鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。

毛叶芋兰不同组织qRT-PCR内参基因选择与验证

毛叶芋兰(Nervilia plicata)是一种珍稀南药,目前对其有效成分及其分子调控机理鲜有报道。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)在植物基因表达分析中得到了广泛应用,但在毛叶芋兰中缺少研究,限制了相关工作的开展。在前期工作基础上,本研究从毛叶芋兰转录组数据库中筛选出Actin、GAPDH、TUA、UBC、UBQ、EF-1α、EF-1β、CYP、RPL共9个常见管家基因,以毛叶芋兰叶片、叶柄和球茎3个组织部位为材料,开展qRT-PCR内参基因的筛选工作。经过9个基因在不同组织的表达水平、稳定性和综合分析,筛选出最适合的内参基因,并选择毛叶芋兰花青素合成途径关键基因NpDFR、Np3GT进行验证。结果发现:EF-1α和CYP的表达稳定性相近,整体稳定性最好。2个内参基因单独或共同使用时,NpDFR、Np3GT在不同组织的表达情况与转录组测序结果基本一致,表明其均可用作qRT-PCR的内参基因。本研究结果为进一步开展毛叶芋兰药效相关基因的分子作用机理研究提供依据。

奶牛乳房炎5种致病菌多重PCR检测方法的建立与应用

为建立一种能快速检测奶牛乳房炎主要病原菌(大肠埃希氏菌、无乳链球菌、肺炎克雷伯氏菌、金黄色葡萄球菌和肠炎沙门氏菌)的多重PCR检测方法,根据大肠埃希氏菌phoA基因、无乳链球菌ef-tu基因、肺炎克雷伯氏菌Khe基因、金黄色葡萄球菌Nuc基因和肠炎沙门氏菌invA基因设计特异性引物,优化PCR反应体系与反应程序并进行特异性试验,同时分别构建含病原菌基因的pMD-19T重组质粒进行灵敏性试验。结果显示,多重PCR反应的最适引物工作浓度为0.8μmol/L,最适退火温度为59.6℃,最佳延伸时间为40 s,最合适的循环数为30次;优化后的多重PCR反应体系可扩增出5种目标病原菌的特异性条带;5种病原菌PCR检测灵敏度可达到5 copies/μL。进一步利用该多重PCR反应体系对采集的108份乳房炎乳样进行检测,检测结果显示,108份样本的阳性检出率为77.8%,大肠埃希氏菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌和肠炎沙门氏菌的检出率分别为23.1%、8.3%、34.3%、8.3%、5.6%。结果表明,建立了一种具有良好特异性和灵敏性的多重PCR检测方法,在临床生产实践中可用于快速鉴定奶牛乳房炎的致病菌,为奶牛乳房炎的诊断、防控与流行病学调查提供了方法基础。

三疣梭子蟹附肢再生过程中qRT-PCR内参基因的筛选与Wnt7b表达研究应用

为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)、转录延伸因子基因(EF1α)、核糖体蛋白L18基因(RPL18)、细胞色素C氧化酶基因(COX)和组蛋白基因(HIS)共7个候选内参基因在肌肉、眼柄、血淋巴、肝胰腺、鳃、心脏和再生附肢共7种组织中的表达水平进行检测,并利用△Ct、geNorm、NormFinder和BestKeeper程序对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选出合适的内参,最后以最适内参基因作为参考,分析再生相关基因Wnt7b的表达水平。结果显示,在不同组织中综合稳定性最好的是RPL18,而在不同再生阶段的再生附肢中β-actin和RPL18基因做双内参基因更适合。以RPL18和β-actin作双内参基因研究Wnt7b的表达水平时发现,Wnt7b基因在三疣梭子蟹附肢再生过程中的表达呈先上升后下降再上升的趋势;Wnt7b基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,除再生附肢和血淋巴外其他组织中的表达量都较低。本研究结果为甲壳类再生发育相关研究内参基因的选择及分子调控机制研究提供了参考。

应用PCR及Nested-PCR技术检测柑橘黄龙病病原研究

以采自田间和广东省农业科学院果树研究所防虫隔离网室内嫁接并感染黄龙病的5个柑橘品种叶片为材料,以草本指示植物长春花(Catharanthusroseas)和木本指示植物柑(CitrusreticulataBlanco)鉴定为基础,采用改良的CTAB法提取总DNA,在此基础上进行常规PCR与NestedPCR检测,并对特异目的片段进行克隆、测序。试验证明NestedPCR比常规PCR的灵敏度更高。这两种方法均可以检测出未显症的黄龙病材料,但NestedPCR可以在木本指示植物嫁接后40d左右、草本指示植物摩擦接种1个月左右检测到病原;而常规PCR在木本植物嫁接后60d左右、草本植物摩擦接种近2个月左右才能检测到病原。常规PCR所能检测到的最低DNA的量为pg数量级;NestedPCR检测病原DNA灵敏度约为常规PCR的104倍。

广西砂糖橘黄龙病亚洲种的Nested-PCR检测

【目的】利用柑橘黄龙病病原亚洲种16S rDNA序列的特异引物检测疑似黄龙病的砂糖橘叶片样品,为砂糖橘黄龙病的综合防控提供理论依据。【方法】选取采自广西9市17个采样点的214份疑似黄龙病及无症状砂糖橘叶片样品,用试剂盒法提取叶脉基因组DNA,采用柑橘黄龙病亚洲种16S rDNA特异引物进行PCR扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测,统计待检样品柑橘黄龙病病原菌亚洲种的带菌率。【结果】对214份样品的Nested-PCR扩增结果,部分样品可得到1160 bp左右的特异条带,与预期大小相符但条带明暗不同。来自广西9市17个采样点的砂糖橘叶片样品均检测出黄龙病亚洲种病原,平均检出率均在66.0%以上,其中检出率最高的是来自东兴市的样品,检出率为100.0%,检出率最低的是来自南宁市的样品,检出率为66.9%;斑驳、缺素型黄化、叶脉黄化、小叶和无症状叶片样品中均可检测出黄龙病亚洲种。【结论】Nested-PCR技术具有灵敏度高、特异性强的特点,能够快速、准确检测出各种症状样品的黄龙病病原,可用于柑橘黄龙病的早期诊断。

大豆油中转基因成分的Nested PCR和Semi-nested PCR检测方法研究

对大豆油中DNA提取方法进行了研究,结果表明CTAB、SDS和Wizard试剂盒提取大豆油DNA均具有良好的效果。利用nested PCR和semi-nested PCR检测大豆(Roundup Ready)油中的转基因成分发现,该方法能够检测到大豆原油中的Lectin基因(112bp)、CaMV35S基因(147bP)和CP4-EPSPS基因(205bp),检测灵敏度达到10-6ng/μl;但该方法未能从人豆成品油(一级)中扩增到上述基因,当中的转基因成分DNA含量低于10-12ng/μl。

应用nested和touch down PCR技术分离牦牛CAPN1大亚基基因EST

钙激活中性蛋白酶1(CAPN1)基因是影响肉嫩度的侯选基因。根据GeneBank中已公布的CAPN1基因cDNA序列设计同源PCR引物,通过RT,nested和touch-downPCR技术从牦牛肌肉组织总RNA中分离目的序列,与pGEM-T-easy载体连接后转化DH5α感受态菌株,通过PCR扩增、限制性酶切和测序分析鉴定阳性克隆。分离到的基因片段为牦牛CAPN1大亚基的部分编码序列,在GeneBank中的注册号为AY197555,与奶牛、人、食蟹猴、小鼠、绵羊以及大鼠相应序列的同源性分别为98%,89%,89%,83%,96%和81%,在不同物种之间具有较强的保守性。CAPN1基因EST的分离为进一步研究牦牛CAPN1基因奠定了基础。此研究表明,在总RNA质量不理想的情况下,同时采用这2种技术可以较大限度地获取目的序列。

禽弱毒疫苗中鸡传染性贫血病病毒nested-PCR检测方法的建立

疫苗中污染鸡传染性贫血病毒(CIAV)是造成CIAV感染的途径之一,而通常疫苗中CIAV污染剂量较低,应用一般的技术难以检测到。为了更灵敏地检测禽弱毒疫苗中CIAV的污染,根据Gen Bank已发表的CIAV基因序列,针对其保守区设计了外用引物和内用引物,通过优化反应体系和反应条件建立了检测CIAV的nested-PCR检测方法。结果显示,所建立的检测方法灵敏度比常规PCR高100倍,该方法可以检测到1 000羽份弱毒疫苗中1 EID_(50)的低剂量CIAV污染,应用该方法从送检的50个疫苗样品中检测出4个样品为CIAV阳性。该方法与禽白血病病毒、禽网状内皮组织增生症病毒以及马立克氏病病毒等的基因均无交叉反应,具有很好的特异性。提示所建立的nested-PCR灵敏度高、特异性强,可用于检测禽弱毒疫苗中CIAV低剂量的污染。

应用RT-nested PCR检测猪传染性胃肠炎病毒

根据GenBank中已发表的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)基因序列,利用Primer5.0程序软件,设计并合成了M基因的2对引物,以mRNA为模板,通过RT-PCR,RT-nestedPCR方法,成功扩增出长度为1328bp和1037bp的TGEV目的片段,但未扩增出猪传染性腹泻病毒(PEDV)片段。在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了快速检测TGEV的诊断方法。结果表明,RT-nestedPCR方法可用于检测猪传染性胃肠炎病毒,而且此方法简单省时、灵敏性高,可以作为检测RNA病毒的一种分子生物学方法。

16S nested-PCR技术检测玉米细菌性枯萎病菌(英文)

玉米细菌性枯萎病是玉米上的重要种传病害,病原菌为Pantoea stewartiisubsp.stewartii。本研究设计了16S通用引物,扩增该病菌及其近似种的16S rDNA,通过序列测定和分析,针对该病菌设计了特异性引物,采用nested-PCR技术,能够准确地区别该病菌及其近似种,检测的灵敏度在DNA水平上达到10-3pg级,检测活菌则达到2 cfu。检测人工污染的玉米种子时,不受种子提取液中其它物质的干扰,灵敏度依然达到2 cfu。

蓝莓休克病毒IC-RT-nested PCR检测技术

【目的】蓝莓休克病毒(Blueberry shock virus,BlShV)是蓝莓上主要病毒之一,侵染蓝莓后能够对其产量造成严重影响。研究旨在建立用于BlShV快速检测的IC-RT-nested PCR技术,为该病毒的检测鉴定提供可靠的技术手段。【方法】根据GenBank已报道的BlShV基因序列,设计一对外侧引物(BlShV-F/BlShV-R)和一对内侧引物(BlShV-1/BlShV-2),以感染BlShV的蓝莓病叶为材料,利用免疫IC-RT-PCR(免疫捕获RT-PCR)和nested PCR(巢式PCR)建立BlShV的IC-RT-nested PCR检测技术;分别以BlShV、蓝莓焦枯病毒(Blueberry scorch virus,BlScV)、蓝莓带化病毒(Blueberry shoestring virus,BSSV)、蓝莓叶斑驳病毒(Blueberry leaf mottle virus,BLMoV)、烟草环斑病毒(Tobacco ringspot virus,TRSV)、番茄环斑病毒(Tomato ringspot virus,ToRSV)和健康蓝莓叶片为对象,测定该检测技术的特异性;将BlShV第1轮、第2轮PCR产物分别回收纯化后连接到pMD18-T载体,连接产物转化大肠杆菌DH5α后筛选阳性克隆,进行测序和序列比对验证该检测技术的准确性;将感染BlShV的蓝莓病叶提取液用健康蓝莓叶片提取液进行10倍梯度稀释,测定该检测技术的灵敏度,并与DAS-ELISA方法相比较;利用建立的IC-RT-nested PCR对收集的中国福建、吉林、辽宁地区蓝莓叶片样品(53份)和进境美国蓝莓叶片(15份)进行实际检测,并对上述样品采用普通RT-PCR方法进行验证。【结果】建立的IC-RT-nested PCR方法成功从感染BlShV病叶提取液第1轮PCR扩增出约746 bp大小的目的片段,第2轮PCR扩增出约486 bp大小的目的片段,未从健康蓝莓叶片提取液和空白对照扩增出目的片段;特异性测定结果表明,IC-RT-nested PCR具有良好的特异性,仅从感染BlShV蓝莓病叶提取液第1轮、第2轮PCR分别扩增到目的片段,而从BlScV、BSSV、BLMoV、TRSV、ToRSV和健康蓝莓叶片提取液第1轮、第2轮均未扩增到相应的目的片段;序列分析结果显示,感染BlShV蓝莓病叶提取液第1轮、第2轮PCR产物的序列同预期大小完全一致,分别为746、486 bp,将获得的两轮PCR产物序列与GenBank数据库中的BlShV基因序列进行比对,结果显示第1轮、第2轮PCR产物的序列与已报道的BlShV核苷酸序列一致性均达99%,证实两轮PCR产物均为BlShV特异性产物,进一步验证了扩增结果的准确性;灵敏度测定结果表明,IC-RT-nested PCR的第1轮PCR能够检测到稀释102倍的BlShV病叶提取液,灵敏度与DAS-ELISA相当,经过第2轮PCR,灵敏度提高100倍,能够检测到稀释104倍的BlShV病叶提取液;蓝莓样品IC-RT-nested PCR测定结果显示,2份来自于美国的蓝莓叶片样品扩增出大小约486 bp的目的片段,BlShV检出率为13.3%,而中国福建、吉林、辽宁地区蓝莓叶片样品上均未扩增出相应的目的片段,未检测到BlShV,该检测结果与普通RT-PCR验证结果完全相符,表明建立的IC-RT-nested PCR能够用于蓝莓样品的实际检测。【结论】建立的IC-RT-nested PCR具有快速、特异、准确和灵敏的优点,适合于田间和进出境口岸蓝莓样品上BlShV的检测鉴定。

进口锦鲤暴发病病原的nested-PCR鉴定

为了查明锦鲤暴发性疾病的病因 ,将患病锦鲤的脑、肝、脾和肾等组织悬液接种到CO、CK和EPC等鱼类细胞系中培养 ,均未发现细胞病变 ;从病灶中取样进行病原菌的分离和培养 ,证明锦鲤有副溶血弧菌和嗜水气单胞菌的感染。制备锦鲤疱疹病毒 (KHV)的 2对引物KHV9/ 5F和KHV9/ 5R ,KHV1和KHV2 ,用嵌套式聚合酶链式反应 (nested -PCR)在脑和脾脏组织的抽提物中扩增出长度为 4 12bp的特异性的DNA片段。将该片段的nested -PCR扩增产物纯化后 ,克隆、测序。用NCBI -Blast软件将测序结果在Genebank中进行搜寻、比较 ,结果发现与注册号为AF4 1180 3的KHV基因序列的一部分片段有 99%的同源性。因此初步判断这次锦鲤暴发性疾病是由KHV引起的 。

犬瘟热病毒RT-nested PCR检测方法的建立与应用

根据犬瘟热病毒(CDV)弱毒株Onderstepoort的核衣壳蛋白(NP)基因序列设计了套式引物,建立了RT-nested PCR检测方法。特异性试验表明,该法可以特异扩增出CDV NP基因片段,但从RNA病毒狂犬病病毒(RV)、犬副流感病毒(CPIV)、犬冠状病毒(CCV),DNA病毒犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV)及正常Vero细胞中均不能扩增出条带。敏感性试验表明,RT-PCR可以扩增10-6稀释度的病毒RNA,而建立的RT-nested PCR可以扩增到10-9稀释度的病毒RNA,后者的敏感性明显高于前者。用RT-nested PCR法检测了2006年我国东北地区临床表现犬瘟热症状的病例19例,检出率达90%,明显高于RT-PCR的检出率(45%)。部分病例扩增片段的测序结果表明,CDV NP基因出现个别碱基变异。研究结果表明,建立的犬瘟热病毒RT-nested PCR方法敏感、特异,适用于动物犬瘟热的快速诊断。

猕猴巨细胞病毒(RhCMV)nested PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立猴巨细胞(RhCMV)病毒的nested PCR检测方法,并初步应用。方法根据GenBank中报道的RhCMV全基因序列,针对其中的保守区域Rh85设计两对引物进行nested PCR反应,利用此方法对20份猕猴全血标本进行检测,将检测到的猕猴阳性标本扩增片段进行克隆测序。结果利用保守区域Rh85设计的引物可对人HCMV阳性对照进行扩增。用此方法检测的20份猕猴全血标本,出现2例阳性。其中一例扩增片段经纯化、回收克隆测序后用BLAST软件进行同源性对比,与GenBank中报道的RhCMV序列基本相同。结论建立了从猴全血中直接检测猴RhCMV病毒DNA的敏感、特异的nested PCR方法。

应用RT-nested-PCR检测犬唾液中狂犬病毒的初步研究

目的建立RT-nested-PCR方法,用于检测可疑狂犬唾液中的狂犬病毒,为狂犬病的快速诊断提供一种新思路。方法根据N基因的保守区序列设计2对引物,通过反应条件的优化,建立RT-nested-PCR的方法,以扩增狂犬病毒的N基因,并用该方法检测可疑狂犬唾液中的狂犬病毒。结果该方法的最小RNA检出量可达11.2fg,并具有较好的特异性和重复性。结论建立的RT-nested-PCR检测法,特异性强,敏感度高,结果可靠,操作便捷,值得推广应用。

用Nested-PCR诊断鸡弯曲菌病的研究

本研究采用Nested-PCR方法,对于临床采集的感染空肠弯曲菌的病鸡组织样品进行了检测,研究结果表明,采用Nested-PCR方法检测空肠弯曲菌具有结果清晰,操作简便,快速等特点。研究还发现,空肠弯曲菌对鸡的致病性可能增强,应引起重视。

Nested-PCR检测种传番茄细菌性溃疡病菌

利用番茄溃疡病菌特异性引物对纯菌液、模拟带菌种子及自然感染种子提取液分别进行Direct-PCR和Nested-PCR检测。结果在纯菌液中,Direct-PCR的检测灵敏度为105cfu/mL,Nested-PCR为102cfu/mL;在模拟带菌种子提取液中,Direct-PCR的检测灵敏度为107cfu/mL,Nested-PCR为104cfu/mL;在自然感染种子提取液中,稀释104倍后Nested-PCR仍然可以检出。建立的番茄种子Nested-PCR检测技术,无需经过核酸提取步骤,可以在8 h内完成整个检测过程,方便快捷,成本低廉,可作为番茄种子带菌的常规检测方法。

nested-PCR试剂盒检测牛精液中的布鲁氏菌DNA

目的布鲁氏菌是兼性细胞内寄生菌,能够在吞噬细胞内长期存活并繁殖,引起家畜流产和人的波浪热。根据病原性和感染宿主的不同将布鲁氏菌分为六个种,能否快速、有效地从各种病料中检出布鲁氏菌,对及时控制布鲁氏菌在家畜中的传播和预防对人的感染十分重要。方法2006年6月,宁夏某公司奶牛场工作人员送检3份奶牛冻干精液,用巢式PCR检测出其中的2份为布鲁氏菌感染阳性,这年8月,重复取这2头种公牛的冻精、鲜精复查。结果用本方法检测全部为布鲁氏菌感染阳性。结论这是国内首次用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)试剂盒从送检的牛精液中检出了布鲁氏菌DNA片段。

猪瘟病毒RT-nested PCR检测方法的优化和应用

为了优化猪瘟病毒的RT-nested PCR检测方法,对福建省猪瘟流行情况进行了调查。根据GenBank上发表的猪瘟病毒Shimen株基因序列设计并合成了2对引物,优化了猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)的RT-nested PCR检测方法,并对所优化的RT-nested PCR特异性进行了检验。结果表明,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为1×10-7ng/mL,只有CSFV扩增出了272 bp的目的条带,从猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流感病毒(SIV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细小病毒(PPV)阳性毒和健康猪脾、肝组织及阴性PK-15细胞均未扩增出特异性条带,说明该方法特异性强。应用此方法对福建省133份病料进行检测,结果有60份病料为阳性,阳性率为45.1%。结果提示优化的检测方法灵敏度高,特异性强;福建省猪群CSFV感染率高,需要加强CSF预防控制工作。