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甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛KNOX基因家族鉴定及其在块根发育中的表达分析
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作者 郎涛 彭梅芳 +5 位作者 李明 蒲志刚 张聪 屈会娟 杨飞洋 冯俊彦 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2054-2065,共12页
为探究甘薯近缘种三浅裂野牵牛KNOX(ItrKNOX)基因家族在块根发育过程中的作用,本研究在基因组水平对ItrKNOX基因家族进行了鉴定,并利用转录组测序技术对ItrKNOX基因在三浅裂野牵牛Y22块根发育不同阶段的表达量变化进行了分析。共鉴定到... 为探究甘薯近缘种三浅裂野牵牛KNOX(ItrKNOX)基因家族在块根发育过程中的作用,本研究在基因组水平对ItrKNOX基因家族进行了鉴定,并利用转录组测序技术对ItrKNOX基因在三浅裂野牵牛Y22块根发育不同阶段的表达量变化进行了分析。共鉴定到分布于10条染色体的12个ItrKNOX基因。进化分析显示,这些ItrKNOX基因可分为ClassⅠ、ClassⅡ和Class M三类,KNOX家族基因的类型和数目在三浅裂野牵牛、三裂叶薯、牵牛和圆叶牵牛这4个甘薯属二倍体物种基因组中都较为稳定,其中三浅裂野牵牛和三裂叶薯的亲缘关系较近。对ItrKNOX基因启动子区进行分析,发现多个与生长发育、植物激素、光和逆境胁迫相关的顺式作用元件。转录组分析显示,在Y22块根发育过程中,不同ItrKNOX基因表达模式不同。其中,Class M基因ItrKNOX12几乎不表达,而ItrKNOX02、ItrKNOX03、ItrKNOX09和ItrKNOX10在整个根部发育过程中持续高表达。从不定根时期到块根发育期,ItrKNOX01~ItrKNOX03、ItrKNOX05、ItrKNOX09和ItrKNOX11的表达量明显上调,ItrKNOX08的表达量明显下调。值得注意的是,ItrKNOX06在块根膨大到直径大于2 mm后表达量才明显上调,ItrKNOX07在不定根和成熟块根中表达水平明显低于发育中的块根。本研究为探索甘薯及其近缘野生种三浅裂野牵牛KNOX家族基因的功能和调控机制提供了参考。 展开更多
关键词 三浅裂野牵牛 knox基因家族 进化 基因表达 块根发育
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金鱼草KNOX基因家族鉴定及调控其雄蕊瓣化的候选基因挖掘
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作者 顾伟卓 汪仲毅 +5 位作者 杨洁 赵永晶 赵晗茜 谯正林 杨楠 胡慧贞 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1329-1339,共11页
【目的】KNOX(KNOTTED1-like homeobox)转录因子家族在植物生长发育及花器官发育中发挥重要作用。文章旨在鉴定并分析金鱼草(Antirrhinum majus)KNOX转录因子,挖掘出调控金鱼草雄蕊瓣化的关键候选基因。【方法】采用生物信息学方法,在... 【目的】KNOX(KNOTTED1-like homeobox)转录因子家族在植物生长发育及花器官发育中发挥重要作用。文章旨在鉴定并分析金鱼草(Antirrhinum majus)KNOX转录因子,挖掘出调控金鱼草雄蕊瓣化的关键候选基因。【方法】采用生物信息学方法,在金鱼草全基因组水平鉴定AmKNOX基因,并对其基因结构、蛋白理化性质、亚细胞定位、系统进化关系、染色体定位、启动子顺式作用元件及转录因子结合位点等进行分析,并利用金鱼草雄蕊瓣化和非瓣化材料进行RNA-seq分析和qRT-PCR验证,挖掘出候选基因。【结果】从金鱼草中共鉴定出11个AmKNOX基因,都具有KNOXⅠ、KNOXⅡ、ELK和HOX 4个相对保守的区域,分为ClassⅠ(AmKNOX1、AmKNOX2、AmKNOX3、AmKNOX9和AmKNOX11)和ClassⅡ(AmKNOX5、AmKNOX4、AmKNOX7、AmKNOX10、AmKNOX6和AmKNOX8)2类。AmKNOXs蛋白包含282~406个氨基酸,均定位于细胞核中。启动子顺式作用元件分析结果显示,AmKNOXs家族成员可参与植物生长、激素和非生物胁迫响应,且AmKNOXs存在大量与植物生长发育、器官分化和逆境生理调节相关的转录因子结合位点。RNA-seq和qRT-PCR分析表明AmKNOX家族基因在金鱼草正常雄蕊和瓣化雄蕊中显著差异表达。【结论】本研究共鉴定出11个AmKNOX成员,最终挖掘出5个正向(AmKNOX5、AmKNOX10、AmKNOX6、AmKNOX4和AmKNOX9)以及1个负向(AmKNOX11)调控雄蕊瓣化的AmKNOX候选基因。其中AmKNOX5基因在瓣化雄蕊中的表达量比正常雄蕊中高2703%,推测其功能非常重要,该研究为后期深入解析金鱼草花型发育分子机制和遗传改良奠定了基础。 展开更多
关键词 金鱼草 knox基因家族 生物信息学 雄蕊瓣化
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西瓜ClKNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析
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作者 陈雅心 户奥锋 +4 位作者 张力铭 刘权权 杨路明 朱华玉 刘东明 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第5期18-27,共10页
KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要的调控作用。为进一步挖掘西瓜KNOX转录因子家族成员信息,探究分析其表达模式及基因功能,通过生物信息学方法对西瓜KNOX基因家族成员进行了鉴定,并对... KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要的调控作用。为进一步挖掘西瓜KNOX转录因子家族成员信息,探究分析其表达模式及基因功能,通过生物信息学方法对西瓜KNOX基因家族成员进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、系统进化及表达模式进行了分析。结果表明,西瓜基因组中共有12个KNOX基因,均定位于细胞核中,符合转录因子属性特征;KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox_KN这4类典型结构域均存在于大多数西瓜KNOX基因中,表明这4类结构域在KNOX基因功能中具有重要作用;系统发育分析将ClKNOX基因家族成员分为ClassⅠA、ClassⅠB、ClassⅡA和ClassⅡB 4个亚组,启动子元件分析表明,ClKNOX基因家族含有较多与生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件;组织表达分析结果表明,ClKNOX基因具有明显的组织特异表达特性,ClKNOX6和ClKNOX11在根和茎中高表达,而ClKNOX3和ClKNOX10在所有器官中表达量都相对较高,但所有ClKNOX基因在果肉中的相对表达量都较低。研究结果为进一步深入探究ClKNOX基因在生长发育中的功能和组织表达特性奠定了基础。 展开更多
关键词 西瓜 knox基因家族 全基因组鉴定 生物信息学分析 组织表达
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甘蓝型油菜BnKNOX基因家族的鉴定与分析 被引量:1
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作者 陈吴钧 刘江栋 +2 位作者 蒋凯旋 王幼平 蒋金金 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2991-3006,共16页
植物特异的KNOTTED-LIKE HOMEOBOX(KNOX)蛋白属于转录调控因子家族,该家族在植物生长发育过程和各种胁迫应答中发挥着重要的作用。KNOX蛋白中存在4个保守的结构域:TALE(three amino acid loop extension)类型的HD(homeodomain)、ELK结构... 植物特异的KNOTTED-LIKE HOMEOBOX(KNOX)蛋白属于转录调控因子家族,该家族在植物生长发育过程和各种胁迫应答中发挥着重要的作用。KNOX蛋白中存在4个保守的结构域:TALE(three amino acid loop extension)类型的HD(homeodomain)、ELK结构域,以及2个亚结构域KNOX1和KNOX2。目前,甘蓝型油菜的BnKNOX基因家族还未有系统的研究报道。本研究通过生物信息学分析鉴定获得甘蓝型油菜的36个BnKNOX家族成员。通过序列比对和系统发育树分析,将其分为3个亚家族(Ⅰ、Ⅱ和M类)。进化分析表明,全基因组复制(whole genome duplication,WGD)和片段复制(segmental duplication)是BnKNOX基因家族扩张的主要动力。基于甘蓝型油菜不同发育时期组织/器官的RNA-seq分析发现,该基因家族的BnKNAT25/26/29/30在胚乳和种子发育过程中特异表达,而BnKNAT31/32/34在成熟种子中高表达。通过BnKNOX家族的顺式作用元件分析和非生物胁迫条件下的表达模式分析,本文鉴定获得17个响应干旱和渗透胁迫的BnKNOX成员。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 knox 基因家族 表达模式 非生物胁迫
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花生KNOX基因家族的全基因组鉴定及组织表达分析 被引量:1
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作者 宋晓峰 鲁成凯 +3 位作者 董晓娜 高晓东 孙熙文 付春 《山东农业科学》 北大核心 2023年第8期1-10,共10页
为研究花生KNOX基因家族在生长发育以及非生物胁迫响应中的功能,本研究采用生物信息学手段在栽培种花生基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、基因结构、蛋白质保守结构域、系统进化、启动子顺式作用元件以及组织与... 为研究花生KNOX基因家族在生长发育以及非生物胁迫响应中的功能,本研究采用生物信息学手段在栽培种花生基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、基因结构、蛋白质保守结构域、系统进化、启动子顺式作用元件以及组织与逆境下的表达模式进行分析。结果显示:花生基因组中共有26个KNOX基因家族成员,分布在17条染色体上,绝大多数编码酸性蛋白,均为亲水性蛋白,并全部定位于细胞核。系统发育分析可将花生KNOX家族分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚家族,并进一步分为4个亚组。启动子分析发现一些与生长发育、激素和胁迫响应相关的顺式作用调控元件。全生育期组织表达分析结果显示,ClassⅠ类基因表达组织特异性明显,主要在花、营养茎尖、生殖茎尖、果针等组织中高表达;ClassⅡ类基因时空表达更广泛。在7种非生物胁迫处理下,部分基因表达量变化较大,其中5个基因响应特定胁迫,RT-qPCR验证了2个特异性响应PEG胁迫的基因。本研究为进一步探究花生KNOX基因在生长发育、逆境响应中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 knox基因家族 全基因组鉴定 生物信息学分析 表达分析
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7个苹果KNOX转录因子基因克隆、表达和蛋白互作分析
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作者 卢苗 李佩 +6 位作者 荣钰莹 张梦涵 贾鹏 栾好安 齐国辉 张雪梅 董庆龙 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期841-851,共11页
【目的】KNOTTED1likehomeobox(KNOX)蛋白在植物生长发育等多个生物学过程中发挥着重要作用。以紫弘富士为材料,分离了多个苹果(Malusdomestica)KONX基因,研究其结构域、进化分析、组织表达、非生物胁迫响应及其与MdOFP相互作用情况。... 【目的】KNOTTED1likehomeobox(KNOX)蛋白在植物生长发育等多个生物学过程中发挥着重要作用。以紫弘富士为材料,分离了多个苹果(Malusdomestica)KONX基因,研究其结构域、进化分析、组织表达、非生物胁迫响应及其与MdOFP相互作用情况。【方法】使用RT-PCR技术克隆获得7个MdKNOX基因并进行生物信息学分析。利用Array技术检测MdKNOX基因在苹果不同组织中的表达模式。使用RT-qPCR技术检测MdKNOX基因在盐胁迫和渗透胁迫下的表达模式。通过Y2H实验检测了MdKNOX蛋白与MdOFP蛋白的互作情况。【结果】测序结果表明,获得了7个KNOX转录因子cDNA:MdKNOX1、MdKNOX2、MdKNOX5、MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和Md-KNOX22(GenBank登录号:MG021644~MG021650)。结构域分析表明,获得的7个MdKNOX蛋白序列均含有MEI-NOX、HD和ELK结构域。进化分析表明,MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5属于KNOXⅡ亚组;MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和MdKNOX22属于KNOXⅠ亚组。启动子顺式作用元件分析结果表明,7个MdKNOX基因启动子上包含多个顺式作用元件。Array分析结果显示,MdKNOX基因具有不同的组织表达模式。实时荧光定量PCR分析结果表明,盐胁迫处理下,MdKNOX13的相对表达水平上调,而MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5的相对表达水平下调;渗透胁迫处理下,MdKNOX2的转录水平下调。酵母双杂交结果显示,MdKNOX1/22蛋白能与MdOFP6蛋白相互作用,MdKNOX5蛋白能与多个MdOFP蛋白相互作用,且MdKNOX5蛋白与MdOFP蛋白相互作用,HD区域是互作必需的。【结论】这些结果为苹果KNOX转录因子在生长、发育和逆境下生物学功能的解析、调控网络的构建提供了强有力的理论基础和参考。 展开更多
关键词 苹果 knox转录因子 基因克隆 表达分析 蛋白互作
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番茄KNOX基因家族鉴定及茄科作物KNOX基因进化关系分析 被引量:11
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作者 叶曙光 宰文珊 +2 位作者 熊自力 张海利 马彦如 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1263-1271,共9页
为了探明番茄KNOX基因家族特征及茄科作物中KNOX的进化关系,利用生物信息学方法,在全基因组水平上对番茄及其它茄科作物KNOX基因家族成员进行鉴定和分析。结果表明,番茄基因组中共含有8个KNOX基因(Sl KNOX1~Sl KNOX8),分别分布在番茄8... 为了探明番茄KNOX基因家族特征及茄科作物中KNOX的进化关系,利用生物信息学方法,在全基因组水平上对番茄及其它茄科作物KNOX基因家族成员进行鉴定和分析。结果表明,番茄基因组中共含有8个KNOX基因(Sl KNOX1~Sl KNOX8),分别分布在番茄8条染色体上;多序列比对发现,除Sl KNOX5外,所有基因均含有同源异型盒蛋白特有的4种结构域,即KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox KN。利用系统发育树将茄科作物KNOX基因分为2类:ClassⅠ和ClassⅡ。茄科作物KNOX基因与拟南芥同源基因可能经历了不同的进化历程,在茄科作物中,特有的进化分支(Class I C)已经出现。qRTPCR分析发现,番茄Sl KNOX1在花蕾和花中具有较高表达,在果实生长发育过程中表达量逐渐降低,Sl KNOX2~Sl KNOX4在果实生长发育过程中几乎不表达,Sl KNOX6和Sl KNOX7在所测组织中均有表达,Sl KNOX8在果实成熟过程中表达量逐渐增加,且在根中表达量最大。本研究在全基因组水平上揭示了番茄中KNOX基因家族特征以及茄科作物中KNOX基因的系统发育关系,为进一步揭示KNOX基因家族在番茄组织器官中的功能及进化模式奠定了基础。 展开更多
关键词 番茄 knox基因家族 基因结构 表达分析 进化
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KNOX Ⅰ类基因在雌蕊发育中的作用 被引量:2
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作者 孙海龙 侍婷 +1 位作者 章镇 高志红 《江苏林业科技》 2012年第5期39-44,共6页
雌蕊由心皮和花柱组成并最终发育成果实,其发育对作物的产量、质量都有决定性的影响。因此,对雌蕊败育相关基因的研究是植物生物学研究领域的热点,KNOX家族是植物中的5个同源异型盒基因家族之一,分为Ⅰ类和Ⅱ类KNOX亚家族,主要在植物茎... 雌蕊由心皮和花柱组成并最终发育成果实,其发育对作物的产量、质量都有决定性的影响。因此,对雌蕊败育相关基因的研究是植物生物学研究领域的热点,KNOX家族是植物中的5个同源异型盒基因家族之一,分为Ⅰ类和Ⅱ类KNOX亚家族,主要在植物茎顶端分生组织中特异表达,是分生组织发生与维持所必需的关键基因,调控与器官发生相关的细胞分化,最终影响侧生器官的形态建成、该文综述了与雌蕊发育相关的KNOX家族基因功能,重点对KNOX家族中的KNOX Ⅰ类基因进行了阐述。 展开更多
关键词 雌蕊发育 相关基因 knox
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高粱KNOX基因家族鉴定及SbKNOX22基因表达分析 被引量:3
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作者 陈俊 方远鹏 +5 位作者 蒋君梅 杨再福 任明见 李向阳 蒋选利 谢鑫 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2377-2385,共9页
KNOX基因家族是植物生长发育过程中所特有的一类转录因子,其在植物的形态建成方面发挥着重要的作用。为研究高粱KNOX基因家族特征及SbKNOX22的表达特性,本研究利用生物信息学和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的分析方法,对高粱KNOX基因家族... KNOX基因家族是植物生长发育过程中所特有的一类转录因子,其在植物的形态建成方面发挥着重要的作用。为研究高粱KNOX基因家族特征及SbKNOX22的表达特性,本研究利用生物信息学和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的分析方法,对高粱KNOX基因家族进行了鉴定和表达分析。结果表明,在高粱中共鉴定到23个KNOX基因(SbKNOX1~SbKNOX23),亚细胞定位显示均定位于细胞核中,氨基酸序列长度介于184~802 aa之间,分子量大小介于20.23~86.14 kDa之间,理论等电点介于7.28~4.76之间,高粱KNOX基因家族蛋白均属亲水性蛋白,分布在8条染色体上。系统进化结果显示,高粱KNOX基因家族分为ClassⅠ和ClassⅡ两类;基因结构分析表明,ClassⅡ类中各亚类家族成员之间的外显子和内含子数量存在较大差异;Motif分析显示,Homeobox KN结构域最为保守。qRT-PCR分析表明,SbKNOX22在高粱叶片中表达,水杨酸处理6 h时表达量最高,PEG 6000和甘露醇模拟干旱胁迫处理0.5 h后表达量开始降低,NaCl胁迫处理9 h时表达量最高。本研究结果为进一步探索KNOX家族在调节高粱生长发育、信号转导和植物激素调控等过程中的作用提供了基础。 展开更多
关键词 高粱 knox基因家族 表达分析 胁迫
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过表达烟草NtabKNOX8导致烟叶发育异常 被引量:1
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作者 徐方正 史素娟 +4 位作者 毛静静 安璐璐 刘贯山 刘好宝 王倩 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2020年第2期86-92,共7页
为探究KNOX(KNOTTED1-like homeobox)家族基因在烟草叶片发育中的功能,从普通烟草(Nicotiana tobacum)红花大金元中克隆获得KNOX家族基因NtabKNOX8,对其进行了生物信息学分析,并通过转基因技术获得了NtabKNOX8过表达材料,对转生长素报... 为探究KNOX(KNOTTED1-like homeobox)家族基因在烟草叶片发育中的功能,从普通烟草(Nicotiana tobacum)红花大金元中克隆获得KNOX家族基因NtabKNOX8,对其进行了生物信息学分析,并通过转基因技术获得了NtabKNOX8过表达材料,对转生长素报告基因DR5::GUS材料与NtabKNOX8过表达材料的杂交F1代叶片进行了GUS染色。结果表明,NtabKNOX8属于KNOX基因家族亚家族Ⅰ;过表达NtabKNOX8导致叶片变宽圆,对称性丧失,叶面皱缩并向叶背面弯曲,主脉明显缩短且脉序发生明显改变,类似掌状网脉,叶形指数变小,叶面积减小,比叶鲜重增大;NtabKNOX8过量表达的烟叶中生长素含量明显增加,且分布更加广泛。推测NtabKNOX8可能通过影响生长素的含量及分布,影响叶片生长发育过程,从而导致了烟叶形态的多重变化。 展开更多
关键词 knox基因 叶片发育 叶形 叶脉 生长素
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Ectopic expression of soybean GmKNT1 in Arabidopsis results in altered leaf morphology and flower identity 被引量:8
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作者 Jun Liu Da Ha Zongming Xie Chunmei Wang Huiwen Wang Wanke Zhang Jinsong Zhang Shouyi Chen 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第7期441-449,共9页
Plant morphology is specified by leaves and flowers, and the shoot apical meristem (SAM) defines the architecture of plant leaves and flowers. Here, we reported the characterization of a soybean KNOX gene GmKNT1, wh... Plant morphology is specified by leaves and flowers, and the shoot apical meristem (SAM) defines the architecture of plant leaves and flowers. Here, we reported the characterization of a soybean KNOX gene GmKNT1, which was highly homologous to Arabidopsis STM. The GmKNT1 was strongly expressed in roots, flowers and developing seeds. Its expression could be induced by IAA, ABA and JA, but inhibited by GA or cytokinin. Staining of the transgenic plants overexpressing GmKNT1-GUS fusion protein revealed that the GmKNT1 was mainly expressed at lobe region, SAM of young leaves, sepal and carpel, not in seed and mature leaves. Scanning electron microscopy (SEM) disclosed multiple changes in morphology of the epidermal cells and stigma. The transgenic Arabidopsis plants overexpressing the GmKNT1 showed small and lobed leaves, shortened internodes and small clustered inflorescence. The lobed leaves might result from the function of the meristems located at the boundary of the leaf. Compared with wild type plants, transgenic plants had higher expression of the SAM-related genes including the CUP, WUS, CUC1, KNAT2 and KNAT6. These results indicated that the GmKNT1 could affect multiple aspects of plant growth and development by regulation of downstream genes expression. 展开更多
关键词 SOYBEAN ectopic expression GmKNT1 knox genes development
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玉米KNOX基因家族鉴定及表达分析 被引量:3
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作者 王纪良 姬祥卓 +3 位作者 金兵兵 陈奋奇 白明兴 彭云玲 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第3期708-716,共9页
KNOX基因家族存在于大部分植物体中,是同源异型盒基因家族的一类,其编码的转录因子参与调控植物的模式形成、形态建成等生理活动。用含有KNOX结构域的隐马尔可夫模型文件(PF03790,PF03791)作为探针结合Hmmsearch软件,对玉米(Zea mays L.... KNOX基因家族存在于大部分植物体中,是同源异型盒基因家族的一类,其编码的转录因子参与调控植物的模式形成、形态建成等生理活动。用含有KNOX结构域的隐马尔可夫模型文件(PF03790,PF03791)作为探针结合Hmmsearch软件,对玉米(Zea mays L.)基因组中KNOX家族成员进行了鉴定,并对其理化性质、亚细胞定位、系统进化树、基因在染色体定位、顺式作用元件和组织特异性表达模式进行了分析。通过hmmer搜索鉴定出16个玉米KNOX基因,其蛋白的氨基酸数在154~484之间,分子量在16.3~52.9 kD之间,等电点在4.33~7.74之间,其成员基因主要位于细胞核。根据玉米和拟南芥KNOX基因进化树分析,可将其分为2个进化分支。染色体定位结果表明,玉米KNOX基因家族的16个家族成员分布于9条不同染色体。1号染色体(Chr.01)分布6个成员,其中2个成员基因为串联重复基因。除ZmKNOX8和ZmKNOX9外,所有成员启动子区域都存在多个响应激素、光和逆境信号的cis-element。此外,ZmKNOX14和ZmKNOX15在嫩叶中表达量最高,可能与玉米叶细胞中次生细胞壁沉积作用有关。本研究为进一步了解KNOX的进化特征和功能提供参考。 展开更多
关键词 玉米 knox 基因家族 生物信息学分析
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雷蒙德氏棉KNOX基因家族全基因组鉴定及表达分析
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作者 孙润润 秦腾飞 +4 位作者 王园园 刘用生 郭新磊 余春丽 王清连 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第6期1763-1773,共11页
为探究KNOX基因家族在棉花生长发育中的调控作用,本研究以雷蒙德氏棉为材料,利用生物信息学的方法全基因组鉴定KNOX家族成员,并对其保守结构域、进化模式、染色体定位、基因结构和基因表达情况进行分析。共鉴定到22个KNOX基因,分布于10... 为探究KNOX基因家族在棉花生长发育中的调控作用,本研究以雷蒙德氏棉为材料,利用生物信息学的方法全基因组鉴定KNOX家族成员,并对其保守结构域、进化模式、染色体定位、基因结构和基因表达情况进行分析。共鉴定到22个KNOX基因,分布于10条染色体上,其中13个基因发生了片段复制。除GrKNOX9和GrKNOX15外,其余GrKNOX蛋白均含有KNOX1,KNOX2,ELK和HOX四个典型结构域。Gr KNOX基因家族进化聚类成两组:ClassⅠ和ClassⅡ。ClassⅠ组包含13个基因,ClassⅡ组含有9个基因。GrKNOX基因在叶片、花瓣、开花后10、20、30和40 d的种子中的表达分析显示,ClassⅠ组成员表达模式差别较大,ClassⅡ组成员表达模式较相似。GrKNOX12、GrKNOX1、GrKNOX17、GrKNOX2、GrKNOX11、GrKNOX3和GrKNOX22在测定的组织中表达量均较高;GrKNOX6、GrKNOX16和GrKNOX19在开花后20、30和40 d的种子中表达量较高,推测这3个基因参与调控棉花种子发育过程。本研究为进一步探究KNOX基因家族在棉花中的功能及进化模式提供科学依据。 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 knox基因 进化分析 基因结构 表达模式
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甘蔗KNOX基因(Sckn1)的电子克隆及生物信息学分析 被引量:51
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作者 李旭娟 刘洪博 +3 位作者 林秀琴 吴转娣 徐超华 刘新龙 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期136-142,共7页
KNOX基因对植物顶端分生组织的形成和维持有至关重要的作用。本文选择功能已知的水稻KNOX基因(OSH1,Oskn1)为参考序列,采用电子克隆技术克隆到甘蔗中与OSH1同源的一个KNOX基因Sckn1,并通过生物信息学分析预测该基因的结构、功能。结果表... KNOX基因对植物顶端分生组织的形成和维持有至关重要的作用。本文选择功能已知的水稻KNOX基因(OSH1,Oskn1)为参考序列,采用电子克隆技术克隆到甘蔗中与OSH1同源的一个KNOX基因Sckn1,并通过生物信息学分析预测该基因的结构、功能。结果表明:该基因包含一个1 071 bp的开放阅读框,编码356个氨基酸,分子量为39.36 kD,理论等电点为6.47。该基因很可能定位于细胞核,起转录调控作用,序列比对发现该基因编码蛋白与高粱、玉米、小米草等KN1蛋白高度相似。以上分析结果为进一步研究Sckn1基因的功能奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 甘蔗 knox基因 电子克隆 生物信息学分析
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大豆KNOX基因家族的结构和表达分析 被引量:15
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作者 李方正 杨素欣 +3 位作者 吴春霞 魏海超 曲瑞莲 冯献忠 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期236-247,共12页
KNOX基因家族编码同源异型盒蛋白,在植物生长发育过程中起重要调控作用。利用生物信息学手段在全基因组水平上对大豆(Glycinemax)KNOX家族基因进行鉴定和分类,并分析其基因结构、蛋白同源结构域特征以及基因表达方式。研究结果表明:大... KNOX基因家族编码同源异型盒蛋白,在植物生长发育过程中起重要调控作用。利用生物信息学手段在全基因组水平上对大豆(Glycinemax)KNOX家族基因进行鉴定和分类,并分析其基因结构、蛋白同源结构域特征以及基因表达方式。研究结果表明:大豆中的27个GmKNOX基因可以分为GmKNOXI和GmKNOXII两个亚类,其中GmKNOXI类可分为3个主要的进化支,GmKNOXII类分为2个主要的进化支;26个GmKNOX基因不均匀地分布在16条染色体上,GmKNOX27尚无法定位。不同组织表达谱的分析表明:GmKNOXI类基因表达部位比较集中,以茎顶端分生组织中表达量最高;而GmKNOXII类基因的表达特异性较GmKNOXI类低,表达部位更广泛。 展开更多
关键词 基因家族 基因结构 表达分析 大豆 同源结构域 生长发育过程 顶端分生组织 基因表达
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Ectopic Expression of the Pttknl Gene Induces Alterations in the Morphology of the Leaves and Flowers in Petunia hybrida Vilm. 被引量:9
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作者 Xin HU Qing-Feng WU +4 位作者 Ya-Hong XIE Hong RU Feng XIE Xin-Yu WANG Chong-Ying WAN 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2005年第10期1153-1158,共6页
A novel knottedl-like homeobox (knox) gene, Pttknl (Populus tremulaxtremuloides knottedl), isolated from the cambial region of hybrid aspen, was introduced into Petunia hybrida Vilm. using the leafdisc method medi... A novel knottedl-like homeobox (knox) gene, Pttknl (Populus tremulaxtremuloides knottedl), isolated from the cambial region of hybrid aspen, was introduced into Petunia hybrida Vilm. using the leafdisc method mediated by Agrobacterium. A series of novel phenotypes was observed in transgenic petunia plants, including the formation of ectopic spikes on the adaxial surface of corollas and small petals on the abaxial surface of corollas, fusion of floral organs, shortening of corolla midribs, the formation of tumor-like knots along the midrib on the abaxial surface and serrated lobs of corolla margins, and alterations in petal color; except for changes in the leaves and plant architecture, RT-PCR showed that the Pttknl gene was expressed in the leaves of different petunia transgenic plants, whereas no signal was detected in wild-type plants. The possible function of Pttknl in leaf and flower development is discussed. 展开更多
关键词 ectopic expression knox gene novel phenotypes Petunia hybrida Pttknl gene RT-PCR.
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烟草KNOX基因家族的结构与表达模式分析 被引量:5
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作者 刘向真 王根发 +8 位作者 金立锋 张林 魏攀 王晨 李泽锋 王宇博 王燃 杨永锋 王中 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期1-11,共11页
KNOX基因家族是具有同源异型盒结构域的转录因子,在植物形态建成、模式形成等过程中起重要调控作用。为明确烟草KNOX基因的结构及生物学功能,分别从普通烟草、林烟草和绒毛状烟草中鉴定出18、8和5个KNOX基因,并对其系统进化、基因结构... KNOX基因家族是具有同源异型盒结构域的转录因子,在植物形态建成、模式形成等过程中起重要调控作用。为明确烟草KNOX基因的结构及生物学功能,分别从普通烟草、林烟草和绒毛状烟草中鉴定出18、8和5个KNOX基因,并对其系统进化、基因结构、蛋白功能域及基因表达模式进行分析。结果表明,烟草KNOX基因可分为NtKNOXⅠ和NtKNOXⅡ两个亚类,两亚类又进一步分为5个进化分支。同一进化分支中烟草KNOX蛋白的功能域以及其编码序列在基因结构上的分布高度保守。基因表达分析表明,普通烟草中NtKNOXⅡ类基因在多个组织中表达,而且整体表达水平高于NtKNOXⅠ类基因。在林烟草和绒毛状烟草的根和叶中表达量最高的KNOX基因不同。 展开更多
关键词 烟草 knox基因家族 基因结构 基因表达 功能域
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小麦KNOX基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:6
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作者 宋宁宁 梁慧慧 +7 位作者 安义伟 柏胜龙 麻菲菲 张震 李浩 周云 郭光辉 宋纯鹏 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第7期2105-2117,共13页
KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。然而,关于小麦KNOX基因家族的研究很少。本研究利用生物信息学手段从小麦基因组中鉴定到分布于18条染色体上的36个KNOX基因,所有鉴定... KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。然而,关于小麦KNOX基因家族的研究很少。本研究利用生物信息学手段从小麦基因组中鉴定到分布于18条染色体上的36个KNOX基因,所有鉴定到的家族成员均含有KNOX1或KNOX2结构域。本研究对KNOX基因家族的系统进化、基因结构、蛋白结构域、顺式作用元件和基因表达模式进行了分析。根据其系统发育关系,将小麦KNOX基因分为ClassⅠ和ClassⅡ两大亚类,两亚类又进一步分为5个进化分支。大多数小麦KNOX基因含有典型KNOX1、KNOX2、ELK、HOX四个蛋白保守结构域。小麦KNOX基因的启动子分析发现了一些与激素、生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件。不同组织器官转录组数据分析显示,ClassⅠ类KNOX基因具有明显的组织特异性,ClassⅡ类KNOX基因的表达部位更广泛。本研究为进一步分析小麦KNOX基因家族的功能和调控机制提供了重要信息。 展开更多
关键词 小麦 knox基因家族 基因结构 基因表达
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毛竹KNOX基因家族全基因组鉴定和组织表达特异性分析 被引量:4
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作者 徐秀荣 王思宁 +2 位作者 刘青 赵韩生 高志民 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第19期6261-6268,共8页
为了探究KNOX基因在竹子快速生长中的作用,本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)为对象,通过同源比对从毛竹基因组中获得12条KNOX同源基因序列。序列分析表明,PeKNOXs的基因结构差异较大,内含子数目1~6个不等,且长度差异较大(30~3 801 ... 为了探究KNOX基因在竹子快速生长中的作用,本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)为对象,通过同源比对从毛竹基因组中获得12条KNOX同源基因序列。序列分析表明,PeKNOXs的基因结构差异较大,内含子数目1~6个不等,且长度差异较大(30~3 801 bp),但都符合GT-AG剪切原则。PeKNOXs编码蛋白的长度为145~355 aa,分子量为92~130 k D。系统进化分析表明,毛竹PeKNOXs被聚类到2个较大的分支,分别属于Ⅰ、Ⅱ类KNOX亚家族,Ⅰ类中包含PeKNOX1-1~PeKNOX1-5,其中PeKNOX1-1与OSH71、PeKNOX1-2与OSH10、PeKNOX1-3与OSH15均聚类到一起,而PeKNOX1-4和PeKNOX1-5与OSH43聚类到较近的分支;Ⅱ类中包含PeKNOX2-1~PeKNOX2-7,其中PeKNOX2-1和PeKNOX2-2聚类到一个分支,与其它PeKNOXs距离较远,而且PeKNOXs与已知拟南芥的KNATs距离均较远。利用毛竹转录组数据构建热图进行分析,表明除了PeKNOX2-1外,其余PeKNOXs均检测到表达,但2个亚家族不同成员的表达均存在着一定的差异,如PeKNOX1-3的相对表达量最高,PeKNOX1-5的最低。实时定量PCR验证表明,PeKNOX1-3和PeKNOX1-5在不同组织中均有表达,其中在节中表达量最高,其次是茎,而在叶片和叶鞘中的表达量均较低,这与转录组数据相类似。由此表明,PeKNOXs可能在竹子生长发育中起重要调控作用,为进一步利用PeKNOXs开展竹子基因工程研究提供了参考。 展开更多
关键词 毛竹 knox基因 分子特征 表达模式分析
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