Establishment of a Real-time Fluorescent Quantitative RTPCR Method for Detecting NP Gene of Class Ⅰ Newcastle Disease Virus(NDV)

Newcastle disease( ND) is one of the most serious infectious diseases that infect the poultry industry.There is only one serotype of Newcastle disease virus( NDV),but NDVs can be divided into two distinct classes( class Ⅰ,and class Ⅱ) according to their genetic relationship.To develop a method for rapid quantitative detection of class Ⅰ NDV,a pair of primers and a TaqM an probe were designed and synthesized according to the conservative sequence of NP gene of class Ⅰ NDV.The positive recombinant plasmid harboring NP gene of JS-18-05 isolate was used as a positive template to establish the standard curve.A real-time fluorescent quantitative RT-PCR method was established for rapid detection of class Ⅰ NDV with strong specificity,high sensitivity and good repeatability.The established method exhibited a good linear relationship within the concentration of 102 to 108 copies of NDV,by which 1 μl of 10 copy of NDV nucleic acid could be detected in the initial template.Compared with conventional virus isolation methods,the established method had similar sensitivity and led to the same results in detecting33 class Ⅰ,class Ⅱ NDV isolates.The study provided the basis for rapid quantitative detection of class Ⅰ NDVs and further clarification of their pathogenicity and pathogenic mechanism in poultry.

赤羽病病毒N基因硫氧还蛋白融合表达载体的构建与表达

为获得赤羽病病毒 (Akabanevirus ,AKAV )的核蛋白重组抗原 ,根据其基因序列(SmRNA)设计合成了 1对特异性引物 ,对AKAVN基因进行RT PCR扩增 ,产物大小约为 6 96bp ,回收纯化后 ,将其克隆至 pMD18 T质粒载体中 ,经核苷酸序列分析 ,与已报道的多株AKAV编码核衣壳蛋白N的SmRNA基因比较后发现 ,所测定毒株的核苷酸序列与TIN毒株的同源性高达 98.3% ,推测的氨基酸同源性为 97.6 % ,证实为AKAV的N基因。将该基因片段亚克隆插入pBAD/ThioTOPO表达载体 ,转化TOP10细胞 ,成功地构建了AKAVN基因重组表达载体。经L araboinose诱导表达 ,可稳定、高效地表达AKAV核蛋白抗原。表达蛋白为融合蛋白 ,分子质量约 4 2 .5ku ,其表达产量约占菌体总蛋白的 2 8% ,融合蛋白中含有AKAV特异性核蛋白抗原 。

水泡性口炎病毒核蛋白基因的克隆和序列分析

目的 对水泡性口炎病毒编码群特异性抗原的N基因进行PCR扩增、克隆和序列分析。方法 将水泡性口炎病毒编码群特异性抗原的N基因片段克隆至pMD18 T载体中 ,构建N基因重组质粒载体。进行PCR及限制性内切酶分析 ,筛选获得N基因插入的阳性克隆。经核苷酸序列分析 ,并与Genbank中的VSV编码核衣壳蛋白N基因序列进行比较。结果 该序列与VSVNewJersey型的 0 9/ 82 HD B株同源性最高 ,核苷酸和推测氨基酸的同源性分别为 98.9%和 98.8% ,有 13个核苷酸差异 ,伴有 5个氨基酸改变 ,第 72位的酪氨酸变为组氨酸 ,第 89位的缬氨酸变为异亮氨酸 ,第 183位的天冬氨酸变为天冬酰胺 ,第 2 0 5位的苯丙氨酸变为亮氨酸 ,第 4 18位的丙氨酸变为缬氨酸 ;与In diana型各株的同源性较低 ,与Glasgow株相比 ,核苷酸和氨基酸的同源性分别为 6 7.9%和 71.6 %。结论 已成功地克隆了水泡性口炎病毒N基因 。

不同组织嗜性传染性支气管炎病毒核衣壳基因的遗传变异性分析

根据GenBank发表的传染性支气管炎病毒 (infectiousbronchitisvirus,IBV)Beaudette毒株核衣壳 (nucleocap sid ,N)基因序列设计一对特异性引物 ,利用RT -PCR方法分别扩增了疫苗毒株IBV -H5 2、嗜腺胃ZJ971株、嗜肾IBV -X和N株的N基因ORF ,并克隆到质粒载体 pBluescriptSK( +) ,测序后用PCgene和DNAStar软件分析。结果显示 :4株IBV的N基因均含有一个长 12 30bp的ORF ,编码一由 40 9个氨基酸残基组成的N蛋白。嗜肾IBV -X和N毒株的N基因存在HindⅢ酶切位点。与来自GenBank的另外 8株IBV比较 ,ZJ971株与它们的N蛋白的核苷酸及氨基酸序列同源性分别在 88 2 %～ 98 6 %和 91 2 %～ 97 8% ;N株则分别为 86 6 %～ 87 4%和90 5 %～ 91 5 % ;X株分别为 86 3%～ 87 4%和 90 0 %～ 91 5 % ;H5 2分别为 90 4%～ 98 3 %和 92 0 %～98 0 %。ZJ971株、N和X株的N基因的突变特点是散在的点突变。嗜腺胃ZJ971株核衣壳蛋白的氨基酸序列的最显著的遗传变异特征是H111D、S117A、V14 2 L、P171A和E4 0 1D ;嗜肾IBV -X和N株核衣壳蛋白的氨基酸序列的最显著的遗传变异特征是A4 6S、A4 8P、L189R、N190 S、E2 2 0 D、I2 2 3A、V2 3 6Y、S2 37K、K2 4 0 Q、Q2 86R、T2 99K、R30 1E、E33 4 D、V33 5E、V336P和T351S。

犬冠状病毒核衣壳蛋白的原核表达及间接ELISA检测方法的建立

以犬冠状病毒(CCV)TN449株为对象,对CCV核衣壳蛋白(N蛋白)编码基因进行克隆和原核表达,通过使用纯化的重组N蛋白,建立了CCV抗体间接ELISA检测方法。结果显示,重组N蛋白具有良好的CCV抗原反应性;经优化ELISA反应条件,确定重组N蛋白最佳包被浓度为1.0μg/m L、待检血清的最佳浓度为1∶100、阴阳性判定临界值为0.418;通过对比检测犬瘟热等多种犬病阳性血清,未发生交叉反应,证实该间接ELISA方法特异性好;用建立的间接ELISA方法对本室保存的50份CCV阳性血清和阴性血清进行复检,证实其符合率为100%。

非典型犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因序列分析及其在大肠杆菌中的表达

为分析当地非典型犬瘟热病毒(CDV)核衣壳蛋白(N)基因的序列特征及其表达产物的抗原性,根据已发表CDV的N基因序列设计引物,用RT-PCR方法从引起非典型症状的CDV细胞培养物中扩增N基因,进行克隆和序列分析,结果表明:该非典型CDV的N基因与已发表的12个CDV强毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在96.6%～99.2%和97.9%～99.4%之间,与已发表的4个CDV疫苗弱毒株的同源性分别在93.2%～93.6%和96.4%～97.5%之间;在N基因系统发育进化树上,非典型CDV与12个强毒株处在同一亚群,而且与9个中国分离毒株的亲缘关系近于3个国外毒株。N基因在大肠杆菌中表达的重组N蛋白的分子量为62 ku,主要以包涵体的形式存在;用western blot分析,重组N蛋白可与CDV阳性血清发生特异性反应;以纯化的重组N蛋白为抗原建立的CDV抗体间接ELISA检测方法具有良好的特异性。

猪繁殖与呼吸综合征病毒N基因的克隆及高效表达

本试验参照GenBank公布的Porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV)VR2332株的核苷酸序列,设计并合成了一对引物,应用RT-PCR方法扩增出了PRRSV的核衣壳蛋白基因(N基因)。在对N基因及pET32a载体双酶切后进行连接,构建了高效原核表达载体pETN。将pETN重组质粒转化BL21(DE3)宿主菌后,对培养条件及诱导表达条件(IPTG最佳浓度、作用时间)等影响表达的因素进行优化,实现了PRRSV核衣壳蛋白基因的高效表达。

水泡性口炎病毒核蛋白基因的表达及初步应用

将水泡性口炎病毒编码群特异性抗原的N基因片段克隆至pMD18 T克隆载体质粒中 ,构建N基因克隆重组质粒 ,进行核苷酸序列分析。然后亚克隆插入pBAD ThioTOPO表达载体 ,经PCR限制性内切酶分析、测序鉴定 ,筛选获得N基因正向插入、有正确读码框的阳性克隆 ,成功构建了水泡性口炎病毒N基因重组表达载体。经L Arabinose诱导表达 ,可稳定、高效地表达N蛋白抗原。SDS PAGE、Westernblotting及间接ELISA试验结果表明 ,表达蛋白为融合蛋白 ,质量约 6 3 5kD ,其表达产量约占菌体总蛋白的 16 % ,相当于 92mg L。融合蛋白中含有水泡性口炎病毒群特异性的核蛋白抗原 ,应用表达的VSV核蛋白抗原建立了酶联免疫吸附试验 ,通过对 186份山羊、豚鼠实验动物人工感染VSV的血清样品和参考血清样品的检测 ,并与微量血清中和试验进行了比较 ,结果表明 :以表达的VSV核蛋白为包被抗原的酶联免疫吸附试验是一种特异性强、敏感性高、快速、简单、安全的检测方法 ,抗原制备成本低。

犬瘟热病毒核蛋白基因的原核表达及其间接ELISA检测方法的建立

应用RT-PCR技术特异扩增出犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)核衣壳蛋白基因(Nucleocapsid pro-tein,N)高度保守序列,克隆至质粒pMD18-T中获得重组质粒pMD18-T-N,测序结果证实了重组质粒的可靠性。将目的片段克隆至大肠杆菌表达载体pGEX-4T-1中谷胱甘肽转移酶(GST)基因的下游,重组质粒转化大肠杆菌BL21株,经1 mmol/L IPTG诱导,N基因融合蛋白获得高效表达。SDS-PAGE电泳分析表明,表达产物的相对分子质量与预期的55 000相符。Western-blot检测表明,表达产物与CDV标准阳性血清呈阳性反应。在此基础上,初步建立了以纯化的N蛋白为包被抗原的间接ELISA检测方法。结果表明,大肠杆菌中表达的CDV N蛋白在免疫原性上与天然N蛋白具有较高相似性,可作为诊断用抗原,从而为进一步开发犬瘟热抗体检测试剂盒以及单克隆抗体、胶体金试纸条奠定了基础。

SARS-CoV核衣壳蛋白的表达与免疫研究

依据GenBank中SARS基因组序列,采用人工合成的方法合成编码SARS病毒N蛋白的全基因(1296bp)序 列,再与设计的CTL特异性表位基因(195bp)重组后,克隆到pET-28a(+)质粒中,重组质粒转化到大肠杆菌BL21 (DE3)中诱导表达。利用SARS患者恢复期阳性血清,鉴定表达蛋白。进一步纯化后免疫马,并用ELISA方法检 测血清抗体效价。结果显示SDS-PAGE表明所表达的蛋白相对分子质量约为55000 Da,与预计大小相符;Western blot显示表达的蛋白具有良好的抗原性和特异性。对表达蛋白形成的包涵体进行洗涤,得到的蛋白纯度可达到 70．1％。切胶纯化免疫马后,获得的抗SARS抗体滴度达1:2560。为亚单位疫苗研制和精制抗SARS抗体免疫制 剂提供基础。

马动脉炎病毒N蛋白基因GST融合表达载体的构建及表达

采用RT-PCR方法扩增出马动脉炎病毒核衣壳蛋白基因ORF7,并将其克隆到pMD18-T载体,构建成重组质粒pMD18-N,在上海生物工程公司测序。结果表明,所克隆的核衣壳蛋白基因序列与EAV NC-002532株的同源性为99%。表明ORF7是EAV基因组内的保守序列,将ORF7亚克隆到原核表达载体pGEX-6P-1中,构建成重组质粒pGEX-6P-N,用pGEX-6P-N转化表达菌株BL21(DE3),诱导表达后SDS-PAGE和Western blotting分析表明,克隆在谷胱苷肽硫转移酶(GST)下游的核衣壳蛋白基因与GST获得了高效融合表达,表达的融合蛋白GST-N分子质量约为40 ku,为马动脉炎病毒病血清学诊断方法的建立奠定了基础。

猫传染性腹膜炎病毒核衣壳蛋白的表达及间接ELISA法的建立

本研究对猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)N蛋白的编码基因进行克隆和原核表达,并在纯化重组N蛋白的基础上,建立了FIPV抗体间接ELISA检测方法。研究结果显示,该重组纯化的N蛋白具有良好的抗原反应性,可用于FIPV阳性血清的筛查,为我国出入境检疫部门监控FIPV疫情提供技术支撑。

鸭肠炎病毒核衣壳蛋白基因的克隆与原核表达

目的：对DEV贵州分离株NP基因进行克隆与序列分析，构建NP基因的原核表达载体，分析NP基因原核表达产物的免疫反应性。方法：根据GeneBank登载的DENNP基因序列设计引物，对DEV贵州分离株进行PCR扩增、克隆和测序，采用生物信息学软件程序分析NP蛋白的氨基酸序列；将该基因插入到原核表达载体pET32a上进行原核表达和Western Blotting分析。结果：DEV贵州分离株NP基因全长759bp，核苷酸序列与参考株一致；NP基因编码蛋白相对分子量为27．1kDa，理论pI为5．89，肽链上第10．15、88．92和182．186区段及其附近区域可能是B细胞表位优势区；构建得到的重组质粒pET32-NP可表达出一条大小约为48kDa的蛋白，且能与兔抗DEN-IgG发生特异性结合。结论：NP基因在DEN基因组中高度保守，其原核表达产物具有良好的免疫反应性。

猪繁殖与呼吸综合征病毒N基因原核表达产物的检测应用

利用猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的原核表达产物,分别建立了检测猪繁殖与呼吸综合征抗体的间接ELISA方法及乳胶凝集试验．对200份血清样品分别应用建立的间接ELISA方法和乳胶凝集试验,及由 IDEXX公司生产的ELISA检测试剂盒进行抗体检测,结果显示,乳胶凝集试验及间接ELISA方法与IDEXX公司试剂盒相比,检出符合率分别达78％和91％．建立的乳胶凝集试验还需改进,而N蛋白-ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,是一种有应用前景的检测方法．

应用SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法检测人工感染雏鸭体内DEV NP基因表达水平

为阐明DEV的感染与致病机理,更深入地研究病原与鸭体的相互关系。将鸭肠炎病毒(DEV)强毒GZ株经腿部肌肉注射感染15日龄雏鸭后,应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法对NP(病毒核衣壳蛋白)基因转录物进行定量,以检测NP基因在雏鸭体内各组织的表达水平。结果显示:NP基因在所检组织中均有表达,感染后3 h即可在肝、脾、脑、胸腺、肾和肺6种组织中检测到NP基因的表达;感染后6 h,除上述组织外还可在十二指肠和盲肠检测出;感染后10 h又可在胸肌和心肌等检测出。不同受检组织检出量有所不同,且在感染后30或48 h达到高峰,持续至96 h,之后均有所下降。

传染性支气管炎病毒T株核衣壳蛋白(N)基因的克隆及部分序列分析

人工合成一双对应于ＩＢＶ－Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ株Ｎ基因ＯＲＦ两侧序列的引物，应用ＲＴ－ＰＣＲ方法，获得肾型传染性支气管炎病毒Ａｕｓｔｒａｌｉａ－Ｔ株核衣壳蛋白基因，长度１．２３ｋｂ，利用引物设计中的ＥｃｏＲ Ｉ位点将其克隆至载体ｐＳＫ（＋）中，对该基因进行限制性酶切分析，结果与已报道的相一致。通过Ｎ基因的Ｃ端部分序列分析及与Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ株、Ｍ４１标准株和日本分离株相比较，结果表明该部分的序列有一定的差异，其同源率分别为８６．８％、８６．８％和８７．３％，推测的氨基酸同源率分别为８７．２％、８７．２％和８８．７％。

犬瘟热病毒小熊猫株核蛋白和融合蛋白基因克隆及序列分析

根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白基因全长1989bp,预测编码662个氨基酸,F蛋白氨基酸序列中含有5个潜在的N-联糖基化位点。聚类分析提示,CDVLP株是一株与CDV强毒株亲源关系很近的毒株。用DNAstar软件对CDVLP株和Onderstepoort弱毒株N蛋白和F蛋白进行了疏水性及抗原表位预测分析。抗原表位差异提示CDVLP毒株N和F蛋白的免疫原性可能要优于Onderstepoort弱毒株。在分子水平上阐明了CDVLP株的N和F蛋白基因更适合作为构建基因疫苗和重组活载体疫苗的目的基因。

猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的克隆与原核表达研究

采用RT-PCR方法自猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组分离出核衣壳蛋白基因(orf 7),克隆到pMD18-T载体构建成重组质粒pMD18N并进行测序比较,结果表明,所克隆的核衣壳蛋白基因序列与PRRSV美洲型ATCC VR-2332株的同源性为100%,表明orf 7 是PRRSV基因组内很保守的序列;将orf 7亚克隆到原核表达载体pGEX-KG,构建成重组质粒pGEX-KGN,用pGEX-KGN转化表达菌株BL21,经SDS-PAGE和 Western-blot分析表明:克隆在谷胱苷肽转移酶(Glutathione S-transferase(GST)下游的核衣壳蛋白基因与GST获得了高效融合表达,表达的融合蛋白GST-N分子量约为41kDa,并且有免疫学反应活性;这为猪繁殖与呼吸综合征的血清学诊断方法的建立打下了基础。

新城疫病毒F_(48)E_8株核衣壳蛋白基因的克隆及其酶切分析

根据已发表的新城疫病毒（ＮＤＶ）核衣壳蛋白（ＮＰ）基因序列，设计合成１对长度为３２ｍｅｒ的引物。ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＮＤＶＦ４８Ｅ８株、Ｕｌｓｔｅｒ株、ＬａＳｏｔａ株的ＮＰ基因，产物经琼脂糖凝胶电泳分析，均呈现１条长１．５ｋｂ左右的特异性带。将Ｆ４８Ｅ８株扩增产物克隆入ｐＵＣ１８载体，经限制性内切酶分析证实为ＮＰ基因。

新城疫病毒V_4株NP基因的克隆及测序

目的 研究新城疫病毒 (NDV)核衣壳蛋白 (NP)基因的生物学作用及其抗人喉鳞癌的作用。方法 以提纯的NDVV4 株基因组RNA为模板 ,化学合成NP基因的特异核苷酸引物 ,RT PCR扩增NP基因cDNA ,得到 1条 1.5kb的DNA带 ,与NDVNP基因大小一致 ,平端连接克隆到pUC119质粒中。结果 阳性克隆经酶切鉴定及序列分析表明已获得NDVV4 株NP基因克隆。结论 将NDVV4 株NP基因碱基序列与已发表的NDVBeaudetteC株、LaSota株、D2 6株的NP基因的碱基序列比较 ,同源性分别为 90 .6 4%、90 .17%、98.0 3% ,氨基酸序列差异率是 4.5 0 %、5 .93%、2 .45 %。NDVV4 株NP基因与已发表的NDVBeaudetteC株、LaSota株、D2 6株的NP基因有所不同 ,但具有高度同源性。