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膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测
被引量:
5
1
作者
舒静
黄梦鸽
+2 位作者
田强
姜源
陈俊霞
《山东医药》
CAS
北大核心
2017年第20期5-8,I0002,共5页
目的筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测。方法采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时...
目的筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测。方法采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对5个异常调节的lncRNA(RP11-359E19.2、AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3、AK021804)和4个共表达的mRNA(HRAS、VEGFA、ITGB1、DNMT3B)进行验证。同时,对lncRNA共表达的mRNA进行GO及KEGG pathway富集分析。结果差异表达的lncRNA共4 155条,其中2 045条高表达、2 110条低表达;与lncRNA共表达的mRNA共4 416条,其中2 472条高表达、1 944条低表达。|FC|≥10的lncRNA 345条,包括127条高表达和218条低表达。RP11-436F21.1和H19是上调最明显的lncRNA。|FC|≥10的共表达mRNA有75条,其中57条上调、18条下调。与癌旁组织相比,膀胱癌组织5种lncRNA中RP11-359E19.2表达上调,AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3及AK021804表达下调(P均<0.05);4种共表达的mRNA中HRAS、VEGFA、ITGB1和DNMT3B表达均上调(P均<0.05);qRT-PCR结果与芯片结果一致。GO分析显示,上调的共表达mRNA主要参与细胞代谢和有丝分裂的生物学过程,下调的共表达mRNAs主要参与免疫系统的刺激反应和免疫应答;KEGG pathway富集分析显示,10个通路与上调或下调的共表达mRNA有关,其中在上调的共表达mRNA中,p53信号通路和膀胱癌的富集度最高,在下调的共表达mRNA中细胞因子-因子受体相互作用富集度最高。结论成功筛选出膀胱癌特异表达的lncRNA及其共表达mRNA,这些特异表达的lncRNA及共表达mRNA在膀胱癌的发生、发展和转移中发挥重要的生物学作用,有望成为膀胱癌新的标志物。
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关键词
膀胱癌
长链非编码RNA
lncRNA芯片
信息学分析
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题名
膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测
被引量:
5
1
作者
舒静
黄梦鸽
田强
姜源
陈俊霞
机构
西南医科大学附属医院
重庆医科大学
出处
《山东医药》
CAS
北大核心
2017年第20期5-8,I0002,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(81672536)
文摘
目的筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测。方法采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对5个异常调节的lncRNA(RP11-359E19.2、AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3、AK021804)和4个共表达的mRNA(HRAS、VEGFA、ITGB1、DNMT3B)进行验证。同时,对lncRNA共表达的mRNA进行GO及KEGG pathway富集分析。结果差异表达的lncRNA共4 155条,其中2 045条高表达、2 110条低表达;与lncRNA共表达的mRNA共4 416条,其中2 472条高表达、1 944条低表达。|FC|≥10的lncRNA 345条,包括127条高表达和218条低表达。RP11-436F21.1和H19是上调最明显的lncRNA。|FC|≥10的共表达mRNA有75条,其中57条上调、18条下调。与癌旁组织相比,膀胱癌组织5种lncRNA中RP11-359E19.2表达上调,AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3及AK021804表达下调(P均<0.05);4种共表达的mRNA中HRAS、VEGFA、ITGB1和DNMT3B表达均上调(P均<0.05);qRT-PCR结果与芯片结果一致。GO分析显示,上调的共表达mRNA主要参与细胞代谢和有丝分裂的生物学过程,下调的共表达mRNAs主要参与免疫系统的刺激反应和免疫应答;KEGG pathway富集分析显示,10个通路与上调或下调的共表达mRNA有关,其中在上调的共表达mRNA中,p53信号通路和膀胱癌的富集度最高,在下调的共表达mRNA中细胞因子-因子受体相互作用富集度最高。结论成功筛选出膀胱癌特异表达的lncRNA及其共表达mRNA,这些特异表达的lncRNA及共表达mRNA在膀胱癌的发生、发展和转移中发挥重要的生物学作用,有望成为膀胱癌新的标志物。
关键词
膀胱癌
长链非编码RNA
lncRNA芯片
信息学分析
Keywords
bladder carcinoma
long non-coding RNA
lnerna chip
informatics analysis
分类号
R737.14 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测
舒静
黄梦鸽
田强
姜源
陈俊霞
《山东医药》
CAS
北大核心
2017
5
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