循环肿瘤DNA液态活检检测微小残留病在实体肿瘤诊疗中的研究进展

基于液态活检的微小残留病(minimal residual disease,MRD)检测在各肿瘤疾病的应用中具有巨大的潜力,随着基因测序技术和生物信息学的发展,二代测序(next-generation sequencing,NGS)作为一种新兴的MRD检测技术,可以对循环肿瘤DNA(circulation tumor DNA,ctDNA)进行定量和定性分析,目前在多种实体瘤中的应用均具有高灵敏度和高特异度。多项研究已证实基于ctDNA的MRD检测结果与患者复发预测、预后判断、疗效评估及个体化分层治疗均有临床相关性,且相较于传统临床手段优势明显。但目前ctDNA MRD的检测技术应用于常规临床实践仍需要大量临床数据的支持,检测方法的统一标准仍未建立。

循环肿瘤DNA作为实体肿瘤微小残留病标志物的研究进展

循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)作为评估肿瘤的新标志物,具有高灵敏度和特异度、创伤小且无放射性等优点,目前有基因测序及聚合酶链式反应等多种检测ctDNA的方法。利用ctDNA监测微小残留病(minimal residual disease,MRD),可纵向评估肿瘤情况及早期发现肿瘤复发,其灵敏度达0.01%。因此ctDNA有望成为对实体肿瘤的早期诊断、监测治疗反应和预测预后的生物标志物。该文综述了目前检测ctDNA的常用方法及其在评估肿瘤MRD和指导临床诊疗上的优势。

基于ctDNA的分子残留病灶检测对非小细胞肺癌根治术后生存的预测效能

目的探讨基于循环肿瘤DNA(ctDNA)的分子残留病灶(MRD)检测对非小细胞肺癌(NSCLC)患者根治术后近远期生存的预测效能。方法选取重庆医科大学附属第一医院胸外科行根治术治疗的114例NSCLC患者为研究对象,于术后1周采集患者静脉血,采用液态活检和二代测序技术检测ctDNA MRD。统计患者术后MRD阳性率,并分析其与临床病理特征的关系。记录患者术后1年、5年生存情况,采用Kaplan-Meier生存曲线比较MRD阳性和阴性患者的近远期生存率,采用Cox回归模型分析NSCLC根治术后近远期生存的影响因素,分析MRD检测对NSCLC根治术后近远期生存的预测效能。结果NSCLC患者术后MRD阳性率为36.84%,低/未分化、肿瘤直径>3 cm、纵隔淋巴结转移、TNM分期ⅢA期的NSCLC患者MRD阳性率分别高于高/中分化、肿瘤直径≤3 cm、无纵隔淋巴结转移、TNM分期Ⅰ~Ⅱ期患者(P<0.05)。NSCLC患者术后1年、5年生存率分别为83.33%、52.63%,MRD阳性患者近远期生存率均低于MRD阴性患者(P<0.001)。低/未分化、肿瘤直径>3 cm、TNM分期ⅢA期、术后MRD阳性均是影响NSCLC根治术后患者近远期生存的危险因素(P<0.05),而纵隔淋巴结转移是影响NSCLC根治术后患者远期生存的危险因素(P<0.05)。术后MRD预测NSCLC患者根治术后近期生存的灵敏度、特异度、准确度分别为73.68%、89.47%、76.32%,预测远期生存的灵敏度、特异度、准确度分别为95.00%、72.22%、84.21%。结论NSCLC患者MRD阳性率与肿瘤分化程度、TNM分期、肿瘤大小等有关,是影响NSCLC根治术后近远期生存的危险因素,且对近远期生存预测具有重要价值。

ctDNA在结直肠癌患者全程管理中的临床应用现状及展望

循环肿瘤DNA(ctDNA)是来自于凋亡/坏死肿瘤细胞释放到体液中的单链和双链DNA片段,具有与肿瘤组织相似的遗传构成。结直肠癌(CRC)患者体液中的ctDNA携带肿瘤细胞的遗传特征并描述肿瘤组织的分子学特性。越来越多的研究表明ctDNA在CRC早期诊断、围手术期全程管理以及辅助晚期治疗等各个方面都发挥一定的应用价值。该文就ctDNA在CRC发生发展各个阶段中的应用现状作一综述。

ctDNA在B细胞淋巴瘤中的研究进展

循环肿瘤DNA(ctDNA)是肿瘤患者体液循环中一种广泛存在的游离DNA片段,相较于肿瘤实体病灶,ctDNA具有取材方便、安全无创、信息全面等优势。ctDNA检测可应用于B细胞淋巴瘤的治疗前、治疗中和治疗后等各个阶段,在肿瘤辅助诊断、预后分层、靶向治疗、疗效评估、微小残留病灶(MRD)监测及预测复发等方面具有重要指导意义。本文主要就ctDNA在B细胞淋巴瘤中的相关检测手段、应用进展和前景展望等作一概述。

微量DNA高效提取方法

[目的]探究一种高效的提取微量地衣体及地衣共生菌DNA的方法。[方法]在CTAB法的基础上,对溶液成分、比例及应用硅基质吸附柱对微量DNA提取进行优化。[结果]对于叶状、枝状和壳状地衣,采用该方法可得到质量较高的DNA。[结论]所用方法既节约样品,简便易行,费用低,稳定性好,效率高,而且不局限于新鲜材料。

图的最小顶点覆盖问题的质粒DNA计算模型

给出了图的最小顶点覆盖问题的质粒DNA计算模型及其实现算法 .算法的时间复杂性是O(q) ,编码最小覆盖问题所需的核苷酸片段种类为n ,其中n ,q分别是图的规模和边数 .在算法中 ,所用酶的种类也等于图的规模 .而且 。

类呋喃香豆素的合成与DNA的结合及细胞毒性研究

呋喃香豆素类化合物无紫外光辅助照射时抗肿瘤活性低,为提高其正常情况下的抗肿瘤活性,依据"最小嵌入"假说对其进行结构改造。把呋喃香豆素结构中的呋喃环拆分出来,使其与香豆素由原来稠环相并的结合方式转变为通过化学键相连,得到合成简化的类呋喃香豆素。利用DNA熔解曲线、吸收光谱、荧光发射光谱和粘度测试考察了这些类呋喃香豆素与DNA的相互作用。综合DNA溶解曲线、光谱法和粘度测试的结果,推测除目标产物5b是一DNA嵌入剂外,其他化合物嵌入DNA能力下降,5a以部分嵌入方式与DNA结合,5c和5d是通过极为少见、鲜有报道的"桥型结构"与DNA相结合。利用"罗丹明B蛋白染色法"考察了目标化合物的体外细胞毒性,测试结果显示,与对照品补骨脂素相比这些化合物对肿瘤细胞体外生长抑制作用明显增强,并且非经典嵌入结合的化合物活性增强更明显。该研究拓展了"最小嵌入"假说的应用范围,同时为呋喃香豆素类化合物结构改造提供了依据。

最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法

提出了闭环DNA计算模型的基本概念及其基本生化实验,并给出了解决最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造顶点覆盖补集的构想;再通过电泳实验得到最小顶点覆盖的补集,由补集得到最小顶点覆盖。这使得算法的设计独特而新颖;由于算法仅用到基本的生化实验,这使得算法的实现简捷、可靠。

基于面上DNA计算求解最小集合覆盖问题

利用DNA分子结构推得DNA计算机理及实现方式,提出用面上DNA计算模型求解最小集合覆盖问题,给出了具体应用和算法评价;在计算模板表面穷举了所有可能的结果,同一时间验证结果是否满足条件,实现DNA计算的强大并行性;同时在互补的寡聚核苷酸片段发生退火反应时,通过催化剂来决定是否杂交,减少人工参与、提高计算效率。最后,通过计算机仿真模拟验证了本模型的可行性。

大规模T-DNA插入突变体筛选中所需T_2代最小样本容量的确定方法

在利用T-DNA插入,大规模产生突变体的工作中,通常将一定数量的T1代植株混合收获,建立T2代种子池,然后以池为单位进行突变体筛选。本文提出了在一定概率保证下,确定突变体筛选所需的最小样本容量(种子数量)的方法,以期能够既不遗漏突变体,又不浪费人力物力。

四链DNA(loopG4)螺旋结构的计算机模拟

对包含连续鸟嘌呤的寡核苷酸所形成两种反平行四链ＤＮＡ（统称ｌｏｏｐＧ４）的螺旋体部分进行了计算机模拟，给出了各种结构参数，发现ｌｏｏｐＧ４中的磷酸基团呈疏密相间的分布，导致与其抗衡的Ｋ＋亦呈疏密相间的分布。与先前做的平行四链ＤＮＡ相比较，平行Ｇ４的构象能最低，二沟Ｇ４和三沟Ｇ４次之。ｌｏｏｐＧ４中Ｇ四聚体的两种不同堆积方式以背对背的堆积能为低，为实验结果提供了理论支持。还探讨了能量优化过程中Ｇ４－ＤＮＡ的构象变化趋势。

MSC问题的一类表面DNA解法

利用基于表面的DNA粘贴模型求解最小集合覆盖问题。改进体现在计算模版表面穷举了所有可能的结果,同一时间验证结果是否满足条件,真正实现了DNA的强大并行性。同时在互补的寡聚核苷酸片段发生退火反应时,利用特殊的化学反应,通过催化剂来决定是否杂交,减少了人工参与,提高了计算效率。通过计算机仿真模拟验证了模型的可行性。

儿童急性粒细胞白血病DNA指纹变化的研究

应用M13、MYO,LE11.8三种小卫星探针,通过Southern杂交法,检测了8例儿童AML在病程中的DNA指纹变化情况,结果表明:初治或复发时与完全缓解时的DNA指纹不相同,DNA指纹为检测儿童AML的微小残留病灶提供了敏感方法。

白血病微小残留病的检测及相关治疗中DNA甲基化的研究进展

DNA甲基化异常在恶性肿瘤中是一种最常见的表观遗传学改变,它在基因表达调控、基因组稳定性中起着重要作用,与白血病的发生、发展密切相关。肿瘤相关基因甲基化状态的分析可作为一种生物标志物用于白血病微小残留病的检测及复发风险的评估。因此,诱导抑癌基因去甲基化在抗肿瘤药物研究中具有重要意义。本文就近年来在DNA甲基化与白血病发生的关系及白血病去甲基化相关治疗的研究进展作一综述。

循环肿瘤DNA和循环肿瘤细胞检测乳腺癌微小残留病灶的研究

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,20%~30%的病人面临复发及转移的风险。微小残留病灶被认为是乳腺癌病程进展的重要因素之一,与不良预后有密切关系。目前微小残留病灶的检测主要依靠液体活检,包括循环肿瘤DNA及循环肿瘤细胞的检测。本文主要探讨乳腺癌微小残留病灶的检测方法,及其在预后评估、复发监测以及疗效评估中的应用。

DNA甲基化异常与白血病微小残留病

微小残留病(minimal residual disease,MRD)是白血病患者复发的主要根源,严重影响患者的生存质量。DNA甲基化是一种重要的表观遗传学调控机制,与白血病的发生发展关系密切。肿瘤相关基因DNA甲基化的异常改变可作为一种分子标志物用于监测白血病MRD,预测疾病复发、指导临床治疗和判断预后。本文就近年来相关基因DNA甲基化异常与白血病MRD之间的研究作一简要综述。

基于DNA步行者求解最小顶点覆盖问题的计算模型

DNA步行者作为一类可执行复杂操作的新兴动态DNA纳米机器,可以在纳米尺度上以可控的方式在指定轨道内行走.文章将DNA步行者用于解决最小顶点覆盖问题,首先构造出全部顶点覆盖,用删除实验得到顶点覆盖的补集,再通过荧光探针N-甲基卟啉二丙酸(NMM)特异性识别G-四链体结构,产生荧光,最终得到最小顶点覆盖.该模型设计独特新颖,通用性好,操作简单,运行效率更高.

微量生物液体机器人分配系统的研究

本文从系统功能的角度出发 ,分析了广泛应用于基因研究和蛋白质研究领域的微量液体分配系统的主要功能和主要功能模块 ,着重研究了系统的关键技术 .并对微量液体分配系统的发展方向和需要解决的问题提出几点看法 .

最小顶点覆盖问题的改进粘贴模型

DNA计算是一种模拟生物分子DNA的结构并借助于分子生物技术进行计算的新方法。它开创了以化学 反应作为计算工具的先例,具有广阔的应用前景。本文简单回顾了DNA计算的发展,并简要介绍了分子计算的一 种模型--粘贴模型。最后我们利用粘贴模型的基本原理,运用荧光标记技术,提出了最小顶点覆盖问题的表面技 术解决方案。