ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟

将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.

DMF水溶液的分子动力学模拟

采用OptimizedPotentialsforLiquidSimulations AllAtom (OPLSAA)模型对 2 98.15KN ,N 二甲基甲酰胺 (DMF)的水溶液进行了分子动力学模拟 ,确定了溶液的径向分布函数 ,统计了不同浓度的DMF水溶液中各形态氢的比例分数 ,并对该温度下的1HNMR数据进行了预测 ,结果与实验值吻合较好 .模拟结果表明 :选用的OPLSAA模型是可靠的 。

DMA水溶液的分子动力学模拟

采用OptimizedPotentialsforLiquidSimulations-AllAtom(OPLSAA)模型对298.15KN,N-二甲基乙酰胺(DMA)的水溶液进行了分子动力学模拟,确定了溶液的径向分布函数,统计了不同浓度的DMA水溶液中各形态氢的比例分数并对该温度下的1HNMR数据进行了拟合.模拟结果表明:选用的OPLSAA模型是可靠的,它能反映DMA水溶液体系本质的势能;并与前期N,N-二甲基甲酰胺(DMF)水溶液的研究结果进行了比较,研究发现:酰胺自身结构和酰胺浓度是影响酰胺水溶液性质的主要因素.