NCBI基因序列数据库使用和检索方法

针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位 。

NCBI的数据库资源及其应用

ＮＣＢＩ是美国的一个大型生物信息学系统，它主要通过 ＮＣＢＩ网站为全世界的科学家服务，它拥有ＧｅｎＢａｎｋ、ＲｅｆＳｅｑ、ＵｎｉＧｅｎｅ、ｄｂＳＮＰ等等多种大型生物学数据库，并且提供了多种数据库查询工具，如：Ｅｎｔｒｅｚ、ＰｕｂＭｅｄ、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ、Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｂｒｏｗｓｅｒ等等，以及多种数据库分析资源，对于我们查询文献、人类基因组信息、基因表达、蛋白质结构、肿瘤遗传信息，以及不同种属遗传信息等等有非常大的帮助，是一个非常重要的生物医学资源。

基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台设计与实现

介绍了山东省千佛山医院基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台的设计和实现。

NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点(英文)

本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton11260条,contig9972条。通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%。这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少。在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%。在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%。所有这些SSR基序的长度在4～51个之间。

eUtils与NCBI数据库的深度利用

通过NCBI提供的eUtils程序,我们可以通过自行设计的应用程序平台,深度利用NCBI 20多个生物医学数据库中的数据,获取资料,甚至开展数据挖掘。eUtils由7个应用程序组成,它们既可以单独使用,也可以整合起来使用。

图书馆利用My NCBI和RSS为科研人员提供信息服务

介绍PubMed提供的个性化服务(My NCBI)功能以及近年来发展起来的RSS技术,指出这些功能和技术有利于为科研人员提供有针对性、高层次的文献信息服务,进一步提高图书馆的服务质量和服务水平。

美国NCBI网站Entrez资源整合系统的检索与利用

Entrez资源整合系统是美国NCBI网站的重要服务方式 ,本文着重介绍其检索和使用方法。

美国NCBI网站基因组数据库使用和检索

针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位 ,介绍基因组数据库 Genoma的检索和使用特点。

利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践

介绍了在NCBI上与电子定位基因有关的主要生物信息学资源,以人胰核糖核酸酶基因为例,探讨了运用生物信息学在NCBI中电子定位基因的几种方法。

PubMed新的检索工具——NCBI Search Toolbar及其应用

NCBI Search Toolbar是美国国立医学图书馆(NLM)新近推出的专用搜索工具,本文介绍该工具的特点、使用方法等。

NCBI数据库及其资源的获取

NCBI是美国的一个大型生物信息学系统,它主要通过NCBI网站为全世界的科学家服务,它拥有多种数据库查询工具,以及多种数据库分析资源,对于我们查询文献、人类基因组信息、基因表达、蛋白质结构、肿瘤遗传信息,以及不同种属遗传信息等等有非常大的帮助,是一个非常重要的生物医学资源。

NCBI网站的生物医学信息资源

美国国家生物技术信息中心(NCBI)是美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创立的一个分子生物学信息系统。NCBI除了管理着著名的核苷酸序列数据库GerBank以外，还包括了PubMed文献数据库，人类孟德尔遗传学数据库OMIM和三维结构分子模型数据库MMDB等资源，并提供了多种GenBank数据的检索与分析工具。本文简要介绍了NCBI网站的各种信息资源。

从NCBI看我国数据库建设的发展方向

结合美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库的复杂性、公开性、广泛性、及时性、综合性、权威性等几大特点,从实际出发,分析出我国数据库建设的不足之处,并提出我国数据库建设的发展方向。

基于NCBI开放接口的检索和下载文献题录信息功能的实现

利用NCBI的E-utilities开放编程接口中的ESearch和EFetch两个标准URL接口,实现了从PubMed数据库中检索和批量自动下载文献题录信息的功能。给出的实现流程和关键代码,为进一步获取NCBI数据库的数据和实现这些数据资源的深度开发和使用提供了参考。

国际互联网上的NCBI分子生物学数据库简介

编者的话近２０年来，在科学技术的发展过程中，呈现出各学科及其分支学科之间互相渗透及融合的新潮流和新趋势，新的学术思想，工业产品，乃至新的科系随之应运而生，如数码分类、环境微生物、极端环境微生物、混合发酵、基固工程等。与此相适应，本刊拟开辟此新栏目，以餐本刊的爱好者，并欢迎赐稿，提出批评和建议。让我们共同努力，把本刊办成为学术思想活跃，格式多样，内容丰富，为微生物学工作者喜闻乐见的园地，迎接建国５０周年和蕴育着新的机遇和激烈挑战的新世纪的到来。

基于NCBI单基因ITS序列的散囊菌目系统发育学探讨

为了从分子水平探讨散囊菌目的系统发育关系,利用NCBI的Taxonomy,SIF等数据库中的散囊菌目物种信息及GenBank中已有的rDNA ITS序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建散囊菌目属一级水平的系统发育树.结果表明:散囊菌目的4个科中的27个属聚为2大枝1小枝,单基因ITS序列的分析结果与散囊菌目的4个科的分类结果不完全一致.

基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。

基于NCBI核酸数据库的田头菇属Agrocybe真菌系统发育探析

物种的系统发育研究是有效保护和开发利用其种质资源的基础学科。为了明确我国及世界范围内田头菇属Agrocybe属一级水平的遗传发育关系,文章基于美国国立生物信息中心核酸数据库,以单基因ITS序列为研究对象,采用T92(Tamura 3-paramete)参数模型计算遗传距离,并应用邻接法构建田头菇属Agrocybe属一级水平的系统发育树。结果表明,NCBI核酸数据库中田头菇属Agrocybe 43个物种(含已知物种31个和待定物种12个)的192条ITS单基因序列构建的系统发育树大致分为6个分支,归属于不同组别,并对其中的17条待定物种信息进行了初步分子鉴定。

高中生物教学中如何巧用NCBI数据库

在蛋白质的结构与功能、染色体与基因以及其他相关内容的教学中运用NCBI数据库中的相关子库,贯彻落实课程目标与促进学科核心素养的培养。通过探索详细的注释信息、生动形象的可视化界面以及学生主动积极的实践操作,突破学生学习难点,加深知识理解与记忆,培养学生学习的兴趣,提高学生信息化学习的能力,形成良好的生物学学科核心素养,为学生学习以及未来科学研究奠定坚实的基础。