气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的效果观察

探讨气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的应用。方法 本项目将选择2023年4月-2024年3月住院的86例肺炎患者,随机分为2组,每组43例,分别进行气管镜及肺泡灌洗后 NGS测定,比较两者的准确度,并比较两组患者的病程及相关炎症因子的改变。结果 两组患者的血氧饱和度均明显高于对照组(P<0.05);革兰氏阴性杆菌(革兰阴性杆菌)是导致重症肺部感染的重要致病菌,其耐药机制尚未阐明。结论 NGS检测肺泡灌洗液,能更快速、更有效地检出肺部感染,缩短患者住院时间。

整合EVE-NG、GNS3及HCL搭建多厂商网络仿真实验平台

文章针对EVE-NG、GNS3仿真平台主要仿真思科设备,HCL仿真平台只能仿真H3C设备,而实际工程项目往往涵盖多厂商设备的问题,探讨将EVE-NG、GNS3、HCL等网络模拟器通过与本地物理网卡桥接的方法进行整合,搭建集成多厂商设备,可用于实际网络工程项目的网络仿真实验平台。文章不仅给出了上述三款网络模拟器桥接整合的基本原理,还给出了与本地物理网卡的具体桥接过程。测试后证实,整合后的网络仿真实验平台可兼容模拟多厂商网络设备运行。

气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的应用

目的 探讨气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查在肺部感染的早期诊断及治疗中的应用。方法 选取2022年1月—2023年6月本院收治的75例肺部感染患者作为研究对象,随机将患者分为对照组与观察组,对照组(37例)采用气管镜检查,观察组(38例)采用气管镜联合肺泡灌洗液NGS检查,比较两种检查方法的诊断准确度,并观察两组患者的临床症状消失时间及炎症因子水平。结果 气管镜联合肺泡灌洗液NGS检测的诊断准确度高于气管镜检测;观察组的发热消失时间、咳嗽消失时间、咯痰消失时间、肺部啰音消失时间、住院时间显著低于对照组(P<0.05)。治疗前,两组的WBC、CRP、PCT水平相比无显著差异(P>0.05);治疗后,观察组患者的WBC、CRP、PCT水平显著低于对照组,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 气管镜联合肺泡灌洗液NGS检测在肺部感染的早期诊断中具有较高的准确度,能够缩短患者的临床症状消失时间和住院时间,并有助于更快速有效地降低炎症因子水平。

某肿瘤医院NGS、PCR实验室空调系统设计浅析

NGS、PCR实验室已成为医院建设的重要部分,而空调、通风系统的合理设计和布局对这两个实验室安全、稳定、高效的运行起到重要的作用。以某肿瘤医院实验室为例,对NGS、PCR实验室各区域平面布局作了简要介绍,并结合其使用要求,对室内参数、压力梯度、送风、排风系统等要求作了简要阐述。

质粒DNA Fast NGS测序方法的开发和应用

质粒DNA是最常用的基因运载工具,在基因合成技术中扮演着至关重要的角色。如何实现合成质粒DNA的准确且快速检测,是确保基因组完整性和提高基因合成效率的关键。尽管基于一代DNA的测序方法,其准确性已成为行业标准,但在检测通量、检测速度和检测成本等方面仍然存在局限性,这促使科学家们不断寻求新的解决方案。基于生物酶库,开发了DNA建库酶TN5,建立了高通量质粒DNA检测方案——Fast NGS。利用不同长度、不同质量的质粒DNA样本评估了Fast NGS的可行性,并对质粒DNA样本进行了高通量测序,最后对比了Fast NGS与Sanger测序的效率。结果表明,DNA建库酶TN5蛋白的纯度和质量符合二代测序要求。Fast NGS适用于3~8 kb基因合成质粒的测序检测,其检测通量高达2500个·12 h-1,测序成功率超过95%,测序准确性与一代测序相当,并且无明显序列偏好性。Fast NGS实现了质粒DNA的高通量、快速且低成本检测,为基因合成技术的发展提供了新的方向。

软组织肉瘤患者的二代测序(NGS):诊疗价值、与中医药治疗的关系

目的:探索二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在软组织肉瘤(soft tissue sarcoma,STS)患者中的诊疗价值,并结合NGS技术,探讨潜在的抗肉瘤中医治疗意义。方法:本研究采用NGS技术对30例不同亚型软组织肉瘤患者的肿瘤组织进行全面分析,共包含五个基因层面的检测:肿瘤体细胞变异:651个基因的全部外显子,65个基因的部分内含子;胚系变异:63个基因的全部外显子;肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB);微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI);PD-L1(22C3)蛋白表达。并结合临床实践进行数据解读。结果:肉瘤患者的基因突变主要分布在与细胞周期相关的基因和已知的致癌驱动基因中,其中有1例患者的手术病理诊断得到了NGS报告的修正。超过一半的患者具有可干预性突变,其中4例转移/复发性患者根据NGS报告进行了相应的靶向/免疫治疗,3例患者在临床治疗中获得了疾病控制,无进展生存时间(progression-free survival time,PFS)分别为6、6、12个月。结论:肉瘤组织基因测序可以进一步验证病理诊断;与肿瘤相关的遗传变异为现有的靶向治疗提供了科学依据并增加了新药靶点的发现潜力;报告中对免疫相关指标的检测为软组织肉瘤患者的免疫治疗选择和预后提供了依据;此外,我们还探讨了NGS报告中突变基因与中医治疗机制之间的关系;期望这些数据能够推动未来临床软组织肉瘤的精准/个体化医疗进展。

支原体肺炎患者靶向NGS检测分析:单纯感染与合并感染的临床特征比较

目的本研究旨在探究支原体肺炎患者中单纯肺炎支原体感染与肺炎支原体合并其他细菌感染的临床特征和实验室检查结果的差异,并分析性别和年龄对感染类型的影响。方法研究纳入2022年6月1日至2024年4月1日于成都大学附属医院住院经临床和肺泡盥洗液靶向NGS检查确诊为支原体肺炎的患者被纳入研究,共104名。患者根据靶向NGS检测结果分为两组:单纯肺炎支原体感染组46例,肺炎支原体合并其他细菌感染组58例。研究收集了患者的人口统计学特征、实验室检查结果以及住院期间的支气管盥洗液靶向NGS检测结果。结果研究发现淋巴细胞计数、中性粒细胞与淋巴细胞比率、丙氨酸氨基转移酶、乳酸脱氢酶水平上,单纯肺炎支原体感染患者与支原体肺炎合并感染患者之间存在显著性差异(均P<0.05)。女性患者的单纯支原体感染率高于男性(P<0.05)。年龄分析显示,年龄较大的患者更倾向于单纯肺炎支原体感染,而年龄较小的患者更常见于支原体肺炎合并其他细菌感染(均P<0.05)。此外,肺炎链球菌是最常见的合并感染病原体,尤其在儿童中更为常见(P<0.05)。结论本研究揭示了支原体肺炎患者中单纯感染与合并感染的临床和实验室特征差异,以及性别和年龄对感染类型的潜在影响。研究结果有助于更好地理解支原体肺炎的感染模式,并可能对临床诊断和治疗提供指导。

下一代测序(NGS)技术的发展及在肿瘤研究的应用

下一代测序(next-generation sequencing,NGS)由于高灵敏度、高通量、高度自动化等特性,近年来在疾病的研究和诊断治疗中越来越多地被应用。下一代测序技术的发展为肿瘤分子生物学的研究提供了新的手段。本文就下一代测序技术的种类、特点、发展趋势及其在肿瘤研究中的应用作简要的综述。

NGS资料在老地层中的应用

王宣龙，张德峰，张福来．ＮＧＳ资料在老地层中的应用．测井技术，１９９７，２１（４）：２８０～２８３自然伽马能谱（ＮＧＳ）测井作为一种特殊的测井方法，在研究老地层的一些地质问题上具有一定的实用性。以埕北３０井和胜海古２井为例，运用自然伽马能谱测井资料，采用交会图等技术，评价下古生界碳酸盐岩地层的沉积环境、粘土矿物的类型。

NGS在HLA基因分型中的应用

本文旨在介绍下一代测序(NGS)方法的原理,使用流程及现阶段存在的问题,强调这种方法在对人类白细胞抗原(HLA)基因分析中的应用,及其推广的价值。

NGS—200型GPS测量系统在建立三维控制网中的应用

介绍了 NGS— 2 0 0 GPS测量系统的组成及原理 ,阐述了利用该系统在北京八大处公园建立测区首级平面控制网的具体做法 ,对布网方案、数据处理、平差计算和测量结果可靠性进行了分析 .实践表明 NGS— 2 0 0 GPS在八大处公园山地地形复杂 ,树木覆盖较密的情况下 ,其性能仍然比较稳定 ,所取得的测量结果达到了国家有关规范要求 .该系统替代常规测量技术是经济。

VLBI MK3数据库格式到NGS格式的转换

本文通过对MK3数据库的结构分析以及与NGS格式文件的比较，描述了从MK3数据库格式转化到NGS格式的格式转换程序DB2NGS的开发思想，并给出了一个示范结果。通过在微机上的KVLBI软件的运行证明了转换是成功的。

NGS分析教学实操平台的开发与应用

随着测序技术的发展和成本的大幅降低,数据大量累积,对测序数据的生物信息学分析需求持续增加。DNA测序和RNA测序基础分析逐渐形成了通用的标准化规范,同时,随着个人计算机运算能力的提升,使得过去许多专业的数据分析已向用户自助操作转变。为解决在医学院校教学中,常用二代测序(NGS)数据分析中所遇到软硬件门槛,及相关专业基础较薄弱等问题,为高通量测序数据分析课程的实操环节专门开发的、具有图形界面的、全Window环境的软件平台BIONEO,在实际测试和运行中获得了良好的教学效果及反馈评价。该系统不仅为解决生物信息学实验教学中的常见问题提供了一个有效的解决方案,还可以使学生在完成有效和良好体验培训的同时,直接利用本软件提供的环境尝试解决一些科研实践中的具体操作问题。

基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识

基于RNA水平的二代测序(RNA-based next-generation sequencing, RNA-based NGS)技术已被非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)临床实践指南和专家共识推荐为融合基因的检测方法之一。NSCLC可用药靶点主要包括基因突变和融合,用于评估靶向治疗可行性的基因突变和融合基因检测均不可或缺。目前,基于DNA水平的NGS(DNA-based NGS)结合RNA-based NGS一次性同步检测基因突变和融合的技术已部分应用于临床实践。然而,RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控方面在我国仍缺乏规范和标准。本共识将进一步明确RNA-based NGS在融合基因检测中的应用时机、应用场景和质控,并给予指导性建议,推动RNA-based NGS在NSCLC临床诊疗中的应用,使患者能够最大程度地从融合基因检测中获益。

南方NGS200应用实践中的若干问题

对南方NGS200在工程控制测量领域应用实践中的一些问题作了阐述,提出了一些见解和措施。

NGS检测乙型肝炎病毒耐药基因突变情况及其临床意义

目的检测乙型肝炎患者的HBV YMDD突变情况,探究下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)检测HBV耐药基因突变的可行性及患者性别与其YMDD突变的相关性,并为临床用药提供参考。方法运用NGS测序技术对收集的100例临床样本进行HBV YMDD突变的检测,并与临床检测金标准Sanger测序法的测序结果进行比对。结果运用NGS检测100例HBV样本,其中YMDD野生型88例,HBV YMDD耐药基因突变12例,与Sanger测序法的测序结果完全相符。结论本研究结果显示,NGS技术可用于HBV耐药基因突变检测,患者性别与HBV耐药突变无明显相关性。

基于NGS技术的仔猪腹泻病毒检测

为探究四川某猪场反复暴发仔猪腹泻的原因,利用下一代测序技术(NGS)对该猪场的仔猪肠道样品进行检测,结合常规PCR、测序方法进行验证分析。结果表明:该猪场存在猪流行性腹泻病毒PEDV,通过对该场PEDV S1基因的进化树分析,发现该PEDV毒株属于独立的一个分支;同时还在该场病料中检测到猪圆环病毒3型(PCV3),该猪场腹泻问题可能是由于新型PEDV毒株和PCV3毒株混合感染导致。

ARMS与NGS对比检测NSCLC患者标本EGFR、KRAS、BRAF、EML4-ALK融合等基因探索

目的探讨突变扩增阻滞系统(ARMS)法和下一代测序(NGS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本多驱动基因改变上的差异,指导临床个体化治疗。方法51例NSCLC患者标本首先采用ARMS法,对所有样本进行表皮生长因子受体(EGFR)、鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌基因同源体B1(BRAF)、棘皮动物微管相关类蛋白4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)等基因检测,随后采用NGS对上述标本进行高通量检测对比,收集临床资料,定期随访。结果51例NSCLC样本应用ARMS法与NGS检测EGFR、KRAS、EML4-ALK突变阳性率(48.9%vs53.3%、11.1%vs 8.9%、13.7%vs 5.9%)差异无统计学意义。两种方法检测出的EGFR-19del突变组比EGFR-L858R突变组靶向治疗生存期较长,差异有统计学意义(P=0.010),但两组在性别、年龄、靶向治疗阶段等方面差异无统计学意义。NGS法检测出EGFR-19del、L858R突变患者肿瘤特有基因平均数量分别为7.1、4.6个,EGFR-L858R多为抑癌基因突变(91%)。2例EGFR/KRAS双突变患者较EG-FR单突变患者预后差。结论ARMS法和NGS均适用于NSCLC患者突变驱动基因检测。对于DNA点突变检测,NGS不仅显示ARMS检测的遗漏,还显示突变丰度、伴随突变及非常规突变等,对ARMS检测有补充作用。EGFR-19del患者靶向治疗生存期比EGFR-L858R突变患者长,EGFR-L858R主要为抑癌基因突变。EGFR合并KRAS双突变患者预后较差,但仍需进一步研究证实。

应用NGS确认STR检测中的OL峰案例研究

基于毛细管电泳平台的短串联重复序列(Short tandem repeats,STR)检测(Capillary electrophoresis-Polymerase chain reaction,CE-PCR)是现阶段法医DNA实验室的金标准,二代测序(Next-generation sequencing,NGS)在法医学上的应用已经初现端倪,通过NGS可以解决传统CE-STR对OL(Off-ladder)峰形成原因难以判定的问题.本文对在毛细管电泳(CE)平台的STR鉴定工作中发现的一种OL峰血样进行NGS研究,确定了此样品的OL峰为D18S51基因座稀有等位基因,该基因型因超出试剂盒Ladder范围而形成OL峰.研究结果表明,NGS对阐明OL峰形成原因具有独特的优势,相关技术将在今后法医物证鉴定中得到广泛推广和应用.

“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

目的探讨"不去重"和"去重"两种方法分析后各NGS相关指标间的差异,研究"去重"在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用。方法通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测,每例NGS检测数据分别进行"去重"和"不去重"两种方法的生物信息学分析,比较两种方法分析得到的NGS相关指标Mapped Reads(可比对上reads比例)、On Target(靶向区域reads比例)、Mean Depth(平均测序深度)以及Uniformity(均一性)等数据之间的差异。结果"不去重"和"去重"两种方法分析得到平均Mapped Reads、On Target、Mean Depth和Uniformity值,各组指标间差异均有统计学意义(P<0.001)。"去重"方法分析时,Mapped Reads、On Target和Mean Depth 3个指标均呈现出血浆样本与其他3种类型样本间(FFPE、穿刺和手术)差异有统计学意义,在Uniformity指标上则呈现出4种类型样本间差异均无统计学意义。而"不去重"方法分析后结果正好相反。结论去除PCR扩增所致重复序列的"去重"步骤在NGS数据分析中具有重要的作用,能够改善结果均一性,真实反映所测样本的DNA模板数量及等位基因频率(AF值,allele frequency)。"去重"后结果更有助于临床决策。