不同PRRSV毒株间ORF1a基因密码子偏爱性差异分析

运用Codon W、ClustalX、TreeView软件及EMBOSS(The European Molecular Biology Open SoftwareSuite)、CIMMiner在线分析软件对选取的29株PRRSV ORF1a基因进行密码子偏爱性聚类分析.CAI、CBI、Fop、Nc、GC3s和GC含量、基因长度等相关性分析显示PRRSV各毒株编码的ORF1a基因密码子偏爱性各有差异,其中Lelystad virus、LV4.2.1、VR-2332、RespPRRS MLV与国内分离的高致病性PRRSV变异株之间差异较大.密码子使用概率聚类分析表明CC-1、NVSL-97-7895、CH-1a、RespPRRS MLV、LV4.2.1、Lelystad virus与高致病性PRRSV变异株距离较远,而国内分离株相互间的聚类距离则较接近,此结果与基于氨基酸序列比对构建的系统进化树图谱基本一致.由此可见,PRRSV病毒ORF1a基因密码子使用偏爱性的差别与病毒的遗传多样性密切相关.

鉴别PRRSV经典、高致病性和类NADC30毒株PCR方法的建立及初步应用

为了建立鉴别猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory virus,PRRSV)经典毒株、高致病性毒株与类NADC30毒株的快速检测方法,根据不同毒株的ORF1a核苷酸序列,设计并合成PRRSV特异性引物。经过引物筛选以及对退火温度、引物浓度的优化,建立了应用1对引物鉴别检测经典、高致病性及类NADC30 PRRSV毒株的PCR方法。该方法的反应体系为20μL,退火温度为58°C,引物含量为10 pmol,对经典毒株、高致病毒株和类NADC30毒株cDNA的最低检出量分别为12.16、138.70和59.30 pg;对猪瘟病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型等的检测均为阴性。进而用建立的PCR方法检测2017-2019年采集的38份PRRSV阳性组织病料,结果PRRSV总检出率为100%,其中类NADC30毒株、高致病性毒株与经典毒株的检出率分别为89.5%(34/38)、26.3%(10/38)和7.9%(3/38),并检测到2种或3种不同PRRSV毒株混合感染样本。该检测结果表明,建立的PCR方法可以用于PRRSV感染临床病例的检测,提示当前河北省部分地区猪场类NADC30毒株已成为优势流行毒株,不同PRRSV毒株的混合感染状态复杂多样。