Ndrg2基因及NDRG2蛋白的生物信息学分析

目的 :对ndrg2 (n mycdownsreamregulatorgene 2 )基因调控区和NDRG2蛋白序列进行生物信息学分析 ,从结构上预测其功能 .方法 :运用internet网络上的数据库及程序 ,对ndrg2基因的调控区和NDRG2蛋白的二级结构进行生物信息学分析 .结果 :ndrg2基因调控区存在多种转录因子结合位点 ,功能主要涉及组织特异性表达调控 ,细胞生长发育相关基因和应激反应基因的表达调控等 ;NDRG2蛋白的结构属于α/β水解酶类折叠 ,其分类预测表明与细菌环氧化物水解酶的二级结构极为相似 .结论 :生物信息学分析提示NDRG2蛋白具有一定的酶活性 ,可能参与细胞抗氧化应激反应 ,内外源有毒物质的代谢 。

NDRG2在非小细胞肺癌中的表达意义

目的:探讨NDRG2蛋白在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及其在病理分类、分级、TNM分期中的差异性,为进一步研究NDRG2在NSCLC中的作用及其机制提供依据。方法:采用免疫组化EnVinsion法检测NDRG2蛋白在155例非小细胞肺癌中的表达,统计学分析其病理分类、分级及临床TNM分期的差异性。结果:NDRG2阳性表达主要定位于胞质中和胞膜上,在癌和相应正常肺组织中总阳性率分别为63.23%、100%,两者相比差异性非常显著(P=0.0000),其中肺鳞癌和腺癌阳性率分别为54.65%、73.91%,与正常组织比差异性均非常显著(P=0.0000);鳞癌与腺癌间的阳性率和阳性强度差异性显著(P=0.0131),鳞癌高、中、低分化阳性率分别为87.10%、41.3%和11.11%,经Kruskal-Wallis H检验差异性显著(P=0.0000),腺癌的高、中、低分化的阳性率分别是100.0%、88.89%和31.58%,经检验差异性非常显著(P=0.0000);鳞癌、腺癌的TNM分期Ⅰ、Ⅱa、Ⅱb、Ⅲa、Ⅲb的阳性率有逐渐降低的趋势,经检验其差异性显著,P值分别为0.0005、0.0342。结论:NDRG2在NSCLC中低于相应正常组织中的表达,表达的高低与病理分级高低成正比、与TNM分期高低成反比,很可能对NSCLC发生、发展产生重要影响。

用比较基因组学方法分析人NDRG2的生物学功能

目的:预测NDRG2的功能,为进一步进行实验研究提供线索.方法:用比较基因组学分析ndrg2的转录调控,搜索其同源蛋白以及理解NDRG2的空间结构.结果:人ndrg2有两个转录起始位点,长转录起始位点与牛ndrg2的转录起始点相似;短转录起始点与小鼠ndrg2的转录起始点相似.发现了许多物种中NDRG2的同源蛋白,其中MESK2为NDRG2在果蝇中的同源蛋白.许多NDRG2的结构邻居被找到.NDRG2蛋白中水解酶的关键氨基酸已发生改变.结论:ndrg2在人中有两种不同的转录调节方式,两个转录起始点之间可能存在一个微小启动子;NDRG2同源蛋白只存在于后生生物层,在原核生物层中不存在,这些同源蛋白参与了细胞的分化;NDRG2在空间结构上属于α/β水解酶超家族,但由于关键氨基酸的缺失,其可能没有水解酶活性.

NDRG2蛋白的毕赤酵母可溶表达与纯化

目的 :酵母表达并纯化可溶性NDRG2蛋白 .方法 :从 pRSET A ndrg2重组质粒中扩增出 6his ndrg2融合基因 ,克隆入酵母表达载体 pPIC3.5K ;酵母重组表达载体pPIC3.5K 6his ndrg2电转化入毕赤酵母GS115 ,并进行营养缺陷筛选和G4 18抗性筛选 ;对高拷贝整合的重组酵母表达菌株诱导表达 ,可溶性表达产物经Ni NTA亲合层析纯化 .结果 :构建得到酵母融合重组表达载体 pPIC3.5K 6his ndrg2 ;经G4 18浓度梯度筛选得到串联整合 16个重组表达载体以上的重组酵母表达菌株 ;诱导后表达得到 6his NDRG2融合蛋白 ,并成功纯化得到可溶性表达产物 .结论 :表达并纯化得到可溶性NDRG2蛋白 ,为进一步研究NDRG2的结构与功能打下了必要的基础 .

胶质瘤中NDRG2,PKC-α mRNA表达及相关性研究

目的:研究胶质瘤中蛋白激酶PKC-α mRNA表达与NDRG2 mRNA表达的相关性,寻找可能与NDRG2相互作用的上下游分子.方法:用实时定量PCR技术检测26例脑胶质瘤及相应瘤旁组织中NDRG2和PKC-α mRNA表达量.结果:26例脑胶质瘤NDRG2 mRNA表达低于瘤旁组织(0.95±0.16vs1.54±0.18,P<0.05),PKC-α mRNA表达高于瘤旁组织(1.23±0.11vs0.97±0.18,P<0.05),且随胶质瘤恶性程度增高,NDRG2表达逐渐减少(P<0.05),PKC-α表达有逐渐增加的趋势.NDRG2与PKC-α表达无相关(P>0.05).结论:NDRG2,PKC-α可能与胶质瘤的发生发展及恶性演变有关,在mRNA表达水平,还不能认为NDRG2与PKC-α之间有相关性.

抑癌候选基因NDRG2在乳腺肿瘤组织及乳腺癌细胞系中的表达分析

目的 :分析抑癌候选基因NDRG2在人类乳腺肿瘤组织及乳腺癌细胞系中的表达情况 .方法 :收集 4种乳腺癌细胞系及 2 1例乳腺肿瘤组织及其癌旁组织 ,提取总RNA ,应用半定量RT PCR及RNA斑点杂交的方法检测NDRG2mRNA的表达水平 .为进一步分析Ndrg2蛋白质的表达水平 ,分别提取 2 1例组织及细胞系的总蛋白 ,应用蛋白印迹技术检测其Ndrg2的蛋白表达水平 ,同时运用免疫组化的方法检测 4种乳腺癌细胞系中Ndrg2的表达情况 .结果 :RT PCR结果显示 ,4种乳腺癌细胞系中 ,有 3种NDRG2mRNA水平明显降低 .2 1例乳腺肿瘤组织中 ,有 5例NDRG2的mRNA水平明显降低 .蛋白印迹结果显示 ,筛选出的 3种低表达NDRG2mRNA乳腺癌细胞系中 2种Ndrg2的蛋白表达明显降低 ,而有 1种Ndrg2的蛋白表达没有变化 .2 1例乳腺肿瘤组织中发现 5例Ndrg2的蛋白水平明显下降 ,与RT PCR检测结果一致 .免疫组化结果显示 ,4种乳腺癌细胞系中 ,2种细胞系Ndrg2的表达水平明显降低 ,1种细胞系Ndrg2表达水平没有明显变化 ,与蛋白印迹结果一致 .结论 :Ndrg2在某些乳腺肿瘤组织和乳腺癌细胞系中呈低表达 ,提示其可能对乳腺肿瘤的发生或发展有重要作用 ,这不仅为研究乳腺癌的发病机制进一步提供了线索 。

基于生物信息学的抑癌基因NDRG2相互作用蛋白预测及验证

NDRG2(N-Myc downstream regulator gene 2)是NDRG家族成员之一.以往研究表明,该家族与细胞的增殖和分化有关.而该分子参与的细胞信号通路及调节机制尚未阐明.本研究利用保守蛋白间相互作用(interologs)的生物信息学方法预测NDRG2相互作用分子,并通过免疫共沉淀(Co-IP)及His pull-down蛋白体外结合实验方法对预测结果进行验证.生物信息学软件预测和分析结果表明,细胞中存在多个可能与NDRG2发生相互作用分子.结合文献报道,从中选取了3个候选分子Gnb1、Rgs16及Rgs5进行分子生物学实验验证.Co-IP及His pull-down实验结果表明,3个候选分子中,Rgs5蛋白能够和NDRG2蛋白相互作用,而其它2个候选分子与NDRG2的相互作用未获得实验室方法的验证.研究结果表明,生物信息学分析与实验室验证相结合是一种高效省时的蛋白质相互作用研究策略.通过这种策略证实NDRG2可以与Rgs5蛋白相互作用,为后续NDRG2功能的研究提供了有效的线索.

人NDRG2两亚型基因原核表达载体的构建及表达与纯化

目的构建两种人NDRG2亚型原核重组体pPROEX-HTb-NDRG2并进行表达、纯化、浓缩和鉴定。方法根据人NDRG2基因序列设计合成特异引物,聚合酶链反应(PCR)扩增,亚克隆入6×His融合表达载体pPROEX-HTb,在大肠杆菌BL21中经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导融合蛋白的表达,并用Protino Ni-TED Resin进行纯化。结果构建的重组质粒经酶切后分别可见约1100bp大小的片段,与预期结果一致,基因测序结果表明序列正确。在IPTG的诱导下重组体分别表达出分子量约45kD的表达产物,Western blot结果证实重组6×His融合蛋白可与抗-NDRG2蛋白抗体发生特异性反应;并通过Protino Ni-TED Resin成功获得了纯化蛋白。结论两种人NDRG2亚型基因分别被亚克隆至6×His融合表达载体pPROEX-HTb中,并获得成功表达和纯化,为该蛋白的生物活性及抑瘤作用的研究奠定了基础。

抑癌候选基因NDRG2在甲状腺癌组织中的表达及其意义

目的:研究抑癌候选基因NDRG2在人类甲状腺癌组织及其癌旁组织中的表达情况。方法:收集30例甲状腺癌组织及其癌旁组织,提取总RNA,应用半定量RT-PCR方法检测NDRG2mRNA的表达水平。分别提取30例组织的总蛋白,应用蛋白印迹技术检测其NDRG2的蛋白表达水平。结果:RT-PCR结果显示,30例甲状腺癌组织中,有25例NDRG2的mRNA水平明显降低,蛋白印迹结果显示,30例甲状腺癌组织中发现25例NDRG2的蛋白水平明显下降,与RT-PCR检测结果一致。结论:NDRG2在甲状腺癌组织中呈低表达,提示其可能对甲状腺癌的发生或发展有重要作用影响。