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游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中DNA甲基化差异基因的MeDIP-seq检测 被引量:3
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作者 侯建永 姚武 郝长付 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2017年第1期5-8,共4页
目的:检测游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中可能存在的DNA甲基化差异基因并探讨其可能作用机制。方法:原代培养肺成纤维细胞和肺泡巨噬细胞,建立共培养的矽肺体外模型,采用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术检测分析不同染毒时间(0... 目的:检测游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中可能存在的DNA甲基化差异基因并探讨其可能作用机制。方法:原代培养肺成纤维细胞和肺泡巨噬细胞,建立共培养的矽肺体外模型,采用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术检测分析不同染毒时间(0、24、48 h)的肺成纤维细胞之间的DNA甲基化差异基因,并采用DAVID工具对检测到的甲基化差异基因进行KEGG的通路富集分析。结果:共发现8 791个基因的DNA甲基化程度在3个染毒时间组中均存在差异,DAVID工具分析发现这些差异主要集中在代谢、环境信息过程、细胞过程、生物体系统、人类疾病相关通路等通路中。结论:矽肺形成过程中存在大量DNA甲基化程度发生改变的基因,且这些基因涉及多个通路。 展开更多
关键词 矽肺 DNA甲基化 甲基化DNA免疫共沉淀测序
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基于MeDIP-seq研究蛋氨酸对巨噬细胞炎症中甲基化水平的影响
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作者 徐翌斌 罗成龙 +2 位作者 瞿浩 计坚 舒鼎铭 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第1期127-132,共6页
本课题组前期已研究表明蛋氨酸(Met)能缓解脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞的炎症反应,但其调控的分子机制尚不明确。本研究旨在从甲基化角度初步探讨DNA甲基化与Met抑制LPS诱导巨噬细胞炎症中分子机制的相关性。应用全基因组甲基化测序技术(... 本课题组前期已研究表明蛋氨酸(Met)能缓解脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞的炎症反应,但其调控的分子机制尚不明确。本研究旨在从甲基化角度初步探讨DNA甲基化与Met抑制LPS诱导巨噬细胞炎症中分子机制的相关性。应用全基因组甲基化测序技术(MeDIP-seq)检测空白组、LPS组和LPS+Met组细胞的全基因DNA,每组3个重复。结果表明:LPS组甲基化峰(peak)的数量、总长度和覆盖率均高于空白组和LPS+Met组;与空白组相比,LPS组的高甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于低甲基化基因数;与LPS组相比,Met+LPS组的低甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于高甲基化基因数。运用GO富集和KEGG分析发现,LPS组与LPS+Met组差异甲基化基因主要富集在单一生物过程(Single-Organism Process)和细胞过程(CellularProcess),信号通路主要富集在Hippo信号通路。本研究为Met调控机体免疫和炎症反应提供一定的科学依据。 展开更多
关键词 蛋氨酸 DNA甲基化 medip-seq 巨噬细胞
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5-Azac诱导急性移植物抗宿主病免疫低反应的甲基化研究 被引量:1
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作者 张晓宁 赵玉霞 +3 位作者 王建海 苗绪红 李克秋 李光 《天津医药》 CAS 2016年第2期173-177,共5页
目的 建立小鼠急性移植物抗宿主病(a GVHD)模型,检测DNA甲基化转移酶抑制剂5-氮杂胞苷(5-aza-cytidine,5-Azac)诱导a GVHD免疫低反应后的甲基化变化,探讨5-Azac对小鼠a GVHD的免疫调节作用。方法选择雄性C57BL/6(H-2b)与雌性BALB/... 目的 建立小鼠急性移植物抗宿主病(a GVHD)模型,检测DNA甲基化转移酶抑制剂5-氮杂胞苷(5-aza-cytidine,5-Azac)诱导a GVHD免疫低反应后的甲基化变化,探讨5-Azac对小鼠a GVHD的免疫调节作用。方法选择雄性C57BL/6(H-2b)与雌性BALB/c(H-2d)小鼠分别作为异基因移植供、受体建立移植物抗宿主病小鼠模型。BABL/c受体按照体质量相近进行配对,分为移植对照组和5-Azac实验组。5-Azac实验组于移植后1~7、14、21、28 d尾静脉注射5-Azac 0.25 mg/kg(0.3 m L/只);移植对照组尾静脉注射生理盐水0.3 mL/只。提取3只移植对照组和3只5-Azac实验组小鼠的外周血DNA,分别等量混匀,采用甲基化DNA免疫共沉淀测序(Me DIP-seq)的方法检测甲基化变化,筛选差异甲基化基因,并对其功能及生物学通路进行分析。结果 5-Azac实验组小鼠的生存时间延长,排斥反应减弱,成功诱导移植物抗宿主病免疫低反应状态。2组小鼠DNA Me DIP-seq结果对比显示:5-Azac实验组启动子区存在369个差异甲基化基因,其中上调239个、下调130个;外显子区存在184个差异甲基化基因,其中上调113个、下调71个。利用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异甲基化基因分析,结果显示其主要参与10个免疫学信号通路,其中TGF-β、GSK-3β、SYK、PI3K、NFAT、CD28、α4β7与a GVHD的发生发展密切相关。结论 5-Azac可以通过改变基因的甲基化状态有效诱导a GVHD的免疫低反应。 展开更多
关键词 移植物抗宿主病 甲基化 5-氮杂胞苷 medip-seq 免疫低反应
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基于高通量测序技术检测全基因组DNA甲基化水平的方法 被引量:3
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作者 马浪浪 梁振娟 +3 位作者 先新 罗仕文 李清超 梁黔云 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期45-50,共6页
DNA甲基化的研究最近几年一直是表观遗传学研究的重点。有关DNA甲基化水平检测的方法大体上有十几种,随着第二代测序技术的发展,实现了在全基因组水平上对甲基化状态进行检测。目前,基于第二代高通量测序进行全基因组DNA甲基化水平检测... DNA甲基化的研究最近几年一直是表观遗传学研究的重点。有关DNA甲基化水平检测的方法大体上有十几种,随着第二代测序技术的发展,实现了在全基因组水平上对甲基化状态进行检测。目前,基于第二代高通量测序进行全基因组DNA甲基化水平检测的方法主要有BSP-seq(亚硫酸氢盐修饰结合直接测序法)、Me DIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序法)、MBD-seq(甲基化DNA富集结合高通量测序法)。就这3种方法在原理、流程、优缺点、优化使用及后期需要用到的部分生物信息学资源等方面的研究进展作一综述,旨在为研究者在采用高通量测序方法研究DNA甲基化模式时提供一些思路。 展开更多
关键词 高通量测序技术 全基因组 DNA甲基化水平 BSP-seq medip-seq MBD-seq
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Genome-wide DNA methylation profiles in Tibetan and Yorkshire pigs under highaltitude hypoxia 被引量:8
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作者 Bo Zhang Dongmei Ban +4 位作者 Xiao Gou Yawen Zhang Lin Yang Yangzom Chamba Hao Zhang 《Journal of Animal Science and Biotechnology》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期365-374,共10页
Background: Tibetan pigs, which inhabit the Tibetan Plateau, exhibit distinct phenotypic and physiological characteristics from those of lowland pigs and have adapted well to the extreme conditions at high altitude.Ho... Background: Tibetan pigs, which inhabit the Tibetan Plateau, exhibit distinct phenotypic and physiological characteristics from those of lowland pigs and have adapted well to the extreme conditions at high altitude.However, the genetic and epigenetic mechanisms of hypoxic adaptation in animals remain unclear.Methods: Whole-genome DNA methylation data were generated for heart tissues of Tibetan pigs grown in the highland(TH, n = 4) and lowland(TL, n = 4), as well as Yorkshire pigs grown in the highland(YH, n = 4) and lowland(YL, n = 4), using methylated DNA immunoprecipitation sequencing.Results: We obtained 480 million reads and detected 280679, 287224, 259066, and 332078 methylation enrichment peaks in TH, YH, TL, and YL, respectively. Pairwise TH vs. YH, TL vs. YL, TH vs. TL, and YH vs. YL comparisons revealed6829, 11997, 2828, and 1286 differentially methylated regions(DMRs), respectively. These DMRs contained 384, 619,192, and 92 differentially methylated genes(DMGs), respectively. DMGs that were enriched in the hypoxia-inducible factor 1 signaling pathway and pathways involved in cancer and hypoxia-related processes were considered to be important candidate genes for high-altitude adaptation in Tibetan pigs.Conclusions: This study elucidates the molecular and epigenetic mechanisms involved in hypoxic adaptation in pigs and may help further understand human hypoxia-related diseases. 展开更多
关键词 DNA METHYLATION HYPOXIC adaptation medip-seq TIBETAN PIG
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基于cfDNA甲基化和机器学习的男性胃癌早筛预测模型的建立
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作者 季杰 齐健 +5 位作者 洪波 王姝洁 孙瑞芳 曹雪玲 孙晓君 聂金福 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第12期1991-1996,共6页
目的利用新型的细胞游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术,建立中国男性人群胃癌患者cfDNA甲基化模型。方法使用cfDNA甲基化免疫沉淀和高通量测序技术(cfMeDIP-seq)开展胃癌患者的全基因组甲基化的检测,利用生物信息学的方法定位胃组织来源的cf... 目的利用新型的细胞游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术,建立中国男性人群胃癌患者cfDNA甲基化模型。方法使用cfDNA甲基化免疫沉淀和高通量测序技术(cfMeDIP-seq)开展胃癌患者的全基因组甲基化的检测,利用生物信息学的方法定位胃组织来源的cfDNA,提取区分胃癌患者的特异甲基化标签,通过随机森林算法建立诊断模型,开展胃癌早期筛查的临床验证研究。结果基于胃癌样本和正常对照选取了前63个最为显著的差异甲基化区段,构建了cfDNA甲基化模型,并将此模型应用于胃癌早期筛查,灵敏度达到85%以上,特异性达到95%以上。验证集的灵敏度和特异性分别为98.7%和99.0%,曲线下方面积大小(AUC)为0.999。结论该研究构建的cfDNA甲基化模型具有良好的胃癌预测性能。 展开更多
关键词 胃癌 液体活检 cfDNA甲基化 medip-seq 机器学习
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