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靶向鸡糖皮质激素受体基因的microRNA预测与鉴定
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作者 赵敏蝶 刘杰 赵茹茜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期489-496,共8页
[目的]本文旨在预测和筛选靶向调控鸡糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,GR)表达的microRNA。[方法]用TargetScan、PicTar和miRDB软件分别预测靶向鸡GR 3′UTR microRNA并取交集;构建包含鸡GR 3′UTR的重组质粒及突变质粒,通过双... [目的]本文旨在预测和筛选靶向调控鸡糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,GR)表达的microRNA。[方法]用TargetScan、PicTar和miRDB软件分别预测靶向鸡GR 3′UTR microRNA并取交集;构建包含鸡GR 3′UTR的重组质粒及突变质粒,通过双荧光素酶试验鉴定microRNA和鸡GR 3′UTR的靶向性;用TargetScan和miRDB软件分别预测候选microRNA的靶基因,用DAVID软件对预测出的共同靶基因进行GO功能分析;用Western blot检测过表达候选microRNA对鸡DF1细胞GR蛋白表达的影响。[结果]miR124-3p、miR142-3p、miR204/211、miR183、miR18-5p和miR181a/181b是3种软件预测靶向GR 3′UTR的交集microRNA;双荧光素酶试验结果表明miR142-3p、miR204/211和miR18-5p靶向结合GR 3′UTR。2种软件预测3个候选microRNA的靶基因中都有GR且富集分子功能不同;在DF1细胞中过表达3个候选microRNA后,miR142-3p和miR204/211显著降低GR蛋白的表达水平(P<0.05)。[结论]miR142-3p、miR204/211和miR18-5p靶向结合鸡GR 3′UTR,且miR142-3p和miR204/21可以降低鸡DF1细胞中GR蛋白的表达水平。 展开更多
关键词 糖皮质激素受体 microrna 靶向基因
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microRNA-132及其靶基因NAG-1在评估强直性脊柱炎患者非甾体类抗炎药治疗效果中的预测价值
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作者 张连锁 蔡金生 +3 位作者 王会旺 孙亚东 宁胜华 徐伟坤 《颈腰痛杂志》 2024年第4期634-638,共5页
目的探讨microRNA-132及其靶基因NAG-1在评估强直性脊柱炎(AS)患者非甾体类抗炎药治疗效果中的预测价值。方法选择在该院就诊的AS患者154例作为观察组,抽取同期在该院体检的健康受试者154例作为对照组。观察两组受试者miR-132和NAG-1 m... 目的探讨microRNA-132及其靶基因NAG-1在评估强直性脊柱炎(AS)患者非甾体类抗炎药治疗效果中的预测价值。方法选择在该院就诊的AS患者154例作为观察组,抽取同期在该院体检的健康受试者154例作为对照组。观察两组受试者miR-132和NAG-1 mRNA表达水平。观察组患者采用双氯芬酸钠治疗16周,根据美国风湿病学协会(ACR)制定的ACR20标准,将观察组达到标准患者分为ACR20组,其余患者归为非ACR20组,比较两组治疗前miR-132和NAG-1mRNA表达水平及其对疗效的预测价值。结果观察组患者单核细胞miR-132 mRNA表达水平高于对照组,NAG-1 mRNA表达水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。miR-132预测AS的灵敏度为83.8%,特异性为98.1%,最佳截断值为1.373,曲线下面积(AUC)为0.964,95%CI为0.936~0.982;NAG-1预测AS的灵敏度为76.0%,特异度为86.4%,最佳截断值为0.826,AUC为0.879,95%CI为0.838~0.914。ACR20组患者miR-132mRNA表达水平低于非ACR20组患者,NAG-1mRNA表达水平高于非ACR20组患者,差异均有统计学意义(P<0.05)。miR-132预测ACR20的敏感度为81.8%,特异性为94.2%,AUC为0.950,95%CI为0.903~0.979;NAG-1预测ACR20的敏感度为97.0%,特异性为46.3%,AUC为0.751,95%CI为0.675~0.817。结论miR-132及NAG-1可能是诊断AS及预测非甾体类抗炎药治疗效果的潜在生物学指标。 展开更多
关键词 微小RNA 非甾体类抗炎药激活基因 强直性脊柱炎 非甾体类抗炎药
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犬细小病毒感染F81细胞microRNA荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:3
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作者 周宏专 苏霞 +4 位作者 林路路 齐颀 张进 徐福洲 杨兵 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第3期96-103,共8页
犬细小病毒(canine parvovirus, CPV)是犬急性胃肠炎的主要病原之一,对犬类的健康造成极大危害。MicroRNA(miRNA)是小的、非编码的RNA,在转录后水平调节基因表达。荧光定量PCR(RT-qPCR)是评估miRNA表达水平最常用的方法,而合适的参考基... 犬细小病毒(canine parvovirus, CPV)是犬急性胃肠炎的主要病原之一,对犬类的健康造成极大危害。MicroRNA(miRNA)是小的、非编码的RNA,在转录后水平调节基因表达。荧光定量PCR(RT-qPCR)是评估miRNA表达水平最常用的方法,而合适的参考基因在RT-qPCR数据归一化中起着至关重要的作用。本研究在分析F81细胞空白对照组和感染CPV组小RNA高通量测序结果基础上,结合参考文献,在CPV感染后12 h和24 h,通过poly(A)延伸RT-qPCR定量方法检测候选内参基因小RNA的表达情况,并使用GeNorm、NormFinder和BestKeeper算法评估这些候选小RNA的稳定性。结果选取了5种高通量测序中表达相对稳定的miRNAs(dno-miR-186-5p、pha-miR-152、dno-miR-374a-5p、tch-miR-26a-2-5p和oga-miR-26b)和常用作参考基因的小核RNA U6(RNU6-1)、核仁小RNA(small nucleolar RNA)SNORD95以及SNORD96a,经过扩增分析及对高通量测序中差异表达的dno-miR-7-5p的定量验证发现,这些候选小RNA均具有较好的稳定性。其中pha-miR-152在检测样品中稳定性最好,可在CPV感染F81细胞中作为RT-qPCR法定量miRNA表达及数据均一化的合适参考基因。筛选出的pha-miR-152有助于研究miRNAs在CPV感染过程中的定量表达分析,为进一步研究F81细胞中miRNA调控CPV感染复制的分子机制研究提供可靠手段,也为其他相关物种miRNA定量研究中内参基因的选择提供参考。 展开更多
关键词 犬细小病毒 microrna 内参基因 逆转录定量PCR
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Diversity and evolution of MicroRNA gene clusters 被引量:7
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作者 ZHANG YanFeng,ZHANG Rui & SU Bing State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution,Kunming Institute of Zoology,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650223,China 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2009年第3期261-266,共6页
microRNA(miRNA) gene clusters are a group of miRNA genes clustered within a proximal distance on a chromosome.Although a large number of miRNA clusters have been uncovered in animal and plant genomes,the functional co... microRNA(miRNA) gene clusters are a group of miRNA genes clustered within a proximal distance on a chromosome.Although a large number of miRNA clusters have been uncovered in animal and plant genomes,the functional consequences of this arrangement are still poorly understood.Located in a polycistron,the coexpressed miRNA clusters are pivotal in coordinately regulating multiple processes,including embryonic development,cell cycles and cell differentiation.In this review,based on recent progress,we discuss the genomic diversity of miRNA gene clusters,the coordination of expression and function of the clustered miRNAs,and the evolutionarily adaptive processes with gain and loss of the clustering miRNA genes mediated by duplication and transposition events. 展开更多
关键词 microrna gene CLUSTERS gene DUPLICATION adaptive EVOLUTION TRANSPOSITION
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Role of microRNA in liver regeneration 被引量:1
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作者 Peng-Sheng Yi Ming Zhang Ming-Qing Xu 《Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International》 SCIE CAS CSCD 2016年第2期141-146,共6页
BACKGROUND: Liver regeneration is a complex process. micro RNAs(mi RNAs) are short, single-stranded RNAs that modify gene expression at the post-transcriptional level. Recent investigations have revealed that mi RN... BACKGROUND: Liver regeneration is a complex process. micro RNAs(mi RNAs) are short, single-stranded RNAs that modify gene expression at the post-transcriptional level. Recent investigations have revealed that mi RNAs are closely linked to liver regeneration.DATA SOURCES: All included studies were obtained from Pub Med, Embase, the Science Direct databases and Web of Science, with no limitation on publication year. Only studies published in English were considered.RESULTS: We grouped studies that involved mi RNA and liver regeneration into two groups: mi RNAs as promoters and as inhibitors of liver regeneration. We summarized the relevant mi RNAs separately from the related pathways.CONCLUSIONS: Blocking or stimulating the pathways of mi RNAs in liver regeneration may be novel therapeutic strategies in future regeneration-related liver managements. We may discover additional chemotherapy targets of mi RNA. 展开更多
关键词 micrornas liver regeneration gene expression target pathway
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马铃薯干旱相关microRNA的鉴定及其表达分析 被引量:1
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作者 刘溶荣 陈炜曦 +4 位作者 尹济容 李姿燕 王季春 荐红举 吕典秋 《中国马铃薯》 2023年第4期289-305,共17页
马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-... 马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对20%PEG6000模拟干旱处理0,1,3,6,12,24和48 h共7个时间点马铃薯组培幼苗的sRNA进行高通量测序、筛选和鉴定。从7个处理2个生物学重复共计14个样本中鉴定到621个miRNAs,包括308个已知miRNAs和313个新预测的miRNAs。其中250个已知miRNAs属于69个家族,166个新的miRNAs属于59个家族。miRNA长度分布在20~24 nt,其中主要集中在21和24 nt。差异表达分析共鉴定到40个差异表达的miRNAs,包括16个已知miRNAs和24个新的miRNAs。联合靶基因预测结果和干旱转录组数据,分别对16个已知和17个新miRNAs的81个和70个靶基因进行了功能注释,其主要参与生长代谢、胁迫响应、氧化还原反应及生物合成等过程;qRT-PCR分析结果与测序结果基本一致。研究为进一步挖掘马铃薯响应干旱胁迫的miRNA,以及阐明马铃薯中miRNA参与干旱响应的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 马铃薯 干旱胁迫 small RNA测序 microrna 靶基因 QRT-PCR
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刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析 被引量:1
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作者 畅孟阳 李彬 +7 位作者 荣小军 王锦锦 于永翔 王印庚 廖梅杰 张正 范瑞用 刘清兵 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2023年第2期107-117,共11页
microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopusjaponicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾... microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopusjaponicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibriossplendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs(P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GOterms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的m RNAs和109个与Notch信号通路相关的m RNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。 展开更多
关键词 刺参 microrna 灿烂弧菌 胁迫应答 靶基因 miRNA-mRNA调控网络
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MicroRNA-mediated NBS1 Gene Silence and Its Effects on Telomerase Activation in Hela Cells 被引量:1
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作者 曹孙琼 任常山 《Chinese Journal of Cancer Research》 SCIE CAS CSCD 2008年第3期159-163,共5页
Objective: To research the silence of NBS1 after transfection microRNA expressing eukaryotic recombinants and the changes of telomerase activation in telomerase-positive cell line Hela. Methods: According to the seq... Objective: To research the silence of NBS1 after transfection microRNA expressing eukaryotic recombinants and the changes of telomerase activation in telomerase-positive cell line Hela. Methods: According to the sequence of NBS1 mRNA, the NBS1 pre-microRNA was designed and synthesized, then cloned into the GFP reporter pcDNA6.2-GW/EmGFP-miR vector and transfected into Hela cells. The integrity of the insert fragment was verified through colony PCR and sequencing analysis. The NBS1 gene expression of NBS1 microRNA recombinants was detected by Real-Time PCR and western blot. Telomerase activity in Hela cells was assayed by TRAP-PCR-EB. Results: Sequences of insert fragment in microRNA expressing recombinants were correct. The NBS1 gene expression was decreased, and the telomerase activation of Hela cell reduced. Conclusion: NBS1 microRNA inhibits NBS1 gene expression, and depresses telomerase activation of Hela cells. This confirms that there is relevance between NBS 1 gene and telomerase activity. 展开更多
关键词 NBS1 gene RNA interfere microrna Telomerase activation
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MicroRNA在突发性耳聋方向的研究进展
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作者 刘思源 李琦 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第4期559-562,共4页
MicroRNA(Micro Ribonucleic Acids,miRNA)是一种非编码单链RNA,能够沉默靶mRNA从而在体内发挥细胞效应。MiRNA在耳蜗广泛表达,对维持耳蜗功能正常极其重要。突发性耳聋(Sudden Sensorineural Hearing Loss,SSNHL)是一种病因不明、预后... MicroRNA(Micro Ribonucleic Acids,miRNA)是一种非编码单链RNA,能够沉默靶mRNA从而在体内发挥细胞效应。MiRNA在耳蜗广泛表达,对维持耳蜗功能正常极其重要。突发性耳聋(Sudden Sensorineural Hearing Loss,SSNHL)是一种病因不明、预后不一的疾病,随着试验技术水平的进步,miRNA在听力方面的作用逐渐得到关注。本综述主要通过总结耳蜗内miRNA的表达情况,分析其在突发性耳聋领域的研究方向及价值。 展开更多
关键词 突发性耳聋 听力下降 microrna 基因
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MicroRNAs Involved in the Pathogenesis of Phytophthora Root Rot of Soybean (Glycine max) 被引量:2
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作者 WANG Jing LIU Chun-yan +4 位作者 ZHANG Li-wei WANG Jia-lin HU Guo-hua DING Jun-jie CHEN Qing-shan 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2011年第8期1159-1167,共9页
Phytophthora root rot is one of the most prevalent diseases in the world,which can infect the seedlings and plants,with substantial negative impact on soybean yield and quality.MicroRNAs (miRNAs) are a class of post... Phytophthora root rot is one of the most prevalent diseases in the world,which can infect the seedlings and plants,with substantial negative impact on soybean yield and quality.MicroRNAs (miRNAs) are a class of post-transcriptional regulators of gene expression during growth and development of organisms.A soybean disease-resistance variety Suinong 10 was inoculated with Phytophthora sojae race No.1,and the specific miRNA resistant expression profile was acquired by microarray for the first time.Different expressional miRNAs have been found after comparing the results of the treated sample with the control sample.Furthermore,the target genes of different expressional miRNAs were predicted.Two miRNAs,cbr-mir-241 and ath-miR854a,regulated the disease-resistance process directly through their targets,some enzymes.Another two miRNAs,gma-miR169a and ath-miR169h,participated in disease-resistance regulation as transcription factors.Similarly,one miRNA,ptc-miR164f,has been reported to regulate the plant development.All of these studies would be served as the foundation for exploring the resistance mechanism. 展开更多
关键词 microrna (miRNA) MICROARRAY soybean (Glycine max) gene expressional regulation
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microRNA-200a在肝病发生发展中的作用
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作者 陈泽山 杨贻铃 +5 位作者 蓝红妮 朱文琳 王淼东 梁杏秋 文彬 邓鑫 《海南医学院学报》 CAS 2023年第10期783-788,共6页
microRNA(miRNA)是一类小分子非编码RNA,能通过调控基因表达参与细胞的增殖和凋亡等多个环节。越来越多的证据表明miRNA-200a参与非酒精性脂肪性肝病、酒精性肝病、药物性肝损伤、肝纤维化以及肝细胞癌的发生发展,本文总结了关于miRNA-2... microRNA(miRNA)是一类小分子非编码RNA,能通过调控基因表达参与细胞的增殖和凋亡等多个环节。越来越多的证据表明miRNA-200a参与非酒精性脂肪性肝病、酒精性肝病、药物性肝损伤、肝纤维化以及肝细胞癌的发生发展,本文总结了关于miRNA-200a通过靶向其不同的下游靶基因,调控相关信号通路进而在多种肝病的进展中发挥的不同的作用,为探索多种肝病的机制研究提供参考。 展开更多
关键词 微小RNAs-200a 肝脏疾病 基因表达调控
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LncRNA MEG3调控microRNA-181b-5p/TIMP3对前列腺癌细胞侵袭、迁移的影响
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作者 梁紫积 陈楚义 《现代泌尿外科杂志》 CAS 2023年第1期71-77,共7页
目的探究长链非编码RNA母系表达基因3(lncRNA MEG3)调控微小RNA-181b-5p(microRNA-1816-5P,简称miR-181b-5p)/组织金属蛋白酶抑制因子3(TIMP3)对前列腺癌细胞侵袭、迁移的影响。方法收集2019年12月—2021年12月本院所收治的20例前列腺... 目的探究长链非编码RNA母系表达基因3(lncRNA MEG3)调控微小RNA-181b-5p(microRNA-1816-5P,简称miR-181b-5p)/组织金属蛋白酶抑制因子3(TIMP3)对前列腺癌细胞侵袭、迁移的影响。方法收集2019年12月—2021年12月本院所收治的20例前列腺癌患者前列腺癌组织及其对应癌旁组织;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测组织MEG3、miR-181b-5p表达;将前列腺癌细胞(PC3细胞)随机分为对照组(未处理)、pcDNA3.1-NC组(转染pcDNA3.1-NC)、pcDNA3.1-MEG3组(转染pcDNA3.1-MEG)、pcDNA3.1-MEG3+miR-NC组(pcDNA3.1-MEG3与miR-NC共转染)、pcDNA3.1-MEG3+miR-181b-5p mimic组(pcDNA3.1-MEG3与miR-181b-5p mimic共转染);qRT-PCR检测细胞MEG3、miR-181b-5p表达;MTT实验、Transwell实验、划痕实验分别检测PC3细胞活力、侵袭及迁移能力;Western blot检测PC3细胞TIMP3、基质金属蛋白酶(MMP)9、MMP2蛋白表达;双荧光素酶实验检测MEG3、miR-181b-5p、TIMP3的靶向关系。结果与癌旁组织的表达相比,MEG3在前列腺癌组织(0.37±0.05 vs.1.00±0.04)及细胞(0.31±0.06 vs.1.00±0.01)中表达显著降低(P<0.05);与对照组相比,pcDNA3.1-MEG3组miR-181b-5p表达(0.26±0.04 vs.1.00±0.02)、细胞存活率(53.60±5.22 vs.100.00±0.00)、侵袭细胞数(62.33±9.85 vs.162.34±21.30)、细胞迁移率(32.85±3.80 vs.75.22±5.96)、MMP9(0.61±0.08 vs.1.62±0.23)、MMP2(0.73±0.10 vs.1.20±0.16)表达显著降低,MEG3(2.31±0.36 vs.1.00±0.01)、TIMP3蛋白(1.32±0.24 vs.0.53±0.08)表达显著增加(P<0.05);miR-181b-5p过表达可逆转上述指标变化(P<0.05);miR-181b-5p与MEG3、TIMP3间均存在靶向关系。结论lncRNA MEG3过表达可通过抑制miR-181b-5p来促进TIMP3表达,从而抑制PC3细胞侵袭、迁移。 展开更多
关键词 母系表达基因3 微小RNA-181b-5p 组织金属蛋白酶抑制因子3 前列腺癌 侵袭 迁移
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miR-126过表达和ADAM9基因沉默对胃癌SGC-7901细胞生物学行为的影响及其机制
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作者 魏海峰 倪志强 +5 位作者 魏雁虹 王起来 李首庆 马寅芙 谭岩 方艳秋 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期310-319,共10页
目的:探讨微小RNA-126(miR-126)过表达和解整联蛋白金属蛋白酶9(ADAM9)基因沉默对胃癌细胞生物学行为的影响,并阐明其作用机制。方法:体外培养人胃低分化腺癌SGC-7901细胞和人正常胃黏膜上皮NGEC细胞,提取细胞中总RNA,采用实时荧光定量P... 目的:探讨微小RNA-126(miR-126)过表达和解整联蛋白金属蛋白酶9(ADAM9)基因沉默对胃癌细胞生物学行为的影响,并阐明其作用机制。方法:体外培养人胃低分化腺癌SGC-7901细胞和人正常胃黏膜上皮NGEC细胞,提取细胞中总RNA,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测2种细胞中miR-126和ADAM9 mRNA表达水平。将处于对数生长期的SGC-7901细胞分为miR-126过表达组(miR-126-OE组)和ADAM9基因沉默组(ADAM9 siRNA组),以LipofectamineTM 2000为载体分别转染miR-126模拟物(miR-126 mimics)和敲低ADAM9的RNA寡核苷酸,并设置相应的阴性对照组。采用噻唑蓝(MTT)法检测各组细胞增殖活性,细胞划痕实验检测各组细胞迁移率,Transwell小室实验检测各组细胞的迁移细胞数和侵袭细胞数,Western blotting法检测各组细胞中E-钙黏蛋白、N-钙黏蛋白和波形蛋白表达水平。TargerScan网站预测miR-126的靶基因并通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-126和ADAM9的靶向调控关系,采用RT-qPCR法和Western blotting法检测转染miR-126 mimics后SGC-7901细胞中ADAM9 mRNA和蛋白表达水平。结果:RT-qPCR法检测,与人正常胃黏膜上皮NGEC细胞比较,胃癌SGC-7901细胞中miR-126表达水平明显降低(P<0.05),而ADAM9mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。MTT法检测,SGC-7901细胞过表达miR-126或沉默ADAM9基因48和72 h后,与相应阴性对照组比较,miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组细胞增殖活性均明显降低(P<0.05或P<0.01)。细胞划痕实验检测,与相应阴性对照组比较,48 h后miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组细胞迁移率明显降低(P<0.05)。Transwell小室实验检测,与相应阴性对照组比较,miR-126 OE组和ADAM9 siRNA组迁移细胞数和侵袭细胞数明显减少(P<0.05或P<0.01)。Western blotting法检测,与相应阴性对照组比较,miR-126-OE组和ADAM9 siRNA组细胞中E-钙黏蛋白表达水平明显升高(P<0.05或P<0.01),而N-钙黏蛋白和波形蛋白表达水平明显降低(P<0.05或P<0.01)。靶基因预测,ADAM9的3´-UTR含有与miR-126-3p互补的核苷酸序列。双荧光素酶报告基因实验,ADAM9是miR-126靶向负调控的下游基因。SGC-7901细胞转染miR-126 mimics 48 h后,与mimics NC组比较,miR-126 OE组细胞中ADAM9 mRNA和蛋白表达水平均明显降低(P<0.05或P<0.01)。结论:胃癌SGC-7901细胞中miR-126低表达而ADAM9基因高表达。miR-126过表达可抑制胃癌SGC-7901细胞增殖活性、迁移和侵袭能力,其机制可能与miR-126靶向负调控ADAM9并抑制胃癌细胞的上皮-间质转化(EMT)进程有关。 展开更多
关键词 胃肿瘤 微小RNA-126 靶基因 解整联蛋白金属蛋白酶9 上皮-间质转化
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胶质瘤组织lncRNA SNHG25、miR-497-5p表达与临床特征及预后的关系研究
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作者 段晓伟 张宁 +4 位作者 王晶 高立威 刘秀杰 王喜旺 于国渊 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第12期1463-1468,共6页
目的探讨胶质瘤组织长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因(SNHG)25、微小RNA(miR)-497-5p表达与临床特征及预后的关系。方法选择2019年1月至2020年1月该院收治的157例胶质瘤患者为胶质瘤组,同期该院100例因颅脑损伤接受手术治疗的患... 目的探讨胶质瘤组织长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因(SNHG)25、微小RNA(miR)-497-5p表达与临床特征及预后的关系。方法选择2019年1月至2020年1月该院收治的157例胶质瘤患者为胶质瘤组,同期该院100例因颅脑损伤接受手术治疗的患者为对照组。分别取术中切除的胶质瘤组织和正常脑组织检测lncRNA SNHG25、miR-497-5p表达水平,术后随访3年。分析lncRNA SNHG25表达水平与miR-497-5p的相关性,lncRNA SNHG25、miR-497-5p表达水平与患者临床特征和预后的关系。结果与对照组比较,胶质瘤组lncRNA SNHG25表达水平升高(P<0.05),miR-497-5p表达水平降低(P<0.05)。与肿瘤最大径<4 cm、世界卫生组织(WHO)中枢神经系统肿瘤分级Ⅰ~Ⅱ级比较,肿瘤最大径≥4 cm、WHO中枢神经系统肿瘤分级Ⅲ~Ⅳ级的胶质瘤组织中lncRNA SNHG25表达水平升高,miR-497-5p表达水平降低(P<0.05)。胶质瘤患者的lncRNA SNHG25表达水平与miR-497-5p呈负相关(r=-0.370,P<0.05)。lncRNA SNHG25高表达组累积生存率低于lncRNA SNHG25低表达组(P<0.05),miR-497-5p低表达组累积生存率低于miR-497-5p高表达组(P<0.05)。WHO中枢神经系统肿瘤分级Ⅲ~Ⅳ级、lncRNA SNHG25高表达是胶质瘤患者预后不良的危险因素(P<0.05),miR-497-5p高表达则是保护因素(P<0.05)。结论胶质瘤组织中lncRNA SNHG25表达水平升高,miR-497-5p表达水平降低,且与肿瘤最大径增大、WHO中枢神经系统肿瘤分级高有关,可导致胶质瘤患者不良预后。 展开更多
关键词 胶质瘤 长链非编码RNA 小核仁核糖核酸宿主基因 微小RNA-497-5p
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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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姜黄素对压力超负荷大鼠左心房微小RNA表达谱的影响
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作者 姚青海 李曦铭 尤秉辰 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1235-1241,共7页
目的探讨姜黄素对压力超负荷大鼠纤维化左心房组织微小RNA(miRNA)表达谱的影响。方法45只雄性SD大鼠按照随机数字表法分为对照组(n=15)、模型组(n=15)和姜黄素组(n=15)。制备0.7 mm腹主动脉缩窄(AAC)模型,对照组不进行AAC,姜黄素组AAC... 目的探讨姜黄素对压力超负荷大鼠纤维化左心房组织微小RNA(miRNA)表达谱的影响。方法45只雄性SD大鼠按照随机数字表法分为对照组(n=15)、模型组(n=15)和姜黄素组(n=15)。制备0.7 mm腹主动脉缩窄(AAC)模型,对照组不进行AAC,姜黄素组AAC术后接受300 mg/(kg·d)姜黄素连续灌胃4周。4周时提取大鼠左心房总RNA,通过高通量测序筛选3组间显著差异表达的mRNA和miRNA;通过基因本体(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析、蛋白互作网络(PPI)和miRNA-mRNA关联分析,确定相关的miRNA靶点。结果基因测序和生信分析显示,符合模型组下调+姜黄素组上调的miRNA 155个,符合模型组上调+姜黄素组下调的miRNA 224个。KEGG/GO富集分析和PPI分析、miRNA-mRNA关联分析,共筛选出目标miRNA 9个,分别为rno-miR-667-3p、rno-miR-93-3p、rno-miR-30c-1-3p、rno-miR-329-5p、rno-miR-296-3p、rno-miR-150-5p、rno-miR-330-5p和rno-miR-3068-5p、rno-miR-17-5p;其中rno-miR-150-5p为表达量最大和组间差异最显著的关键miRNA靶点。结论姜黄素通过调控以miR-150-5p为主的系列miRNA异常表达,改善了压力超负荷高血压大鼠左心房纤维化及房颤易感性。 展开更多
关键词 心房纤维化 高血压 姜黄素 基因测序 微小RNA 中药单体
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环状RNA SAMD8调控miR-223-3p/RHOB表达抑制胰腺导管腺癌进程的分子机制
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作者 郑坚江 郑秉礼 刘跃全 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第5期31-39,共9页
目的探讨环状RNA SAMD8(circ-SAMD8)在胰腺导管腺癌(PDAC)进展中的潜在机制。方法基于Microarray数据(GSE79634)分析PDAC组织中circRNAs的表达谱。通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证circ-SAMD8(hsa_circ_0006148)在PDAC组织和... 目的探讨环状RNA SAMD8(circ-SAMD8)在胰腺导管腺癌(PDAC)进展中的潜在机制。方法基于Microarray数据(GSE79634)分析PDAC组织中circRNAs的表达谱。通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证circ-SAMD8(hsa_circ_0006148)在PDAC组织和细胞(CFPAC-1和PANC-1)中的表达。采用生物信息学分析预测circ-SAMD8的靶微小RNA(miRNA)及其下游mRNA,并采用双荧光素酶报告基因实验进行鉴定。采用MTT法和集落形成法检测PDAC细胞的增殖能力。采用免疫印迹法(Western blot)检测抗凋亡蛋白Bcl-2和促凋亡蛋白Bax的表达水平。采用流式细胞术检测凋亡细胞百分比。结果circ-SAMD8在PDAC组织和细胞中的表达水平低于癌旁组织和正常细胞,差异有统计学意义(P<0.05)。过表达circ-SAMD8能有效促进PDAC细胞凋亡,抑制PDAC细胞增殖。双荧光素酶报告基因实验显示,miR-223-3p是circ-SAMD8的一个潜在相互作用分子,miR-223-3p的下游mRNA靶点是RHOB。miR-223-3p在PDAC组织和细胞中异常过表达,并伴有RHOB低表达。在转染miR-223-3p模拟物或sh-circ-SAMD8的PDAC细胞中,RHOB表达显著降低,增殖能力增强,凋亡率降低。结论circ-SAMD8通过海绵化miR-223-3p,调控下游RHOB的表达,有效抑制PDAC的发生发展。 展开更多
关键词 胰腺导管腺癌 环状RNA SAMD8 微小RNA-223-3p RHOB基因 靶点 细胞增殖
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表观遗传修饰对ABO基因表达影响的研究进展
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作者 冯晨晨 周彦君 +2 位作者 张若洋 赵芳 韦晓 《医学综述》 CAS 2024年第4期412-416,421,共6页
ABO血型的精准鉴定对临床安全输血至关重要。血清学和基因分型技术的应用使疑难血型鉴定问题得到一定程度的解决,但临床仍有表型与基因型不匹配的问题存在,影响血型鉴定和有效输血。表观遗传修饰是调控基因表达的重要方式,包括DNA甲基... ABO血型的精准鉴定对临床安全输血至关重要。血清学和基因分型技术的应用使疑难血型鉴定问题得到一定程度的解决,但临床仍有表型与基因型不匹配的问题存在,影响血型鉴定和有效输血。表观遗传修饰是调控基因表达的重要方式,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控。ABO基因的表达受到表观遗传机制的调控,因此表观遗传修饰对ABO基因表达的影响可能是这部分血型难以鉴定的分子机制之一。DNA甲基化水平对ABO基因表达影响的研究较多,但有关其他表观遗传修饰机制的研究较少,尤其是多种类型的非编码RNA被发现,它们对ABO基因表达的调控机制需要更多的研究进行探讨。 展开更多
关键词 ABO基因 DNA甲基化 组蛋白修饰 微RNA
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miR-381-3p对口腔癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的调控作用及其机制
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作者 郝妍 白相宇 +1 位作者 霍峰 陈喜波 《山东医药》 CAS 2024年第20期6-10,共5页
目的 观察微小RNA(miR)-381-3p对口腔癌细胞增殖、侵袭、迁移能力的调控作用,并基于甲基转移酶SETDB1基因调控探讨相关机制。方法 采用RT-PCR法检测口腔癌细胞系CAL-27和正常口腔黏膜上皮细胞系ATCC中的miR-381-3p。培养CAL-27细胞,分... 目的 观察微小RNA(miR)-381-3p对口腔癌细胞增殖、侵袭、迁移能力的调控作用,并基于甲基转移酶SETDB1基因调控探讨相关机制。方法 采用RT-PCR法检测口腔癌细胞系CAL-27和正常口腔黏膜上皮细胞系ATCC中的miR-381-3p。培养CAL-27细胞,分为模拟物组、阴性对照组和未转染组,模拟物组和阴性对照组分别转染miR-381-3p模拟物和miR-381-3p阴性对照,未转染组不进行转染;采用CCK-8法检测细胞增殖能力,Transwell小室实验检测细胞侵袭能力,划痕愈合实验检测细胞迁移能力。采用TargetScan(http://www. targetscan. org/vert_80/)预测miR-381-3p与SETDB1结合位点,应用双荧光素酶报告基因分析进行验证;采用RT-PCR法检测CAL-27细胞和ATCC细胞中的SETDB1 mRNA,Western blotting法检测SETDB1蛋白;将CAL-27细胞分为模拟物组、阴性对照组和未转染组,模拟物组、阴性对照组分别转染miR-381-3p模拟物和阴性对照,未转染组不进行转染,采用RT-PCR法检测SETDB1 mRNA。结果 CAL-27细胞中miR-381-3p表达低于ATCC细胞(P<0.05)。模拟物组在培养12、24、36、48 h时细胞增殖能力低于阴性对照组和未转染组(P均<0.05)。模拟物组细胞迁移距离、穿膜细胞数均低于阴性对照组和未转染组(P均<0.05)。SETDB1存在连续的、可以与miR-381-3p互补的核苷酸序列;共转染SETDB1-WT和miR-381-3p质粒的CAL-27细胞相对荧光素酶活性低于其他组细胞(P均<0.05);CAL-27细胞中SETDB1mRNA和蛋白表达高于ATCC细胞(P均<0.05);模拟物组SETDB1 mRNA表达低于阴性对照组和未转染组(P均<0.05)。结论 miR-381-3p能够抑制口腔癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力,其作用机制可能与调节SETDB1表达有关。 展开更多
关键词 微小RNA-381-3p 口腔癌 SETDB1基因 细胞增殖 细胞侵袭 细胞迁移
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乙型肝炎病毒基因组转染HepG2细胞的microRNA表达研究 被引量:8
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作者 刘妍 张亮 +3 位作者 戴久增 王琳 赵建晴 徐东平 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期92-95,共4页
目的检测乙型肝炎病毒(HBV)全基因组转染对人肝母细胞瘤细胞系HepG2细胞中microRNA(miRNA)表达的影响,为进一步探讨肝细胞中HBV复制的分子生物学机制提供平台。方法分别提取HepG2.2.15细胞(转染HBV全基因组的HepG2细胞,实验组)和其亲本H... 目的检测乙型肝炎病毒(HBV)全基因组转染对人肝母细胞瘤细胞系HepG2细胞中microRNA(miRNA)表达的影响,为进一步探讨肝细胞中HBV复制的分子生物学机制提供平台。方法分别提取HepG2.2.15细胞(转染HBV全基因组的HepG2细胞,实验组)和其亲本HepG2细胞(对照组)的总RNA并分离miRNA,采用含509条探针的哺乳动物miRNA表达谱芯片对两组之间差异表达的miRNA进行分析。用SAM软件针对差异miRNA筛选的标准为在两组之间荧光强度差异4倍以上,差异miRNA的整体假阳性率为0。选择其中2个miRNA,应用实时荧光定量RT-PCR方法对芯片结果进行验证。结果HepG2.2.15细胞与HepG2细胞间差异表达的miRNA共27个(占5.3%),其中7个表达上调,20个表达下调。miR-181d和miR-15a的实时荧光定量RT-PCR验证结果与芯片表达结果基本一致。结论肝细胞中存在着与HBV复制相关的miRNA,这些上调和下调表达的miRNAs可能参与了HBV在肝细胞中的复制。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 微RNAS 基因表达
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