基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测

近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。

成人抗MDA5抗体阳性皮肌炎临床特征

目的分析成人抗黑色素瘤分化相关基因5(MDA5)抗体阳性皮肌炎(DM)的临床特征,并与抗MDA5抗体阴性DM进行比较。方法收集2021年1月1日至12月31日郑州大学第一附属医院101例成人DM患者资料,根据抗MDA5抗体阳性与否分为抗MDA5抗体阳性(MDA5^(+))组和抗MDA5抗体阴性(MDA5^(-))组,对两组数据进行比较。收集抗MDA5抗体水平定量检测结果,分析其与其他实验室指标的相关性。结果MDA5^(+)组较MDA5^(-)组初诊住院时间长,1 a内住院次数多,发热和咳嗽咳痰症状出现频率较高,差异具有统计学意义(P<0.05)。与MDA5^(-)组相比,MDA5^(+)组红细胞沉降率、涎液化糖链抗原-6(KL-6)、铁蛋白水平升高,中性粒细胞、淋巴细胞、血小板、肌酸激酶、肌酸激酶同工酶水平降低,差异有统计学意义(P<0.05)。Spearman相关分析显示,抗MDA5抗体水平与D-二聚体、免疫球蛋白G、免疫球蛋白M水平呈正相关,与肌酸激酶同工酶水平呈负相关(P<0.05)。高分辨率CT显示,MDA5^(+)组肺间质性改变较MDA5^(-)组发生率高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论MDA5^(+)DM较MDA5^(-)DM患者发热、咳嗽咳痰发生率高,肌肉受累较轻,易发生肺间质改变,病情较重,治疗较复杂。KL-6、铁蛋白、抗MDA5抗体水平可作为评估MDA5^(+)DM病情活动的指标。

玻璃化深低温保存小鼠卵巢组织的研究

对小鼠卵巢组织进行玻璃化深低温保存的初步研究,探索合适的玻璃化保护剂及保存方法。取3周龄小鼠卵巢组织,采用不同保护剂进行玻璃化深低温保存,-196℃液氮保存一周后复温,进行组织切片HE染色观察,筛选合适的玻璃化保护剂;对保存后的小鼠卵巢组织进行自体移植体内培养2周后,取出卵巢组织进行形态学观察及基因表达研究,采用RT-PCR方法检测到了在原始卵泡向初级卵泡发育过程中特异表达的AMH基因及在各个阶段的卵泡中均表达的KL基因。结果表明采用高浓度渗透性保护剂(二甲基亚砜、乙酰胺、丙二醇)的玻璃化保护液对小鼠卵巢组织保存效果较好,说明采用玻璃化技术保存卵巢组织的方法可行,并可采用检测基因表达的方法验证深低温保存卵巢组织的效果。