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江西省2005-2015年脑膜炎奈瑟菌血清分型和分子分型分析 被引量:4
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作者 杨梦 周海健 +4 位作者 徐晓倩 熊长辉 王鹏 刘晓青 袁辉 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期996-1000,共5页
目的对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉... 目的对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST),使用BioNumerics软件构建最小生成树。分析不同来源、不同年份分离株的血清型和分子型别以及变迁情况。结果 200株脑膜炎奈瑟菌中,有168株可鉴定为已知血清群,包括C群(101株)、B群(50株)、A群(12株)、W135群(2株)、Y群(2株)和X群(1株),另外32株为不可分群菌株。临床病人、密切接触者和健康人群分离株中分别有100%、86.0%和28.9%的菌株为C群。针对健康人群分离株,2005年、2007年、2008年、2012年分离的菌株中,C群分别占1.9%、58.8%、81.5%和0%。95株C群菌株分为14个PFGE型,其中NMNh.JX0001和NMNh.JX0002为优势带型,分别包含46和30株菌。NMNh.JX0001型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为97.2%、28.6%、10.0%;而NMNh.JX0002型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为2.8%、57.1%、90.0%。挑选优势带型以及相似带型的33株菌株进行MLST分型,均为ST-4821型。结论江西省2005-2015年的流脑病例均为C群菌株引起。在健康人群中存在C群脑膜炎奈瑟菌。虽然近10年流行的C群菌株MLST序列型未发生改变,但是PFGE型别发生了变迁,提示菌株基因组存在微进化。PFGE型别的变迁有可能导致流行模式发生改变,所以有必要开展持续监测,密切关注新型菌株在人群中的传播扩散以及引起的流脑病例。 展开更多
关键词 细菌性脑膜炎 脑膜炎奈瑟菌 血清群 分子分型技术 多位点序列分型
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贵州省2017-2019年H3N2亚型流感病毒HA基因遗传特征分析
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作者 郑勤妮 任丽娟 +2 位作者 庄丽 付成忠 万永虎 《中国基层医药》 CAS 2023年第5期692-698,共7页
目的分析贵州省2017-2019年H3N2亚型流感病毒HA基因特征,了解变异规律。方法由贵州省10家网络实验室分离的H3N2亚型流感毒株中随机选取20株提取RNA,进行逆转录酶聚合酶链反应和测序,采用生物信息软件分析。结果20株毒株HA基因核苷酸同... 目的分析贵州省2017-2019年H3N2亚型流感病毒HA基因特征,了解变异规律。方法由贵州省10家网络实验室分离的H3N2亚型流感毒株中随机选取20株提取RNA,进行逆转录酶聚合酶链反应和测序,采用生物信息软件分析。结果20株毒株HA基因核苷酸同源性为97.7%~100.0%,与世界卫生组织推荐的疫苗株A/Hong-Kong/4801/2014(2017年)和A/Singapore-INFIMH/16-0019/2016(2018年)同源性高,而与2019年世界卫生组织推荐的疫苗株A/Kansas/14/2017(2019年)差异较大。遗传分析显示,20株病毒株主要分为2个分支,2019年流行的毒株处于不同的分支,遗传差距较大。关键位点分析显示,抗原决定族A、B、C和E存在突变;受体结合位点前壁和后壁存在突变;与当年度疫苗株相比,存在糖基化位点的增加。2017-2018年毒株在遗传距离、抗原位点和糖基化位点变异情况与2019年毒株略有不同。结论贵州省2017-2019年H3N2亚型流感病毒HA基因发生基因突变,2019年的毒株变异最为严重,应密切监测H3N2亚型流感病毒遗传进化的变化情况。 展开更多
关键词 流感病毒A型 H3N2亚型 RNA 病毒 逆转录聚合酶链反应 多位点测序分型 序列同源性 核酸 遗传 序列标记位点 血凝素类 病毒
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北京市顺义区零售鸡胴体中弯曲菌分布与分子特征研究 被引量:19
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作者 李颖 梁昊 +4 位作者 王苗 张赫 张彦春 马红梅 张茂俊 《中国食品卫生杂志》 CSCD 北大核心 2019年第4期351-355,共5页
目的研究北京市顺义区鸡胴体中弯曲菌分布和分子特征,为顺义区弯曲菌防控提供科学依据。方法采集批发市场和零售店鸡胴体60份,采用滤膜法分离培养弯曲菌,对分离菌株进行多位点序列分型分析并构建最小生成树。结果鸡胴体中弯曲菌检出率为... 目的研究北京市顺义区鸡胴体中弯曲菌分布和分子特征,为顺义区弯曲菌防控提供科学依据。方法采集批发市场和零售店鸡胴体60份,采用滤膜法分离培养弯曲菌,对分离菌株进行多位点序列分型分析并构建最小生成树。结果鸡胴体中弯曲菌检出率为75.0%(45/60),空肠弯曲菌与结肠弯曲菌占比分别为38.0%(19/50)和62.0%(31/50)。批发市场和零售店弯曲菌检出率分别为86.0%(37/43)和47.1%(8/17),差异有统计学意义(χ2=9.877,P<0.05);5~7月空肠弯曲菌检出率分别为10.0%(2/20)、40.0%(8/20)和45.0%(9/20),差异有统计学意义(χ2=6.624,P<0.05)。19株空肠弯曲菌共分为13个ST型;28株结肠弯曲菌共分为16个ST型。空肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为四环素(100.0%,19/19)、萘啶酸(100.0%,19/19)、环丙沙星(94.7%,18/19)、氟苯尼考(57.9%,11/19)、庆大霉素(36.8%,7/19);结肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为萘啶酸(100.0%,31/31)、环丙沙星(100.0%,31/31)、四环素(93.5%,29/31)、链霉素(93.5%,29/31)、庆大霉素(83.9%,26/31)。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌多重耐药率分别为68.4%(13/19)和93.5%(29/31)。结论北京市顺义区市场零售鸡胴体中弯曲菌污染水平较高,结肠弯曲菌为污染的优势菌种。批发市场鸡胴体污染弯曲菌的情况比零售店严重。 展开更多
关键词 多位点序列分型 空肠弯曲菌 萘啶酸 批发市场 北京市顺义区 分子特征 结肠弯曲菌 最小生成树
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北京地区宋内志贺菌分子流行病学特征分析 被引量:5
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作者 刘桂荣 曲梅 +6 位作者 张新 吴晓娜 李锡太 贾蕾 严寒秋 梁志超 王全意 《中国热带医学》 CAS 2013年第8期950-952,963,共4页
目的了解北京地区宋内志贺菌毒力基因分布及分子流行病学特征。方法采用实时荧光PCR方法检测毒力基因、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,多位点序列分型(MLST)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等方法对北京地区2001~2009年50株志贺菌... 目的了解北京地区宋内志贺菌毒力基因分布及分子流行病学特征。方法采用实时荧光PCR方法检测毒力基因、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,多位点序列分型(MLST)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等方法对北京地区2001~2009年50株志贺菌菌株进行分子流行病学特征分析。结果 50株菌中,ipaH、set1、sen三种毒力基因的携带率分别为98%,18%和78%。选取19株流行病学和遗传背景无关的菌株,进行MLST、MLVA与PFGE分型方法的比较,MLST为1个序列型ST152 complex:adk(11)、fumC(63)、gyrB(7)、icd(1)、mdh(14)、purA(7)、recA(7);MLVA被分成15个型别,D值为0.9708;PFGE分成12个型别,D值为0.9532。MLVA初筛得到的8个可变数目串联重复(VNTR)位点用于扩大菌株分析,发现50株志贺菌被分为21个MLVA的型别,TS002和TS001为主要型别。结论北京地区近年来流行的宋内志贺菌存在毒力基因的丢失,MLVA分子型别复杂,存在多克隆来源,提示需要进行连续系统的分子流行病学监测。 展开更多
关键词 宋内志贺菌 分子分型 多位点序列分型 多位点可变数目串联重复分析
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北京市西城区食源性与临床感染性单核细胞增生李斯特菌PFGE和MLST分型研究 被引量:8
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作者 霍哲 王晨 +2 位作者 徐俊 高波 曹玮 《中国预防医学杂志》 CAS CSCD 2017年第9期675-679,共5页
目的研究北京市西城区食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌(listeria monocytogenes,Lm)的脉冲场凝胶电泳(plused-field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分型特征,分析两种分型方法的... 目的研究北京市西城区食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌(listeria monocytogenes,Lm)的脉冲场凝胶电泳(plused-field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分型特征,分析两种分型方法的应用价值。方法采用PFGE和MLST两种方法对2012-2015年50株食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌进行分型研究。结果 50株单核细胞增生李斯特菌PFGE分型得到23种型别,GX6A16.CN0004为优势带型。MLST分析获得12个型别,ST9为优势型别。其中5组数据是ST型别只对应一种PFGE型别,3种PFGE型别同时存在食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌,并且其ST型别进化关系比较远。结论北京市西城区不同来源单核细胞增生李斯特菌污染长期存在,出现致病型别,并且致病性单核细胞增生李斯特菌的遗传关系呈多元化。两种分子分型方法的结合,从基因水平上解释了单核细胞增生李斯特菌的变化趋势及流行特征。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特菌 PFGE分型 MLST分型 进化树 分子分型 食源性致病菌 人源性
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北京市丰台区腹泻患者肠毒素性大肠埃希菌的分布与分子分型特征
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作者 余红 王丽丽 +3 位作者 石婧 王兆娥 尉秀霞 陈倩 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第10期1231-1234,共4页
目的了解北京市丰台区腹泻患者肠毒素性大肠埃希菌(ETEC)的分布与分子分型特征,分析2种分型方法的应用价值,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法对腹泻患者便标本分离培养,采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点序列分型(MLST)... 目的了解北京市丰台区腹泻患者肠毒素性大肠埃希菌(ETEC)的分布与分子分型特征,分析2种分型方法的应用价值,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法对腹泻患者便标本分离培养,采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点序列分型(MLST)2种方法进行分型比较。结果55株ETEC分离株PFGE分型得到40种型别,呈多态性;MLST分型得到19个型别,ST-6010与ST-69是最主要的ST型别,部分试验菌株形成2个ST克隆群,分别为STC-6007、STC-3103。多数菌株的遗传关系较远,可能与菌株来源多样有关。结论ETEC感染在腹泻患者中长期存在,遗传关系呈多元化。2种分子分型方法的结合,从基因水平上解释了ETEC的流行特征及变化趋势。 展开更多
关键词 肠毒素性大肠埃希菌 脉冲场凝胶电泳技术 多位点序列分型 进化树
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2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较 被引量:4
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作者 肖桃 雷高鹏 +4 位作者 黄伟峰 吕虹 刘丽 杨小蓉 何树森 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1172-1178,共7页
目的比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。方法采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目重复序列分析(MLVA)、规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)、多位点序列分型(MLST)和基于全基因组测序... 目的比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。方法采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目重复序列分析(MLVA)、规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)、多位点序列分型(MLST)和基于全基因组测序的单核苷酸多态性(WGS-SNP)对2008—2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。以辛普森多样性指数(DI)为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。结果PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均<0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI值最高,可达0.971。结论对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。 展开更多
关键词 肠炎沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点可变数目重复序列分析 全基因组测序 分子分型
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珠海地区副溶血性弧菌病原学特征及分子分型分析 被引量:6
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作者 郑予柯 杨春晓 袁筱茜 《中国卫生检验杂志》 CAS 2017年第3期392-396,共5页
目的研究珠海地区副溶血性弧菌血清型、毒力基因以及分子分型的病原学特征,分析流行株的分布情况。方法对珠海市2009年-2014年共81株副溶血性弧菌进行血清型鉴定及基因型耐热溶血素(tdh)、耐热直接相关溶血素(trh)和不耐热溶血素(tlh)检... 目的研究珠海地区副溶血性弧菌血清型、毒力基因以及分子分型的病原学特征,分析流行株的分布情况。方法对珠海市2009年-2014年共81株副溶血性弧菌进行血清型鉴定及基因型耐热溶血素(tdh)、耐热直接相关溶血素(trh)和不耐热溶血素(tlh)检测,并从中选取60株进行多位点序列分析(MLST)。结果共分出35种血清型,其中优势型别为O3∶K6,占整个血清型的20.99%。所有菌株均含有tlh基因,含有tdh基因的有31株菌株,含有trh基因只有2株菌株为阳性。根据Pub MLST网络数据库提供的方法进行比对分析,60株副溶血性弧菌共分为33种ST型别。结论珠海市引起食物中毒的副溶血性弧菌主要为O3∶K6。tlh基因可以作为鉴别副溶血性弧菌的鉴定基因,多数食物中毒事件菌株中携带tdh基因。MLST的优势型别为ST3,为副溶血性弧菌其他型别共同祖先。而食品株血清型和MLST分型均呈多样化、分散趋势。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 分子分型 多位点序列分型 毒力基因 病原学特征
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