GG型为优势基因型,GG型苏淮猪的平均总产仔数比AA型多0.63头(P<0.05)。[结论]INHA基因5'UTR区多态性可用于苏淮猪繁殖性状的分子标记辅助选择,加速育种进程。

炎症性肠病患者淋巴毒素α、白介素1受体拮抗剂基因多态性与肿瘤坏死因子α,可溶性白介素2受体以及白介素6产量的关系

测定中国炎症性肠病患者淋巴毒素α基因和白介素１受体拮抗剂基因多态性与肿瘤坏死因子α、可溶性白介素２受体以及白介素６产量的关系。２２例炎症性肠病患者（２０例溃疡性结肠炎，２例克隆病）和１０例健康对照者参加研究。淋巴毒素α基因和白介素１受体拮抗剂基因片段由基因组ＤＮＡＰＣＲ扩增而来，采用ＥＬＩＳＡ法测定周围血单个核细胞肿瘤坏死因子α，可溶性白介素２受体以及白介素６产量。结果：炎症性肠病淋巴毒素α基因型１和２杂合子略高于正常对照组（１１／１２对１／１０，Ｐ＝００４９）；而且淋巴毒素α等位基因２与周围血单个核细胞诱生的高水平肿瘤坏死因子α产量有关。白介素１受体拮抗剂基因多态与炎症性肠病无显著性相关。认为：中国人群炎症性肠病患者淋巴毒素α基因可能对肿瘤坏死因子α产量起一定作用。