气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的应用

目的 探讨气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的应用。方法 选取2022年1月—2023年6月本院收治的75例肺部感染患者作为研究对象,随机将患者分为对照组与观察组,对照组(37例)采用气管镜检查,观察组(38例)采用气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查,比较两种检查方法的诊断准确度,并观察两组患者的临床症状消失时间及炎症因子水平。结果 气管镜联合肺泡灌洗液NGS检测的诊断准确度高于气管镜检测;观察组的发热消失时间、咳嗽消失时间、咯痰消失时间、肺部啰音消失时间、住院时间显著低于对照组(P<0.05)。治疗前,两组的WBC、CRP、PCT水平相比无显著差异(P>0.05);治疗后,观察组患者的WBC、CRP、PCT水平显著低于对照组,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 气管镜联合肺泡灌洗液NGS检测在肺部感染的早期诊断中具有较高的准确度,能够缩短患者的临床症状消失时间和住院时间,并有助于更快速有效地降低炎症因子水平。

质粒DNA Fast NGS测序方法的开发和应用

质粒DNA是最常用的基因运载工具,在基因合成技术中扮演着至关重要的角色。如何实现合成质粒DNA的准确且快速检测,是确保基因组完整性和提高基因合成效率的关键。尽管基于一代DNA的测序方法,其准确性已成为行业标准,但在检测通量、检测速度和检测成本等方面仍然存在局限性,这促使科学家们不断寻求新的解决方案。基于生物酶库,开发了DNA建库酶TN5,建立了高通量质粒DNA检测方案——Fast NGS。利用不同长度、不同质量的质粒DNA样本评估了Fast NGS的可行性,并对质粒DNA样本进行了高通量测序,最后对比了Fast NGS与Sanger测序的效率。结果表明,DNA建库酶TN5蛋白的纯度和质量符合二代测序要求。Fast NGS适用于3~8 kb基因合成质粒的测序检测,其检测通量高达2500个·12 h-1,测序成功率超过95%,测序准确性与一代测序相当,并且无明显序列偏好性。Fast NGS实现了质粒DNA的高通量、快速且低成本检测,为基因合成技术的发展提供了新的方向。

某肿瘤医院NGS、PCR实验室空调系统设计浅析

NGS、PCR实验室已成为医院建设的重要部分,而空调、通风系统的合理设计和布局对这两个实验室安全、稳定、高效的运行起到重要的作用。以某肿瘤医院实验室为例,对NGS、PCR实验室各区域平面布局作了简要介绍,并结合其使用要求,对室内参数、压力梯度、送风、排风系统等要求作了简要阐述。

基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识

基于RNA水平的二代测序(RNA-based next-generation sequencing, RNA-based NGS)技术已被非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)临床实践指南和专家共识推荐为融合基因的检测方法之一。NSCLC可用药靶点主要包括基因突变和融合,用于评估靶向治疗可行性的基因突变和融合基因检测均不可或缺。目前,基于DNA水平的NGS(DNA-based NGS)结合RNA-based NGS一次性同步检测基因突变和融合的技术已部分应用于临床实践。然而,RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控方面在我国仍缺乏规范和标准。本共识将进一步明确RNA-based NGS在融合基因检测中的应用时机、应用场景和质控,并给予指导性建议,推动RNA-based NGS在NSCLC临床诊疗中的应用,使患者能够最大程度地从融合基因检测中获益。

应用NGS确认STR检测中的OL峰案例研究

基于毛细管电泳平台的短串联重复序列(Short tandem repeats,STR)检测(Capillary electrophoresis-Polymerase chain reaction,CE-PCR)是现阶段法医DNA实验室的金标准,二代测序(Next-generation sequencing,NGS)在法医学上的应用已经初现端倪,通过NGS可以解决传统CE-STR对OL(Off-ladder)峰形成原因难以判定的问题.本文对在毛细管电泳(CE)平台的STR鉴定工作中发现的一种OL峰血样进行NGS研究,确定了此样品的OL峰为D18S51基因座稀有等位基因,该基因型因超出试剂盒Ladder范围而形成OL峰.研究结果表明,NGS对阐明OL峰形成原因具有独特的优势,相关技术将在今后法医物证鉴定中得到广泛推广和应用.

NGS、PCR实验室空调系统设计简介

以某NGS、PCR实验室为例,对其净化空调系统设计进行了简要介绍。

NGS资料在老地层中的应用

王宣龙，张德峰，张福来．ＮＧＳ资料在老地层中的应用．测井技术，１９９７，２１（４）：２８０～２８３自然伽马能谱（ＮＧＳ）测井作为一种特殊的测井方法，在研究老地层的一些地质问题上具有一定的实用性。以埕北３０井和胜海古２井为例，运用自然伽马能谱测井资料，采用交会图等技术，评价下古生界碳酸盐岩地层的沉积环境、粘土矿物的类型。

下一代测序(NGS)技术的发展及在肿瘤研究的应用

下一代测序(next-generation sequencing,NGS)由于高灵敏度、高通量、高度自动化等特性,近年来在疾病的研究和诊断治疗中越来越多地被应用。下一代测序技术的发展为肿瘤分子生物学的研究提供了新的手段。本文就下一代测序技术的种类、特点、发展趋势及其在肿瘤研究中的应用作简要的综述。

NGS在HLA基因分型中的应用

本文旨在介绍下一代测序(NGS)方法的原理,使用流程及现阶段存在的问题,强调这种方法在对人类白细胞抗原(HLA)基因分析中的应用,及其推广的价值。

VLBI MK3数据库格式到NGS格式的转换

本文通过对MK3数据库的结构分析以及与NGS格式文件的比较，描述了从MK3数据库格式转化到NGS格式的格式转换程序DB2NGS的开发思想，并给出了一个示范结果。通过在微机上的KVLBI软件的运行证明了转换是成功的。

NGS分析教学实操平台的开发与应用

随着测序技术的发展和成本的大幅降低,数据大量累积,对测序数据的生物信息学分析需求持续增加。DNA测序和RNA测序基础分析逐渐形成了通用的标准化规范,同时,随着个人计算机运算能力的提升,使得过去许多专业的数据分析已向用户自助操作转变。为解决在医学院校教学中,常用二代测序(NGS)数据分析中所遇到软硬件门槛,及相关专业基础较薄弱等问题,为高通量测序数据分析课程的实操环节专门开发的、具有图形界面的、全Window环境的软件平台BIONEO,在实际测试和运行中获得了良好的教学效果及反馈评价。该系统不仅为解决生物信息学实验教学中的常见问题提供了一个有效的解决方案,还可以使学生在完成有效和良好体验培训的同时,直接利用本软件提供的环境尝试解决一些科研实践中的具体操作问题。

Meetings

MAJOR MEETINGS COMING UPDigestive Disease Week107th Annual Meeting of AGA,The AmericanGastroenterology AssociationMay 20-25,2006Loas Angeles Converntion Center,Californiawww.ddw.

南方NGS200应用实践中的若干问题

对南方NGS200在工程控制测量领域应用实践中的一些问题作了阐述,提出了一些见解和措施。

NGS检测乙型肝炎病毒耐药基因突变情况及其临床意义

目的检测乙型肝炎患者的HBV YMDD突变情况,探究下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)检测HBV耐药基因突变的可行性及患者性别与其YMDD突变的相关性,并为临床用药提供参考。方法运用NGS测序技术对收集的100例临床样本进行HBV YMDD突变的检测,并与临床检测金标准Sanger测序法的测序结果进行比对。结果运用NGS检测100例HBV样本,其中YMDD野生型88例,HBV YMDD耐药基因突变12例,与Sanger测序法的测序结果完全相符。结论本研究结果显示,NGS技术可用于HBV耐药基因突变检测,患者性别与HBV耐药突变无明显相关性。

基于NGS技术的仔猪腹泻病毒检测

为探究四川某猪场反复暴发仔猪腹泻的原因,利用下一代测序技术(NGS)对该猪场的仔猪肠道样品进行检测,结合常规PCR、测序方法进行验证分析。结果表明:该猪场存在猪流行性腹泻病毒PEDV,通过对该场PEDV S1基因的进化树分析,发现该PEDV毒株属于独立的一个分支;同时还在该场病料中检测到猪圆环病毒3型(PCV3),该猪场腹泻问题可能是由于新型PEDV毒株和PCV3毒株混合感染导致。

ARMS与NGS对比检测NSCLC患者标本EGFR、KRAS、BRAF、EML4-ALK融合等基因探索

目的探讨突变扩增阻滞系统(ARMS)法和下一代测序(NGS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本多驱动基因改变上的差异,指导临床个体化治疗。方法51例NSCLC患者标本首先采用ARMS法,对所有样本进行表皮生长因子受体(EGFR)、鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌基因同源体B1(BRAF)、棘皮动物微管相关类蛋白4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)等基因检测,随后采用NGS对上述标本进行高通量检测对比,收集临床资料,定期随访。结果51例NSCLC样本应用ARMS法与NGS检测EGFR、KRAS、EML4-ALK突变阳性率(48.9%vs53.3%、11.1%vs 8.9%、13.7%vs 5.9%)差异无统计学意义。两种方法检测出的EGFR-19del突变组比EGFR-L858R突变组靶向治疗生存期较长,差异有统计学意义(P=0.010),但两组在性别、年龄、靶向治疗阶段等方面差异无统计学意义。NGS法检测出EGFR-19del、L858R突变患者肿瘤特有基因平均数量分别为7.1、4.6个,EGFR-L858R多为抑癌基因突变(91%)。2例EGFR/KRAS双突变患者较EG-FR单突变患者预后差。结论ARMS法和NGS均适用于NSCLC患者突变驱动基因检测。对于DNA点突变检测,NGS不仅显示ARMS检测的遗漏,还显示突变丰度、伴随突变及非常规突变等,对ARMS检测有补充作用。EGFR-19del患者靶向治疗生存期比EGFR-L858R突变患者长,EGFR-L858R主要为抑癌基因突变。EGFR合并KRAS双突变患者预后较差,但仍需进一步研究证实。

“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

目的探讨"不去重"和"去重"两种方法分析后各NGS相关指标间的差异,研究"去重"在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用。方法通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测,每例NGS检测数据分别进行"去重"和"不去重"两种方法的生物信息学分析,比较两种方法分析得到的NGS相关指标Mapped Reads(可比对上reads比例)、On Target(靶向区域reads比例)、Mean Depth(平均测序深度)以及Uniformity(均一性)等数据之间的差异。结果"不去重"和"去重"两种方法分析得到平均Mapped Reads、On Target、Mean Depth和Uniformity值,各组指标间差异均有统计学意义(P<0.001)。"去重"方法分析时,Mapped Reads、On Target和Mean Depth 3个指标均呈现出血浆样本与其他3种类型样本间(FFPE、穿刺和手术)差异有统计学意义,在Uniformity指标上则呈现出4种类型样本间差异均无统计学意义。而"不去重"方法分析后结果正好相反。结论去除PCR扩增所致重复序列的"去重"步骤在NGS数据分析中具有重要的作用,能够改善结果均一性,真实反映所测样本的DNA模板数量及等位基因频率(AF值,allele frequency)。"去重"后结果更有助于临床决策。

NGS快速分析系统的临床应用

目的:建立并探讨二代测序(NGS)快速分析系统在肿瘤数据分析中的临床实用效果。方法:收集500例金域医学2018-2019年NGS标本,以下机数据作为研究对象。对数据分析人员和NGS快速分析系统软件筛选出致病位点的准确度、重复性和耗时进行比对;并分析金域核心系统(KMClient PRD)导出的报告单与NGS快速分析系统导出报告单内容的一致性。结果:快速分析系统分析500例下机数据的结果与人工分析一致,准确性和重复性均达标,在时间上系统比人工的分析速度要快数十倍。另PRD系统与NGS快速分析系统导出报告单的内容差异不明显。结论:NGS快速分析系统可批量快速检出有临床意义的突变,以实现结果快速报告,同时降低人员操作主观出错率,不失为一种新型的一体化数据分析解决模式。

校企共建国内首个NGS实践基地的探索与实践

NGS可以同时对几百万条DNA分子进行序列测定,强大的功能推动其从科研迈向商用。以NGS为引领的基因测序产业迅猛发展,对高端技能人才需求越来越紧迫。高职院校承担着培养高素质技术技能人才的重任,实训室作为高职院校教学主阵地,其建设和管理水平直接决定着人才培养质量。通过对高职院校校企合作共建国内首个NGS实践基地的意义、实训室设计及功能定位进行了探索和分析,希望为其他高职院校推进实训室建设提供一些思路和借鉴。

浅谈“5M1E”分析法在NGS实验室管理中的应用

质量管理对NGS实验室非常重要。本文基于"5M1E"分析法对影响实验室检测结果的准确性和可靠性的多个因素进行了分析阐述。该套分析方法可以应用在日常质量管理中,包括人员资质培训、设备的验证标识、试剂耗材管理、检测样本管理、标准操作、环境布局控制和检测结果提升等方面。