湖泊沉积物中DNA提取与PCR扩增

对湖泊沉积物中保存的生物大分子—DNA进行研究分析,以探讨湖泊生态系统随环境改变而演变的过程。根据前人对土壤和海洋沉积物DNA的提取方法,针对湖泊沉积物的特点进行改进,在此基础上对太湖梅梁湾湖泊沉积岩芯进行DNA提取和扩增。结果表明:不同深度湖泊沉积物均能获得DNA,且纯度较高,OD260/OD280均大于1.4、OD260/OD230大于1.1,可直接用于PCR(polymerase chain reaction)扩增。对微囊藻的16S rRNA基因进行PCR扩增,结果发现在前5个沉积物样品中,均得到了200 bp左右的微囊藻16S rRNA基因片段,表明微囊藻或已降解的微囊藻基因片段存在于这5个层位的湖泊沉积物中。这为利用湖泊沉积物中的生物分子来推断历史湖泊生物群落结构,判断湖泊生态演变的历史提供了新的研究思路。

蓝绿藻基因组DNA提取方法的比较研究(英文)

分子生物学技术已广泛渗入微藻研究的各个领域,其中DNA的抽提和保存技术尤为重要.作者介绍了商业试剂盒、CTAB和Wizard3种具有代表性的DNA抽提方法,将其应用于绿色微囊藻和铜绿色微囊藻基因组DNA的抽提中,并对这3种方法的抽提有效性、纯度、数量、DNA完整性和PCR扩增能力进行了比较.结果显示:尽管CTAB和Wizard方法提取DNA质量和纯度较高,适合PCR扩增、克隆和酶切反应,但改进的CTAB法是最有效、最经济和最方便的DNA抽提方法.另一方面,我们发现用乙醇固定微囊藻细胞是比较好的策略,通过优化固定时间、固定剂浓度、固定温度可得到高质量的核苷酸用于进一步的分子生物学研究.

水中铜绿微囊藻定量PCR检测方法的建立

为了建立一种检测水中铜绿微囊藻浓度的定量PCR方法,分别用SDS裂解法和DNeasy Blood&Tissue Kit试剂盒提取标准品的DNA并建立标准曲线.结果表明采用DNeasy Blood&Tissue Kit试剂盒提取的标准品DNA具有很好的重复性,经定量PCR扩增得到的标准曲线R2为0.968,可以用来检测样品中铜绿微囊藻的浓度,为建立一套长期有效的测定水中铜绿微囊藻浓度的监测体系提供了技术参考.