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Development of Multiplex-PCR for Identification of Pasteurella multocida,Haemophilus parasuis and Actinbacillus pleuropneumoniae 被引量:2
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作者 HE Ying,ZHAO Ping,CHU Yue-feng,GAO Peng-cheng,LU Zhong-xin Lanzhou Veterinary Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology +1 位作者 Key laboratory of Grazing Animal Diseases of Ministry of Agriculture Key Laboratory of Animal Virology of Ministry of Agriculture,Lanzhou 730046,China 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2010年第8期25-27,共3页
[ Objective] To develop multiplex-PCR for diagnosis of mixed infection caused by Pasteurella multocida ( PM), Haomophilus parasuis (HPS) and Actinbaci/lus pleuropneumoniae (App). [ Method ] PCR method was develo... [ Objective] To develop multiplex-PCR for diagnosis of mixed infection caused by Pasteurella multocida ( PM), Haomophilus parasuis (HPS) and Actinbaci/lus pleuropneumoniae (App). [ Method ] PCR method was developed to detect single infection caused by PM, HPS or App. The conditions of amplification and primers were optimized, and the multiple-PCR was developed to detect mixed infection of PM, HPS and App. [ Result] A 457-bp band, a 821-bp band and a 342-bp band were simultaneously amplified in the one PCR reaction system. The method had high sensitivity and specificity. [ Conduslon] The multiple-PCR is successfully developed and can be used for differential diagnosis of PM, HPS and App. 展开更多
关键词 Haemophilus parasuis Pasteurella multocida Actinbacillus pleuropneumoniae multiplex-pcr
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Evaluation of an internal control in a multiplex-PCR assay for sex determination of <i>in vitro</i>-produced bovine embryos
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作者 Fabiana de Almeida Rufino Marcelo Marcondes Seneda +3 位作者 Alice Fernandes Alfieri Katia Cristina Silva-Santos Karina Cristina Puggesi Rubin Amauri Alcindo Alfieri 《Advances in Bioscience and Biotechnology》 2011年第6期456-462,共7页
The use of an internal control in a multiplex-PCR assay for sex determination of In Vitro-produced bovine embryos was evaluated in biopsies of groups of 54 fresh and 44 frozen embryos. The internal controls used were ... The use of an internal control in a multiplex-PCR assay for sex determination of In Vitro-produced bovine embryos was evaluated in biopsies of groups of 54 fresh and 44 frozen embryos. The internal controls used were the primers BOV 1 and BOV 2, which amplify a product with 626 base pairs (bp) of bovine mitochondrial DNA ND5 gene. The primers BRY.4aF and BRY.4aR were used for bovine Y chromosome sequence amplification. The specificity of multiplex- PCR reactions realized in biopsies corresponding to about 20% of each fresh embryo (10 male and 10 female) by means of confirming the sexing in the remaining embryo content (~80%) presented 100% specificity. Amplicons of the internal control and Y chromosome were both amplified until dilution corresponding to 6.25% of total extracted DNA from a male embryo. Sex determination was possible in 53 (98.1%) fresh embryos and 40 (90.9%) frozen embryos. The products related to the Y chromosome and mitochondrial DNA were simultaneously amplified in 34 (63%) fresh embryos and 27 (61.4%) frozen embryos, showing a male embryo. The female sex, distinguished by internal control amplification only, was detected in 19 (35.2%) and 13 (29.5%) biopsies, respectively, of fresh and frozen embryos. In one (1.8%) and four (9.1%) biopsies of fresh and frozen embryos, respectively, neither product was amplified, most likely due to the absence of embryonic cells or the presence of embryonic cells going through apoptosis. The multiplex-PCR assay developed in this work showed avoided the limitation of a lack of an internal standard, and was also sensitive, specific, and efficient in reaction failure identification. This technique shows great potential for use on a commercial scale in routine sex determination of In Vitro-produced embryos. 展开更多
关键词 BOVINE Embryos In VITRO Production SEXING multiplex-pcr
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4种食源性致病菌多重PCR检测体系的建立及其在乳品检测中的应用 被引量:2
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作者 王珊 高辉明 +3 位作者 王雁伟 周思思 庞艳荣 艾鹏飞 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2024年第1期47-52,共6页
食源性致病菌是通过食物进入人体引起食物中毒和诱发疾病的有害微生物,严重威胁着人类健康和环境安全,为了预防和控制食源性疾病的发生,有效对策之一是对食品中的病原微生物进行安全检测。本研究采用一种多重聚合酶链式反应法(multiplex... 食源性致病菌是通过食物进入人体引起食物中毒和诱发疾病的有害微生物,严重威胁着人类健康和环境安全,为了预防和控制食源性疾病的发生,有效对策之一是对食品中的病原微生物进行安全检测。本研究采用一种多重聚合酶链式反应法(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)快速检测乳品中4种食源性致病菌,结果表明,选取单核细胞增生李斯特氏菌prfA基因、蜡样芽胞杆菌gyrB基因、鼠伤寒沙门氏菌invA基因、大肠埃希氏菌O157∶H7 stx2A基因的保守序列设计4对引物,在优化的PCR反应体系和退火温度58℃下,PCR扩增表现出良好的特异性,分别扩增出274、221、482、108 bp条带,无非特异性扩增,4种病原菌检出限达到10~100 CFU/mL;对17份人工染菌牛奶样品进行检测,检出结果与国标培养法完全一致。该研究结果为快速、高效、准确地检测出乳品中单核细胞增生李斯特氏菌、蜡样芽胞杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7提供了一种实用方法,也为其他食源性致病菌的快速检测提供了思路。 展开更多
关键词 多重PCR 食源性致病菌 检测
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笋用林3种竹笋夜蛾多重PCR鉴定技术的建立与应用
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作者 耿显胜 赵誉霞 +3 位作者 贾小琦 彭嫔嫔 张威 舒金平 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第10期86-93,共8页
【目的】建立鉴定竹笋夜蛾物种的多重PCR技术,用于浙江省笋用竹的3种竹笋夜蛾幼虫的物种鉴定。【方法】针对COI基因的变异区设计物种特异性多重PCR引物;优化影响多重PCR反应的参数,建立鉴定竹笋夜蛾的多重PCR技术;采用标准DNA模板评价多... 【目的】建立鉴定竹笋夜蛾物种的多重PCR技术,用于浙江省笋用竹的3种竹笋夜蛾幼虫的物种鉴定。【方法】针对COI基因的变异区设计物种特异性多重PCR引物;优化影响多重PCR反应的参数,建立鉴定竹笋夜蛾的多重PCR技术;采用标准DNA模板评价多重PCR技术的敏感性和特异性;利用多重PCR技术对林间采集的竹笋夜蛾幼虫进行物种鉴定。【结果】针对3种竹笋夜蛾COI基因的变异区设计了3条物种特异性多重PCR引物,与通用引物LCO1490配合使用,扩增竹笋基夜蛾、竹笋禾夜蛾和笋秀夜蛾COI基因片段,大小分别为290、390和590 bp。优化后的多重PCR鉴定技术的反应体系为:2×HotStart Taq PCR预混试剂10μL,10μmol·L^(-1)的引物LCO1490、JYE290、HYE390和QTYE590各0.5μL,DNA模板1μL,加ddH2O补足20μL。优化后的多重PCR鉴定技术的反应条件为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,59℃退火30 s,72℃延伸30 s;72℃下延伸10 min,循环数为35。多重PCR鉴定技术对笋秀夜蛾的最低检出限为0.01 ng·μL^(-1),对竹笋禾夜蛾和竹笋基夜蛾的最低检出限低于0.001 ng·μL^(-1)。林间样品鉴定结果表明,所有38份DNA都能扩增出明显的特异性条带,鉴定成功率100%;经测序验证,本研究的技术鉴定的物种与经COI基因序列鉴定的物种一致。【结论】研究建立了浙江省笋用竹的夜蛾的多重PCR鉴定技术,能够快速高效鉴定浙江省笋用林内竹笋夜蛾幼虫的物种,该技术具有鉴定周期短、灵敏度高、特异性强、准确度高等优点。 展开更多
关键词 雷竹 夜蛾 引物 多重PCR DNA条形码
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香蕉枯萎和细菌性软腐病菌的多重PCR检测
5
作者 蒲小明 张景欣 +4 位作者 沈会芳 孙大元 刘平平 林壁润 杨祁云 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期211-218,231,共9页
香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)检测技术。本文... 香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)检测技术。本文基于尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 1,FOC1)基因组contig 438区间(35 631-37 693 bp)(GenBank:AMGP01000438.1)和4号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 4,FOC4)基因组contig 195区间(4 028-6 126 bp)(GenBank:AMGQ01000195.1)存在160 bp插入序列差异设计特异扩增引物FOC-F/-R,同时以香蕉细菌性软腐病菌D.zeae的促旋酶B亚单位基因(the subunit B of gyrase gene)(GenBank:JQ284039)序列设计特异扩增引物gyrB-F/-R。多重PCR检测结果显示:本技术可在一次PCR扩增反应内同时检测香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种和细菌性软腐病菌;多重PCR的灵敏度结果表明:检测香蕉枯萎病菌的DNA浓度最低限为0.1 ng/μL,细菌性软腐病菌的灵敏度为103cfu/mL;检测结果稳定可靠。因此,本研究建立的多重PCR检测方法可有效应用于检测香蕉发病组织中的香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌,也可用于香蕉种苗和田间土壤带病菌的监测,为香蕉种植保驾护航。 展开更多
关键词 香蕉 尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种 尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种 玉米迪基氏菌 多重PCR 促旋酶B亚单位基因
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TaqMan多重实时定量PCR快速检测3种常见食源性病原菌 被引量:1
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作者 艾鹏飞 王珊 +3 位作者 高辉明 王雁伟 庞艳荣 张萌 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期373-380,共8页
建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPC... 建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行灵敏度、特异性和稳定性试验,同步检测人工染菌牛奶样品中的病原菌并与国家标准方法作对比。结果表明,建立的多重qPCR方法灵敏度高,最低检出限为12 CFU/mL;特异性强,只对3种目标菌进行PCR扩增;稳定性好,各重复性试验中Ct值的变异系数<1%;所有受污染样品阳性检出率均为100%,与国家标准方法检测结果一致,且检测周期缩短至6 h。本研究建立的TaqMan多重qPCR方法能同时快速、准确地检测乳品中的大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌,为食品安全提供技术支撑。 展开更多
关键词 TAQMAN探针 多重实时定量PCR 大肠杆菌O157:H7 单增李斯特菌 蜡样芽孢杆菌
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4种常见食源性病原菌多重PCR检测技术研究
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作者 王珊 王雁伟 +1 位作者 高辉明 艾鹏飞 《河北工业科技》 CAS 2024年第2期133-140,共8页
为了解决常规方法检测食源性病原菌存在操作繁琐、周期长的问题,基于4种常见食源性病原菌特异基因序列扩增提出了一种快速、高效的多重PCR(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)检测方法。根据单增李斯特菌iap基因、蜡样芽孢杆菌... 为了解决常规方法检测食源性病原菌存在操作繁琐、周期长的问题,基于4种常见食源性病原菌特异基因序列扩增提出了一种快速、高效的多重PCR(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)检测方法。根据单增李斯特菌iap基因、蜡样芽孢杆菌gyrB基因、产志贺毒素大肠埃希氏菌stxⅠ基因、肠炎沙门氏菌invA基因的特异序列分别设计引物后建立MPCR反应体系,测试其特异性、敏感性和可行性,并与国标培养法进行比较。结果表明:MPCR扩增出4个目标基因的特异性条带大小依次为371、221、432、171 bp;在58℃的退火温度下,MPCR扩增表现出良好的特异性,无非特异性扩增,4种病原菌最低检出限达到102CFU/mL;MPCR方法和国标培养法对多种食源性病原菌感染的牛奶样品的检测结果完全一致,检测周期由原来的5~7 d缩减到8~9 h。所建立的MPCR技术作为一种快速、高效的检测方法,可为食品安全生产提供保障。 展开更多
关键词 食品检验学 多重PCR(MPCR) 单增李斯特菌 蜡样芽孢杆菌 产志贺毒素大肠埃希氏菌 肠炎沙门氏菌
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蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原谱检测分析
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作者 付广林 许静茹 +3 位作者 董娟 钱青文 梁寅生 吴珊珊 《淮海医药》 CAS 2024年第5期445-449,共5页
目的:分析蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原谱特征,为制定有效防控措施提供依据。方法:2022年1—8月,采集蚌埠市流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本1 625份,其中6~15岁儿童标本233份,每月抽取10例左右6~15岁儿童病例标本,共抽取8... 目的:分析蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原谱特征,为制定有效防控措施提供依据。方法:2022年1—8月,采集蚌埠市流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本1 625份,其中6~15岁儿童标本233份,每月抽取10例左右6~15岁儿童病例标本,共抽取80例。使用荧光定量PCR法进行流感病毒和新冠病毒核酸检测,应用FilmArray多重巢式PCR检测技术检测22种病原体。分析流感、新冠病毒实时荧光定量PCR检测结果,以及蚌埠市6~15岁儿童急性呼吸道感染病原体种类、不同月份急性呼吸道感染病原体构成、不同年龄段及性别急性呼吸道感染病原体检出情况、病原体检出特征。结果:1 625份送检标本,新冠检测全部阴性;流感检出阳性242例(14.89%),其中甲型季节性H3亚型阳性133例(8.18%),B型Victoria系阳性109例(6.71%)。233份6~15岁儿童标本,流感检出阳性23例(9.87%),其中甲型季节性H3亚型阳性4例(1.72%),B型Victoria系阳性19例(8.15%)。6~15岁儿童与全部人群的流感及亚型检出率比较差异无统计学意义(P>0.05)。80份呼吸道咽拭子标本中检出病原体28份(35.00%);检出7种病原体共32株,其中人鼻病毒/肠道病毒(37.50%)、B型流感病毒(34.38%)占比较高。2022年1—2月是B型流感流行高峰,其他病原体检测阳性率不同月份间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。不同年龄段、性别急性呼吸道感染病原体检出阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。28例检测阳性病例标本中,单一感染25例(89.29%),双重感染2例(7.14%),三重感染1例(3.57%),单一感染占比最高(P<0.001);检出病毒感染26例(92.86%),细菌2例(7.14%)。结论:人鼻病毒/肠道病毒和流感病毒是蚌埠市6~15岁儿童主要的急性呼吸道感染病原体,除流感病毒外,人鼻病毒等其他病原体不同时期检测阳性率比较,差异均无统计学意义。 展开更多
关键词 呼吸道感染 FilmArray多重巢式PCR 病原体 人鼻病毒/肠道病毒 流感病毒
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福建省茶树病毒种类鉴定及多重PCR检测技术的建立 被引量:1
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作者 陈细红 蔡伟 +5 位作者 虞赟 李敏 王念武 杜振国 沈建国 高芳銮 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期698-710,共13页
【目的】明确福建省茶树主要病毒种类和分布情况,并建立同时快速检测多种病毒的多重PCR检测技术。【方法】2019—2023年,从福建省福州、南平、宁德、泉州、漳州、厦门、三明、莆田和龙岩9个地市区采集具有褪绿、皱缩和坏死等疑似病毒感... 【目的】明确福建省茶树主要病毒种类和分布情况,并建立同时快速检测多种病毒的多重PCR检测技术。【方法】2019—2023年,从福建省福州、南平、宁德、泉州、漳州、厦门、三明、莆田和龙岩9个地市区采集具有褪绿、皱缩和坏死等疑似病毒感染症状的茶树样品1869份,采用高通量测序技术结合PCR和RT-PCR检测的方法对茶树病毒病的病原进行鉴定,并将PCR扩增获得的特异性目的片段进行克隆和测序,对获得的序列进行系统发育分析;同时,根据GenBank上已报道的病毒序列设计特异性引物,通过退火温度、引物浓度、循环数等反应条件和反应程序的优化,建立同时检测福建茶树主要病毒的多重PCR检测技术,并测定该技术的特异性、灵敏度及实际应用效果。【结果】从所采集的茶树病样上检出3种病毒,按检出率从高到低依次为油茶双生病毒(oil tea associated geminivirus,OTaGV)(48.90%)、茶树坏死环斑病毒(tea plant necrotic ring blotch virus,TPNRBV)(26.75%)和茶树潜隐病毒1(camellia cryptic virus 1,CCV1)(17.98%);在检出病毒的1258份样品中,有807份为OTaGV、TPNRBV或CCV1单独侵染,检出率分别为37.20%、21.38%和5.56%;其余451份样品为2种或3种病毒复合侵染,复合侵染检出率达35.85%,OTaGV+CCV1、TPNRBV+CCV1、TPNRBV+OTaGV、OTaGV+CCV1+TPNRBV 4种类型复合侵染检出率分别为17.49%、0.40%、14.71%、3.26%。在地理分布上,OTaGV在福州、南平、宁德、泉州、漳州、厦门、三明、莆田和龙岩9个地区均有分布,其中漳州OTaGV检出率最高,为96.77%;CCV1在福州、南平、宁德、泉州、漳州、三明、莆田和龙岩8个地区均有分布,其中三明CCV1检出率最高,为66.00%;TPNRBV在福州、南平、宁德、泉州和漳州5个地区均有分布,其中泉州TPNRBV检出率最高,为79.13%;在福建省9个地区中,厦门地区仅检出OTaGV,三明、莆田和龙岩地区检出OTaGV和CCV1,其他5个地区同时检出OTaGV、TPNRBV和CCV1;福州、南平、宁德、泉州、漳州、三明、莆田7个地区检测到病毒复合侵染,其中漳州地区病毒复合侵染检出率最高(85.00%)、宁德地区病毒复合侵染检出率最低(23.03%)。利用测定的CCV1和TPNRBV部分基因序列构建系统发育树,结果表明本研究获得的CCV1分离物(FW)与已报道的福建分离物FJ-SH104(GenBank登录号:ON807095)亲缘关系最近、TPNRBV分离物(FU)与福建分离物QZHA92(GenBank登录号:OQ948454)亲缘关系最近。经优化建立的多重PCR检测技术特异性强,仅OTaGV、TPNRBV和CCV1能扩增出特异性目的片段,而其他病毒及健康茶树样品上均未扩增出特异性目的片段;多重PCR灵敏度最低可以检测到稀释至10^(-4)倍的OTaGV、TPNRBV和10^(-3)倍的CCV1;利用该多重PCR检测技术对茶园中采集的60份病样进行检测,检测结果与单一PCR检测结果完全相符。【结论】OTaGV、TPNRBV和CCV1是当前福建茶树上主要病毒种类,其中OTaGV为福建地区首次报道,该病毒可侵染茶树也为首次发现;在检出的3种病毒中,以OTaGV发生分布范围最广,其次为CCV1、TPNRBV;福建地区茶树病毒目前仍以单独侵染为主,但同时存在较多的复合侵染,复合侵染类型包括TPNRBV+CCV1、TPNRBV+OTaGV、CCV1+OTaGV和OTaGV+CCV1+TPNRBV;建立的多重PCR检测技术特异性强、灵敏度高,可用于茶园茶树上OTaGV、CCV1和TPNRBV3种病毒的快速检测。研究结果可为福建茶树病毒病的综合防控提供理论依据和技术支持。 展开更多
关键词 茶树病毒 病原鉴定 多重PCR 分子检测 福建省
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宁夏大学生示指和环指指长比与同源盒A11基因位点多态性的关联性
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作者 杨梦怡 牛世博 +4 位作者 张静 党洁 马占兵 陆宏 霍正浩 《解剖学报》 CAS CSCD 2024年第1期62-66,共5页
目的探讨宁夏大学生示指和环指指长比(2D∶4D)与同源盒(HOX)A11基因4个位点(rs6461992、rs6968828、rs7801581、rs17427875)多态性的关联性。方法采用数码相机提取667名宁夏汉族大学生(男性348名,女性319名)手部正面照片,图像分析软件... 目的探讨宁夏大学生示指和环指指长比(2D∶4D)与同源盒(HOX)A11基因4个位点(rs6461992、rs6968828、rs7801581、rs17427875)多态性的关联性。方法采用数码相机提取667名宁夏汉族大学生(男性348名,女性319名)手部正面照片,图像分析软件标记解剖点并测量双手示指及环指指长;多重PCR法检测HOXA11基因各位点多态性;统计学软件比较分析2D∶4D和基因多态性在不同性别间的差异及其关联。结果宁夏汉族大学生女性左手和右手2D∶4D均显著高于男性(均P<0.05),右手-左手2D∶4D性别差异不显著;HOXA11基因rs7801581位点基因型、等位基因频率在不同性别间差异显著(均P<0.05),其他位点多态性在性别间的差异均无统计学意义;2D∶4D与HOXA11基因位点多态性关系中,仅女性左手2D∶4D与rs6461992位点基因型显著关联(P<0.05)。结论宁夏汉族大学生2D∶4D性别间差异显著,HOXA11基因rs6461992位点多态性可能与女性2D∶4D的形成有关。 展开更多
关键词 同源盒A11基因 示指 环指 指长比 多重聚合酶链反应 宁夏大学生
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H1-SIV、H3-SIV、NA-PRRSV和EU-PRRSV多重PCR检测方法的建立及应用
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作者 徐毅 余良政 +10 位作者 林霜 任同伟 王豪 曾昊 郭嘉宁 郭金凡 黄崇强 欧阳康 黄伟坚 韦祖樟 陈樱 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第1期135-141,共7页
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染肺泡巨噬细胞,严重损害免疫系统,导致与其他病毒共感染现象,其中猪流感病毒(SIV)也是病原之一。为了快速检测和区分PRRSV基因型与SIV亚型,本研究针对H1、H3亚型SIV的HA基因和美洲型、欧洲型PRRSV的N、... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染肺泡巨噬细胞,严重损害免疫系统,导致与其他病毒共感染现象,其中猪流感病毒(SIV)也是病原之一。为了快速检测和区分PRRSV基因型与SIV亚型,本研究针对H1、H3亚型SIV的HA基因和美洲型、欧洲型PRRSV的N、M基因的保守序列,分别设计了4对特异性扩增引物,在引物浓度、退火温度等反应条件的系统优化下,分别对其特异性和敏感性进行验证,建立了能够快速检测以上4种病原的多重PCR方法,并对155份临床样品进行了检测。结果显示,该检测方法特异性好、灵敏度高,对H1-SIV、H3-SIV、NA-PRRSV和EU-PRRSV的最低检出量均低至9.86×10^(0) copies/μL。以单一PCR方法对所有临床样品进行检测后发现,检测结果与多重PCR检测结果一致,证明这种多重PCR方法可以用于这4种病毒的快速检测与分型鉴定。 展开更多
关键词 猪流感病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 多重PCR
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伴前庭导水管扩大耳聋患儿的致病变异分析与SLC26A4拷贝数变异的回顾性研究
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作者 赵一馨 施韬 +5 位作者 刘梦丽 许红恩 马鑫 余力生 韩琳 刁桐湘 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第4期536-541,共6页
目的明确伴前庭导水管扩大耳聋患儿SLC26A4的特殊致病变异,并对SLC26A4拷贝数变异(CNV)进行回顾性研究。方法对先证者及家系成员SLC26A4基因外显子区域进行多重PCR扩增及二代测序,随后对测序数据进行CNV分析,并使用长距离PCR扩增及Sange... 目的明确伴前庭导水管扩大耳聋患儿SLC26A4的特殊致病变异,并对SLC26A4拷贝数变异(CNV)进行回顾性研究。方法对先证者及家系成员SLC26A4基因外显子区域进行多重PCR扩增及二代测序,随后对测序数据进行CNV分析,并使用长距离PCR扩增及Sanger测序确定可疑CNV的断点位置。结果二代测序结果显示先证者和父亲存在SLC26A4 c.919-2A>G杂合变异,CNV分析结果提示先证者及母亲SLC26A4基因的第5及6个外显子可能存在大片段缺失,长距离PCR扩增及Sanger测序确定了此缺失的长度为1845 bp。对断点两端的序列进行分析表明Alu元件可能参与了该缺失的产生。截至2024年,共有7种SLC26A4基因的CNV变异报道,均为外显子水平的缺失,涉及外显子1-8和11-18。结论本研究明确了先证者的遗传病因及SLC26A4基因5-6号外显子缺失的精确断点位置,有助于对该家系进行遗传诊断及咨询。SLC26A4基因CNV的回顾性分析表明,对于无法明确分子诊断的伴前庭导水管扩大耳聋患者,需要考虑将SLC26A4基因外显子水平的缺失纳入检测范围。 展开更多
关键词 前庭导水管扩大 SLC26A4基因 多重PCR 拷贝数变异
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基于新型高保真Taq酶的多重等位基因特异性PCR方法的建立与应用
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作者 沈泽嘉 徐逸梦 +3 位作者 时景景 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期103-109,115,共8页
在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的... 在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的特异性研究表明:引物在未引入突变的前提下检测结果与测序结果保持一致;引物稀释实验说明浓度最低为0.003~0.006μmol/L,灵敏度的检测结果表示最低浓度检测限可达0.07 ng/μL以下。最后检测得到5种标准样本的基因型,其代表9个SNP的组合。成功验证并建立该新型高特异性Taq酶应用于多重等位基因特异性PCR实验的总体流程。提供一套具备高特异性、能够针对多个SNP位点进行检测的低成本方案,对多重等位基因特异性PCR技术的开发同样具有参考价值。 展开更多
关键词 等位基因特异性PCR 多重PCR 高保真Taq酶 基因分型 染色体替换系小鼠
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示-环指长比与6个指骨发育相关基因多态性的关联性
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作者 杨梦怡 牛世博 +5 位作者 张静 彭亮 党洁 马占兵 陆宏 霍正浩 《解剖学报》 CAS CSCD 2024年第2期181-187,共7页
目的探讨6个指骨发育相关基因,即成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)、印度刺猬信号分子(IHH)、Msh同源盒1(MSX1)、Runx家族转录因子2(RUNX2)、SRY盒转录因子9(SOX9)及Wnt家族成员5A(WNT5A)13个位点单核苷酸多态性(SNP)与人类示-环指长比(2... 目的探讨6个指骨发育相关基因,即成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)、印度刺猬信号分子(IHH)、Msh同源盒1(MSX1)、Runx家族转录因子2(RUNX2)、SRY盒转录因子9(SOX9)及Wnt家族成员5A(WNT5A)13个位点单核苷酸多态性(SNP)与人类示-环指长比(2D∶4D)的关联性。方法采用数码相机拍摄宁夏地区731名在校大学生(男性358名,女性373名)手部正面照片,采用GraphPad Prism 8.0图像分析软件标记解剖点并测量示(2)指及环(4)指指长;多重PCR法进行6个基因13个SNP位点(rs1047057、rs755793、rs41258305、rs3731881、rs3100776、rs12532、rs3821949、rs45585135、rs3749863、rs1042667、rs12601701、rs1829556和rs3732750)的基因分型;单因素方差分析或独立样本t检验间接评估2D∶4D与13个SNP位点间的关联性。结果宁夏大学生女性左手和右手2D∶4D均显著高于男性(均P<0.01);13个SNP位点基因型、等位基因频率在不同性别间的差异均无显著统计学意义(均P>0.05);不同性别中,男性左手2D∶4D与SOX9基因rs12601701位点基因型显著关联(P<0.05),右手2D∶4D与WNT5A基因rs1829556位点基因型显著关联(P<0.05);女性右手2D∶4D与MSX1基因rs12532(P<0.01)和rs3821949(P<0.05)位点基因型显著关联。结论SOX9(rs12601701)、WNT5A(rs1829556)、MSX1(rs12532和rs3821949)基因多态性可能与宁夏地区人群2D∶4D的形成有关。 展开更多
关键词 指骨发育基因 Msh同源盒1基因 SRY盒转录因子9基因 Wnt家族成员5A基因 指长比 多重聚合酶链反应 宁夏 大学生
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柑橘3种病毒类病原多重RT-PCR检测技术的建立及应用
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作者 袁琳凯 马崇欢 +5 位作者 李丁山 陈志炜 江宵烽 丁新伦 张洁 吴祖建 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期339-344,共6页
【目的】建立柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd)的多重RT-PCR检测体系。【方法】设计多重RT-PCR引物,分析其特异性,确... 【目的】建立柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd)的多重RT-PCR检测体系。【方法】设计多重RT-PCR引物,分析其特异性,确定其最佳浓度比、最适退火温度及灵敏度,在此基础上对福建地区的柑橘样品进行检测。【结果】确定了CYVCV-F/R、CTV-F/R和HSVd-F/R等3对引物的最佳浓度比例为1∶1∶2,最适退火温度为52.9℃,灵敏度结果显示该体系可检测模板稀释到10^(-2)的阳性样品。应用该体系对采自福建部分地区的157份柑橘样品进行检测,结果发现,CYVCV、CTV和HSVd的检出率分别为47.1%、56.7%和22.9%。【结论】成功建立了柑橘CYVCV、CTV和HSVd病原的多重RT-PCR检测方法,为该类病害的检测提供准确、快速的检测方法。 展开更多
关键词 柑橘黄化脉明病毒 柑橘衰退病毒 啤酒花矮化类病毒 多重RT-PCR
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野生型非洲猪瘟病毒多重数字PCR方法的建立
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作者 李松达 蒋亚君 +5 位作者 庞忠宝 黄颖 翟文竹 朱鸿飞 赵晓民 贾红 《动物医学进展》 北大核心 2024年第4期32-39,共8页
为建立一种鉴别诊断野生株和基因缺失株非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的方法,针对ASFV的B646L、EP402R、DP96R基因保守序列设计3套引物和探针,优化三重荧光定量PCR体系作为基础建立微滴式数字PCR(droplet digital PCR,d... 为建立一种鉴别诊断野生株和基因缺失株非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的方法,针对ASFV的B646L、EP402R、DP96R基因保守序列设计3套引物和探针,优化三重荧光定量PCR体系作为基础建立微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并对方法的特异性、灵敏性及重复性进行评估。结果显示,优化后的多重荧光定量PCR检测方法的标准曲线线性关系良好,对PRRSV、PEDV、PRV、VSV、PCV、RNase-free水、重组质粒标准品进行特异性检测,特异性良好;重复性试验结果显示,变异系数均小于2%;对3种重组质粒的最低检测下限均为102 copies/μL。参照上述多重荧光定量PCR方法优化后的条件,进行多重ddPCR检测方法的建立,并且对该方法进行评价。结果显示,ddPCR检测方法标准曲线的线性关系良好;特异性及重复性良好;最低检测下限B646L为11.6 copies/μL、EP402R为13.3 copies/μL、DP96R为16.9 copies/μL;ddPCR的检测灵敏度比荧光定量PCR有优势。使用建立的多重ddPCR方法对14份P3实验室中的样品进行实验室样品检测,样品检测符合率达到100%。成功建立了能够同时检测用于鉴别野毒株感染与疫苗株的荧光定量PCR和微滴式ddPCR方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 多重荧光定量PCR 微滴式数字PCR
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羊败血性链球菌多重PCR检测方法的建立
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作者 魏梦君 郑思思 +3 位作者 游潇倩 孙生祯 辛莉 阚威 《畜牧兽医杂志》 2024年第5期80-82,共3页
建立多重PCR诊断方法。以复活羊败血性链球菌病活疫苗作为研究对象,根据细菌16S rRNA基因通用引物和羊败血性链球菌种属特异性sodA基因,参考文献设计合成引物并进行PCR扩增。结果显示:(1)疫苗株接种BHI增菌培养,细菌生长缓慢,24 h后BHI... 建立多重PCR诊断方法。以复活羊败血性链球菌病活疫苗作为研究对象,根据细菌16S rRNA基因通用引物和羊败血性链球菌种属特异性sodA基因,参考文献设计合成引物并进行PCR扩增。结果显示:(1)疫苗株接种BHI增菌培养,细菌生长缓慢,24 h后BHI培养基变浑浊;在血平板上形成有光泽、透明湿润、黏稠,表面光滑、边缘整齐,露滴状细小、灰白色的菌落,菌落周围有明显的β溶血。(2)羊败血性链球菌病疫苗株细菌镜检结果显示,镜检可见呈革兰氏染色阳性,常成对或3~5个短链排列的球形或椭圆形球菌,有荚膜。(3)羊败血性链球菌病疫苗株核酸提取结果显示,提取核酸稳定性良好,可用于后续实验研究。(4)PCR扩增结果显示,该方法特异性和敏感性好,可为羊败血性链球菌病的实验室诊断检测和分子流行病学调查提供技术支撑。研究认为,多重PCR检测方法简便、快捷,敏感性和特异性良好,技术易掌握,普遍适合基层单位使用,可快速获得诊断结果,确定病原,为临床合理用药提供科学依据。 展开更多
关键词 链球菌 多重聚合酶链反应 诊断
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病原体多重PCR检测技术研究进展
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作者 高扬 董泽丰 +1 位作者 雅雪蓉 沈强 《江苏预防医学》 CAS 2024年第2期243-247,共5页
引起某一症候群传染病病原体种类繁多,且可能存在复合感染,快速、准确地诊断病原体,既可有效预防疾病传播,也可以很好地指导临床用药。多重PCR(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)技术,可在一个反应体系中同时检测多个病原体,... 引起某一症候群传染病病原体种类繁多,且可能存在复合感染,快速、准确地诊断病原体,既可有效预防疾病传播,也可以很好地指导临床用药。多重PCR(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)技术,可在一个反应体系中同时检测多个病原体,满足突发公共卫生事件中迅速查明病因需要。根据MPCR产物检测信号的时机不同,MPCR技术可分为PCR反应实时检测、终点检测、反应后检测3种类型。本文主要针对这3种类型的MPCR技术研究进展进行综述,并探讨此类技术的发展方向。 展开更多
关键词 病原体 传染病 多重PCR 核酸分子诊断
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虾十足目虹彩病毒1、肝肠胞虫及传染性早熟病毒多重Taq Man荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 徐晔 周毅 +4 位作者 王娜 窦维伟 王静 王凤芝 段宏安 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期825-831,共7页
为建立检测十足目虹彩病毒1(DIV1)、肝肠胞虫(EHP)、传染性早熟病毒(IPV)的多重Taq Man荧光定量PCR检测方法,本研究根据DIV1 MCP基因、EHP SSU基因与IPV polyprotein A基因设计特异性引物和Taq Man探针,经各反应条件的优化建立了同时检... 为建立检测十足目虹彩病毒1(DIV1)、肝肠胞虫(EHP)、传染性早熟病毒(IPV)的多重Taq Man荧光定量PCR检测方法,本研究根据DIV1 MCP基因、EHP SSU基因与IPV polyprotein A基因设计特异性引物和Taq Man探针,经各反应条件的优化建立了同时检测DIV1、EHP及IPV的多重Taq Man荧光定量PCR方法。利用该方法检测DIV1、EHP、IPV、白斑综合征病毒、致急性肝胰腺坏死弧菌、传染性皮下及造血器官坏死病毒、虾偷死病毒、传染性肌肉坏死病毒、桃拉病毒、黄头病毒1型等主要虾类病毒,结果显示,该方法仅能扩增出DIV1、EHP和IPV,与其他主要虾类病原均无交叉反应,特异性较强。对10倍倍比稀释后等浓度等体积混合的DIV1、EHP和IPV质粒标准品混合物的检测结果显示,该方法对3种病原的质粒标准品的检测限均为1.67×10^(1)拷贝/μL,各病毒单一荧光定量PCR方法的检测限均为1.67×10~0拷贝/μL,多重Taq Man荧光定量PCR方法的灵敏度虽略低于单一荧光定量PCR方法,但是可以同时检测3种病原,检测效率高。选取3个浓度的pDIV1、pEHP、pIPV(5×10^(5)拷贝/μL、5×10^(4)拷贝/μL、5×10^(3)拷贝/μL)等浓度等体积混合的质粒标准品为模板,进行组内和组间重复性试验,结果显示组内与组间重复性试验的变异系数均小于1%,该方法重复性较好。利用该方法与DIV1、EHP、IPV单一荧光定量PCR方法同时检测105份虾苗和亲虾样品,结果显示,本研究建立的多重Taq Man荧光定量PCR方法对DIV1的检出率为21.9%(23/105),对EHP的检出率为14.3%(15/105),对IPV的检出率为45.7%(48/105),3种病原混合感染率为1.9%(2/105),与DIV1、EHP、IPV各单一荧光定量PCR方法的检测结果均一致,阳性样品的符合率达100%。本研究建立的DIV1、EHP、IPV多重Taq Man荧光定量PCR方法为临床同时检测该3种病原提供了特异、敏感、高效的技术手段。 展开更多
关键词 虾十足目虹彩病毒1 虾肝肠胞虫 虾传染性早熟病毒 多重Taq Man荧光定量PCR
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PCR技术在食品微生物检测中的应用研究 被引量:1
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作者 王迪 《食品安全导刊》 2024年第13期187-189,共3页
PCR技术因具有高灵敏度、高特异性和快速性的特点,在食品微生物检测领域广泛使用。本文阐述食品中常见的致病微生物、PCR技术的基本原理、食品中常见致病微生物的PCR检测方法,探讨PCR技术在食品微生物检测中的应用,并介绍PCR技术在食品... PCR技术因具有高灵敏度、高特异性和快速性的特点,在食品微生物检测领域广泛使用。本文阐述食品中常见的致病微生物、PCR技术的基本原理、食品中常见致病微生物的PCR检测方法,探讨PCR技术在食品微生物检测中的应用,并介绍PCR技术在食品微生物检测中的发展趋势。 展开更多
关键词 PCR技术 食品微生物 致病微生物 实时荧光定量PCR 多重PCR
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