应用MS-RDA筛选胃癌甲基化差异片段

目的:应用甲基化敏感性代表性差异分析法(methylation-sensitive representational difference analysis,MS-RDA)筛选胃癌和正常胃组织间甲基化差异DNA片段．方法:通过MS-RDA筛选胃癌和正常胃组织间DNA甲基化差异片段,经克隆、测序后进行生物信息学分析．结果:获得3个甲基化差异片段,分别为 CRS1308,CRS1309,CRS1310k列,其中 CRS1309和CRS1310已被GenBank收录,登陆亏分别为AY887106和AY887107,CRS1309 序列与LOC440683基因第11外显子、 LOC440887基因的3’端,DRD5基因启动子和外显子区域均有很高的相似性(分别为98％,99％, 94％),CRS1310序列与1999年Minoru Toyota在人类结肠癌中分离出的核糖体RNA上的甲基化差异性CpG岛有很高的相似性(98％)．结论:胃癌和正常胃组织间DNA甲基化存在差异,MS-RDA可有效分析这两种不同组织间甲基化的差异,筛选出有意义的甲基化差异片段.

MS-RDA的改进及在白背飞虱的应用研究

甲基化敏感性代表性差异分析方法 (MS-RDA)适用于特异、低丰度基因组DNA甲基化的筛查与鉴定,已大量应用于哺乳动物的疾病发生和植物发育机理方面的研究,但昆虫中尚未发现该方法的应用。从DNA提取、酶切、扩增子制备、消减杂交等方面对该方法进行了改进,并在水稻重要害虫白背飞虱上得到成功应用,获得了4条与雌、雄性别相关联的特异性甲基化差异条带,其中有3条序列已被GenBank收录,登陆号分别为JX847621、JX624161、JX472453,经BLAST比对,有3条未发现同源性序列,属于功能未知的新基因;同时还获得了2条与长短翅型相关联的特异性甲基化差异条带,也已被GenBank收录,登陆号分别为JX514031、JX472454,同源性分析发现与多种动物的18S核糖体和28S核糖体RNA基因序列高度相似,因此有关核糖体基因的甲基化可能对白背飞虱的翅型分化起到一定的调控作用。

电喷雾-质谱研究A环不同取代基对黄酮类化合物裂解途径的影响

选择槲皮素、葛根素、黄芩苷、朝藿定C和野黄芩苷为研究对象,在负离子检测方式下,采用电喷雾-质谱法(ESI-MS)研究A环不同取代基对自身裂解途径的影响。结果发现,该类化合物主要发生了脱糖、脱CO、脱水和RDA反应,进一步分析发现,A环上不同的取代基对自身质谱裂解途经影响较大,其裂解途径有显著差异,且H2O分子的丢失可以成为判断A环取代基信息的一种方法。A环取代基不同黄酮类化合物的质谱裂解规律有助于复杂黄酮类化合物的快速检测和结构解析。

甲状腺癌甲基化差异片断的筛选

目的筛选甲状腺癌与甲状腺癌旁组织的甲基化差异片段。方法采用甲基敏感性代表性差异分析（MS-RDA）方法,用甲基化敏感性内切酶消化甲状腺癌及癌旁组织基因组DNA,连上接头制备扩增子后,进行两轮消减杂交,筛选甲状腺癌与癌旁组织的甲基化差异片段。结果经过两轮消减杂交后,筛选出3个低甲基化差异片段,2个高甲基化差异片断。筛选出的低甲基化差异片段C913位于BC029276基因上,该基因编码一种rRNA结合蛋白,可能与肿瘤有关。另外2个低甲基化差异片段C915与C917尚未见相关结构和功能的报道。两个高甲基化差异片断与已知基因同源性在20%-35%之间。5个片断均为新的甲基化差异片断。结论在甲状腺癌组织中存在异常甲基化,筛选出的甲基化差异片断有助于进一步了解异常甲基化在甲状腺癌发生发展中的作用。

高效液相色谱-离子肼质谱串联技术在线鉴定氨氯地平原料药中未知杂质的结构

目的:基于高效液相色谱-离子阱质谱串联技术(HPLC-MS/MS)对原料药氨氯地平中未知杂质进行在线结构鉴定。方法:以甲酸铵水溶液-甲醇为流动相,经Waters X-Bridge C18柱(150 mm×4.6 mm,5μm)分离,通过ESI离子阱质谱获得相关色谱与一级与二级质谱谱图。结果:首先通过对氨氯地平主化合物及已知杂质的质谱裂解行为进行研究,提出了以二氢吡啶环为中心的retro-Diels-Alder(RDA)裂解机理。在此基础上,将未知杂质的质谱裂解谱图与已知化合物的相应谱图比较,基于质谱裂解的异同判断结构的异同,从而鉴定各未知杂质的结构。3个未知杂质分别为二甲酯式氨氯地平、甲酯异丙酯式氨氯地平、异丙酯乙酯式氨氯地平。结论:本研究提出了一条基于HPLC-MS/MS在线鉴定药物中未知杂质的研究思路与策略,对其他药物中杂质的研究同样具有借鉴作用。