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基于分子动力学模拟的扩展青霉棒曲霉素MFS蛋白转运机制研究
1
作者 杨琪 王艳玲 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第18期200-208,共9页
扩展青霉可产生具有毒性的次生代谢产物—棒曲霉素。PatC基因编码MFS转运蛋白将棒曲霉素的前体物质转运至胞外,在棒曲霉素防治中具有较高的参考价值。为研究PatC蛋白的转运机制,利用生物信息学方法预测PatC的空间结构,采用分子对接和分... 扩展青霉可产生具有毒性的次生代谢产物—棒曲霉素。PatC基因编码MFS转运蛋白将棒曲霉素的前体物质转运至胞外,在棒曲霉素防治中具有较高的参考价值。为研究PatC蛋白的转运机制,利用生物信息学方法预测PatC的空间结构,采用分子对接和分子动力学模拟解析棒曲霉素前体分子(E-ascladiol)与PatC的作用位点及可能的作用机制。结果表明,该蛋白含有546个氨基酸,含有14个跨膜螺旋且具有MFS功能结构域;分子对接结果显示,该蛋白与E-ascladiol存在4个结合位点,分别为SER353、TYR336、PRO339、PRO188。针对Wild蛋白复合体系及P188A突变体系进行200 ns的分子动力学模拟,结果显示小分子底物与PatC结合紧密,且位于氨基酸序列Pro188~Ser197aa和Gly231~Val241aa区域内形成复合体后,蛋白的柔性发生强烈变化,由此可推测这两个区域可能存在作用位点。通过对P188A突变体系的各参数数据的分析,可以预测PRO188作为PatC的重要靶点,为后续的分子实验提供基础理论。该研究结果为探索棒曲霉素的转运机制奠定基础,为防治苹果腐烂提供了新策略。 展开更多
关键词 扩展青霉 棒曲霉素 mfS 转运蛋白 分子对接 分子动力学
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Editorial's note: The Opportunity and Challenge Faced by Molecular Medicine
2
《Journal of Reproduction and Contraception》 CAS 2002年第2期116-116,共1页
Since 1980’s,life science has been holding a prominent place in the development ofscience and it is expected to become one of the leading disciplines in the 21 century.Currently the development of life science presen... Since 1980’s,life science has been holding a prominent place in the development ofscience and it is expected to become one of the leading disciplines in the 21 century.Currently the development of life science presents the following characteristics:1.The understanding of life was deepened to the molecule level. 展开更多
关键词 The Opportunity and Challenge faced by molecular Medicine Editorial’s note
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温度对金纳米线拉伸塑性变形影响的分子动力学模拟研究
3
作者 廉会彬 王占鑫 +2 位作者 翟亚迪 王立华 韩晓东 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期447-453,共7页
小尺寸金(Au)纳米线因具有优异的力学性能而受到广泛关注。而之前的相关研究大多是在常温下进行,不同低温下的研究较少。研究金纳米线在低温下塑性变形行为,能够为其低温下的应用提供理论依据。本文采用分子动力学模拟的方法,研究了不... 小尺寸金(Au)纳米线因具有优异的力学性能而受到广泛关注。而之前的相关研究大多是在常温下进行,不同低温下的研究较少。研究金纳米线在低温下塑性变形行为,能够为其低温下的应用提供理论依据。本文采用分子动力学模拟的方法,研究了不同温度下菱形Au纳米线的力学行为,发现Au纳米线的强度和塑性变形能力会随温度降低而增大。另外,Au纳米线的塑性变形机制受温度影响会发生转变。在175~350 K时,其塑性变形机制主要为Shockley偏位错发射导致纳米线形成大量层错,之后出现切变和过早颈缩。在50~140 K时则转变为以偏位错发射为主,首先形成平滑的孪晶界并发生迁移,之后形成交叉的孪晶界并继续迁移,过程中生成大量孪晶,最终产生40.16%的均匀变形。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 金纳米线 塑性变形 孪晶 面心立方金属
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UF膜和MF膜技术在饮用水处理中应用现状的研究 被引量:14
4
作者 张捍民 王宝贞 《哈尔滨建筑大学学报》 2000年第6期68-61,共1页
膜技术是 21世纪最有前途的水处理技术之一, UF膜和 MF膜技术是其中很重要的一个组成部分。 UF膜和 MF膜可截留水中绝大部分悬浮物、胶体和细菌,是可靠的除浊和消毒工艺,但对水中有机物去除率不高,需要适当的预处理。膜污染是 UF膜... 膜技术是 21世纪最有前途的水处理技术之一, UF膜和 MF膜技术是其中很重要的一个组成部分。 UF膜和 MF膜可截留水中绝大部分悬浮物、胶体和细菌,是可靠的除浊和消毒工艺,但对水中有机物去除率不高,需要适当的预处理。膜污染是 UF膜和 MF膜技术用于净水处理的最大障碍,应尽可能减轻膜的浓差极化,延缓膜污染,从而延长膜的使用周期和使用寿命,取得更佳的经济效益。 展开更多
关键词 超滤膜 微滤膜 饮用水处理 膜污染 预处理
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单晶钨辐照损伤的分子动力学研究
5
作者 刘松畅 余新刚 《中国科学院大学学报(中英文)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期452-460,共9页
在磁约束核聚变装置中,金属钨由于具有优良的物理化学性能被认为是目前最合适的面向等离子体材料,然而,有关金属钨在高能中子辐照下缺陷演化的研究尚不充分。鉴于此,采用分子动力学方法对单晶钨的辐照损伤演化进行大量模拟,考察入射能... 在磁约束核聚变装置中,金属钨由于具有优良的物理化学性能被认为是目前最合适的面向等离子体材料,然而,有关金属钨在高能中子辐照下缺陷演化的研究尚不充分。鉴于此,采用分子动力学方法对单晶钨的辐照损伤演化进行大量模拟,考察入射能量、载荷和杂质原子对辐照演化过程,以及辐照缺陷对单晶钨力学性能的影响规律。结果表明:碳和氢原子在钨晶格中的滞留均在一定程度上增加了辐照缺陷的产生,而且,相比于氢,碳的影响更加显著;压缩载荷对辐照缺陷有一定的抑制作用,拉伸载荷则相反;辐照产生的Frenkel缺陷可以促进位错的发射,同时对位错的运动也具有阻碍作用。 展开更多
关键词 分子动力学 粒子辐照 金属钨 面向等离子体材料
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Micro-Polluted Surface Water Treatment by PAC-MBR Process
6
作者 张江朝 顾平 米宝霞 《Transactions of Tianjin University》 EI CAS 2002年第3期159-164,共6页
A kind of hybrid membrane process, which integrated powdered activated carbon (PAC) with membrane bioreactor (MBR), was designed for bench scale experiment for micro-polluted surface water treatment. Molecular weight ... A kind of hybrid membrane process, which integrated powdered activated carbon (PAC) with membrane bioreactor (MBR), was designed for bench scale experiment for micro-polluted surface water treatment. Molecular weight analysis was used to evaluate the efficiency of each unit process and the integration of them. The result of analysis indicated that organic molecules in the treated water from PAC-MBR process were concentrated on the section of below 1000, while PAC adsorption could enhance the removal efficiency of this section due to the high percent of biodegradation recalcitrant organic matter with low molecular weight. It was demonstrated that PAC adsorption and biological treatment promoted each other in PAC-MBR process, with a removal efficiency of 70% for COD Mn and UV 254, 100% for UV 410 and 92% for ammonia nitrogen in its stable stage. 展开更多
关键词 membrane bioreactor (MBR) powdered activated carbon (PAC) hollow fiber membrane microfiltration (mf) micro-pollution organic matter molecular weight distribution
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Theoretical Simulations of Irradiation-Induced Sputtering at Tungsten Surface
7
作者 Xue-min Hua Hai-yan He +3 位作者 Wen-yi Ding Ru Ding Jun-ling Chen Bi-cai Pan 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2017年第1期77-82,I0002,共7页
The irradiation-induced sputtering and the structural damage at tungsten surface are investigated by using molecular dynamics simulations at the level of quantum mechanics. Our simulations indicate that the sputtered ... The irradiation-induced sputtering and the structural damage at tungsten surface are investigated by using molecular dynamics simulations at the level of quantum mechanics. Our simulations indicate that the sputtered atoms appear when the energy of incident primary knock-on atom (PKA) is more than 200 eV and the incident angle of the PKA is larger than 65°. Meanwhile, the irradiation-induced vacancies are less when the incident angle of PKA is in the range of 45°-65°. So, the optimum incident angles of PKA are suggested to reduce the irradiation-induced damage of the W surface. Furthermore, we find that the interstitials contained in the systems accelerate the sputtering whereas the intrinsic vacancies suppress the sputtering when the PKA is near the defects. 展开更多
关键词 SPUTTERING W surface Plasma facing material Tight-binding molecular dynamics simulations
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Molecular Dynamics Simulations of Deposition and Damage on Tungsten Plasma-Facing Materials by Tungsten Dust
8
作者 牛国鉴 李小椿 +2 位作者 丁锐 徐倩 罗广南 《Plasma Science and Technology》 SCIE EI CAS CSCD 2014年第8期805-808,共4页
Classical molecular dynamics has been used to study the interactions between tung- sten (W) plasma-facing materials (PFMs) and dust grains. The impact velocity of dust grains is in the range from 324 m/s to 3240 m... Classical molecular dynamics has been used to study the interactions between tung- sten (W) plasma-facing materials (PFMs) and dust grains. The impact velocity of dust grains is in the range from 324 m/s to 3240 m/s. The main effect of dust grains with low impact velocity is deposition. However, a material surface can be damaged by high velocity dust grains. The cumulative damage of impacting dust grains has also been take into account. When the impact velocity is low, no significant damage is detected but a porous firm forms on the surface. Serious damage can be produced on PFMs if the impact velocity is high. 展开更多
关键词 molecular dynamics DUST plasma-facing materials
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Study on Ultra-Short Laser Pulse Ablation of Metals by Molecular Dynamics Simulation
9
作者 刘璇 王扬 赵丽杰 《Journal of Beijing Institute of Technology》 EI CAS 2006年第4期406-410,共5页
The dynamical progresses involved in ultra-short laser pulse ablation of face-centered cubic metals under stress confinement condition are described completely using molecular dynamics method. The laser beam absorptio... The dynamical progresses involved in ultra-short laser pulse ablation of face-centered cubic metals under stress confinement condition are described completely using molecular dynamics method. The laser beam absorption and thermal energy turning into kinetics energy of. atoms are taken into account to give a detailed picture of laser metal interaction. Superheating phenomenon is observed, and the phase change from solid to liquid is characterized by a destroyed atom configuration and a decreased number density. The steep velocity gradients are found in the systems of Cu and Ni after pulse in consequence of located heating and exponential decrease of fluences following the Lambert-Beer expression. The shock wave velocities are predicted to be about 5 000 m/s in Cu and 7 200 m/s in Ni. The higher ablation rates are obtained from simulations compared with experimental data as a result of a well-defined crystalline surface irradiated by a single pulse. Simulation results show that the main mechanisms of ablation are evaporation and thermoelastic stress due to located heating. 展开更多
关键词 molecular dynamics simulation ultra-short laser pulse ablation potential function face-centered cubic metal
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端面密封材料S-07不锈钢滑动摩擦学行为的分子动力学模拟 被引量:1
10
作者 王权 庄宿国 +2 位作者 黄丹 朱正兴 刘秀波 《润滑与密封》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期141-146,共6页
为探究端面密封材料S-07不锈钢在不同参数下的摩擦学行为,构建纳米尺度下S-07不锈钢的摩擦磨损模型,以对偶件的压入深度和滑动速度作为变量,研究S-07不锈钢表面摩擦学性能及形貌变化。结果表明:随着摩擦相对滑动速度的增加(50、100、150... 为探究端面密封材料S-07不锈钢在不同参数下的摩擦学行为,构建纳米尺度下S-07不锈钢的摩擦磨损模型,以对偶件的压入深度和滑动速度作为变量,研究S-07不锈钢表面摩擦学性能及形貌变化。结果表明:随着摩擦相对滑动速度的增加(50、100、150 m/s),S-07不锈钢磨损表面粗糙度降低;随着对偶件压入深度(0.3、0.6、0.9 nm)的增大,摩擦因数呈上升趋势;磨损量随压入深度增大而增大,随滑动速度上升呈下降趋势。在微观尺度上,从位错、塑性变形等角度解释了在不同磨损条件下S-07不锈钢性能变化的原因,为该材料适用摩擦工况的选择提供了理论参考。 展开更多
关键词 端面密封 摩擦学行为 分子动力学模拟 S-07不锈钢
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南召辛夷SRAP遗传多样性分析及指纹图谱的构建 被引量:2
11
作者 王岚 郭晓琴 +1 位作者 张宏 李靖靖 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第2期249-254,共6页
利用毛细管电泳技术,鉴定SRAP(Sequence-related amplified polymorphisms)引物在34个南召辛夷种系中扩增条带的遗传多样性,聚类分析并构建DNA指纹图谱,为南召辛夷的种系鉴定和分子育种提供理论依据。结果表明:(1)5对SRAP引物共扩增出7... 利用毛细管电泳技术,鉴定SRAP(Sequence-related amplified polymorphisms)引物在34个南召辛夷种系中扩增条带的遗传多样性,聚类分析并构建DNA指纹图谱,为南召辛夷的种系鉴定和分子育种提供理论依据。结果表明:(1)5对SRAP引物共扩增出71条带,其中59条多态性的条带(83.1%),每对引物扩增出多态性位点为9~15条,平均为11.8条;(2)选用多态性高、鉴别能力强的2对引物构建了34份南召辛夷种系基于22个位点的DNA指纹图谱;(3)34份南召辛夷的遗传相似系数为0.58~0.97。UPGMA聚类结果显示,34个南召辛夷样品可分为6大类群,且与采摘地无直接关系。 展开更多
关键词 南召辛夷 SRAP 遗传多样性 指纹图谱 分子标记
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微滤法处理分子筛催化剂生产废水 被引量:4
12
作者 张林生 徐洪斌 +2 位作者 李从华 林忠信 韩冰冰 《中国给水排水》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期50-52,共3页
 分子筛催化剂生产废水多采用沉淀法处理,但效果较差,为此开展了微滤法处理该废水的试验研究。结果表明,微滤处理效果好,出水水质基本满足回用要求,同时还可回收分子筛催化剂。此外还得到了微滤的最佳工作参数。
关键词 分子筛催化剂废水 微滤 膜通量
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中频对向靶磁控溅射制备超薄ZnO薄膜及其在太阳电池中的应用 被引量:2
13
作者 李微 孙云 +3 位作者 敖建平 何青 刘芳芳 李凤岩 《人工晶体学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第3期584-588,共5页
中频溅射制备ZnO薄膜可改善射频磁控溅射方式中沉积速率过慢的缺点。对于多层薄膜的制备,对向靶的设计可使样品避开等离子体直接轰击,减少基底薄膜的损伤。本文采用这项技术制备厚度约为50nm的ZnO薄膜,通过调整工作压强、溅射功率、氧... 中频溅射制备ZnO薄膜可改善射频磁控溅射方式中沉积速率过慢的缺点。对于多层薄膜的制备,对向靶的设计可使样品避开等离子体直接轰击,减少基底薄膜的损伤。本文采用这项技术制备厚度约为50nm的ZnO薄膜,通过调整工作压强、溅射功率、氧氩比等工艺条件,制备出均匀致密,结晶质量高,电阻率在102~103Ω.cm之间,可见光区透过率达到90%的ZnO薄膜。将其应用到C IGS太阳电池中发现,具有50nm厚度的ZnO层的C IGS太阳电池的性能较无ZnO层的太阳电池都有了很大提高。 展开更多
关键词 ZNO薄膜 中频对向靶 CIGS太阳电池
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应用分子形貌理论研究类SN2反应 被引量:3
14
作者 杨忠志 闵芳 +2 位作者 赵东霞 宫利东 丁艳丽 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2381-2388,共8页
应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的... 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程. 展开更多
关键词 分子形貌 分子特征边界轮廓 前沿电子密度 分子中一个电子受到的作用势 化学键的Dpb
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油酸钠控制硫酸钙晶须晶面生长的机理研究 被引量:5
15
作者 郝海青 袁致涛 +1 位作者 李丽匣 张晨 《无机材料学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1184-1190,共7页
结合油酸钠溶液化学计算、硫酸钙晶须晶面衍射和分子动力学模拟,研究了硫酸钙晶须不同晶面的结构、油酸钠在不同晶面的吸附和硫酸钙晶须的晶面生长。结果表明:硫酸钙晶须晶面中,钙原子与氧原子、氢原子规律分布在(200)晶面和(400)晶面表... 结合油酸钠溶液化学计算、硫酸钙晶须晶面衍射和分子动力学模拟,研究了硫酸钙晶须不同晶面的结构、油酸钠在不同晶面的吸附和硫酸钙晶须的晶面生长。结果表明:硫酸钙晶须晶面中,钙原子与氧原子、氢原子规律分布在(200)晶面和(400)晶面表面;与其它晶面相比,油酸钠与(200)晶面和(400)晶面的作用能较小,吸附构型稳定;(200)晶面和(400)晶面上油酸根与钙离子之间的距离分别为0.239 nm和0.237 nm,小于作用后的油酸根与钠离子之间的距离,得出钙原子是油酸根在晶须晶面作用的活性位点。油酸钠的选择性吸附阻止了(200)晶面和(400)晶面的生长,晶面生长速率的差异使得晶须沿c轴择优生长。 展开更多
关键词 硫酸钙晶须 晶面 分子动力学 径向分布函数
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陶瓷膜处理分子筛废液工艺条件的研究 被引量:2
16
作者 郭文淼 邱江 张洪林 《水处理技术》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期28-30,共3页
考察了陶瓷膜回收分子筛废液中操作条件对膜通量和膜稳定通量的影响,确定了合适的操作条件:在室温下,操作压力为0.15MPa、错流流速为1.8m/s、料液浓缩倍数为2。同时考察了操作方式对膜通量的影响,认为在恒浓度条件下适时地改变膜组件的... 考察了陶瓷膜回收分子筛废液中操作条件对膜通量和膜稳定通量的影响,确定了合适的操作条件:在室温下,操作压力为0.15MPa、错流流速为1.8m/s、料液浓缩倍数为2。同时考察了操作方式对膜通量的影响,认为在恒浓度条件下适时地改变膜组件的进、出口方向对保持膜通量稳定,延缓膜污染起到重要的作用。 展开更多
关键词 无机膜 陶瓷膜 微滤膜 分子筛
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杂环化合物的分子形貌的研究 被引量:6
17
作者 赵东霞 夏刚山 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第4期469-473,共5页
杂环化合物广泛存在于自然界,与生物学有关的重要化合物多数为杂环化合物.使用MP2/6-311++G(3df,3pd)优化呋喃、噁唑和异噁唑的几何结构,并计算了分子处于电子基态的第一电离能.使用MELD精密从头计算程序中的SDCI/3-21+G*,并结合我们自... 杂环化合物广泛存在于自然界,与生物学有关的重要化合物多数为杂环化合物.使用MP2/6-311++G(3df,3pd)优化呋喃、噁唑和异噁唑的几何结构,并计算了分子处于电子基态的第一电离能.使用MELD精密从头计算程序中的SDCI/3-21+G*,并结合我们自编的分子形貌程序,研究了这些分子中1个电子所受到的作用势,探讨了化学键区域内的作用势的势垒Dpb大小与化学键强弱的关系,得出Dpb是可以用来表征化学键强弱的1个物理量.同时,描绘出了这些杂环化合物的分子形貌,探讨了杂环化合物中的杂原子对五元环上电子共轭效应的影响. 展开更多
关键词 分子内禀特征轮廓 分子中1个电子所受到的作用势 分子形貌 作用势的势垒(Dpb) 杂环化合物
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F^-+CH_3Cl→CH_3F+Cl^-反应过程中的分子形貌变化(英文) 被引量:4
18
作者 张明波 宫利东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1120-1126,共7页
双分子亲核(SN2)反应是重要的基本有机反应之一,其中电子从亲核基团向离去基团的转移发挥着关键作用.利用从头计算方法CCSD(T)/aug-cc-pVDZ和我们发展的分子形貌理论,对反应F-+CH3Cl→CH3F+Cl-进行了研究,给出了反应过程中分子形状和电... 双分子亲核(SN2)反应是重要的基本有机反应之一,其中电子从亲核基团向离去基团的转移发挥着关键作用.利用从头计算方法CCSD(T)/aug-cc-pVDZ和我们发展的分子形貌理论,对反应F-+CH3Cl→CH3F+Cl-进行了研究,给出了反应过程中分子形状和电子转移的动态变化图像.结果表明,沿内禀反应坐标,从反应开始到生成反应前复合物,亲核试剂F-的分子内禀特征轮廓在缓慢收缩,而其上的电子密度在缓慢增大.此后,F的轮廓迅速膨胀,电子密度急剧下降,尤其是从过渡态到产物复合物的过程中.而在反应过程中,离去基团Cl的轮廓一直在收缩,其上的电子密度一直在增大.对反应过程中电子所受到作用势的研究表明,随着反应的进行,电子在F与C间受到的作用势逐渐降低,而在C与Cl间受到的作用势逐渐升高,清楚地展现反应过程中F与C间化学键生成和C与Cl间化学键断裂的动态过程. 展开更多
关键词 从头计算 分子形貌理论 SN2反应 电子转移 反应机理
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离子型氢化物MH(M=Li,Na,K和Rb)的分子形貌的研究 被引量:3
19
作者 赵东霞 黄艳伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第2期201-204,共4页
采用MP2/6-311++G(3df,3pd)方法(RbH使用MP2/CEP-121G方法)优化得到了离子氢化物MH(M=Li,Na,K和Rb)的几何构型,计算了分子的第一电离能.使用MELD精密从头计算中的CISD/6-311++G**方法(RbH使用CISD/3-21G),并结合我们自编的分子形貌程序... 采用MP2/6-311++G(3df,3pd)方法(RbH使用MP2/CEP-121G方法)优化得到了离子氢化物MH(M=Li,Na,K和Rb)的几何构型,计算了分子的第一电离能.使用MELD精密从头计算中的CISD/6-311++G**方法(RbH使用CISD/3-21G),并结合我们自编的分子形貌程序,描绘出了离子氢化物的分子形貌.讨论了电离能、极化率(仭)与分子轮廓的关系,得到了由Li H到RbH,离子化合物的电离能依次减小,极化率依次增大,轮廓依次增大的变化规律.定义和计算了MH氢化物的内禀特征参数,比较了化合物中的氢和碱金属端轮廓值与孤立原子的相对大小,发现了离子化合物MH中H原子端膨胀,金属原子端收缩的现象.通过这些分子的分子形貌研究,将为进一步探讨和认识这些氢化物及其团簇的结构和性质,提供一种直观的工具. 展开更多
关键词 分子形貌 离子型氢化物 第一电离能 特征边界半径
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基于Marching Cubes方法计算分子体积 被引量:1
20
作者 杨忠志 马丽 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2014年第2期198-203,共6页
利用Marching Cubes方法,基于分子形貌理论,提出了分子等值面模型体积的计算公式.首先,利用二进制和十进制的转换关系定义体元顶点的标号,并将与分子表面相交的体元归纳为16种不同的构型,其中包括基本构型和特殊构型.然后针对不同构型... 利用Marching Cubes方法,基于分子形貌理论,提出了分子等值面模型体积的计算公式.首先,利用二进制和十进制的转换关系定义体元顶点的标号,并将与分子表面相交的体元归纳为16种不同的构型,其中包括基本构型和特殊构型.然后针对不同构型给出相应的体积计算公式,最终通过求和得到整个分子的体积.该方法的优点在于不需要重建分子表面,即可通过已知网格数据和阈值直接得到分子的体积,易于理解,并具有较高的计算效率.最后,通过几个典型分子体积计算结果的对比,证实了该方法准确有效.此外,该方法同样适用于其他从规则网格数据中提取的等值面模型体积的计算. 展开更多
关键词 MARCHING CUBES 分子形貌理论 分子体积 等值面
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