黄颡鱼属两种鱼类的线粒体ND4基因序列变异性分析

以东亚特有种光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)和长须黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)为研究对象,采用PCR技术获得了这两种鱼类的部分线粒体DNA DN4基因及其3′端的tRNA基因碱基共约772个,用MEGA2.1软件分析了此片段序列,采用Kimura双参数模型计算遗传距离,以科属的大鳍(Hemibagrus macropterus)为外类群,用邻接法构建不同水系的光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的分子系统树。不同水系的光泽黄颡鱼的遗传距离在0.000—0.012之间,长须黄颡鱼的遗传距离在0.000—0.003之间,光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼种间的遗传距离在0.099—0.108之间,从分子水平上证实了光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼为两个有效物种。不同水系的光泽黄颡鱼遗传变异很小,除黑龙江种群外,其他水系的光泽黄颡鱼在分子系统树没有能够按水系区分开来,可能的原因为:(1)不同水系的光泽黄颡鱼之间存在频繁的基因交流;(2)东亚科鱼类的线粒体DNA的进化速率可能较小;(3)人类经济活动可能已影响到光泽黄颡鱼的种群遗传结构。

线粒体16srRNA和ND4基因在种属鉴定中的应用研究

目的 构建一种用于种属鉴定的线粒体DNA（mtDNA）16srRNA和ND4基因荧光标记复合扩增检测体系。方法 利用引物设计软件（Primer 5）对两个mtDNA序列ND4基因和16srRNA基因设计两对引物，每对引物中的一条在5’端标记荧光素（6-FAM）。按传统复合扩增技术建立复合扩增体系，用ABIPRISM 310基因分析仪对产物进行分析。结果 人类DNA扩增产物出现两个峰，片段大小分别为110bp的人类特异片段和149bp的人与动物共有片段，而动物DNA扩增产物出现一个峰，片段大小为149bp。对30个实验室存放5～15年的陈旧人血痕也能明确判断其种属来源。结论 该体系可以明确区分人源性生物检材与其它常见动物样本，对实验室长期存放的陈旧检材也具有较好的检测能力。

基于ND4和ND5基因序列分析的鳅超科鱼类系统发育关系

ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:鳅超科鱼类ND4基因全长1380～1387bp,以ATG为起始密码子,终止密码子为不完全终止信号;ND5基因全长1821～1839bp,同样起始密码子为ATG,终止密码子为TAA或TAG;ND4和ND5基因之间插入了3个tRNA基因,分别编码携带组氨酸、丝氨酸、亮氨酸的tRNA。ND4和ND5基因(包含3个tRNA基因)中A、T、G、C的平均含量分别为30.4%、27.3%、14.2%、28.1%,A+T(57.7%)的含量高于G+C(42.3%)的含量。转换与颠换比(Ti/Tv)平均值为1.586。选取斑马鱼和鲤鱼作为外类群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)进行系统发育树的重建。三种方法的系统发育分析结果都显示:花鳅亚科、条鳅亚科、沙鳅亚科、平鳍鳅科及Vaillantellidae分别构成单系;它们的系统发育关系为:(Vaillantellidae+(沙鳅亚科+(花鳅亚科+(条鳅亚科+平鳍鳅科)。这与线粒体全基因组和某些核基因(如RAG1基因)的研究结果类似,且支持率较高,表明ND4和ND5基因用于鳅超科鱼类的系统发育分析是可行的;但是该研究的结果有别于其他线粒体基因的分析结果,如基于cytb和D-loop基因进行的系统发育分析表明,条鳅亚科和花鳅亚科聚为姐妹群,再和平鳍鳅科聚在一起。这种差异可能是由于使用的基因长度差异造成的,长度越长,信息量越大,所反映的系统发育结果可能更加接近真实情况。

基于线粒体ND4基因的鼢鼠系统进化关系

为探讨甘肃境内鼢鼠的系统进化关系，采用PCR技术对采集的4种鼢鼠线粒体DNA ND4序列进行扩增，经序列测定后用Clustal X1．83对比，获得了17条长度为425-438bp不等的同源序列。通过DAN SP4．0比较分析，共检出160个多态信息位点，定义了15种单倍型，单倍型多样度为（Hd）：0．980±0.024。采用MEGA4．0中的NJ法、MP法构建的分子进化树表明：高原鼢鼠两群体聚在一起后再与斯氏鼢鼠聚在一起，处于较进化的位置，后与秦岭鼢鼠聚在一起形成一进化枝，再与甘肃鼢鼠群体聚在一起，甘肃鼢鼠最先分化出来，且单独成一进化枝。

中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性。对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析。结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%)。共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型。核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mt DNA遗传多样性并不十分丰富。对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先。

基于线粒体ND4基因和核c-mos基因初步探讨广西拟水龟和艾氏拟水龟的系统发生

广西拟水龟和艾氏拟水龟的分类和系统发生多年来存在争议。通过测定广西拟水龟、艾氏拟水龟和黄喉拟水龟线粒体ND4基因和核c-mos基因部分序列,合并GenBank中拟水龟属其他物种的ND4基因和c-mos基因部分序列进行分析,从分子水平探讨广西拟水龟和艾氏拟水龟的系统发生。ND4基因数据分析发现NJ、MP和BI树中广西拟水龟与安南拟水龟的聚类分支相互交织聚为一支,二者种内遗传距离均为0.002～0.017,种间遗传距离为0.000～0.035,种间遗传距离明显小于同属内其他种间0.056～0.109的遗传距离,表明广西拟水龟与安南拟水龟可能为同一物种,可能是安南拟水龟的同种异名,或是作为安南拟水龟的一个亚种;NJ树、MP树和BI树均显示,艾氏拟水龟与黄喉拟水龟的位置和关系最为相近,二者间的遗传距离为0.020～0.035,明显小于拟水龟属其他物种间遗传距离,而明显大于同属各物种内遗传距离,艾氏拟水龟与黄喉拟水龟之间系统分类关系是介于种内与种间之间;乌龟、中华花龟、安南拟水龟等物种都是与拟水龟属中其他物种先聚成一支后再与同科的地龟属的地龟形成姐妹支,支持将乌龟属、花龟属和安南龟属并入拟水龟属的分类。c-mos基因数据分析发现,拟水龟属各物种间不存在明显的遗传距离,NJ树和MP树也未能对属中各物种的分子系统发生位置进行有效的界定,但在属及属以上阶元的分子分类系统中c-mos基因可以作为分类依据,并与线粒体基因数据有较好的一致性。

家鹅ND4基因多态性与遗传结构研究

四川白鹅、狮头鹅、豁眼鹅、伊犁鹅、朗德鹅和莱茵鹅是具有独特种质特性的家鹅品种。该试验利用直接测序法测定了具有独特种质特性,在鹅杂交育种中被广泛应用的四川白鹅等6个家鹅品种线粒体ND4基因的部分核苷酸序列(621 bp),共检测到了4种单倍型,4种单倍型的频率分别为0.467、0.033 3、0.467、0.033 3,单倍型多样性为0.582;各品种间的核苷酸分化系数(Nst)在0至1之间;6个家鹅各品种内核苷酸多样性(Pi)很低,各品种间的遗传距离(D)很小,遗传相似度高,而且同属于灰雁或鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度比分属于灰雁、鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度更高。另外,对这6个家鹅品种的遗传结构形成原因和杂交利用进行了初步分析。

论著线粒体DNAND4基因12026(A→G)点突变与2型糖尿病相关性研究

目的研究中国云南2型糖尿病人群线粒体ND4基因nt12026A→G点突变的发生频率及其与2型糖尿病的相关性.寻求准确、快速、简易的临床糖尿病基因诊断方法.方法随机选取350例中国云南2型糖尿病患者和225例无糖尿病家族史的健康对照者作为研究对象.通过聚合酶链式反应及限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)检测线粒体12026A→G点突变.结果经DNA直接测序确证.结果350例2型糖尿病患者中12026A→G点突变者11例(3.14%),225例对照者中携带该突变者6例(2.67%),突变发生率在两组间差异无统计学意义(χ2=0.0059,P=0.8064).结论线粒体ND4基因12026A→G突变可能仅为人群中线粒体基因组的正常多态,不是中国(特别是云南)人群中2型糖尿病的常见致病因.

Genetic and Morphological Variations within Laudakia microlepis(Blanford, 1874)(Sauria: Agamidae) Populations in Southeastern Iran with Description of a New Subspecies

A new subspecies of Laudakia microlepis（Blanford, 1874） is described, from Taftan Mountain in southeastern Iran, based on morphological and genetic characteristics. This new subspecies is distinguished from the nominal subspecies by having a yellowish head along with the following combination of characters： a relatively larger body size; different number of scales around middle of body; larger, weakly keeled, dorsal median scales arranged in 11–13 oblique longitudinal rows; 123–136 scales in a single row from posterior edge of gular fold to vent; 27–31 scales in the first complete whorl around the tail. The type locality of Laudakia microlepis taftanica ssp. nov., is hereby, reported as the Taftan Mountain, about 300 kilometer southeast of the nominal subspecies known range.

基于线粒体ND4基因序列的七种条纹光唇鱼系统发育及对半刺光唇鱼分类地位的质疑

光唇鱼属（Acrossocheilus）隶属于鲤形目（Cyprini-formes）鲤科（Cyprinidae）鲃亚科（Barbinae Oshima,1919）,广泛分布于东南亚和东亚,其中包括中国南部（包含台湾和海南岛）、越南和老挝。伍献文等[1]于1977年鉴定了本属的19个种或亚种,

6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析

为研究云南省境内特有的巨魾Bagarius yarrelli 6个野生群体的遗传多样性,在红河曼耗(Baya-M)、怒江坝(Baya-B)、怒江下游(Baya-N)、澜沧江上游(Baya-L)、景洪(Baya-J)、红河河口(Baya-H)6个点共采集72尾巨魾,每个点采集12尾,分析6个群体的ND4基因序列。结果表明:应用PCR技术扩增了巨魾线粒体DNA的ND4基因序列并测序,获得72条mtDNA DN4基因序列,巨魾ND4基因序列全长为1381 bp,共检测到501个核苷酸变异位点,核苷酸多样性为0.0019~0.0722;共有67种单倍型,单倍型间的平均相对遗传距离为0.098;将巨魾与三线纹胸鮡Glyptothorax trilineatus和长丝黑鮡Gagata dolichonema两种鱼类的ND4基因利用UPGMA中的Kimura 2-parameter法构建系统进化树,发现巨魾单聚为一支。研究表明,红河河口与曼耗群体之间的分化程度较小,亲缘关系较近,而澜沧江与景洪群体之间的遗传距离最大(0.156),说明澜沧江群体与景洪群体之间的分化程度较大,亲缘关系较远。

几种鳄分子系统发生的探讨

百年来关于扬子鳄的分类学位置存在着很多争议 ,本文测得扬子鳄、暹罗鳄和湾鳄的mtDNAND4和Cytb基因 ,并从GenBank中获得密西西比鳄和海龟的ND4基因和Cytb基因相应片段。用ClustalX1.8进行对位排列 ,以海龟为外群构建分子进化系统树。结果显示 :在鳄类动物中 ,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近 ,两者ND4基因序列碱基差异为 2 0 .6 8% ,而Cytb基因序列碱基差异为 14.43 % ;但扬子鳄与密西西比与鳄的分类问题仍将有待进一步探讨。

四川黑熊NADH脱氢酶亚基4基因的序列分析

目的探讨黑熊线粒体ND4基因的序列特点。方法根据已报道的若干物种的NADH脱氢酶亚基4基因(ND4)设计引物。运用PCR技术从四川黑熊毛囊组织的总DNA中扩增出ND4基因。并对ND4基因进行分析。结果PCR扩增所得DNA序列长度为1402bp,该序列包含了ND4基因,其ORF为1377bp,编码459个氨基酸,编码蛋白的分子量为51.5×103,pI为9.37。四川黑熊的ND4基因序列及其所编码的氨基酸序列与美洲黑熊、马来熊、棕熊、北极熊、人、大鼠、小鼠和狗等其他哺乳动物的ND4基因序列和对应的氨基酸序列具有较高的相似性,分别为68%～91%和71%～95%。拓扑结构预测显示四川黑熊ND4基因的蛋白质上分别存在N-糖基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、N-酰基化位点、亮氨酸拉链以及富含亮氨酸的区域。结论哺乳类动物的ND4基因具较高的保守性,而其所编码的蛋白在功能上具有高度的一致性。

利用肠道菌群的分布和DNA序列对鲤科鱼类系统演化关系的研究

用检测到的肠道微生物菌群的含量对鲤科鱼类的草鱼 (Ctenopharyngodonidellus)和青鱼 (My lopharyngodonpiceus)、鲢 (Hypophthalmichthysmolitrix)和鳙 (Aristichthysnobilis) ,鲤 (Cyprinuscarpiohaematopterus)和鲫 (Carassiusauratus) ,团头鲂 (Megalobramaamblycephala)和三角鲂 (Megalopbramater minalis) 8个种进行系统演化分析。所获得的系统演化树中 ,每个亚科内的物种邻接为 1个接点。在亚科间 ,雅罗鱼亚科与亚科相邻邻接 1个共同接点。该接点与鲢亚科和鲤亚科连结为 1个共同祖先接点。用线粒体基因组中的cytb和ND4基因全序列分别构建 5个亚科 13和 11个种的NJ树 ,这 2个树在 5个亚科之间的邻接拓扑结构上亦不相同。 3种树可推出一个共同的结论是在所分析的亚科中鲤亚科为最原始的类群 ,而鲫是最原始的类型。

华北地区的短尾蝮分类地位的确定及短尾蝮种下分类的探讨

华北地区的短尾蝮的鼻间鳞形状和斑纹与东北地区短尾蝮Gloydius brevicaudus和日本蝮G.blomhoffii相似,鳞片变化范围也有很大重合。尽管不少学者对此进行过研究,但它们的分类地位尚有争议。作者对中国产蝮亚科Crotalinae亚洲蝮属Gloydius乌苏里蝮G.ussuriensis、东北地区短尾蝮G.brevicaudus、长江中下游地区短尾蝮和华北地区短尾蝮共4个居群12个个体测定了约660bp线粒体ND4基因序列,并从GenBank下载了日本产日本蝮3个个体的ND4基因序列,以尖吻蝮属Deinagkistrodon的尖吻蝮D.acutus和白头蝰属Azemiops的白头蝰A.feae序列为外群,用最大简约法构建分子系统进化树。结果显示,亚洲蝮属的岩栖蝮G.saxatilis、中介蝮G.intereidius和高原蝮G.strauchii与日本蝮、乌苏里蝮和短尾蝮聚成姐妹群;乌苏里蝮与日本蝮聚集,3个地区的短尾蝮聚集,且3个地区的短尾蝮不成单系,支持华北地区的短尾蝮不是日本蝮的结论。作者认为,华北地区的短尾蝮是短尾蝮的一个居群,而不是其亚种;短尾蝮暂不分亚种。

长江中下游地区的短尾蝮分类地位的确定

长江中下游地区的短尾蝮的鼻间鳞形状与斑纹和短尾蝮(Gloydius brevicaudus)和日本蝮(G.blomhoffii)相似,鳞片变化范围也有很大重合。尽管不少学者对此进行过研究,至于它们的分类地位尚有争议。作者对中国产蝮亚科(Crotalinae)亚洲蝮属(Gloydius)短尾蝮(G.brevicaudus)、乌苏里蝮(G.ussuriensis)和长江中下游短尾蝮共3个居群9个个体测定了825 bp线粒体ND4基因序列,并从GeneBank下载了日本产日本蝮(G.blomhoffii)2个个体的ND4基因序列,以原矛头蝮属(Protobothrops)的菜花原矛头蝮(P.jerdonii)序列为外群,以亚洲蝮属的高原蝮(G.strauchii)序列为姐妹群,用MEGA 3.1软件构建最大简约分子系统树。结果显示,长江中下游地区的短尾蝮与东北地区的短尾蝮聚集,而乌苏里蝮与日本蝮聚集,支持长江中下游地区的短尾蝮不是日本蝮的结论。还对其体长和鳞片(背鳞、腹鳞和尾下鳞)数据做了统计学分析,并和东北短尾蝮的数据比较。运用75%法则,两者所有数据的差异系数均小于1.28,认为长江中下游地区的短尾蝮是东北地区短尾蝮的南方居群,而不是其亚种。

家族性糖尿病人群中线粒体ND4基因12026A→G突变的分析研究

目的了解线粒体ND4基因mt12026A→G变异在中国人家族性糖尿病人群中的发生率及其临床特点。方法应用PCR-限制性片段长度多态性技术结合直接测序方法对随机抽取的无亲缘关系的770个糖尿病家系的先证者及309名非糖尿病对照者进行线粒体基因mt12026A→G变异的筛查。结果在糖尿病先证者组中发现28例(3.63%)mt12026A→G变异,而在正常对照组中发现9例(2.91%),两组间变异的发生率差异无统计学意义。伴mt12026A→G的糖尿病组与无该变异的糖尿病组之间的临床特点(年龄、体重指数、胰岛素抵抗指数)比较差异无统计学意义。结论线粒体ND4基因mt12026A→G变异可能不是中国人线粒体糖尿病发病的致病原因,而是中国人线粒体的一种基因多态。

急性髓系白血病患者ND4基因突变情况分析

目的 探讨急性髓系白血病（AML）患者ND4基因突变情况及临床意义.方法 采用PCR扩增产物直接测序法检测121例AML患者ND4基因的突变情况,分析突变阳性患者的临床特征.结果 121例初诊AML患者,其中男58例,女63例,中位年龄为49 （10～86）岁,ND4突变阳性患者为8例（6.6％）.突变均为错义突变,类型包括A131V 3例,A404T 2例,F149L、G242D、Y409H各1例.ND4基因突变型患者和野生型患者相比,性别、年龄、WBC、HGB 、PLT、骨髓原始细胞比例、免疫表型等差异均无统计学意义（P＞0.05）.具有突变的患者染色体核型预后相对良好,差异具有统计学意义（P=0.049）.突变患者与野生型患者相比,FLT3基因内部串联重复序列（FLT3-ITD）、核仁磷酸蛋白（NPM1）、CCAAT/增强子结合蛋白α（CEBPA）、c-KIT和DNMT3A等基因突变发生率差异均无统计学意义（P＞0.05）.ND4基因突变型和野生型患者的中位总生存期均未达到,中位无复发生存期分别为未达到和29（2～53）个月,差异均无统计学意义（P＞0.05）.ND4基因突变型和野生型患者的完全缓解率和复发率差异均无统计学意义（P＞0.05）.结论 ND4基因突变是一种新型的分子突变,在AML患者预后判断中可能具有重要意义,但线粒体功能障碍是如何致病的仍需继续研究.

基于DNA分子标记的潘氏闭壳龟遗传多样性分析

潘氏闭壳龟(Cuora pani)是中国特有种,国家二级重点保护野生动物。由于非法贸易加之栖息地破坏等,其野外种群数量十分稀少。本研究旨在利用线粒体基因与核基因标记揭示潘氏闭壳龟的遗传多样性和遗传结构,以期为中国潘氏闭壳龟的种群保护和管理提供科学依据。本次共研究14只潘氏闭壳龟个体,其中,6只原产地为四川广元,8只产地未知。结果表明,在14只潘氏闭壳龟样本中鉴定出Cyt b单倍型、ND4单倍型和R35单倍型各2个,且均有1个新单倍型;Cyt b、ND4和R35基因单倍型多样性分别为0.440、0.143和0.154,核苷酸多样性分别为0.00041、0.00019和0.00063;各单倍型的平均遗传距离(p)均小于0.01。基于三个基因联合数据集的系统发育分析表明,潘氏闭壳龟与金头闭壳龟(C.aurocapitata)互为单系进化支,且中性检测和核苷酸错配分析显示,潘氏闭壳龟群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。潘氏闭壳龟群体遗传多样性低,种内变异小,群体应对环境变化的能力低,建议应加强对中国潘氏闭壳龟野外种群的基础研究和保护力度,同时规范人工繁殖,以避免近亲繁殖和种群衰退。