MGE-PCR分析不同临床表现的阴道毛滴虫分离株

目的分析引起不同临床表现的阴道毛滴虫分离株的遗传特性。方法用移动遗传因子(mobile geneticelements,MGEs)-PCR技术对30个不同临床表现的阴道毛滴虫分离株(轻度3株、中度22株、重度5株)基因组进行扩增,用邻位相连法(neighbor joining,NJ)对扩增产物进行聚类分析。结果阴道毛滴虫分离株间的遗传差异明显,遗传距离在0～1间均有分布,平均遗传距离为0.69,根据遗传距离构建的树状聚类图有3大聚类,临床表现轻度组(Tv4、Tv14和Tv26)分布于聚类2;重度组(Tv10、Tv15、Tv13、Tv21和Tv25)分布于聚类1;除了Tv2、Tv5、Tv17和Tv28外,其余18株均属于进化树顶部的大分支(聚类3)。。其中Tv12和Tv29、Tv18和Tv20、Tv14和Tv26、Tv10和Tv25、Tv15和Tv21的遗传关系最为密切,遗传距离为0。结论 30个阴道毛滴虫分离株基本上是按照引起临床表现轻重差异而聚类的,提示阴道毛滴虫引起的临床表现与其基因差异性有关。

利用MGE-PCR技术研究锥虫亚属种间与亚种间的分子特性

目的分析锥虫亚属布氏锥虫、伊氏锥虫和马媾疫锥虫3个种以及布氏锥虫:指名亚种、冈比亚亚种、罗得西亚3个亚种间的遗传变异与进化关系。方法利用移动遗传因子(MGE)-PCR技术对26个锥虫虫株基因组进行扩增,同时利用邻位相连(NJ)法对扩增产物进行聚类分析。结果锥虫亚属的种间及亚种间的遗传差异明显,遗传距离在0到100%间均有分布(平均遗传距离为41.2%);布氏锥虫种内遗传变异度最大,遗传相似系数只有41.15%,伊氏锥虫和布氏锥虫的同源性最高,相似系数为62.94%;布氏锥虫指名亚种和罗得西亚亚种明显高于冈比亚亚种的遗传变异程度。结论锥虫亚属的种及亚种间的遗传变异程度较高;中国与南美洲的伊氏锥虫及中国与南美的马媾疫锥虫均应为同一起源。

基于高通量测序和Q-PCR芯片技术分析养殖环境中苍蝇携带细菌菌群结构和耐药基因特点

利用高通量测序和定量聚合酶链反应芯片技术,分析和比较鸡舍和奶牛舍粪便和苍蝇细菌菌群结构、潜在致病菌以及耐药基因(Antibiotic resistance gene,ARG)和移动遗传元件(Mobile genetic element,MGE)。动物粪便和苍蝇样品中鉴定出13个共有细菌门,且优势菌门一致,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)。另外,从苍蝇和粪便样品中分别检测到32和21个潜在致病菌属,其中9个为两者共有;从苍蝇和粪便中分别扩增出242和273个ARG/MGE,其中215个为两者共有。溯源分析显示,苍蝇携带菌群结构、ARG和MGE均与其所处环境动物粪便相似性较高。养殖环境是苍蝇携带细菌菌群和耐药基因重要来源,苍蝇可作为分析养殖环境中耐药基因特点重要参考。

4种网络交易的粪肥中抗生素抗性基因多样性分析和传播风险评估

为探究网络交易的粪肥是否成为抗性基因的传播载体,采用高通量荧光定量PCR技术对网上购买的4种粪肥(牛粪肥、鸡粪肥、羊粪肥和鸡羊混合肥)中抗生素抗性基因的多样性和丰度进行了比较分析,并对其潜在的传播风险进行了评估。结果表明:4种网络交易的粪肥中共检测出165种抗生素抗性基因和10种可移动遗传元件,检测到抗性基因的个数表现为:羊粪肥(130种)>鸡粪肥(98种)>鸡羊混合肥=牛粪肥(89种);4种网络交易的粪肥中抗生素抗性基因的绝对丰度为7.18×10^(7)~3.99×10^(11)copies/g(干重),相对拷贝数为0.013~0.727copies/bacterialcell,抗生素抗性基因的丰度均表现为羊粪肥>鸡羊混合肥>鸡粪肥>牛粪肥;4种网络交易的粪肥主导的抗生素抗性基因主要是氨基糖苷类、多重耐药类和磺胺类抗性基因,而不同粪肥中抗生素抗性基因多样性的差异显著,且都具有其独有的抗性基因;4种网络交易的粪肥中都检测到intI-1LC和tnpA-04等4种可移动遗传元件,且总抗性基因的相对拷贝数与总可移动遗传元件的相对拷贝数呈极显著相关(p<0.01),表明抗生素抗性基因的水平转移可能加剧其迁移和传播的风险。综上,网络交易的粪肥可能是抗生素抗性基因迁移和传播的潜在载体,该研究对健全我国网络交易中粪肥的微生物安全标准具有重要的参考价值。

阴道毛滴虫病毒对虫体基因多态性的影响

目的分析阴道毛滴虫病毒对阴道毛滴虫临床分离株基因多态性的影响。方法用MGE-PCR扩增阴道毛滴虫病毒阳性株和病毒阴性株Tvmar1基因位置,应用软件MEGA 5.0构建系统进化树。结果阴道毛滴虫临床分离株之间的遗传差异明显,6株阴道毛滴虫病毒阳性株之间的遗传距离较近,分布在同一分支上。结论阴道毛滴虫病毒会对阴道毛滴虫的基因多态性产生影响。

北京蔬菜地土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征

为揭示北京地区蔬菜土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征应用高通量荧光定量PCR方法(HT-qPCR),选取北京3个区5个蔬菜基地进行调查研究.在蔬菜基地土壤中共检测到92~121种抗生素抗性基因,4~6种可移动元件,抗生素抗性基因及可移动元件按区分开.各蔬菜基地中共有且丰度较高的抗生素抗性基因型为:多重耐药类oprD、acrA-04和acrA-05,大环内酯类-林肯酰胺类-链阳性菌素B类抗生素抗性基因(MLSB)酰胺酶类fox5,万古霉素类vanC-03;共有可移动元件为intI1.蔬菜基地土壤中共检测到7种抗生素,含量较高的抗生素种类为恩诺沙星(ENR)、诺氟沙星(NOR)、土霉素(OTC)、磺胺甲噁唑(SMX).顺义区S1与S2蔬菜基地土壤中抗生素的种类与丰度均最高,依次是通州区T蔬菜基地、昌平区C2与C1蔬菜基地.相关性分析表明,蔬菜基地土壤中抗生素抗性基因丰度与抗生素丰度存在显著正相关(P <0.05).研究结果可为后续控制抗生素抗性基因的传播提供基础理论数据.