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Quasispecies evolution in NS5A region of hepatitis C virus genotype 1b during interferon or combined interferon-ribavirin therapy 被引量:9
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作者 Pascal Veillon Christopher Payan +2 位作者 Hélène Le Guillou-Guillemette Catherine Gaudy Franoise Lunel 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2007年第8期1195-1203,共9页
AIM: To evaluate the implication of substitutions in the hepatitis C virus (HCV) non-structural 5A (NS5A) protein in the resistance of HCV during mono-interferon (IFN) or combined IFN-ribavirin (IFN-R) therapy. Althou... AIM: To evaluate the implication of substitutions in the hepatitis C virus (HCV) non-structural 5A (NS5A) protein in the resistance of HCV during mono-interferon (IFN) or combined IFN-ribavirin (IFN-R) therapy. Although NS5A has been reported to interact with the HCV RNA- dependent RNA polymerase, NS5B, as well as with many cellular proteins, the function of NS5A in the life cycle of HCV remains unclear. METHODS: HCV quasispecies were studied by clon- ing and sequencing of sequential isolates from patients infected by HCV genotype 1b. Patients were treated by IFN-α2b for 3 mo followed by IFN-α2b alone or com- bined IFN-R therapy for 9 additional months. Patients were categorized intro two groups based on their re- sponse to the treatments: 7 with sustained virological re- sponse (SVR) (quasispecies = 150) and 3 non-respond- ers (NR) to IFN-R (quasispecies = 106). RESULTS: Prior to treatment, SVR patients displayed a lower complexity of quasispecies than NR patients. Most patients had a decrease in the complexity of quasispe- cies during therapy. Analysis of amino acids substitu- tions showed that the degree of the complexity of the interferon sensitivity-determining region (ISDR) and the V3 domain of NS5A protein was able to discriminate thetwo groups of patients. Moreover, SVR patients displayed more variability in the NS5A region than NR patients. CONCLUSION: These results suggest that detailed mo- lecular analysis of the NS5A region may be important for understanding its function in IFN response during HCV 1b infection. 展开更多
关键词 Hepatitis C virus QUASISPECIES ns5a region Interferon sensitivity-determining region V3 domain
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坦布苏病毒荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:27
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作者 于春梅 刁有祥 +5 位作者 唐熠 崔京腾 高绪慧 张颖 鞠小军 武利利 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第21期4492-4500,共9页
【目的】利用SYBR GreenⅠ荧光定量技术建立一种相对定量检测坦布苏病毒的方法。【方法】针对坦布苏病毒NS5、E基因分别设计了1对特异性引物,同时设计1对扩增内参基因β-actin引物,将PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒... 【目的】利用SYBR GreenⅠ荧光定量技术建立一种相对定量检测坦布苏病毒的方法。【方法】针对坦布苏病毒NS5、E基因分别设计了1对特异性引物,同时设计1对扩增内参基因β-actin引物,将PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,倍比稀释作为质控样品,用于实时荧光定量PCR中NS5、E基因及内参基因β-actin标准曲线的构建,并进行反应的灵敏性、特异性和重复性试验。【结果】结果显示标准曲线线性关系R2值均在0.99以上,检测极限约为1.0E+01拷贝数质粒DNA;特异性结果表明只能检测到坦布苏病毒的扩增曲线;批内和批间重复性试验的变异系数均小于0.5%;用已建立的方法对临床样品进行3次重复检测,病毒RNA的检出率为100%。【结论】本研究初步建立了基于坦布苏病毒NS5、E基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR的方法,为养鸭场诊断和监测坦布苏病毒提供了一种新的特异、灵敏的检测方法。 展开更多
关键词 坦布苏病毒 ns5基因 E基因 SYBR Green实时荧光定量RT-PCR 相对定量
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猪博卡病毒5型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:5
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作者 陈鹏强 胡崇伟 +2 位作者 陈秋勇 林群群 修金生 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期150-155,共6页
根据猪博卡病毒5型NS1基因序列设计引物,建立了基于SYBR GreenⅠ的用以检测猪博卡病毒5型的实时荧光定量PCR。用该方法检测猪博卡病毒5型NS1基因,在3.64×102~3.64×107 copies/μL范围内有很好的线性关系。扩增产物的熔解曲线... 根据猪博卡病毒5型NS1基因序列设计引物,建立了基于SYBR GreenⅠ的用以检测猪博卡病毒5型的实时荧光定量PCR。用该方法检测猪博卡病毒5型NS1基因,在3.64×102~3.64×107 copies/μL范围内有很好的线性关系。扩增产物的熔解曲线仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为(83.12±0.12)℃,对猪圆环病毒(PCV1和PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪输血传播病毒(TTV1和TTV2)的核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.35%~1.24%,组间变异系数为0.43%~1.46%。此方法的建立为定量分析猪博卡病毒5型感染猪的感染程度和靶器官提供了精确检测手段。 展开更多
关键词 猪博卡病毒5 ns1基因 SYBR Green 实时荧光定量PCR
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