猪MYOG基因遗传多态性与胴体及肉质性状的相关性

通过测定约180日龄的8个群体(梅山、大白、长白、大白×梅山F_(1)代、梅山×大白F_(1)代、长白×大白F_(1)代、大白×长白F_(1)代以及大白×梅山F2代)459头猪胴体性状、肉质性状以及肌细胞生成素基因(MYOG)多态性,分析MYOG在猪群体中的遗传效应。结果表明:MYOG在猪群体中呈现3种基因型,即AA、AB、BB;群体瘦肉率的提高与BB基因型显著相关,相较于AA与AB基因型,其提高幅度分别为3.57%和3.28%;在大白×梅山F2代群体中,MYOG的基因型与背最长肌pH值、股二头肌pH值呈显著相关;在大白×梅山F_(1)代群体中,MYOG基因型与股二头肌大理石纹MM2呈显著相关。

白羽王鸽MyoG基因多态性及其与体尺和肉质性状的关联分析

【目的】研究白羽王鸽肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性及其与体尺和肉质性状的关系,为该品种的分子标记选育工作提供参考依据。【方法】以108只12周龄的白羽王鸽为研究对象,利用PCR直接测序法筛查白羽王鸽MyoG基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,通过RNAfold预测MyoG基因突变前后的mRNA二级结构,并利用SPSS 26.0软件分析MyoG基因SNP位点与白羽王鸽体尺和肉质性状的相关性。【结果】在白羽王鸽MyoG基因外显子3上检测到4个SNPs位点:g.590075 C>T、g.590084 G>A、g.590102 G>A和g.590114 C>T,均为同义突变,且均产生3种基因型,其中,g.590075 C>T位点呈低度多态,其余3个SNPs位点均呈中度多态。卡方检验结果显示,g.590084 G>A和g.590114 C>T位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),且两个位点之间存在强连锁不平衡。g.590084 G>A和g.590102 G>A位点突变导致MyoG基因mRNA序列二级结构和自由能发生改变。4个SNPs联合产生4种单倍型和9种双倍型。关联分析结果表明,g.590075 C>T位点与白羽王鸽龙骨长呈极显著关联(P<0.01);g.590102 G>A位点对体斜长有极显著效应(P<0.01);双倍型H3H3(CCAAAACC)个体的体斜长优于其余双倍型,H4H4(TTGGGGCC)个体在龙骨长和胸宽方面优于其他双倍型。g.590084 G>A和g.590114 C>T位点与白羽王鸽胸肌的剪切力呈极显著或显著关联(P<0.01;P<0.05);双倍型H3H3(CCAAAACC)个体在胸肌的pH和肉色方面优于其余双倍型,而在剪切力和失水率方面,双倍型H2H4(CTGAGGCT)和H4H4(TTGGGGCC)表现较优。【结论】MyoG基因对白羽王鸽部分体尺和肉质性状有显著影响,可作为白羽王鸽新品系培育的候选基因。

贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计2对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列,通过DNAStar和Mega 5.0软件分别进行不同物种MyoG基因启动子区序列相似性比对及系统进化树构建,利用生物信息学软件预测分析该序列核心启动子区、转录因子结合位点、顺式作用元件、CpG岛等结构特征。【结果】贵州白山羊MyoG基因启动子区序列长2334 bp,包括2092 bp的5′-侧翼序列和242 bp的外显子1,GC含量略低于AT含量。通过不同物种比对分析,贵州白山羊MyoG基因启动子区序列与绵羊、牛、猪、人、小鼠和鸡同源序列相似性分别为98.34%、96.15%、77.76%、74.15%、57.63%和43.04%。系统进化树结果表明,贵州白山羊与绵羊和牛的亲缘关系较近,与鸡的亲缘关系最远。生物信息学结构预测发现,贵州白山羊MyoG基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游50 bp,5′-侧翼区存在1个潜在的启动子区域和1个CpG岛,含有1个TATA-box(TTTAAATG)、1个GC-box(CCGCCC)、2个CAAT-box(CCAAT)、17个E-box(CANNTG)和1个富含A/T碱基的元件结构(TATATTTAT)。AliBaba 2.1、PROMO、Patch 1.0、JASPAR 2022和AnimalTFDB 3.0在线软件综合预测发现,贵州白山羊MyoG基因启动子区存在Sp1、NF-1、MEF2、MyoD、USF、GATA-1、GATA-3、SRF、C/EBP和c-Myb等多种转录因子潜在结合位点。【结论】本研究成功克隆获得贵州白山羊MyoG基因启动子区序列,为深入解析该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供理论依据。

MyoG基因多态性与优质肉鸡屠宰性状和肉质性状的相关性分析

采用PCR-SSCP分析方法,对8个品系240只个体的大恒优质肉鸡进行了MyoG基因5′调控区的研究。结果表明,MyoG基因5′调控区存在A、B2个多态位点,结合测定的生产资料,分析了该基因5′调控区两个变异位点产生的基因型之间在屠宰性状和肉质性状的差异并进行了最小二乘分析和显著性检验。表明MyoG基因对鸡的肌纤维生长发育有显著的正相关。

MyoG和c-fos基因多态性及其合并基因型与猪肌纤维性状的关联分析

旨在对MyoG和c-fos基因多态性及其合并基因型与猪肌纤维性状的关联性进行分析。本研究以大白猪(180头)和北京黑猪(170头)2个品种共350头猪作为试验动物,利用冰冻切片、H-E及SDH染色等技术对其进行了肌纤维性状的测定,采用PCR-SSCP技术对肌纤维性状候选基因MyoG与c-fos的外显子进行了SNPs检测,并对不同标记基因型与部分肉质性状和肌纤维性状进行关联分析。结果表明:(1)在MyoG基因外显子1上发现1个多态位点(A2512G),检测到3种基因型(AA、AB、BB);在c-fos基因外显子4上发现2个多态位点(G2650A与A2910G),并分别检测到3种基因型(AA、AB、BB);(2)对A2512G和G2650A2个位点进行分析表明,在2个猪种中,提高A2512G座位上等位基因A的频率可减小肌纤维面积与直径,增加肌纤维密度;提高G2650A位点等位基因B的频率可增加肌纤维密度与红肌纤维比例;而A2910G位点的等位基因A和B则分别具有增加肌纤维面积与肌纤维密度的效应;(3)在北京黑猪,有利合并基因型和不利合并基因型个体的各性状(背膘厚除外)间差异均达到了显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01);在大白猪,有利合并基因型和不利合并基因型个体间肌纤维直径、密度、面积、红肌纤维比例、白肌纤维比例和眼肌面积间均达到了显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。以上结果提示,MyoG和c-fos基因单核苷酸多态性及合并基因型对猪肌纤维性状有一定的影响,可以作为影响猪肌纤维性状的候选基因。

猪MyoG基因的PCR-RFLP分型及其与生长性能和肌纤维数目的相关性分析

对33头申农号猪MyoG基因进行PCR-RFLP分型,结果发现3种基因型(MM,MN和NN)。M基因频率为51.5%,N基因频率为48.5%。对不同基因型猪初生重和断奶重分析发现,NN型猪初生重显著高于其他基因型猪(P<0.05),但断奶重差异不显著。根据不同基因型共屠宰12头申农号猪,取半腱肌、半膜肌和股二头肌做冰冻切片,HE染色,并计算肌纤维数目,结果表明,不同基因型猪间半腱肌和半膜肌肌纤维密度差异显著(P<0.05),其中NN型肌纤维密度高于其他基因型。

牛MyoG基因启动子的克隆及功能的初步分析

本研究旨在比较日本和牛MyoG基因的不同长度片段启动子的活性强弱并初步探讨其中的机制。根据GenBank已公布的牛MyoG基因的启动子序列,设计特异性PCR引物扩增日本和牛MyoG基因的一系列启动子缺失序列,构建重组克隆载体pMD18-T-MyoGpro,对阳性克隆进行限制性酶切鉴定、测序及生物信息学分析,进而构建一系列启动子缺失片段的pGL3-MyoGpro双荧光素酶表达载体,转染牛肌源干细胞(MDSCs)和牛胎儿成纤维细胞,并进行双报告基因活性检测。结果表明,日本和牛MyoG基因的166～2 125bp启动子都能不同程度的启动双荧光素酶报告基因在牛肌源干细胞中的表达,且具有肌肉特异性。通过生物信息学分析得知日本和牛MyoG启动子序列中有1个TATA盒,15个E-box,并可能含有MyoD、MEF2、MEF3、MTBF、TEF1、PRDF、Sp1、多个SRF、ERE、GRE及多个Oct-1等转录因子调控结合位点,本试验通过比较不同长度启动子片段的活性并结合对上述转录因子的分析,认为这些转录因子可能对启动子活性起着重要的调控作用。对牛MyoG基因启动子的克隆与功能和序列分析为进一步研究MyoG基因的表达调控奠定了基础。

山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测

为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%～96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。

波尔山羊MyoG基因的鉴定和序列分析

为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制,用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2363bp长的DNA序列,并对该序列进行了分析。结果表明,波尔山羊MyoG基因包括3个外显子、2个内含子及部分5′UTR(74bp)和3′UTR(260bp)区,编码序列长675bp,共编码224个氨基酸。结构分析表明,该序列所编码的肽链没有信号肽,第1～138个氨基酸为波尔山羊MyoG基因的bHLH结构域。通过比对分析波尔山羊与已知的GenBank中的人类及其它物种MyoG基因发现,该基因编码区核苷酸以及推测的氨基酸同源性和物种间的亲缘关系相一致,无根系统进化树的聚类结果与这些物种本身的生理特性以及传统分类学中已知的生物分类结果相一致。波尔山羊MyoG基因的鉴定及序列分析为山羊肌肉发育调控的机理以及肉质改良等的研究提供了很好的生物学基础信息。

山羊MyoG基因Csp6I酶切多态性分析

采用限制性内切核酸酶Csp6I对山羊MyoG基因的959 bp扩增产物进行PCR-RFLP多态性分析,检测到3种基因型,其酶切位点分别由2种共显性基因控制;对该片段的纯合型(AA、BB)分别测序发现,BB型在1791位点发生了T→C的突变。上述结果为首次试验证实山羊MyoG内含子二区域存在多态性。

成都麻羊MyoG基因的克隆与测序分析

根据猪MyoG基因的部分序列和绵羊MyoG mRNA设计引物,以成都麻羊、金堂黑山羊、白玉黑山羊和高原型藏山羊基因组为模板,应用PCR技术克隆测定MyoG基因序列.序列分析结果表明,成都麻羊MyoG基因长1957bp,由3个外显子和2个内含子组成,其中外显子Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的大小分别为398bp、82bp、122bp,内含子Ⅰ和内含子Ⅱ的大小分别为765bp和589bp.成都麻羊MyoG基因序列与金堂黑山羊、白玉黑山羊和高原型藏山羊的MyoG基因序列进行比对,同源性分别为99.9%、99.7%和99.3%,而它们氨基酸序列的同源性都为100%.这为进一步研究成都麻羊MyoG基因的表达、生物学活性和应用奠定了一定基础.

MyoG和MEF2a基因多态性聚合效应对鸭屠宰性状的影响

【目的】探讨Myo G和MEF2a基因聚合效应对鸭屠宰性状的影响,为进一步确定与鸭屠宰性状相关的分子遗传标记提供研究基础,为鸭屠宰性状的多基因聚合育种提供依据。【方法】试验以240只三穗鸭为研究素材,扩增Myo G和MEF2a基因并进行PCR产物直接测序以检测两基因所有外显子的单核苷酸突变(SNPs)位点。运用SPSS 18.0软件中的GLM统计模型对Myo G和MEF2a基因的SNPs所对应的不同基因型与三穗鸭屠宰性状进行关联分析,根据单基因关联分析结果,将对屠宰性状存在显著影响的Myo G和MEF2a基因的多态位点利用软件PHASE2.0构建聚合基因型,再进行聚合基因型与屠宰性状的关联分析。【结果】在试验群体中一共发现8个SNPs,其中在Myo G基因中有6个SNPs被找到,MEF2a基因中找到2个SNPs位点,在所有突变位点中,其中Myo G基因的g.2977G>C位点发生的G/C突变使密码子由GAG变为GAC,所编码的氨基酸由谷氨酸变成天冬氨酸;而MEF2a基因中的两个多态位点,g.47915G>A位点发生的G/A突变使密码子由GAA变为AAA,编码的氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸,g.47918G>A位点的G/A突变引起的密码子由GAT变成AAT,所编码的氨基酸由天冬氨酸变成天冬酰胺。剩下的5个突变位点均属于同义突变,并未引起编码氨基酸的改变。此外,进行χ2适合性检验,除了Myo G基因的g.1131C>T位点和MEF2a基因的g.47915G>A、g.47918G>A位点未处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)外,其他的突变位点均处于平衡状态。单基因关联分析结果表明,Myo G基因g.1131C>T和g.2204G>A突变分别对胸肌率、体重和全净膛重有着显著影响,其所对应的纯合子基因型CC、GG型为优势基因型。MEF2a基因g.47915G>A/g.47918G>A位点影响全净膛率,GA基因型个体属于优势基因型个体。通过挑选出与屠宰性状(胸肌率、体重、全净膛重和全净膛率)有关联的Myo G基因g.1131C>T/g.2204G>A位点与MEF2a基因g.47915G>A/g.47918G>A进行聚合效应分析,结果显示,聚合后的8种聚合基因型个体的全净膛率,在各基因型间无显著差异(P>0.05),TTGAGA基因型的平均值最高,其次为CCGGGA基因型;其他3个指标各基因型间差异达到了显著,其中体重和全净膛重存在正相关,都是CCGAGA基因型的平均值最高,CTGGGA基因型的平均值次之;CCGGGG基因型的胸肌率平均值最高,其次是CCGGGA基因型。结果显示,单个基因的平均值最高的基因型分别为CC、GG和GA,在两基因聚合后在4个指标中CCGGGA基因型都不是最优的组合,说明两个基因间存在互作效应。【结论】两个基因间存在互作效应,所以用单个基因分子标记进行选育可能会顾此失彼,不能收到良好的效果,但是本研究的聚合优势基因型个体偏少,有待于进一步扩大样本进行验证分析,进行更多基因的聚合效应分析。

山羊MyoG基因内含子Ⅱ变异及其在体质量上的遗传效应分析

旨在研究MyoG基因内含子Ⅱ多态性与波尔山羊及其级进杂交后代部分生长性状的关系。以纯种波尔山羊及波尔山羊与唐山奶山羊级进杂交一代(F1)、二代(F2)和三代(F3)为研究对象,采用测序和PCR-RFLP方法对山羊MyoG基因遗传多态性进行分析,并研究基因型对初生体质量、1月龄体质量和断奶体质量的影响。结果在MyoG基因内含子Ⅱ的1 823bp处(依据序列号:FJ607135)发现了1个SNP(C→T),且存在3种基因型(AA、AB和BB),这3种基因型在波尔山羊和波唐级进杂交后代4个群体中的分布基本一致,B等位基因为优势等位基因。通过对有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(H)、Shannons信息指数(I)和多态信息含量(PIC)等群体遗传参数的计算,发现此SNP是1个中、低多态位点。最小二乘分析结果表明,AA基因型与其它2种基因型比较有较小的初生体质量且达到显著水平(P<0.05),而对于1月龄体质量和断奶体质量,3种基因型间虽未达显著水平(P>0.05),但具AA基因型个体的表型值明显低于具其它2种基因型个体的表型值,AA、AB和BB 3种基因型在这3个生长性状的大小排列顺序均为BB>AB>AA。推测MyoG基因对山羊生长性状存在一定影响,提示选择带有B等位基因的个体有望提高山羊体质量相关的生长性状。

绵羊MyoG基因外显子的单核苷酸多态性群体遗传学分析

采用PCR-SSCP技术分析了肌细胞生成素(MyoG)基因外显子1、2在蒙古羊、无角陶赛特羊、德国肉用美利奴羊和白萨福克羊这4个绵羊品种的多态性。结果表明在在外显子1(exonⅠ)所扩增的片段中存在3种基因型(AA型、AB型和BB型),在外显子2(exonⅡ)所扩增的片段中不存在多态性。对于exonⅠ扩增片段,4个绵羊品种均检测到AA和AB基因型;BB基因型只在蒙古羊、陶赛特羊和白萨福克羊中检测到。在4个绵羊品种中,蒙古羊的AA基因型频率最高,而其它3个品种羊是AB基因型频率高;A等位基因频率明显高于B等位基因频率。exonⅠ的多态性片段测序分析表明:MyoG基因第305处发生了单碱基突变(T→C),并导致了所编码氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸。

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物(PCR1、PCR2、PCR3)分别扩增猪肌细胞生成素(MyoG)基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现:(1)在PCR1MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。(2)在PCR2MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。(3)在PCR3MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。(4)在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。

高邮鸭和金定鸭发育早期骨骼肌MyoG和Myf 6基因的表达分析

【目的】研究生肌调节因子肌细胞生成素(MyoG)和生肌决定因子(Myf 6)基因表达对鸭胚胎期及初生早期骨骼肌发育的影响。【方法】采用Real-time PCR方法研究MyoG、Myf6基因在不同鸭品种(高邮鸭和金定鸭)胚胎期(13,17,21,25,27胚龄)及初生早期(出雏后7日龄)骨骼肌发育中的表达差异,并分析其表达变化与胸、腿肌发育的相关性。【结果】MyoG和Myf6基因在2个品种鸭胸肌、腿肌组织发育早期均有表达,但不同组织存在不同的表达模式。MyoG在鸭胚胸肌、腿肌组织中均呈现"前高后低"的表达模式,21胚龄以前表达量相对较高,随后表达量下降,并维持相对较低水平;而Myf6基因在胸肌组织中在21胚龄时表达量最高,随后表达量下降,但仍维持相对较高的表达水平;在腿肌组织中在13胚龄时表达量较高,在17胚龄时达到最高,随后表达量有所降低,并在21胚龄后急速下降至极低水平,但其表达在胚胎期后期(27胚龄)以及初生期(7日龄)又有缓慢上升趋势。二元变量相关性分析结果表明,2个品种鸭胸肌、腿肌MyoG mRNA表达与胸肌、腿肌发育呈强负相关;胸肌中Myf6mRNA的表达与胸肌发育无显著相关性,腿肌中Myf6mRNA的表达与腿肌发育呈强负相关。【结论】骨骼肌中MyoG和Myf6基因表达具有显著的时空性,性别差异不显著,骨骼肌中MyoG和Myf6基因表达与鸭发育早期骨骼肌质量变化呈现负的线性相关。

申农Ⅰ号猪MyoG基因多态性位点的PCR-RFLP检测

利用PCR RFLP方法对申农Ⅰ号 (即长大二 )育肥猪的MyoG基因的 2个多态性位点 ,即第二内含子内 (PCR1 RFLP)和 3’ 端 (PCR2 RFLP)多态性位点 ,进行了基因型测定 ,并对其分析。结果表明 ,第二内含子内的多态性位点只有 2种表现型 ,AA型和AB型 ,其频率分别为 66.7% ,3 3 .3 % ;3’ 端的多态性位点有 3种表现型 ,MM型、MN型和NN型 ,其频率分别为 2 1.2 1% ,60 .61%和 18.18%。

滇南小耳猪细胞生成素(MyoG)基因多态性的研究

以猪肌细胞生成素(MyoG)基因序列设计引物,采用PCR产物直接测序技术对48头滇南小耳猪和40头杜洛克的MyoG基因外显子序列进行测定和分析。发现滇南小耳猪MyoG基因有12个多态位点,其中3个位于编码区属于同义突变,有7个突变位点为优势突变。与屠宰测定的结果进行关联分析,结果表明:滇南小耳猪MyoG基因2 041,2 047位点多态性对瘦肉率有极显著影响(P<0.01),对背膘厚和pH24有显著影响(P<0.05);MyoG基因1 655,1 688位点多态性对瘦肉率和pH24有显著影响(P<0.05),对背膘厚有极显著影响(P<0.01);结合前人的研究结果,可以初步推测MyoG基因是影响滇南小耳猪肉质性状的主效基因或是与影响滇南小耳猪胴体、肉质性状的QTL连锁的基因。实验结果可以为猪育种中提高瘦肉率等性状提供分子依据。

牛MyoG基因启动子的克隆与序列分析

根据G enB ank中已公布的人、猪和小鼠的MyoG基因的5′侧翼和部分第一外显子序列设计PCR引物,用touch-dow n PCR技术扩增了牛MyoG基因的启动子序列,构建了重组克隆载体pGEM-T-MyoG,并通过PCR扩增、限制性酶切对阳性克隆进行了鉴定、测序及生物信息学分析。结果表明,牛MyoG基因的启动子序列(G en-bank中注册号为AY 882581)长度为672 bp,其与猪、人和小鼠相应序列的同源性分别为94%,91%和88%,且其在不同物种之间具有一定的保守性。牛MyoG基因启动子的克隆与序列分析为进一步研究牛MyoG基因的表达调控奠定了基础。

京海黄鸡MyoG基因密码子特性分析

为了解鸡MyoG基因的密码子特性,以便于为MyoG基因的表达选择合适的外源表达系统,使用在线工具CUSP和CHIPS以及codonW软件对鸡MyoG基因进行分析,并与鸡基因、模式动物基因组和其他动物MyoG基因进行比较。结果表明,MyoG基因偏好于G/C结尾的密码子,CDS序列中,GC含量大于AT含量。MyoG基因与鸡其他31个基因密码子偏好性相似,均偏好于G/C结尾的密码子。与其他物种基因组密码子偏好性比较结果显示,密码子偏好性与小鼠差异最小,说明小鼠可以作为MyoG基因外源表达的宿主。与其他动物MyoG基因密码子偏好性比较显示,MyoG基因在包括京海黄鸡在内的32个物种中均有较高表达,几乎所有MyoG基因编码区对GC有较强的偏好性。基于RSCU值的聚类和基于CDS区系统发育树结果显示,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相似的密码子偏好性。