3个品种猪MEF2D基因启动子多态及其生物信息学分析

研究以从江香猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用混合DNA池结合直接测序技术筛选猪MEF2D基因5'UTR及第1外显子区SNPs位点;同时利用生物信息学软件分析SNPs位点对核心启动子区、Cp G岛和转录因子结合位点的影响。结果表明:在猪MEF2D基因5'UTR区共筛查到4个SNPs位点,分别为A-511G、T-453A、T-242G和T-180A;生物信息学软件预测发现T-453A和T-242G位点附近有重要转录因子结合位点消失和新位点生成,据此推测猪MEF2D基因5'UTR区的T-453A和T-242G位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。

黔北麻羊MEF2D基因多态性及生物信息学分析

本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2 D基因序列(登录号:NC_030810),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性,构建系统进化树,并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示,共筛选出3个SNPs:Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示,黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近,与野猪和人的亲缘关系较近,与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74,亲水值最小为-2.867,疏水值最大为1.933,为非跨膜蛋白,无信号肽。二级结构显示,Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加,β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2 D基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。

伴MEF2D-BCL9融合基因的急性B淋巴细胞白血病1例

目的探讨伴MEF2D-BCL9融合基因在急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)预后评估的作用,以提高危险度分层的准确性,并为白血病的个体化诊疗提供临床经验。方法回顾性分析广东医科大学附属医院既往收治的1例伴MEF2D-BCL9融合基因的B-ALL患儿的临床特征和诊治经过,并进行相关文献复习。结果7岁男童,2020年12月收入广东医科大学附属医院治疗。通过转录组测序技术(RNA-seq)检测出MEF2D-BCL9融合基因,骨髓流式提示幼稚/原始B淋巴细胞占有核细胞总数的79.3%,符合前B淋巴细胞白血病(pre-B-lymphoblastic leukemia,Pre-B-ALL)。经华南地区儿童急性淋巴细胞白血病治疗协作组2016方案化疗,但在缓解后2个月内复发,家属由于经济原因未同意进行造血干细胞移植,最终因严重感染死亡。结论伴MEF2D-BCL9融合阳性的B-ALL患儿通常表现出对化疗耐药、复发时间较短以及复发后的无病生存率较低等不良预后特征,此外常伴有高白细胞计数、发病年龄大和HDAC9过表达等高危特征,可能受益于靶向治疗和造血干细胞移植。

基于转录组数据探究MEF2D在癫痫中的作用机制

目的 探究肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)在癫痫(epilepsy, EP)致病中的作用机制。方法选取小鼠海马神经元细胞(HT22)作为研究对象,对MEF2D选取3个基因位点(686、912、1283)进行慢病毒敲低转染,实验分为sh686组、sh912组、sh1283组以及空白载体对照(shNC)组,通过qRT-PCR和Western blot筛选出敲低成功的细胞,并对筛选出的细胞进行凋亡检测和RNA测序(RNA-seq),通过转录组数据筛选差异表达基因(DEG),检测发生的可调控选择性剪接事件(RASE)并得到可调控选择性剪接基因(RASG)。对DEG和RASG进行基因本论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 qRT-PCR和Western blot结果显示,sh912组MEF2D敲低成功。流式细胞术检测发现,sh912组早期凋亡率明显高于shNC组(P<0.05)。对转录组数据分析共得到638个DEG;GO富集分析显示,DEG的生物学过程主要富集在糖酵解、糖代谢、氧化还原反应的调节等方面,KEGG通路主要富集在Nod样受体信号传导通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号传导途径、缺氧诱导因子(HIF)-1信号传导途径、IL-17信号传导途径等通路。在之后的AS分析中,共检出1 265个差异性且受调控的选择性剪接事件(RASE),其中最主要的RASE为内含子保留(IR),其次为可变的5′剪切位点(A5SS)、可变的3′剪切位点(A3SS);GO富集分析显示,RASG的生物学过程主要富集在DNA修复、RNA剪切、蛋白质转运,KEGG功能通路富集在Rap1信号传导、PI3K/Akt信号传导、磷脂酰肌醇信号传导等通路;DEG和RASG的重叠基因共28个。结论 敲低MEF2D可以促进海马神经元细胞的凋亡;内含子保留是敲低MEF2D后发生的主要选择性剪切事件;MEF2D可能通过影响细胞的糖酵解、氧化还原反应等功能参与细胞凋亡反应。

肌细胞增强因子2D通过负向调控有丝分裂诱导基因6的表达促进肝癌细胞PLC/PRF5和SMMC7721的增殖和迁移

目的观察肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)对肝癌细胞PLC/PRF5和SMMC7721增殖和迁移的影响,并探究其是否通过负调控有丝分裂诱导基因6(mitogen-induced gene 6,MIG6)的表达发挥作用。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应技术分别检测肝癌细胞中MEF2D和MIG6转录水平的表达,以MEF2D mRNA表达量作为横坐标,以MIG6 mRNA表达量作为纵坐标,制作线性相关图;用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)在PLC/PRF5细胞中下调MEF2D和MIG6后,通过细胞增殖与毒性测定试剂盒(7Sea-Cell Counting Kit,7Sea-CCK)和细胞划痕法检测肝癌细胞增殖和迁移能力;用siRNA在PCL/PRF5细胞中下调MEF2D、用MEF2D过表达质粒在SMMC7721细胞系中上调MEF2D后,通过蛋白印迹检测法分别检测MEF2D和MIG6的蛋白质表达水平。根据实验,共分为阴性对照(negative control,NC)组、siMIG6组、siMEF2D组、si2M(同时下调MIG6和MEF2D)组、空白对照组、空载对照组、MEF2D组7组。结果肝癌细胞hcclm3、SMMC7721、PLC/PRF5、HepG2、7703、Huh7、Bel-7402中MEF2D mRNA、MIG6 mRNA表达水平呈现负相关关系(r=-0.78)。细胞增殖实验,24 h和48 h时,下调MIG6或MEF2D后,与NC组比较,siMIG6组或siMEF2D组中PLC/PRF5细胞增殖能力无显著变化;同时下调MIG6和MEF2D后,与siMEF2D组比较,si2M组中PLC/PRF5细胞增殖能力无显著变化72 h时,各组间方差分析差异有统计学意义(F=20.68、P<0.01);下调MIG6后,与NC组比较,siMIG6组中PLC/PRF5细胞增殖能力显著增强[光密度(optical density,OD)值为3.73±0.18,t=3.84、P=0.02];下调MEF2D后,与NC组比较,siMEF2D组中PLC/PRF5细胞增殖能力显著下降(OD=1.79±0.22,t=3.95、P=0.02);同时下调MIG6和MEF2D后,与siMEF2D组比较,si2M组中PLC/PRF5细胞增殖能力增强(OD=2.99±0.03,t=4.83、P<0.01)细胞划痕实验,各组间方差分析差异有统计学意义(F=42.27、P<0.01);48 h时,下调MIG6后,与NC组比较,siMIG6组中PLC/PRF5细胞迁移能力显著增强[细胞迁移率为(51±4)%,t=3.22、P<0.05)];下调MEF2D后,与NC组比较,siMEF2D组中PLC/PRF5细胞迁移能力显著下降[细胞迁移率为(19±3)%,t=7.70、P<0.01];同时下调MIG6和MEF2D后,与siMEF2D组比较,si2M组中PLC/PRF5细胞迁移能力增强[细胞迁移率为(46±3)%,t=6.99、P<0.01]。蛋白质印迹检测,下调MEF2D后,与NC组比较,siMEF2D组中PLC/PRF5细胞M1G6蛋白表达水平显著上升(t=7.86、P<0.001);上调MEF2D后,与空载对照组比较,MEF2D组中SMMC7721细胞MIG6蛋白表达水平显著下降(t=4.61、P=0.004)。结论肝癌细胞PLC/PRF5和SMMC7721中MEF2D和MIG6表达量呈负相关关系,MEF2D很可能通过负向调控MIG6的表达从而促进肝癌细胞PLC/PRF5和SMMC7721增殖和迁移。

MEF2D-BCL9融合基因阳性急性B淋巴细胞白血病分子遗传学特征及临床特征分析

目的探讨MEF2D-BCL9融合基因阳性急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者的分子遗传学特征和临床特征,为该类白血病的诊疗提供参考。方法回顾性分析河北燕达陆道培医院收治的1例MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL患者的病历和实验室检查资料,总结MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL的临床及生物学特征。结果患者为18岁女性,2018年12月就诊于当地医院,诊断为B-ALL,化疗后达完全缓解。初发病6个月后复发,初发病9个月转入河北燕达陆道培医院治疗。通过转录组测序(RNA-seq)检出MEF2D-BCL9融合基因,并经聚合酶链反应和Sanger测序验证。骨髓细胞形态类似成熟B细胞且伴有空泡,无特征性染色体核型异常。患者经VLD方案化疗、嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)治疗并桥接异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后疾病缓解。至2022年2月末次随访,患者已持续完全缓解2年。结论MEF2D-BCL9融合基因阳性B-ALL具有高危、易早期复发及预后不良等临床特征。该类患者或可受益于CAR-T和allo-HSCT治疗。对于有特征性骨髓形态表现的儿童、青少年B-ALL,尤其应将MEF2D-BCL9融合基因纳入检测中或通过RNA-seq进行鉴定。