生物信息方法分析大豆Nodulin家族蛋白

为研究大豆Nodulin家族蛋白特性,在数据库Uniprot KB中下载大豆Nodulin蛋白序列,利用NCBI的BLAST程序进行同源序列比对筛选和Pfam数据库综合分析,确定14个大豆Nodulin家族蛋白,通过生物信息学方法对14个家族蛋白的基本理化性质、跨膜区域、模体、系统发育和蛋白结构等进行分析。结果显示:14条蛋白序列氨基酸数为72~116、理论等电点为9.94~11.59、分子质量为7 408.70~12 465.55、脂肪系数为85.94~114.12,除K7KNK4没有跨膜区外,其余13条Nodulin蛋白均有1~2跨膜区。二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成,13个模体中模体1、模体2、模体3和模体4保守性强,系统发育进化树由6个分枝组成,分枝Ⅵ的A0A0B2P3C8、I1MWA0三维结构预测结果也相似。