目的:对双歧杆菌属编码的Ⅱ类毒素-抗毒素(TA)系统MazEF进行分子进化分析。方法:利用PSI-BLAST在NCBI中搜索获得双歧杆菌编码的MazF分子序列,在NCBI蛋白数据库、核酸数据库分别下载其他菌属基因组编码的MazF蛋白序列和本研究所涉及菌属...目的:对双歧杆菌属编码的Ⅱ类毒素-抗毒素(TA)系统MazEF进行分子进化分析。方法:利用PSI-BLAST在NCBI中搜索获得双歧杆菌编码的MazF分子序列,在NCBI蛋白数据库、核酸数据库分别下载其他菌属基因组编码的MazF蛋白序列和本研究所涉及菌属的16 S rRNA序列,应用Clustal X2和MEGA4软件对Maz F做分子进化分析。结果:共搜索到双歧杆菌株染色体编码毒素蛋白MazF 26个。分子进化分析显示:整个双歧杆菌属的MazF保守性不好;MazF与16 S rRNA的共进化仅在个别菌种中发现,大部分MazF的聚类结果与相应菌种16 S rRNA的聚类结果不同。结论:双歧杆菌中的TA系统MazEF可能是通过基因的水平转移整合入基因组中,属于菌株非核心基因组部分。展开更多
目的 对已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺氏菌和1株未定名肠杆菌进行maze和mazf蛋白的分子进化分析.方法 用biocyc提供的pathway tools(13.5版)搜索已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺菌和1株未定名肠杆菌毒素mazf编...目的 对已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺氏菌和1株未定名肠杆菌进行maze和mazf蛋白的分子进化分析.方法 用biocyc提供的pathway tools(13.5版)搜索已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺菌和1株未定名肠杆菌毒素mazf编码基因mazf(别名chpa)和抗毒素maze编码基因maze(别名chpr),再用mega4.1软件中的minimum evolution法对maze和mazf蛋白做分子进化分析.结果 共有12株搜索到毒素mazf(编码基因为mazf),11株搜索到抗毒素maze(编码基因为maze),另有5株没有搜索到mazef编码基因.分子进化分析提示大肠埃希菌和志贺菌的maze和mazf的保守性较好.结论 mazef是在原核染色体发现的第一个毒素-抗毒素(ta)系统,但不是每株大肠埃希菌和志贺菌均存在这个系统,有可能存在其他ta系统.mazef缺失株表现为对抗菌约物抵抗,又因mazef介导细菌的细胞程序性死亡,mazef有可能成为抗菌药物的新靶位.
abstract：
objective to perform molecular evolution analysis of mazef gene in genome sequenced strains of escherichia coli and shigella. methods pathway tools (version 13.5) provided by biocyc was used to search encoding gene mazf of toxin mazf ( chpa) and encoding gene maze of antitoxin maze (chpr) in genome sequenced 10 strains of escherichia coli, 6 strains of shigella and 1 strain of unkown enterobacteria. then minimum evolution method in mega4. 1 software was used to analyze molecular evolution of maze and mazf. results encoding gene mazf of toxin mazf was found in 12 strains, and encoding gene maze of antitoxin maze was found in 11 strains, while neither maze nor mazf was found in rest 5 strains. both maze and mazf had good conservation in molecular evolution analysis. conclusions mazef is the first toxin-antitoxin system found in prokaryotic chromosomes, but not in all strains of escherichia coli and shigella. mazef deletion is associated with antibiotic resistance and it also mediates programmed cell death in bacteria, so mazef might be a new target for antimicrobial agents.展开更多
文摘目的:对双歧杆菌属编码的Ⅱ类毒素-抗毒素(TA)系统MazEF进行分子进化分析。方法:利用PSI-BLAST在NCBI中搜索获得双歧杆菌编码的MazF分子序列,在NCBI蛋白数据库、核酸数据库分别下载其他菌属基因组编码的MazF蛋白序列和本研究所涉及菌属的16 S rRNA序列,应用Clustal X2和MEGA4软件对Maz F做分子进化分析。结果:共搜索到双歧杆菌株染色体编码毒素蛋白MazF 26个。分子进化分析显示:整个双歧杆菌属的MazF保守性不好;MazF与16 S rRNA的共进化仅在个别菌种中发现,大部分MazF的聚类结果与相应菌种16 S rRNA的聚类结果不同。结论:双歧杆菌中的TA系统MazEF可能是通过基因的水平转移整合入基因组中,属于菌株非核心基因组部分。
文摘目的 对已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺氏菌和1株未定名肠杆菌进行maze和mazf蛋白的分子进化分析.方法 用biocyc提供的pathway tools(13.5版)搜索已完成基因组测序的10株大肠埃希菌、6株志贺菌和1株未定名肠杆菌毒素mazf编码基因mazf(别名chpa)和抗毒素maze编码基因maze(别名chpr),再用mega4.1软件中的minimum evolution法对maze和mazf蛋白做分子进化分析.结果 共有12株搜索到毒素mazf(编码基因为mazf),11株搜索到抗毒素maze(编码基因为maze),另有5株没有搜索到mazef编码基因.分子进化分析提示大肠埃希菌和志贺菌的maze和mazf的保守性较好.结论 mazef是在原核染色体发现的第一个毒素-抗毒素(ta)系统,但不是每株大肠埃希菌和志贺菌均存在这个系统,有可能存在其他ta系统.mazef缺失株表现为对抗菌约物抵抗,又因mazef介导细菌的细胞程序性死亡,mazef有可能成为抗菌药物的新靶位.
abstract：
objective to perform molecular evolution analysis of mazef gene in genome sequenced strains of escherichia coli and shigella. methods pathway tools (version 13.5) provided by biocyc was used to search encoding gene mazf of toxin mazf ( chpa) and encoding gene maze of antitoxin maze (chpr) in genome sequenced 10 strains of escherichia coli, 6 strains of shigella and 1 strain of unkown enterobacteria. then minimum evolution method in mega4. 1 software was used to analyze molecular evolution of maze and mazf. results encoding gene mazf of toxin mazf was found in 12 strains, and encoding gene maze of antitoxin maze was found in 11 strains, while neither maze nor mazf was found in rest 5 strains. both maze and mazf had good conservation in molecular evolution analysis. conclusions mazef is the first toxin-antitoxin system found in prokaryotic chromosomes, but not in all strains of escherichia coli and shigella. mazef deletion is associated with antibiotic resistance and it also mediates programmed cell death in bacteria, so mazef might be a new target for antimicrobial agents.
