基于小胸鳖甲转录组的免疫相关基因发掘

利用小胸鳖甲(Microdera punctipennis)的转录组数据注释并筛选出其免疫相关基因。在获得的198206个unigene中,共注释49034个基因,占转录组总unigene的24.74%,通过注释信息和手动筛选获得了107个免疫相关基因的1750个同源unigene,这些基因主要编码模式识别受体、免疫信号转导及调控因子和免疫效应因子。结果表明,在小胸鳖甲Toll、MAPK-JNK-p38和JAK-STAT免疫通路大多数是完整和保守的,其免疫相关的细胞过程,如自噬、凋亡和RNA干扰及其调节剂大部分也是保守的,同时具有多种免疫效应物,如抗菌肽、热休克蛋白、溶菌酶、酚氧化酶、几丁质酶和抗氧化酶等。然而,其他昆虫中普遍存在的IMD、FADD和Dome等保守免疫相关基因在小胸鳖甲中没有找到。根据筛选的免疫相关基因初步绘制了昆虫小胸鳖甲免疫通路图。建立的小胸鳖甲免疫系统的框架可为非果蝇类昆虫免疫相关基因的研究提供借鉴。

小胸鳖甲qRT-PCR内参基因筛选和表达稳定性分析

为在小胸鳖甲(Microdera punctipennis)基因表达研究中获得更加可靠准确的数据,用qRT-PCR分析功能基因表达量研究小胸鳖甲应激响应,选择5个候选基因EF1α、GAPDH、ACTB、18S rRNA和TUB,使用RefFinder、BestKeeper、GeNorm和NormFinder和平均循环次数(ΔCt)5种方法评估各基因在小胸鳖甲组织、发育历期以及低温处理的表达稳定性。结果表明,小胸鳖甲不同发育历期中最佳内参基因组合是EF1α、GAPDH和ACTB,不同组织中最稳定的是EF1α,低温处理时应选择EF1a和ACTB,基因组合EF1α、TUB和ACTB可在所有条件下使用。