同时检测SEN病毒D和H聚合酶链反应法的建立

目的 建立同时检测SEN病毒D和H(SENV -D和H)巢式聚合酶链反应法 (nPCR)。方法 第一轮PCR外引物为SENV -D和H开放读码框架 (ORF) 1区的共同序列 ,第二轮PCR内引物分别为SENV -D和HORF1区型特异性引物。应用双脱氧链末端终止法对SENV -D和H的PCR产物进行克隆测序。结果 应用同时检测SENV -D和H的nPCR法最终检出SENV -D和H的血清稀释度为 10 3。序列分析表明 ,用本法检出的SENV -D(DTd株 )和SENV-H(DTh株 )与GenBank收录的SENV -D和H株核苷酸序列同源性均为 92 %。检测 173例慢性乙型肝炎 (轻、中度 )患者 ,SENV -D和H的总感染率为 5 8 4%。结论 本法可用于SENV

PCV2套式PCR检测方法的建立及应用

根据猪圆环病毒2型GD株及已发表的PCV2的全基因组序列,设计1对PCV2型特异性引物,对可疑病料进行PCR扩增。将扩增产物连接到pMD 18-T载体上并克隆到大肠杆菌DH5α中,提取质粒进行套式PCR、酶切、测序鉴定,结果扩增出了PCV2的目的片段。将测序结果与GenBank收录的PCV2序列进行比较,发现同源性均在90%以上。用该PCR方法对287个猪场的1 560份样品进行了检测,其中983份为PCV2阳性,阳性率为63%。

检测猪圆环病毒2型DNA的套式PCR方法的建立及应用

为了进一步调查研究PVC2的流行病学及其致病机制,根据猪圆环病毒2型GD株及已发表的PCV2的全基因组序列,对来自广东、广西、湖南、海南等地287个猪场送检的1 560个可疑病料进行PCR扩增,并对扩增产物进行克隆、酶切、测序鉴定,建立了PCV2检测的套式PCR方法。结果表明,PCR扩增获得了预期大小的片断,将测序结果与GenBank收录的PCV2序列进行比较,发现同源性均在90%以上。该PCR方法对PCV2是特异的,并具有良好的重复性和稳定性。用该PCR方法对287个猪场的1 560份样品进行了检测,其中983份为PCV2阳性,表明该病在我国广泛流行。

3株TT病毒的基因组结构特点及其在肝炎病人中感染情况

目的 了解TT病毒 (TTV)分离株基因组结构特点及其在各型病毒性肝炎患者中感染情况。方法 对49株TTV相关病毒全基因组结构进行分子进化树分析 ,比较从我国分离的 3株TTV全基因结构与原型株的同源性 ,并采用巢式聚合酶链反应法 (nPCR)对各型病毒性肝炎患者血清中TTVDNA进行检测。结果 3株TTV分离株基因组全长为 3 73 9bp ,有 2个读码框架 (ORFs) ,ORF1编码 770个氨基酸 ,位于 5 89～ 2 90 1核苷酸 ;ORF2编码 2 0 2个氨基酸 ,位于 10 7～ 715核苷酸。与TTV原型株TA2 78的核苷酸同源性为 86%～ 96% ,ORF1氨基酸同源性为88%～ 97% ,ORF2氨基酸同源性为 79%～ 96%。全基因组序列分子进化树分析表明 ,从我国分离的 3株TTV属于原型组。在 180例各型病毒性肝炎患者中 ,检出TTVDNA阳性 40例 ,阳性率为 2 2 2 %。在甲～戊型肝炎、非甲、戊型肝炎、慢性乙型肝炎患者和正常人中 ,TTVDNA流行率分别为 2 4 2 % ( 2 9/12 0 ) ,18 3 % ( 11/60 ) ,17 8% ( 10 6/5 95 )和 19 8% ( 19/96) ,4组无显著性差异。结论 从我国分离的 3株TTV的全基因结构特点与原型株相似 ,各型病毒性肝炎。

溶脲脲原体感染者中输血传播病毒DNA的检测

目的:调查输血传播病毒(TTV)在溶脲脲原体感染者中的感染状况,探讨TTV的传播途径。方法:在TTV ORF1保守区设计引物,建立套式聚合酶链反应(NPCR),检测52例溶脲脲原体感染者和34例普通体检人群分泌物中TTV-DNA。结果:在52例溶脲脲原体感染者中检出19例TTV-DNA阳性,检出率为36.5%,而普通体检人群TTV-DNA阳性率为2.9%,两组差异有统计学意义(χ2=13.0 P<0.01)。结论:溶脲脲原体感染者是TTV感染的高危人群,性接触是TTV传播的重要途径之一。

培养-增强套式PCR检测肺炎支原体感染

应用培养 增强套式多聚酶链反应 (C ENPCR)检测 44例肺炎支原体感染住院患儿咽拭子标本。在检测的 44份咽拭子标本中 ,肺炎支原体的检测阳性率为 38.6 3%。结果显示 ,C ENPCR检测MP感染敏感性较高 。

SIRT1基因的rs2273773和rs7895833突变与汉族人群冠状动脉疾病风险相关性分析

目的旨在调查汉族人群冠状动脉疾病患者SIRT1基因rs2273773和rs7895833的单核苷酸多态性。方法共纳入77例冠状动脉疾病患者和80例对照者。所有冠状动脉疾病患者通过血管造影术确诊。通过巢式聚合酶链反应测定SIRT1基因rs2273773和rs7895833多态性的基因分型。结果发现在中国汉族人群中,冠状动脉疾病患者和对照组SIRT1基因rs2273773和rs7895833的基因型频率差异无统计学意义(P>0.05)。本研究人群具有相比于发表的荷兰人群rs7895833的显著不同的等位基因频率。结论 SIRT1基因遗传变异体rs2273773和rs7895833与中国汉族人群冠状动脉疾病无关。

实时荧光定量PCR技术的优化及其在恙虫病东方体诊断中的应用

目的建立一种优化的实时荧光定量PCR技术,并用于诊断粤北山区恙虫病东方体(Ot)基因型。方法采用优化实时荧光定量PCR技术对感染Ot的患者和鼠类的血液和组织标本检测Ot DNA载量并分析其基因型,并与未优化实时荧光定量PCR和巢式PCR的检测结果进行比较。结果采用优化实时荧光定量PCR技术检测660例发热患者,有224例检测到Ot,其中108例是发热5d内的早期患恙虫病患者,以及在55份鼠类的标本中有12份能检测到感染Ot,均为Gilliam型;未优化实时荧光定量PCR在患病7d以上才能检测到Ot。同时,在鼠类基因扩增片段还显示出与Gilliam、Karp、Kato3株国际参考株不同,经巢式PCR分型证实为Kawasaki型,与巢式PCR基因分型的结果相符。结论优化实时荧光定量PCR技术可作为早期诊断恙虫病的实验方法,用于快速分析Ot基因型,适合在基层医院推广应用。

广西北部乙型肝炎病毒基因型流行分布的研究

目的 了解广西北部桂林乙型肝炎病毒 ( HBV)基因型的流行分布情况。方法 用套式 PCR扩增检测 41例桂林慢性无症状 HBV携带者血清 HBV DNA,阳性者用直接测序法进行 HBV基因分型。结果 1 9例 HBV DNA阳性 ,阳性率为 46.34% ( 1 9/ 4 1 ) ,其中 1 5例为基因型 B,占 78.9% ( 1 5 / 1 9) ,4例为基因型 C,占 2 1 .1 % ( 4 / 1 9) ,未见到其它目前已知的 HBV基因型 A、D、E、F、G和 H;另外 ,还发现 HBV基因型 C组 HBe Ag阳性率显著高于基因型 B组 ( P<0 .0 5 ) ,提示 HBV基因型 C比 HBV基因型 B危害更大。结论 广西北部桂林流行的 HBV基因型有基因型 B和 C两种 ,以基因型 B为主要流行的优势基因型。

76例男性性病患者7种支原体的检测分析

目的 :了解扬州市男性性病 (STD)与 7种支原体的感染状况。方法 :采用套式聚合酶链反应 (nPCR)技术对 76例扬州市男性STD患者尿道拭子进行解脲脲原体 (Uu)、人型支原体 (Mh)、肺炎支原体 (Mpn)、生殖支原体 (Mg)、发酵支原体 (Mf)、穿通支原体 (Mpe)、梨型支原体 (Mpi)、7种支原体检测。结果 :7种支原体感染阳性数为 5 5例 ,感染率为 72 .4 % ;Uu、Mh、Mpn、Mg、Mf、Mpe、Mpi阳性率分别为 6 4 .5 %、2 7.6 %、2 6 3%、18.4 %、2 .6 % ,2 .6 % ,0 ;单种、两种、三种、四种支原体合并感染率分别为 32 .9%、17.1%、14 5 %、7.9% ;7种支原体均为阴性占 2 7.6 %。结论

新疆地区SEN病毒的感染状况

目的:研究新疆地区部分人群SEN病毒(SENV)感染状况。方法:以SENV读码框架1区(ORF1)核苷酸序列设计引物建立巢式聚合酶链反应(nPCR)方法,采用多重nPCR对295份来自4种不同人群血标本进行SENV-DNA(D和H亚型)分析。结果:SENV的感染率为40%,4种人群中SENV感染率的高低依次为乙肝表面抗原阳性者(51.3%)、HCV阳性者(36.8%)、健康献血人群(35.7%)、单纯ALT升高者(14.8%)。结论:新疆地区不同人群中存在较高的SENV感染率。

基于巢式PCR的紫草鉴别引物筛选

目的:基于巢式聚合酶链式反应(PCR)理念设计并筛选出可用于高效扩增与鉴别紫草市场样品真伪的特异性引物。方法:针对新疆紫草的ITS序列和紫草非《中华人民共和国药典》品ITS2序列,利用Primer Premier 5软件进行巢式引物设计;比较ITS2通用引物PCR和巢式PCR对紫草药材基因组DNA的扩增效率;基于巢式引物直接扩增紫草基因组DNA,并进行琼脂糖凝胶电泳检测;基于扩增产物片段长度、变异位点覆盖情况对设计的紫草药材特异性引物进行评价。结果:经过Primer Premier 5软件进行引物设计共选出11对引物进行合成;巢式PCR对紫草药材基因组DNA的扩增效率明显优于ITS2通用引物PCR;基于巢式引物直接扩增紫草基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测的结果明显优于ITS2引物直接扩增紫草基因组DNA,且呈单一条带;确定AE-9S/AE-2A、AE-4S/AE-10A、AE-12S/10A、AE-29S/AE-29A共4对引物适用于紫草正伪品鉴定。结论:在DNA条形码鉴定和巢式PCR技术的基础上,确定了4对可以用于有效区分药材市场中主流的新疆紫草和紫草非《中华人民共和国药典》品的特异性引物,为后续紫草药材及其他中药民族药品种的鉴定方法研究与开发提供了可参考的依据。

检测病毒性肝炎患者血清中SEN病毒及其临床意义

目的 检测病毒性肝炎患者血清中SEN病毒D和H(SENV D、SENV H) ,并探讨其临床意义。方法 采用巢式聚合酶链反应法 (nPCR)检测甲、乙、丙、戊型肝炎和非甲～戊型肝炎患者血清中SENV D和SENV HDNA。结果 在 180例病毒性肝炎患者血清中 ,SENV D和SENV H检出率分别为 17.2 % (31 180 )和 5 .6 % (10 180 ) ,总检出率为 18.3% (33 180 )。甲、乙、丙、戊型肝炎患者的SENV D H检出率高于非甲～戊型肝炎患者。从甲、乙、丙、戊型肝炎和非甲～戊型肝炎患者中分离的SENV D H核苷酸序列 ,与SENV D H原型株比较 ,其同源性在 94 %以上。甲、乙、丙和戊型肝炎患者有无SENV D H合并感染 ,其血清生化学指标无明显差异。结论 SENV D H可能不是非甲～戊型肝炎的病原 ,甲、乙、丙和戊型肝炎患者合并感染SENV D H并不加重病情。