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一株海洋新鞘氨醇杆菌phe-8(Novosphingobium sp.)的PAHs降解基因和降解特性 被引量:27
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作者 崔志松 邵宗泽 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第B05期257-261,共5页
以菲为唯一碳源和能源从厦门近海海水样品中筛选到一株能够降解多种PAHs的细菌.16S rDNA序列同源性分析表明它可能属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobiumsp.).根据已经报道的PAHs起始双加氧酶大亚基基因序列,设计了一对简并引物,并PCR扩... 以菲为唯一碳源和能源从厦门近海海水样品中筛选到一株能够降解多种PAHs的细菌.16S rDNA序列同源性分析表明它可能属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobiumsp.).根据已经报道的PAHs起始双加氧酶大亚基基因序列,设计了一对简并引物,并PCR扩增得到了约700 bp的基因片段.比对结果显示它同已报导的一株降解菌Novosphingobium ar-omaticivoransF199质粒上的bphA1 f基因相似度最高,达到98.26%,该基因编码的蛋白推断是萘或联苯双加氧酶大亚基.以PCR产物为模板制备DNA探针,Southern杂交表明:该基因位于其质粒DNA上.采用气相色谱-质谱联用测定了该菌的降解率,发现它可以高效降解多种高分子量PAHs. 展开更多
关键词 新鞘氨醇杆菌 多环芳烃 生物降解 双加氧酶 降解率
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深海多环芳烃降解菌新鞘氨醇杆菌H25的降解特性及降解基因 被引量:22
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作者 袁军 赖其良 +1 位作者 郑天凌 邵宗泽 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1208-1213,共6页
【目的】为了从深海环境中筛选新的多环芳烃降解菌,了解其降解基因及降解特性。【方法】以原油作为碳源从印度洋深海海水样品中富集筛选出降解能力较强的多环芳烃降解菌,并根据已报道的相关菌属的多环芳烃起始双加氧酶大亚基序列及侧翼... 【目的】为了从深海环境中筛选新的多环芳烃降解菌,了解其降解基因及降解特性。【方法】以原油作为碳源从印度洋深海海水样品中富集筛选出降解能力较强的多环芳烃降解菌,并根据已报道的相关菌属的多环芳烃起始双加氧酶大亚基序列及侧翼序列设计兼并引物进行扩增。【结果】获得了1株能够高效降解原油、柴油及多种多环芳烃的菌株H25。经16SrDNA序列系统发育分析表明它属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)(96%)。并从该菌株中扩增获得2条相似度为91.0%双加氧酶基因片段。2条序列在NCBI上Blastn分析表明均与菌株N.aromaticivorans DSM12444T的降解质粒pNL1上的双加氧酶大亚基具有最高相似度,分别为99.6%和91.0%。根据pNL1上的双加氧酶序列设计引物获得了包含H25双加氧酶大亚基及上下游序列的2个基因片段H25Ⅰ(2.9kb)和H25Ⅱ(4.5kb)。另外,单碳降解实验表明H25对联苯、2-甲基萘、2,6-二甲基萘、菲、二苯并噻吩、二苯并呋喃等均有较好的降解能力。【结论】H25菌株是Novosphingobium属可能的新种。深海细菌在大洋环境多环芳烃污染的自然净化中起到一定作用,并在环境生物修复中有较大的应用前景。 展开更多
关键词 深海 新鞘氨醇杆菌 多环芳烃 降解 双加氧酶
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异味物质β-环柠檬醛降解菌的分离和鉴定 被引量:3
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作者 代志刚 蒋永光 +2 位作者 谷依露 胡晗华 李仁辉 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期222-226,共5页
β-环柠檬醛(β-cyclocitral)是由微囊藻产生的主要藻源性异味污染物之一。利用稀释涂平板法,从采集到的微囊藻水华水样中分离得到两株降解β-环柠檬醛的菌株DH16和DH18,16S rRNA序列比对和系统进化树分析表明它们分别属于食酸菌属(Acid... β-环柠檬醛(β-cyclocitral)是由微囊藻产生的主要藻源性异味污染物之一。利用稀释涂平板法,从采集到的微囊藻水华水样中分离得到两株降解β-环柠檬醛的菌株DH16和DH18,16S rRNA序列比对和系统进化树分析表明它们分别属于食酸菌属(Acidovorax)和不动杆菌属(Acinetobacter)。实验室保藏的微囊藻毒素降解菌Novosphingobium sp.THN1对β-环柠檬醛也有降解效果,该菌属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)。对三株菌进行以β-环柠檬醛为唯一碳源的培养实验,气相色谱检测分析表明DH18和THN1两株菌具有高效降解β-环柠檬醛的能力,可以作为研究β-环柠檬醛生物降解机理的理想材料。 展开更多
关键词 微囊藻 β-环柠檬醛 食酸菌属 不动杆菌属 新鞘氨醇杆菌属 生物降解
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西柏三烯-4,6-二醇降解产香菌培养基条件优化 被引量:6
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作者 黄申 夏璠 +3 位作者 钱玉梅 魏涛 贾春晓 毛多斌 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期55-60,69,共7页
为提高新鞘氨醇杆菌(Novosphingobium panipatense YII-3)对西柏三烯-4,6-二醇的降解效率,利用响应面法对发酵培养基的组成进行了优化。结果表明:(1)通过单因素实验确定了最佳碳源及其浓度、氮源及其浓度、初始pH和培养温度。(2)以上述... 为提高新鞘氨醇杆菌(Novosphingobium panipatense YII-3)对西柏三烯-4,6-二醇的降解效率,利用响应面法对发酵培养基的组成进行了优化。结果表明:(1)通过单因素实验确定了最佳碳源及其浓度、氮源及其浓度、初始pH和培养温度。(2)以上述4个单因素为考察因子设计了4因素3水平的Box-Behnken响应面分析实验,得到的最佳培养基组成为麦芽糖0.66 g/L、酵母粉0.91 g/L、pH=9和培养温度35℃。(3)该条件下培养的新鞘氨醇杆菌对西柏三烯-4,6-二醇的降解率从最初的64.58%增加到84.71%,与优化前相比提高了20.13百分点。Box-Behnken响应面分析实验用于新鞘氨醇杆菌的培养基优化是可行的,且数学模型的预测值与实验观察值相符。 展开更多
关键词 西柏三烯-4 6-二醇 新鞘氨醇杆菌 降解率 培养基 BOX-BEHNKEN设计 响应面
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高效聚磷鞘氨醇杆菌XF-5的分离与鉴定 被引量:7
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作者 李海峰 李志建 屈建航 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第9期68-72,共5页
采用寡营养与长时间培养方法,从活性污泥与土壤样品中分离筛选到7株高效聚磷菌。以菌株的除磷率为考察指标,确定其中的XF-5为高效聚磷菌株。对其培养条件进行优化,并进行了生理生化特性的检测与系统发育分析。16SrRNA基因序列的分析结... 采用寡营养与长时间培养方法,从活性污泥与土壤样品中分离筛选到7株高效聚磷菌。以菌株的除磷率为考察指标,确定其中的XF-5为高效聚磷菌株。对其培养条件进行优化,并进行了生理生化特性的检测与系统发育分析。16SrRNA基因序列的分析结果显示,XF-5与鞘氨醇杆菌属的菌种同源性达99%,结合生长特点与生理生化特性,初步确定该菌株为鞘氨醇杆菌(No-vosphingobiumsp.)。当合成废水中总磷质量浓度为10.0mg/L时,将菌株XF-5在28℃、pH值为6.5的条件下培养24h,除磷率可达80%以上。该菌株在污水除磷与水体富营养化的防治方面,有潜在的应用前景。 展开更多
关键词 鞘氨醇杆菌 聚磷菌 鉴定
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芘诱导下新鞘氨醇单胞菌差异表达蛋白追踪 被引量:3
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作者 郑伟 黄君 +1 位作者 郑天凌 田蕴 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第A02期49-53,共5页
以一株芘降解新鞘氨醇单胞菌(Novosphingobium pentaromativoransUS6-1)为模式菌株,为了追踪其在有芘和没有芘诱导下差异表达蛋白,对该菌株蛋白的超声破碎提取条件进行了优化.结果表明,在4℃环境下,功率为40 W,工作时间与间隔时间均为5... 以一株芘降解新鞘氨醇单胞菌(Novosphingobium pentaromativoransUS6-1)为模式菌株,为了追踪其在有芘和没有芘诱导下差异表达蛋白,对该菌株蛋白的超声破碎提取条件进行了优化.结果表明,在4℃环境下,功率为40 W,工作时间与间隔时间均为5 s,超声总次数为60次时菌体破碎效果最佳.与IEF(Isoelectric focusing electrophoresis)自制胶相比,IPG(Immobilized pHgradient)胶分离得到的蛋白点数量更多,质量更好.分析双向电泳图谱,追踪到至少7个在芘诱导条件下菌株US6-1表达的差异蛋白点.这说明芘可以诱导菌株US6-1合成特异蛋白.本实验结果为多环芳烃(PAHs)微生物代谢途径的阐明及环境中PAHs污染修复策略的制定提供了重要依据. 展开更多
关键词 新鞘氨醇单胞菌 芘降解 双向电泳 有机污染物
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西柏三烯-4,6-二醇降解菌的筛选鉴定及其在再造烟叶中的应用 被引量:3
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作者 黄申 霍梦杰 +6 位作者 钱玉梅 魏涛 贾春晓 何春雨 杨峰 樊新顺 毛多斌 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第10期137-142,148,共7页
为明确西柏三烯-4,6-二醇(CBT)的生物降解机制,探究CBT降解菌在再造烟叶中的应用,以CBT(0. 3 g/L)为唯一碳源,采用稀释涂布平板法从初烤后烟叶中分离得到1株高效降解CBT产香的菌株H3-1,该菌株发酵30 h后CBT的降解率达到85. 85%,降解产... 为明确西柏三烯-4,6-二醇(CBT)的生物降解机制,探究CBT降解菌在再造烟叶中的应用,以CBT(0. 3 g/L)为唯一碳源,采用稀释涂布平板法从初烤后烟叶中分离得到1株高效降解CBT产香的菌株H3-1,该菌株发酵30 h后CBT的降解率达到85. 85%,降解产物为金合欢醛,在培养基中加入麦芽糖(2 g/L)时,发酵液中有茄酮检出;根据形态特征和系统进化树分析,初步鉴定菌株H3-1为新鞘氨醇杆菌(Novosphingobium sp)。将H3-1菌制剂按5%接种到再造烟叶浓缩液中,发酵24 h后检测发现,苯甲醇、2-乙酰基吡咯、甲基麦芽酚、苯乙醇、2-乙基-3-甲基马来酰亚胺、甲基环戊酮、茄酮、二氢猕猴桃内酯、4-羟基-β-二氢大马酮、9-羟基-4,7-巨豆三烯酮、4-(3-羟基丁基)-3,5,5-三甲基-2-环己烯-1-酮、叶绿醇、棕榈酸含量升高;评吸结果显示,发酵后再造烟叶较发酵前相比香气浓度和香气量均有所改善。综上,新鞘氨醇杆菌H3-1可降解CBT生成金合欢醛和茄酮,且该菌株具有增加再造烟叶浓缩液香气量、提高香气质的作用。 展开更多
关键词 西柏三烯-4 6-二醇 分离鉴定 新鞘氨醇杆菌 再造烟叶浓缩液
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烟叶中西柏三烯-4,6-二醇降解产香菌的分离与鉴定 被引量:5
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作者 黄申 夏璠 +3 位作者 魏涛 贾春晓 钱玉梅 毛多斌 《轻工学报》 CAS 2017年第6期73-80,共8页
采取稀释涂布平板法和平板划线法,从调制陈化后的烟叶中分离得到一株高效降解西柏三烯-4,6-二醇的菌株YI1-3.以西柏三烯-4,6-二醇为唯一碳源,该菌株降解产物主要为金合欢醛(8.57%).根据形态特征和16S rDNA系统进化树分析,初步鉴定菌株YI... 采取稀释涂布平板法和平板划线法,从调制陈化后的烟叶中分离得到一株高效降解西柏三烯-4,6-二醇的菌株YI1-3.以西柏三烯-4,6-二醇为唯一碳源,该菌株降解产物主要为金合欢醛(8.57%).根据形态特征和16S rDNA系统进化树分析,初步鉴定菌株YI1-3为新鞘氨醇杆菌(Novosphingobium panipatense).该菌株在含有西柏三烯-4,6-二醇发酵培养基中培养66 h后,底物降解率达到75.58%. 展开更多
关键词 西柏三稀-4 6-二醇 分离鉴定 降解率 金合欢醛 新鞘氨醇杆菌
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Genetic susceptibility to autoimmune liver disease 被引量:3
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作者 Jochen Mattner 《World Journal of Hepatology》 CAS 2011年第1期1-7,共7页
Autoimmune hepatitis(AIH),primary sclerosing cholangitis(PSC) and primary biliary cirrhosis(PBC) are considered as putative autoimmune diseases of the liver.Whereas strong evidence that bacterial infection may trigger... Autoimmune hepatitis(AIH),primary sclerosing cholangitis(PSC) and primary biliary cirrhosis(PBC) are considered as putative autoimmune diseases of the liver.Whereas strong evidence that bacterial infection may trigger PBC exists,the etiologies for PSC and AIH remain unknown.Although there have been significant discoveries of genetic polymorphisms that may underlie the susceptibility to these liver diseases,their associations with environmental triggers and the subsequent implications have been difficult to elucidate.While single nucleotide polymorphisms within the negative costimulatory molecule cytotoxic T lymphocyte antigen 4(CTLA-4) have been suggested as genetic susceptibility factors for all three disorders,we discuss the implications of CTLA-4 susceptibility alleles mainly in the context of PBC,where Novosphingobium aromaticivorans,an ubiquitous alphaproteobacterium,has recently been specifically associated with the pathogenesis of this devastating liver disease.Ultimately,the discovery of infectious triggers of PBC may expand the concept of genetic susceptibility in immune-mediated liver diseases from the concept of aberrant immune responses against self-antigens to insufficient and/or inappropriate immunological defense mechanisms allowing microbes to cross natural barriers,establish infection and damage respective target organs. 展开更多
关键词 Primary BILIARY cirrhosis novosphingobium Natural KILLER T cells Cytotoxic T lymphocyte antigen 4 Diabetes Susceptibility LOCI NON-OBESE diabetic CONGENIC mice
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Identification and preliminary characterization of novel B3-type metallo-β-lactamases
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作者 Manfredi Miraula Conor SBrunton +1 位作者 Gerhard Schenk Natasa Mitić 《American Journal of Molecular Biology》 2013年第4期198-203,共6页
Antibiotic resistance has emerged as a major global threat to human health. Among the strategies employed by pathogens to acquire resistance the use of metallo-β-lactamases (MBLs), a family of dinuclear metalloenzyme... Antibiotic resistance has emerged as a major global threat to human health. Among the strategies employed by pathogens to acquire resistance the use of metallo-β-lactamases (MBLs), a family of dinuclear metalloenzymes, is among the most potent. MBLs are subdivided into three groups (i.e. B1, B2 and B3) with most of the virulence factors belonging to the B1 group. The recent discovery of AIM-1, a B3-type MBL, however, has illustrated the potential health threat of this group of MBLs. Here, we employed a bioinformatics approach to identify and characterize novel B3-type MBLs from Novosphingobium pentaromativorans and Simiduia agarivorans. These enzymes may not yet pose a direct risk to human health, but their structures and function may provide important insight into the design and synthesis of a still elusive universal MBL inhibitor. 展开更多
关键词 Antibiotic Resistance β-Lactam Antibiotics Metallo-β-Lactamases Sequence Homology novosphingobium Pentaromativorans Simiduia Agarivorans
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新鞘氨醇单胞菌预处理对木材结构及酶解的影响 被引量:4
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作者 曹舒祺 陈梦婕 +1 位作者 侯贤锋 孙瑾 《林产工业》 北大核心 2022年第4期9-13,共5页
采用新鞘氨醇单胞菌(Novosphingobium sp.)分别对针叶材(马尾松)和阔叶材(尾叶桉)进行处理。通过化学成分分析、傅里叶变换红外光谱(FT-IR)分析、X射线衍射(XRD)分析、扫描电子显微镜(SEM)观察、酶解糖化测试,研究细菌预处理对针叶材和... 采用新鞘氨醇单胞菌(Novosphingobium sp.)分别对针叶材(马尾松)和阔叶材(尾叶桉)进行处理。通过化学成分分析、傅里叶变换红外光谱(FT-IR)分析、X射线衍射(XRD)分析、扫描电子显微镜(SEM)观察、酶解糖化测试,研究细菌预处理对针叶材和阔叶材的化学结构、微观形态、酶解效率等的影响。结果表明:新鞘氨醇单胞菌预处理破坏了木材中的木质素结构,致使结晶指数增大,增加了纤维素的可及性,提高了木材的酶解效果。相对于针叶材,新鞘氨醇单胞菌预处理对阔叶材的木质素及微观结构破坏更为明显。 展开更多
关键词 细菌预处理 新鞘氨醇单胞菌 尾叶桉 马尾松 酶解
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新鞘氨醇杆菌胞外多糖的发酵优化及结构和性质表征
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作者 姬淑洁 杨传佳 +2 位作者 陈修来 陆健 李晓敏 《食品与发酵工业》 CAS 2024年第24期182-190,共9页
从福建药白曲中分离得到一株产胞外多糖的新鞘氨醇杆菌(Nosphingobium sp.)D6菌株,通过单因素试验和响应面法对其产胞外多糖发酵条件进行优化,在最佳发酵条件下,即蔗糖添加量为39.0 g/L、豆粕粉添加量为3.6 g/L、硫酸锰添加量为0.4 g/L... 从福建药白曲中分离得到一株产胞外多糖的新鞘氨醇杆菌(Nosphingobium sp.)D6菌株,通过单因素试验和响应面法对其产胞外多糖发酵条件进行优化,在最佳发酵条件下,即蔗糖添加量为39.0 g/L、豆粕粉添加量为3.6 g/L、硫酸锰添加量为0.4 g/L、发酵温度30℃,转速250 r/min,装液量100 mL/500 mL,种龄24 h,接种比例5%(体积分数),胞外多糖产量为(22.38±0.43)g/L。相较于优化前,胞外多糖产量提高了5.87倍。该胞外多糖由甘露糖、半乳糖醛酸、葡萄糖和半乳糖4种单糖组成,且具有乙酰基修饰,该多糖水溶液具有假塑性流体特征,同时表现出较好的乳化性和热稳定性。 展开更多
关键词 新鞘氨醇杆菌 胞外多糖 发酵优化 单糖组成 乳化性
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一株深海热液环境来源的PAHs降解菌TVG9-Ⅶ的系统发育与降解基因 被引量:7
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作者 董纯明 陈亮 +1 位作者 廖悦婷 邵宗泽 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1548-1554,共7页
【目的】对一株深海热液环境来源的多环芳烃(PAHs)降解菌进行系统发育分析并对其降解特性和降解机制进行研究。【方法】对16S rRNA基因进行扩增和测序,进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析;利用GC-MS测定其对PAHs的降解率;通过构建... 【目的】对一株深海热液环境来源的多环芳烃(PAHs)降解菌进行系统发育分析并对其降解特性和降解机制进行研究。【方法】对16S rRNA基因进行扩增和测序,进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析;利用GC-MS测定其对PAHs的降解率;通过构建基因组Fosmid文库,克隆PAHs降解基因簇;并利用RT-PCR和qPCR研究关键降解酶基因在不同PAHs诱导下的表达情况。【结果】从西南太平洋劳盆地热液沉积物中分离到一株PAHs降解菌株TVG9-Ⅶ,系统发育分析结果表明,该菌株属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium),与该属的Novosphingobium indicum H25T系统发育关系最为密切,它们的16S rRNA基因序列相似性高达99.7%。该菌株在21 d内对菲、荧蒽和芘的降解率分别为95.2%,57.3%和69.6%。从Fosmid文库中筛选得到一个负责PAHs降解的上游基因簇,包含了PAHs起始降解双加氧酶大小亚基(pheA1a/b)基因和一个脱氢酶基因;RT-PCR和qPCR实验表明,双加氧酶大亚基基因pheA1a在菲的诱导下上调表达4.2倍,而在萘及高环荧蒽和芘的诱导下无上调。【结论】菌株TVG9-Ⅶ是Novosphingobium属深海热液来源的PAHs降解菌,具有良好的降解特性,特别是对高环PAHs的降解效果较好。 展开更多
关键词 深海热液区 新鞘氨醇杆菌 多环芳烃 降解基因簇 双加氧酶
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大西洋洋中脊深海多环芳烃降解菌群的优势菌分析 被引量:11
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作者 崔志松 邵宗泽 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期902-909,共8页
【目的】为了分析大西洋洋中脊深海海水及表层沉积物中多环芳烃(PAHs)降解菌群中的优势菌。【方法】采用富集培养法和平板涂布法从深海样品中分离可培养细菌及PAHs降解菌。通过16S rRNA基因测序完成系统发育分析。采用变性梯度凝胶电泳(... 【目的】为了分析大西洋洋中脊深海海水及表层沉积物中多环芳烃(PAHs)降解菌群中的优势菌。【方法】采用富集培养法和平板涂布法从深海样品中分离可培养细菌及PAHs降解菌。通过16S rRNA基因测序完成系统发育分析。采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)及DNA测序分析降解菌群中的优势菌。【结果】总共分离到16株细菌,包括一株PAHs降解菌Novosphingobium sp.4D。系统发育分析发现,可培养细菌中两个最大的类群分别与Alcanivorax dieselolei NO1A(5/16)和Tistrella mobilis TISTR1108T(5/16)亲缘关系最近。DGGE结果表明,在菌群MC2D中菌株4L(以及4M、4N,Alcanivorax dieseloleiNO1A,99.21%)、4D(Novosphingobium pentaromativorans US6-1T,97.07%)和4B(以及4E、4H、4K,Tistrella mobilisTISTR1108T,>99%)是降解菌群中的优势菌。而降解菌群MC3CO中的优势菌是菌株5C(以及5H,Alcanivorax dieselolei NO1A,>99%)、条带5-8代表的未培养菌株(Novosphingobium aromaticivorans DSM12444T,99.41%)、5J(Tistrella mobilisTISTR 1108T,99.52%)和5F(以及5G,Thalassospira lucentensis DSM14000T,<97%)。【结论】本研究发现在大西洋洋中脊深海海水及表层沉积物中Alcanivorax、Novosphingobium、Thalassospira、Tistrella属的细菌是PAHs降解菌群中的优势菌,其中的主要降解菌是Novosphingobium属的细菌。 展开更多
关键词 多环芳烃 生物降解 大西洋洋中脊 深海 新鞘氨醇杆菌
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基于均匀设计优化新鞘氨醇菌US6-1对高分子量多环芳烃的降解条件 被引量:4
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作者 郑伟 田蕴 郑天凌 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期875-878,共4页
运用均匀设计优化一株新鞘氨醇菌Novosphingobium pentaromativorans stain US6-1对芘、荧蒽、苯并[a]芘等高分子量多环芳烃(High molecular weigh polycyclic aromatic hydrocarbons,HMW-PAHs)的降解条件.结果表明,在最适生长条件(30℃... 运用均匀设计优化一株新鞘氨醇菌Novosphingobium pentaromativorans stain US6-1对芘、荧蒽、苯并[a]芘等高分子量多环芳烃(High molecular weigh polycyclic aromatic hydrocarbons,HMW-PAHs)的降解条件.结果表明,在最适生长条件(30℃、pH 6.5及NaCl浓度为2.5%)下,接种量与底物浓度是影响该菌降解能力的关键因素.在接种量D660 nm为0.6、芘初始浓度56 mg L-1、培养时间5 d的情况下,菌株US6-1对芘的降解达到32.5 mg L-1,预测平均准确率达99.38%;在接种量D660 nm为0.6、荧蒽初始浓度48 mg L-1、培养时间5 d的情况下,对荧蒽的降解达到34.3 mg L-1,预测平均准确率达99.61%;在接种量D660 nm为0.1、苯并[a]芘初始浓度60 mg L-1、培养时间为5 d时,对苯并[a]芘的降解达到24 mg L-1,预测平均准确率达98.75%.菌株US6-1对芘及苯并[a]芘的降解能力比未优化前分别提高了29.2%与58%. 展开更多
关键词 新鞘氨醇菌 均匀设计 高分子量多环芳烃(HMW-PAHs) 生物降解 接种量
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几株新鞘氨醇杆菌的趋化性及其相关基因组成特点 被引量:7
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作者 廖晓敬 杨璐溪 +3 位作者 Hetharua Buce 周梦凯 郑天凌 田蕴 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期399-410,共12页
【目的】选择了几株隶属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)的有和没有多环芳烃(PAHs)降解能力的细菌,在基因组水平比较分析它们的趋化通路,并探究其中一些菌株对芳香化合物和三羧酸(TCA)循环中间代谢产物的趋化性。【方法】通过基因组... 【目的】选择了几株隶属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)的有和没有多环芳烃(PAHs)降解能力的细菌,在基因组水平比较分析它们的趋化通路,并探究其中一些菌株对芳香化合物和三羧酸(TCA)循环中间代谢产物的趋化性。【方法】通过基因组的比较分析,研究了几株新鞘氨醇杆菌的趋化蛋白组成和趋化基因分布,并采用滴定法和游动平板法检测了相关菌对芳香族化合物和TCA循环中间代谢产物的趋化性。【结果】N.pentaromativorans US6-1、N.pentaromativorans F2、Novosphingobium indicum K13、Novosphingobium stygium DSM 12445、Novosphingobium sp.C2AC等5株新鞘氨醇杆菌对芳香族化合物和TCA循环中间代谢物具有不同程度的趋化性;所选的7株已完成基因组测序的新鞘氨醇杆菌N.pentaromativorans F2、N.pentaromativorans US6-1、Novosphingobium sp.PP1Y、Novosphingobium sp.AP12、Novosphingobium sp.Rr 2-17,Novosphingobium sp.B-7和Novosphingobium sp.DSM 19370均含有趋化蛋白MCP、CheW、CheA、CheB、CheR和CheY,且亲缘关系最近的US6-1、F2和PP1Y 3株菌的che基因簇中的基因排列一致,为che W-Y-D-B-R-A-(X);新鞘氨醇杆菌的趋化系统属Fla类型。【结论】几株新鞘氨醇杆菌都具有较为完整的趋化通路,且对多种芳烃及其代谢物的趋化性各不相同,其中菌株US6-1趋化现象最明显。 展开更多
关键词 趋化性 新鞘氨醇杆菌 趋化蛋白 芳烃化合物
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新鞘氨醇杆菌属9-1的纤维素酶基因Nspcel8A的克隆表达与酶学特性 被引量:1
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作者 卢春艳 覃洁 +2 位作者 李明栋 冯家勋 段承杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期1634-1642,共9页
木质纤维素转化成燃料酒精是缓解能源和环境危机的途径之一。降低将木质纤维素转化成生物燃料的生产成本,需要提高纤维素酶产量或筛选到具更高酶活性的纤维素酶。新鞘氨醇杆菌(Genus Novosphingobium)属于鞘氨醇杆菌科(Sphingomonads),... 木质纤维素转化成燃料酒精是缓解能源和环境危机的途径之一。降低将木质纤维素转化成生物燃料的生产成本,需要提高纤维素酶产量或筛选到具更高酶活性的纤维素酶。新鞘氨醇杆菌(Genus Novosphingobium)属于鞘氨醇杆菌科(Sphingomonads),该科的细菌新陈代谢多样化,能够降解有机化合物,也可应用于木质素的降解,但目前新鞘氨醇杆菌属细菌的纤维素酶基因的研究未见报道。本研究对新鞘氨醇杆菌属细菌菌株9-1的纤维素酶基因Nspcel8A进行了克隆表达和酶学特性鉴定。Nspcel8A含有属于糖基水解酶家族8的催化结构域。该酶在大肠杆菌中实现了异源表达并获得了表达产物。Nspcel8A对羧甲基纤维素(carboxymethylcellulose, CMC)的最适作用pH值和温度分别为4.0和40℃,Nspcel8A具有良好的pH值稳定性,在pH值3.5~11.0范围内放置24 h后能够保持60%以上的酶活力。Nspcel8A对CMC的K_(m)值为10 mg/mL,V_(max)为14μmol·min^(-1)·mg^(-1)。底物特异性测试显示Nspcel8A对CMC有最高的酶活力(8.40 U/mg),但对不可溶纤维维如磷酸膨胀纤维素和Avicel只有较低的酶活力或没有酶活。高效液相色谱法分析显示Nspcel8A不能降解纤维二糖、纤维三糖、纤维四糖,能把纤维五糖部分降解成纤维二糖和纤维三糖,能把纤维六糖降解为纤维二糖、纤维三糖和纤维四糖,并以纤维三糖为主。以上结果显示Nspcel8A是一个内切葡聚糖酶,由于它不能水解结晶纤维素,说明它不是Novosphingobium sp.9-1主要的纤维素降解酶。 展开更多
关键词 新鞘氨醇杆菌 糖基水解酶 内切葡聚糖酶 酶学特性
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