甘肃地区绵羊MHC-DRB1基因第2外显子多态性与乳房炎的相关性分析

为研究甘肃地区绵羊MHC-DRB1基因第2外显子基因多态性与绵羊乳房炎的相关性,采用PCR-SSCP方法检测了200只甘肃高山细毛羊和212只小尾寒羊(其中各有43只和48只乳房炎阳性)MHC-DRB1第2外显子基因多态性,分析了群体内各等位基因与绵羊乳房炎的关联性。结果表明,两个品种绵羊群体的MHC-DRB1第2外显子共检测到13个等位基因,具有高度多态性(PIC>0.5),且偏离了哈德温伯格平衡定律(P<0.01)。两个品种绵羊乳房炎阴性和阳性个体的13个单倍型序列的差异显著性检验和相对危险值(RR值)计算发现,甘肃细毛羊中等位基因D(0.01<P<0.05,RR=0.898)与乳房炎的抗性具有相关性,F(0.01<P<0.05,RR=3.360)与乳房炎易感性具有相关性;而等位基因K(0.01<P<0.05,RR=0.030)与小尾寒羊乳房炎的抗性有相关性,F(P<0.01,RR=5.176)与小尾寒羊乳房炎的易感性具有较强相关性。

牦牛和普通牛DRB1*Intron1-exon2序列变异分析

为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变,第2外显子区检测到17处SNPs,两区域均表现为高度多态;单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象,A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高;聚类分析表明,牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富,可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。

牛科物种FSHβ基因外显子1和外显子2遗传特征分析

促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSH)对刺激动物卵泡发育和促进精子生成具有重要作用,但有关牛科物种FSH基因的群体遗传特征还不十分清楚。本文针对FSHβ基因外显子1和外显子2,采用PCR-SS-CP结合PCR产物直接测序技术对353头水牛(来自11个水牛群体)、30头牦牛和30头大额牛样品进行了群体变异检测,并结合NCBI数据库中已发表的普通牛、山羊和绵羊等物种同源序列进行了群体遗传和生物信息学分析。在FSHβ基因外显子1中,水牛中发现1个核苷酸替换和1个缺失,即c.-49A>G和c.-31delG;其中,SNP-49在河流型和沼泽型水牛中均存在,等位基因c.-49A为优势等位基因,而c.-31delG只存在于沼泽型水牛中,且为杂合状态,基因频率为0.077。在牦牛外显子1中检测到c.-37G>A和c.-12T>C替换,且为连锁遗传的,而在大额牛外显子1中未检测到SNP位点。在FSHβ基因外显子2中,水牛中发现c.132G>A替换,该位点在河流型和沼泽型水牛均存在,但等位基因频率在两类水牛间不一致。在牦牛外显子2中检测到c.9C>T和c.21C>T替换,该替换也存在于普通牛中;大额牛外显子2为单态,未见SNP位点。生物信息学分析显示,在一些牛科物种FSHβ基因外显子2中发现的SNP位点均为同义替换,揭示了其序列的高度保守性。在牛科物种中,山羊和绵羊FSHβ基因第36位密码子编码氨基酸与其他物种不同,可作为区分它们的遗传标记。

中国美利奴羊MHC-DRB1 exon2单倍型构建及与布鲁氏菌病易感性关联分析

为研究中国美利奴羊MHC-DRB1基因exon2单倍型与布鲁氏菌易感性的关联性,本实验采用PCR直接测序法对40例布鲁氏菌血清检测阳性和阴性个体MHC-DRB1 exon2的单核苷酸多态性(SNPs)进行检测,而后运用SHEsis在线软件对筛选的SNPs构建单倍型并进行单倍型关联分析.结果显示,在270 bp的序列内共检测到41个SNPs,经Hardy-Weinberg平衡检测筛选出符合条件的SNPs有29个,连锁不平衡发现9个连锁不平衡域,而且每个block中的SNPs两两之间存在强连锁不平衡.单倍型分析显示,由于连锁不平衡存在,仅构建9种单倍型,其中只有Hap8和Hap9两种单倍型在病例-对照组中比较差异有统计学意义(P<0.05).