糙皮侧耳PoLIM基因家族鉴定与表达分析

在NCBI、JGI数据库中检索糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)PoLIMs,进行生物信息学分析;测定PoLIM 1~PoLIM 6在25℃培养7 d(菌丝期),16℃培养5 d(扭结前期)、10 d(扭结后期)、15 d(原基期)、22 d(子实体期)的相对表达量以及菌丝在4℃冷胁迫12、24、48 h的相对表达量。结果表明:PoLIM1~PoLIM6的氨基酸数量为353~1 673;等电点为7.26~9.98;亚细胞定位预测均在细胞核中;有10个保守基序;启动子序列中包含光、生长素、MYB转录因子以及低温胁迫等响应元件。就相对表达量而言,PoLIM1在子实体期较高;Po LIM2在扭结后期和子实体期较高;Po LIM3、Po LIM4、Po LIM6在菌丝期较高;Po LIM5在扭结后期较高,在原基期及子实体期降低。与对照(25℃)相比,4℃冷胁迫时Po LIM1、Po LIM3、Po LIM5、Po LIM6的相对表达量升高。

番杏LIM基因家族鉴定及TtWLIM1b的克隆与功能分析

【目的】分析番杏[Tetragonia tetragonoides(Pall.) Kuntze]中TtLIM基因家族的序列组成、RNA-seq基因表达和异源表达生物学功能,探究其可能参与调控番杏植株发育和胁迫应答反应的分子机理,为发掘番杏抗逆功能基因及其在作物育种中的应用提供理论基础。【方法】通过前期对番杏[Tetragonia tetragonoides(Pall.) Kuntze]cDNA文库的筛选,获得一个编码番杏LIM基因的全长cDNA,命名为TtWLIM1b,对TtWLIM1b在酵母中进行功能分析。结合番杏全基因组测序信息,从番杏基因组中鉴定出16个TtLIM基因,对这些家族成员的染色体定位、所编码蛋白的理化性质、系统进化以及蛋白的保守模式进行综合的生物信息学分析;构建番杏与拟南芥、水稻和紫花苜蓿的LIM蛋白家族成员的进化树。最后,通过RNA-seq分析TtLIM基因家族成员在番杏不同组织以及在不同胁迫处理后的相对表达量。【结果】异源表达TtWLIM1b能够提高转基因酵母的重金属耐受性及耐热能力;番杏TtLIM家族蛋白成员均含有LIM结构域,而该结构域富含半胱氨酸。因此,TtLIMs也是富含半胱氨酸蛋白(Cysteine rich protein, CRP)的一种。序列分析表明,番杏LIM蛋白成员具有高度的保守性,且其成员的复制扩增较为明显;TtLIM基因家族成员在不同的番杏器官中广泛而有差异地表达。【结论】番杏TtLIMs可能参与调控番杏植株发育和胁迫应答反应。

基于B/S和SOA架构的LIMS系统设计与研究

为提升水质检测业务的专业化、智能化、系统化、自动化水平,针对新发展阶段下水利高质量发展对水质信息管理的需求,研究并开发基于B/S系统架构和SOA设计架构的新型综合性水质信息管理系统(LIMS),运用仪器谱图识别及数据提取、PHP与MySQL融合、仪器谱图与原始记录自动关联等技术,在一定程度上提高水质数据的电子化无纸化获取、处理、传输及应用等方面的管理水平,实现水质检测业务流程与资源的动态关联和闭环追溯,提升水质监测评价工作的管理效率和质量管理能力。基于B/S和SOA架构的LIMS在前沿高新技术中的应用研究,为水质检测和管理的各项活动提供智能、高效的数据支持平台,也为水利行业信息系统管理建设及水域功能监测监管提供技术支撑。

基于生物信息学分析双硫死亡相关基因PDLIM1 mRNA在多种肿瘤中的表达及临床应用价值

目的分析双硫死亡(disulfidptosis)相关基因人PDZ和LIM域蛋白1(PDZ and LIM domain protein 1,PDLIM1)m RNA在多种肿瘤中的表达及作用。方法通过仙桃学术网站分析PDLIM1 mRNA的表达情况。利用仙桃学术网站和Sangerbox 3.0数据分析平台探究PDLIM1在33种肿瘤中的诊断和预后能力。利用TISIDB数据库分析PDLIM1与临床分级和分期的相关性。在Sangerbox 3.0数据分析平台和Kaplan-Meier Plotter数据库中分析PDLIM1与肿瘤免疫相关性。通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)。利用Sangerbox 3.0数据分析平台进行富集分析。最后利用GSCA(Gene Set Cancer Analysis)网站分析获得PDLIM1 mRNA表达与药物的敏感性。结果PDLIM1 mRNA在33种肿瘤中表达量存在异质性。PDLIM1在胆管癌(CHOL)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、肾透明细胞癌(KIRC)、肺腺癌(LUAD)、卵巢癌(OV)、胰腺癌(PAAD)、黑色素瘤(SKCM)和睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)中具有良好的诊断能力。PDLIM1在胶质瘤(GBMLGG)、脑低级别胶质瘤(LGG)、混合肾癌(KIPAN)、多形性胶质细胞瘤(GBM)、间皮瘤(MESO)、葡萄膜黑色素瘤(UVM)和肾上腺皮质癌(ACC)中高表达预后差,而在肉瘤中低表达预后差。PDLIM1 mRNA表达与头颈鳞状细胞癌(HIVSC)、肾乳头状细胞癌(KIRP)、子宫内膜癌(UCEC)、子宫癌肉瘤(UCS)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)的分级,以及与宫颈癌、头颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌和脑低级别胶质瘤肿瘤的分期有关。PDLIM1与以前列腺癌为首的36种肿瘤的免疫浸润显著相关,且发现在PDLIM1 mRNA高表达的患者中经免疫治疗后的预后相对较好。PDLIM1在生物体内主要通过参与肌动蛋白细胞骨架、细胞黏附、肿瘤相关途径的调节来发挥作用,对以Isoliquiritigenin为首的多种药物敏感。结论PDLIM1与多种肿瘤的临床预后和免疫浸润等方面密切相关,有望成为一种肿瘤诊断和预后生物标志物或治疗靶点。

基于CNAS体系标准的LIMS创新实践

LIMS是一种专为实验室设计的信息管理系统。矿山企业引入该系统有助于实现检测业务的数字化管理。然而,市面上通用的LIMS软件普遍存在与CNAS体系结合不紧密、流程管理不严谨、行业适用性不强等缺陷,无法满足矿山行业实验室的特殊需求。为此,结合CNAS质量管理体系要求以及矿山化验检测业务特点,研发了一款符合金属矿山行业特点的LIMS系统,对传统化验检测业务管理模式进行了全面改造和提升,内容涵盖业务管理、检测流程、结果汇总、报告管理、报告溯源和CNAS体系运行管理等多方面。该系统引入了样品类型、设备类型、化验岗位、再现性限设置以及报告权限设置等概念,并建立了关联关系,能够批量委托检测任务、灵活设置用户报告审批权限。根据关联关系,系统可自动将检测任务分配到特定的检测班组和化验岗位,自动计算检测项目的再现性限,判断平行检测结果是否超差,确定重验方式及平均结果的计算方法。此外,系统还利用LT-IoT数据采集平台,实现了分析仪器、天平、温湿度计、二维码等数据的自动采集,确保数据准确性、完整性和可追溯性,有效避免了传统手工录入导致的错误和不确定性。应用效果表明:该系统的研发与应用可以为金属矿山行业提供了一个高效、严谨、规范化的实验室信息管理系统,有助于提高检测业务的数字化管理水平,为行业的数字化转型提供强有力支持。

LIMS系统中标准管理模块的创新与应用

随着信息技术的不断进步,实验室信息管理系统(LIMS)在标准管理方面的创新应用日益显现。本文重点探讨了两大创新点:一是通过精细化设计的互联网爬虫技术,实现标准数据的自动采集、解析与实时更新;二是引入深度置信网络(DBN)框架,构建智能匹配模型,为用户提供精准的标准推荐服务。这两项技术的融合应用,不仅提升了LIMS系统的智能化水平,也为实验室标准管理带来了革命性的变革。

基于LIMS系统下食品检测机构质量管理模块设计与应用

食品检验检测机构应用LIMS信息化系统推动食品检验检测创新,带动管理的科学化、规范化、精细化,已成为食品检验机构高质量发展的必由之路。本文聚焦基于LIMS系统下食品检测机构质量管理模块的设计和应用,遵循ISO/IEC17025:2017《检测和校准实验室能力通用要求》和《检验检测机构资质认定评审准则》《食品检验机构资质认定条件》等要求,从检验检测机构质量管理的有效性和持续改进方面进行系统思考,提出检验检测机构质量管理十三个要素信息化管理的要求、路径、方法、策略,各要素即相互独立,又有机统一,为食品检验检测机构LIMS系统质量管理模块的应用和实践提供了借鉴。

石化公司LIMS系统升级扩展应用研究

为了让LIMS的运用更加简洁、高效,从而提高产品质量控制。本研究将石化公司原有5套旧的LIMS系统,升级改造成了一套全新LIMS系统。不仅保留了旧系统的所有在用功能,还开发了环保报告集成优化处理模块、物资管理、KPI管理等新功能,同时在仪器数据自动上传上有了更广泛的应用。另外,在WEB页上也采用的是微服务架构模式,它是现在流行的基于Java语言开发的一种软件架构。LIMS系统的升级扩展应用,不仅提高了工作效率,也让石化企业的质量管理有了很大提升。

LIMS报告在线查询模块设计与实现

云南省质检院作为省政府法定的检验检测机构,其LIMS(Library Information Management System,实验室信息管理系统)与一般企业使用的LIMS有一定区别,主要区别在于报告的保密性要求高、法律责任重大,不宜直接面向互联网开放报告查询,以免被泄密造成各类风险。但是随着信息技术的发展,充分利用互联网能显著提升客户使用体验、提高报告查询效率。设计了基于LIMS的报告在线查询模块,该模块采用B/S(浏览器/服务器)架构,使用SpringMVC微服务进行编码,并在院官方网站上创建查询接口,供委托方客户查询报告。为保障数据安全,在核心交换机上使用物理网闸卡隔离内外网环境,确保LIMS系统的数据安全。经实验证明,此模块操作简单,运行稳定,数据传输安全可靠,取得了较好的成效。

LIMS抽样管理模块设计与实现

云南省质检院是省属法定检验检测机构,除了受理普通客户的委托检验订单外,更多的是各级政府和市场监督管理局指定的国抽、省抽、市抽订单。对于此类订单,需要指派抽样人员去市场或企业一线抽采检验样品。为方便管理涉及抽样的各类事项,本文设计了基于LIMS的抽样管理模块。该模块采用B/S架构,编码采用SpringMVC微服务,直接内嵌于现有的LIMS,可实现抽样任务管理、详情管理两大主要功能,并已部署于云南省质检院LIMS内网服务器。经实践证明,该模块能够统筹管理抽样人员和任务,不仅提高了抽样效率,而且提高了质量管理水平。

基于LIMS的环境检测现场采样质量管理方法探讨

在环境检测过程中,由于采样过程管理困难,第三方检测机构存在采样数据造假情况,加强采样全过程中人员、样品、采样方式的质量管理尤为重要。设计开发了基于实验室信息管理系统的环境检测现场采样质量管理系统,通过智能采样箱、智能手持终端、360°视频监控和实验室信息管理系统相结合的方法,将采样过程中的人员操作、样品轨迹和保存方式、采样点位和时间节点等过程数据数字化,实现自动判断采样过程是否规范、是否存在造假行为。此系统广泛推广后能够成为环境监管部门发现采样数据造假的重要手段,促进环境检测行业采样规范管理,提高检测行业的数据质量。

LIMS在食品检验实验室质量控制中的作用研究

随着社会经济发展,食品安全成为公众焦点,对食品检验质量提出更高要求。面对繁多的样品和复杂的检验参数,确保检验结果的准确性和可靠性至关重要。食品检验实验室需加强质量控制,确保检验过程、方法及数据的真实可靠。LIMS系统作为实验室管理的关键工具,具体包括各种例行任务如样品的追踪与管理,数据管理,质量控制和实验室资源管理等,在质量控制中作用显著,是提升实验室管理水平的重要保障。结合食品检验质量控制要求,本文深入探讨了LIMS在其中的作用及应用措施。

LIMS系统在生态环境监测报告质量管理中的应用研究

生态环境监测报告是监测工作的最终产品和质量的最终体现,LIMS系统应用在生态环境监测工作中是数字化、信息化、无纸化、智能化新时代发展的必然产物,推动了环境监测行业的快速发展。本文通过对生态环境监测报告在LIMS系统应用后质量提升优点进行了研究探讨,提高了生态环境监测报告的质量,提升了检验检测实验室的质量管理水平。

云南省产品质检机构LIMS在线送检模块的设计与实现

随着信息技术的高速发展和“互联网+”的深入推进,为提高委托客户和抽样人员在线送检的效率,该文以云南省产品质量监督检验研究院为例,在现有LIMS(实验室信息管理系统)的基础上设计了线上送检模块。模块采用B/S架构和SpringMVC技术,功能分为送样端、服务端、审核端3个子模块,采用JAVA语言完成功能性编码,测试稳定后部署于机房公网环境并与LIMS完成对接,实现了线上送检功能。该模块的实施节约了大量的人力与时间成本,切实提高了送检效率。

活化激酶C受体1、四个半LIM结构域蛋白1在食管鳞状细胞癌中的表达及与患者预后的关系

目的探讨活化激酶C受体1(RACK1)、四个半LIM结构域蛋白1(FHL1)在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及与患者预后的关系。方法选取122例局部晚期ESCC患者,取其ESCC组织及癌旁组织,免疫组化法检测RACK1、FHL1的表达情况,并比较不同临床疗效ESCC患者ESCC组织中RACK1、FHL1表达情况。局部晚期ESCC患者预后的影响因素采用多元Logistic回归分析。结果ESCC组织中RACK1、FHL1蛋白阳性表达率均明显低于癌旁组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。依据实体瘤疗效评价标准,有效87例,无效35例,有效ESCC患者ESCC组织中RACK1、FHL1阳性表达率均高于无效患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。多因素Logistic分析结果显示,淋巴结转移、分化程度为低分化、肿瘤直径≥5 cm、RACK1阴性表达、FHL1阴性表达均是局部晚期ESCC患者预后死亡的独立危险因素(P﹤0.01)。结论RACK1、FHL1在局部晚期ESCC组织中阳性表达率较低,可作为评估紫杉醇联合顺铂化疗疗效、患者预后的可靠指标。

FBLIM1在胃癌组织中表达的临床意义及其对上皮间质转化的作用

目的研究丝蛋白结合LIM蛋白1(FBLIM1)在胃癌中表达的临床意义及其对上皮间质转化(EMT)的影响。方法纳入2012年1月至2015年12月在蚌埠医学院第一附属医院接受胃癌根治术的103例患者,采用免疫组织化学法、免疫印迹法、qRT-PCR检测FBLIM1在胃癌组织及配对癌旁组织中的表达;分析FBLIM1表达与胃癌患者临床及病理参数间的关系;采用Cox回归模型和K-M生存分析评估FBLIM1表达与患者预后的相关性;体外采用基因干预方法研究FBLIM1对胃癌细胞EMT的影响。结果相比于癌旁组织,FBLIM1在胃癌组织中的表达明显升高(P<0.05),且FBLIM1的表达水平与CEA、CA19-9、T分期及N分期相关;Cox回归模型分析显示FBLIM1高表达(P=0.027)、CEA浓度升高(P=0.019)、CA19-9浓度升高(P=0.024)以及高T分期(P=0.038)和N分期(P=0.010)为胃癌患者预后不良的独立危险因素;ROC曲线分析显示FBLIM1相对表达量3.86为截断值,预判术后5年死亡的敏感度为70.91%,特异度为81.25%(P<0.01);通过在胃癌细胞中上调和下调FBLIM1基因表达证明,FBLIM1可促进胃癌细胞的增殖、迁移及侵袭能力,并通过表皮生长因子受体(EGFR)促进胃癌细胞EMT进程。结论FBLIM1在胃癌中表达升高不仅和肿瘤进展相关还具有提示预后不良的价值,其可通过上调EGFR促进胃癌细胞EMT过程,从而参与胃癌恶性行为的调控。

LIM域结合蛋白研究进展

近来，几组研究人员分别独立地分离出一种新的蛋白质，先后将其命名为ＬＤＢ、ＮＬＩ和ＣＬＩＭ，统称为ＬＩＭ域结合蛋白。它在爪蟾和小鼠的胚胎以及成体小鼠和人中有着广泛的表达，并能与多种ＬＩＭ同源域蛋白发生相互作用，进而在神经系统发育及红细胞和淋巴细胞的成熟过程中发挥作用。ＬＩＭ域结合蛋白在果蝇中的同源体ＣＨＩＰ／ｄＬＤＢ的发现，为进一步研究 ＬＩＭ同源域蛋白提供了有价值的线索。

棉花GhWLIM5在棉纤维发育中的功能分析

LIM结构域蛋白是重要的发育调控因子,常作为肌动蛋白结合蛋白(F-Actin)参与调控细胞骨架建成。为了进一步研究GhWLIM5在棉纤维中的生物学功能,通过研究棉花的遗传转化并获得相应的转基因植株,同时对多株转基因植株进行表型分析,并通过分子试验对棉花LIM蛋白GhWLIM5在棉花纤维发育中的功能进行相关研究。结果表明,与野生型相比,抑制GhWLIM5表达的GhWLIM5 RNAi转基因棉花纤维中肌动蛋白细胞骨架较为稀疏,细胞生长速度降低,成熟纤维较短,纤维强度较弱。通过低速共沉淀检测发现,GhWLIM5促进F-Actin成束的能力与pH环境密切相关,随着pH值的升高,GhWLIM5促进F-Actin成束的能力逐渐下降。高速共沉淀结果显示,加入同等浓度F-Actin的情况下,经高速离心,GhXLIM6存在于沉淀中的比例明显高于GhWLIM5,说明GhWLIM5结合F-Actin的能力弱于GhXLIM6。纤维品质分析表明,抑制GhWLIM5的表达还会影响棉纤维次生壁的发育;但实时荧光定量结果显示,与野生型相比,转基因棉花纤维中这些纤维素合酶基因GhCESA4/7/8的表达并未发生明显变化,说明GhWLIM5可能不直接影响棉纤维次生壁发育。研究结果揭示,GhWLIM5通过结合并维持动态的F-Actin细胞骨架在棉纤维伸长生长中起重要作用。

基于LIM分析的植物景观季相风貌研究——以郑州之林公园为例

对植物季相进行研究能够科学的对植物进行配置,此外基于季相景观的空间分布和观赏特性优化公园的游览路径,能够提高植物景观的观赏性。文章以郑州之林公园为对象,实地调查结合GIS软件构建出一套包含植物色彩和个体空间定位信息的风景园林信息模型(LIM),在此基础上运用公式计算出各植物类型的表征性植物、空间分布形态、PD值、优势植物等因素。最后得出郑州之林公园的游览路径与部分植物景观之间的契合度不足,并作出具体的列举和优化提升方案。此外基于调查结果也可为公园的植物美景度评价研究和分析特定园林植物景观特征提供参考。

基于LIMS系统的石化企业化验室信息管理系统

石化企业化验室信息管理系统是对企业化验室信息的管理,对化验室的人员信息、仪器设备信息、检验结果信息等相关数据进行综合管理,实现了从实验室设计到数据采集到报告打印的全过程监控和自动化。