香蕉束顶病毒NS株系DNA组分6的克隆及序列分析

通过常规的基因克隆技术 ,对香蕉束顶病毒NS株系代表分离物的DNA组分 6进行了克隆和序列分析 ,并将该分离物这个组分的序列与先前报道的广州天河分离物 (属NSP株系 )的该组分序列进行比较 ,结果表明 :该组分全序列、ORF及其编码的氨基酸序列在 2个分离物间的变异率分别为 3 4%、1 7%和 2 6 % .表明该组分在 2个株系代表分离物间存在较显著差异 ,从而进一步支持了广东BBTV存在 2个株系的结论 .此外 ,NS株系代表分离物DNA组分 6的全序列、ORF及其编码的氨基酸序列与澳大利亚分离物的变异率分别为 14.4%、7.5 %和 7.1% .

人禽流感H_5N_1毒株NS基因特征和进化

目的:通过对人禽流感H5N1毒株NS基因序列的变异分析,揭示毒株NS基因特征与进化。方法:检测广东地区人禽流感H5N1毒株NS基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株NS基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株NS基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果:根据对NS1基因和NS2基因核苷酸序列进行同源性比较,发现分成两个系列:1997～1998年人禽流感毒株为一个系列(G1),2003～2006年毒株为另一个系列(G2);其中,2003～2006年毒株NS1基因和NS2基因中,2004～2006年越南、泰国毒株为第1亚组(G2a),2005～2006年印尼毒株为第2亚组(G2b),2006年中国大陆毒株和2003年香港毒株为第3亚组(G2c)、2006年中西亚、北非毒株为第4亚组(G2d)。NS1基因74个氨基酸位点置换,占32.2%(74/230);其中,中国大陆2006年2株毒株(ZJ-16-06、GD-01-06)的NS1基因有3个位点有改变:A086T、F201Y和P215L。NS2基因共有31个氨基酸发生置换,置换率为25.6%(31/121);中国大陆2006年2株毒株(ZJ-16-06、GD-01-06)的NS1基因有3个位点有改变,包括E/K036G、S044T和L058F。NS1基因Ks值为10.1×10-6～33.4×10-6Nt/d,Ka值为11.6×10-6～17.6×10-6Nt/d;显示NS1基因受到机体免疫压力较大,检验发现基因进化存在明显选择性压力存在,而GD-01-06的NS1基因受到选择性压力较小;与NS1基因比较,NS2基因的同义突变和错义突变速度均降低,但尤以错义突变速度降低明显(Ks值为15.5×10-6～25.5×10-6Nt/d,Ka值为7.39×10-6～10.1×10-6Nt/d)。2003～2006年毒株NS1基因丢失第80～84位氨基酸序列(TIASV),引起氨基酸结构改变;而糖基化位点未改变。结论:目前NS1基因和NS2基因进化分成两组;NS1基因除自发置换进化较快外,受到明显机体免疫机制压力,第80～84位氨基酸TIASV丢失可能对致病性发生影响。2006年中国大陆毒株NS1基因和NS2基因均有3个氨基酸与其它毒株有别,显示中国大陆人禽流感H5N1毒株NS基因正在向另一方向进化。人禽流感H5N1毒株NS基因在自然界变异非常频繁,不断变异将影响H5N1毒株在人-人传播能力和引发大流行。

H9N2禽流感病毒河南分离株NS基因序列测定及进化生物信息分析

为明确河南地区鸡群中H9N2亚型AIV中非结构蛋白基因(NS)系统进化情况,对H9N2禽流感病毒河南分离毒株非结构蛋白基因(NS)进行扩增,并克隆到pGEM-T载体中测序,获得NS蛋白的完整编码序列。将NS核甘酸序列与GenBank已有的参考序列作比对,结果表明,河南分离毒株的NS基因与上海F98处于同一分支;在AIV NS基因系统发育进化树中,对测得的序列进行种系发育关系研究,确定H9N2禽流感病毒河南分离毒株的进化关系。

SARS病毒NS-1株稳定性及培养条件的研究

用SARS病毒NS- 1株接种Vero细胞, 37℃培养,于培养 1、2、3、4d收获病毒液,分别置 70℃冻融和 4℃释放,于不同时期取样进行病毒滴定。结果显示, SARS病毒NS 1株各代次培养特性和形态学变化完全相同,有较好的抗原特异性,病毒滴度稳定, 4℃保存 125d,滴度下降 2. 25lgCCID50 /ml,- 70℃保存 6个月,滴度未见明显下降。SARS病毒NS- 1株未经冻融或释放, 1d收获的病毒滴度比 2、3、4d收获的病毒滴度低,经冻融或释放, 1、2、3、4d收获的病毒滴度无明显区别,病毒收获时的病毒滴度与形态学变化成正相关。不同接种条件收获的病毒液,病毒滴度无明显区别。SARSNS -1株有较好的遗传稳定性和保存稳定性,培养 2d, 4℃释放收获病毒液,细胞悬液与病毒混合接种更简单,易操作,更适合疫苗规模生产。