小金海棠总RNA提取方法比较及cDNA的LD-PCR扩增

用CTAB和SDS-酚两种方法提取了小金海棠根的总RNA,以CTAB法提取的总RNA为模板,用长距离PCR(LD-PCR)的方法合成了双链cDNA并进行了扩增。结果表明,CTAB法比SDS-酚法提取的总RNA纯度高、完整性好,宜于进行RT-PCR和cDNA文库的构建,SDS-酚法操作简单易行,提取产物可以直接用于转膜进行Northern杂交。

条锈菌诱导下的小麦叶片总RNA提取方法的比较及LD-PCR扩增

为寻找一种既能提取到高质量高产量小麦RNA、又能提取到高质量条锈菌RNA的方法,利用Trizol法、Licl法、SDS法和Bizol法分别从条锈菌诱导的小麦叶片中提取了总RNA,并对Trizol法和Bizol法提取的RNA进行了长距离PCR（LD-PCR）扩增。结果表明,Trizol法、Licl法、SDS法和Bizol法提取的RNA产量（μg/100mg鲜重叶片）分别为4.72、1.15、1.56、10.43μg/100 mg,Trizol法和Bizol法提取的RNA产量明显高于Licl法和SDS法。Trizol法提取的RNA合成的cDNA片段大小主要集中在0.25-2.0 kb范围内,而Bizol法提取的RNA合成的cDNA片段大小主要集中在0.5-5.0 kb范围内,Bizol法提取的RNA反转录合成的cDNA质量好于Trizol法。Bizol法同样能提取到高质量的条锈菌RNA,而且提取RNA的成本较低。综合各种因素,Bizol法是条锈菌诱导下的小麦叶片总RNA提取的较理想方法。

LD-PCR检测FⅧ基因XbaⅠ位点多态性及其在血友病A携带者诊断中的应用

目的建立高特异性的针对凝血因子Ⅷ(FⅧ)基因内含子22中XbaⅠ多态性位点的连锁分析法,以用于血友病A家系携带者的诊断。方法采用长距离PCR(LD-PCR)方法,特异性地扩增FⅧ基因内含子22中的XbaⅠ位点所在区域,用限制性内切酶XbaⅠ酶切,对5个血友病A家系作家系连锁分析,并对其中可提供多态性信息的家系作携带者诊断。结果家系1中确诊女性携带者1名及1名正常女性成员;家系2中确诊1名女性携带者;而家系3、家系4和家系5该位点无法提供多态性信息。结论基于LD-PCR的FⅧ基因XbaⅠ位点连锁分析方法具有较高的准确性和可靠性,这对临床上诊断血友病A携带者具有积极的意义。

应用LD-PCR法构建大片吸虫成虫cDNA表达文库

为构建大片吸虫成虫cDNA表达文库,用Trizol试剂提取大片吸虫成虫总RNA,经反转录合成cDNA第一链,应用LD-PCR扩增方法,合成双链cDNA。用SfiⅠ内切酶修饰此双链cDNA,使形成两端分别带有SfiⅠA和SfiⅠB的黏性末端。经CHROMA SPIN-400柱纯化,收集400 bp以上的双链cDNA片段,将其连接于带有SfiⅠA和SfiⅠB末端的λTriplEx2噬菌体载体,经体外包装后,以XL1-Blue为受体菌构建cDNA表达文库。经测定,库容量为1.08×106PFU/mL,重组率为96.6%。扩增后的文库滴度为2.41×109PFU/mL,插入片段平均大小约为1 000 bp。这些结果表明已成功构建大片吸虫成虫cDNA表达文库,适合进一步筛选大片吸虫新基因。

应用长片段PCR扩增全长HIV-1 DNA的研究

目的 探讨长片段PCR(LD-PCR)扩增特点,并将它用于对全长HIV DNA的研究。方法 应用LTR(U5)/LTR(R),CL-NSC/CL-NEF和gagA1/gagA2等不同引物,^(32)P标记gag、pol、nef和tat等为片段探针,对克隆有HIV-1完整基因片段、部分基因片段的质粒和HIV感染者外周血单核细胞(PBMC)中的HIV-1 DNA进行扩增。结果 LD-PCR对0.4～9kb的一系列标本扩增都很满意,它的扩增效率与DNA分子片段的大小成反比,在混合竞争扩增中,短片段DNA浓度较低时主要扩增长片段标本,增加短片段浓度导致减少长片段DNA的扩增。同时发现在HIV感染者中存在大量大小不一、范围较广的缺失HIV-1基因片段。结论 LD-PCR能混合扩增不同大小片段标本,特别是对大片段标本的扩增具有独特的优越性,是普通PCR无法解决的。

运用cDNA-AFLP技术初步鉴定两种方法合成的cDNA的指纹图谱

在植物基因克隆以及构建cDNA文库时,都需要合成高质量的双链cDNA,并要达到一定的数量。然而研究者经常受到试验样品量的限制。特别是比较稀少的植物材料,例如植物的根尖、茎尖或花的雌、雄蕊等,难以获得足够的RNA,以致影响cDNA的合成量,无法开展下游的实验。以PCR为基础合成第二链cD-NA的Smart技术(LD-PCR),能够以50ng的总RNA为反转录模板合成高质量的双链cDNA。但研究者对第二链采用PCR方法是否有些基因信息丢失或丰度上发生很大的变化存有疑虑。针对以上存在的问题,通过置换合成和长距离PCR(LD-PCR)两种方法合成3个月的梭梭幼苗茎尖双链cDNA,EcoRI和MseI限制性内切酶双酶切后,用16对选择性扩增引物对两种cDNA进行cDNA-AFLP的指纹图谱分析。结果表明,置换合成和LD-PCR两种方法合成的cDNA指纹图谱中,分别有条带约495条和470条。其中,相同的条带共计433条,不同的条带分别有62条和37条,分别为各自合成方法总指纹数的12.5%和7.87%,相同的指纹信息达87%以上。这说明两种方法合成的cDNA存在着较大的差异,合成方法对cDNA合成质量的影响较大,为研究人员选用何种cDNA合成方法提供了借鉴。

长距离PCR技术检测重型血友病甲Ⅷ因子基因倒位的进一步研究及推广应用

将已研究成功的长距离ＰＣＲ（ＬＤＰＣＲ） 技术［３］在热循环条件、模板ＤＮＡ用量及ｄＮＴＰ用量等方面进行了进一步优化和探索。应用优化后的ＬＤＰＣＲ技术检测了来自天津、江苏、北京、湖北、四川等省市１０８个重型血友病甲家系共１５７ 份ＤＮＡ（患者１０５人， 家属５２人）， 发现４７例患者（或家系） 有凝血因子Ⅷ（ＦⅧ） 基因倒位， 占重型患者的４４％ ； 查出基因倒位携带者３０ 余名。用ＬＤＰＣＲ检测ＦⅧ基因倒位的技术可以准确、简便、快速地直接进行重型血友病甲的基因诊断、携带者检测及产前诊断。

甜菜碱提高长距离PCR扩增效率的研究

目的:利用甜菜碱优化长距离PCR(LD-PCR),提高血友病A(HA)基因倒位检测效率。方法:在LD-PCR反应体系中加入DMSO、甘油及不同浓度的甜菜碱进行LD-PCR扩增,比较扩增结果。用甜菜碱优化LD-PCR检测正常人、不同程度HA患者及携带者的FⅧ基因是否存在FⅧ基因22号内含子(IVS22)倒位。结果:在反应体系中加入甜菜碱可获得更好的LD-PCR扩增结果;甜菜碱优化LD-PCR的最佳终浓度为0.8～1.8mol/L;应用甜菜碱优化LD-PCR检出3例HA患者、2例携带者和1例可疑携带者FⅧ基因有IVS22倒位。结论:一定浓度的甜菜碱可以显著提高LD-PCR的扩增效率,提高检测出HA患者的FⅧ基因IVS22倒位的效率。

人胃黏膜细胞cDNA文库和pGBKT7p-37重组质粒的构建(英文)

目的 构建人胃黏膜细胞cDNA文库 ,并选取VacA毒素的p37片段将其克隆到 pGBKT7以表达BD p37融合蛋白作为诱饵。为进一步用所此诱饵来筛选所构建文库以其找到与VacA相互作用的蛋白奠定基础。方法 用TRIzol试剂从胃腺癌病人手术切除的正常胃黏膜细胞中抽取总RNA经LD PCR得到双链cDNA ,参照Clontech的MATCHMAKERLibraryConstructionandScreeningKit构建cDNA文库并用文库所含的独立克隆数和含插入片段的克隆数占总克隆数的比例来评价酵母双杂交文库的质量。用PCR从Helicobacterpylor基因组中扩增出p 37基因将其克隆入 pGBKT7载体并使插入片段与GAL4BD同框 ,插入片段的大小和序列的正确性由双酶切和测序得以证实。结果 文库中共有 1.9× 10 6个独立克隆 ,含插入片段克隆所占比例为 91.7%。双酶切和测序结果表明 p37的正确插入 ,Westernblot结果证明了融合蛋白的表达。 结论 构建了较高质量的cDNA文库和与GAL4BD融合的诱饵蛋白 ,为进一步的研究奠定了基础。

3种商品化Trizol试剂提取高质量马铃薯块茎总RNA的比较

针对马铃薯块茎含有多糖多酚的特点,选用3种快捷的商品化提取试剂提取马铃薯块茎总RNA.结果表明:3种商品化试剂均可不同程度的提取马铃薯块茎总RNA,提取的总RNA的28S、18S和5SrRNA条带清晰可见,但纯度和浓度存在较大差异;其中用Trizol裂解加柱吸附法提取的马铃薯块茎总RNA纯度较高,但浓度较低,经SMART PCR和LD-PCR检测可扩增出马铃薯块茎腺苷葡萄糖磷酸化酶小亚基(sAGP)基因和全长双链cDNA,可用于后续分子生物学试验.

血友病基因携带孕妇258例产前诊断结果分析

目的通过分析血友病基因携带孕妇的产前诊断结果,评价多种直接基因诊断方法联合使用对血友病基因检测的价值。方法对产前诊断中心行产前诊断的258例血友病基因携带孕妇,联合应用LDPCR、MLPA、基因测序方法对胎儿基因进行直接检测。孕周为11~13周胎儿检测样本通过绒毛吸取术获得,孕周18~28周胎儿检测样本通过羊水穿刺获得。统计致病基因胎儿阳性率、各检测方法的阳性检出率。结果258例血友病基因携带者中,血友病A为225例(87.2%),血友病B为33例(12.8%)。产前诊断胎儿中血友病A基因诊断阳性84例(37.3%),血友病B基因诊断阳性5例(38.6%)。绒毛穿刺131例(50.8%),羊水穿刺127例(49.2%)。穿刺术均无不良事件发生。84例血友病A基因检测阳性病例中,F8基因内含子22倒位39例(46.4%),内含子1倒位4例(4.8%),基因大片段缺失3例(3.6%),基因点突变38例(45.2%)。5例血友病B基因检测阳性者,F9基因4号外显子G-A点突变2例、5号外显子G碱基丢失2例、2号内含子5'端第4碱基A-T突变1例。基因检测阴性胎儿出生后随访1~2年,无血友病发生。结论LD-PCR、MLPA和直接基因测序法联合使用,能对血友病基因进行有效检测,值得临床推广。

荣昌猪唾液腺全长cDNA文库的构建及ESTs分析

【目的】构建荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,并进行部分表达序列标签(ESTs)的测序及分析,为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息。【方法】以14日龄荣昌猪仔猪为材料,取其唾液腺,采用SMART法构建唾液腺全长cDNA文库,并进行ESTs测序、注释及功能分析。【结果】初级文库滴度为5.88×106PFU/mL,重组率为99.67%,大部分插入片段长度为400~2 000bp。共获得144条有效ESTs序列,共计108条非重复序列,包括23个重叠群和85个单一序列,77(占71.29%)条序列为已知功能基因,31(占28.71%)条为未知功能序列,其中18条为新基因。GO分类和KEGG途径分析结果显示,荣昌猪唾液腺表达基因功能主要包括细胞成分、分子功能和生物学过程3个类群。在细胞成分类群中,细胞外的成分所占比例最高;在分子功能类群中,酶抑制剂活性所占比例最高;而在生物过程类群中,以转运和定位等过程最突出。表达的基因主要参与补足物和凝固级联、百日咳、加压素调控的水再吸收及味觉传导等代谢途径。【结论】成功构建了荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,解析了荣昌猪唾液腺的表达特征。

白菜总RNA的高效提取方法及常见问题分析

[目的]建立从白菜叶片组织中快速提取高质量RNA的方法，为进行LD—PCR、AnP、SRAP及其他分子生物学试验奠定基础。[方法]通过增加高速离心时间，用3％H2O2处理试验器皿等措施对Trizol试剂法进行优化，建立了一种简单、快捷、经济、高效的RNA提取方法。[结果]在1．5h左右可得到高质量的总RNA，经琼脂糖凝胶电泳、蛋白核酸分析仪检测，提取的总RNA具有清晰的28S、18S、5S3条带，且28S的宽度是18S的2倍左右，0D260／DD280比值为1．90—2．16。进一步以提取的总RNA为模板成功进行了单链cDNA的合成和LD—PCR。[结论]改良的Trizol试剂法所提取的RNA纯度和完整度极高，可用于LD—PCR、SRAP、基因克隆及表达分析等后续分子生物学试验。

低温诱导东乡野生稻幼苗期叶片cDNA文库的构建和鉴定

从8℃低温诱导的东乡野生稻幼叶中提取总RNA,以总RNA为模板,利用SMART技术合成第1链,再经LD-PCR扩增合成第2链后,将获得的双链cDNA与双元表达载体YPL3连接,重组质粒电转入大肠杆菌,成功构建了东乡野生稻cDNA文库。经测定,原始文库滴度平均为4.4×107cfu/mL,平均插入片段约1kb,重组率为100%,符合cDNA文库构建要求,为后续利用酵母功能互补技术筛选东乡野生稻有利基因奠定了基础。

荣昌猪肝组织全长cDNA文库的构建和EST测序及分析

研究旨在为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息,同时也为荣昌猪作为生物医学模型,代谢疾病的研究提供基础数据.运用SMART法构建了荣昌猪肝组织的c DNA文库,并从文库中随机挑取部分克隆进行EST测序和功能注释.经检测,构建的原始文库滴度为4.19×10^6pfu/m L,重组率为96.31%,平均插入片段长度主要在400～2 000 bp之间.总共获得了226条有效EST序列,共计161个unigenes,包括19个重叠群（contigs）和142条单一序列（singlets）.101（62.73%）条为已知功能基因序列,60（37.27%）条为未知功能序列,其中40条为新基因序列.GO分类和KEGG途径分析揭示大量荣昌猪肝组织表达基因主要与细胞质部分、细胞外的区域、受体结合,化学反应及细胞分解代谢过程等相关;表达的基因主要涉及代谢、补足物和凝固级联和核糖体等功能信号途径.研究采用SMART法成功构建了荣昌猪肝组织全长c DNA文库,并进行EST测序及分析,综览了荣昌猪肝组织基因表达及功能分类特征.

ATM参与辐射损伤细胞学反应的研究

目的 克隆ATM全长cDNA及含特异功能域的cDNA片段 ,寻找与ATM相互作用的蛋白 ,分析ATM在DNA损伤监视中的分子机理。方法 利用长片段PCR扩增法 ,从人外周血来源的cDNA库中扩增ATMcDNA ;利用酵母双杂交系统筛选人外周血来源的cDNA库中与ATM相互作用的蛋白。结果 经重叠PCR扩增到ATM全长cDNA ,并筛选到数条与ATMPI3K激酶区相互作用的cDNA ,并对其序列进行分析。结论 ATM通过与多种蛋白相互作用 。