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C12ORF66对MYCN扩增的高危神经母细胞瘤细胞的活性调控
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作者 贾安娜 战世佳 +4 位作者 张璇 郭金鑫 于永波 郭永丽 常艳 《基础医学与临床》 2024年第3期288-294,共7页
目的探究12号染色体开放阅读框66(C12ORF66)对MYCN扩增神经母细胞瘤(NB)细胞系活性的调控效应。方法通过R2数据库GSE16476和GSE49710数据集,分析MYCN扩增和MYCN非扩增NB细胞中C12ORF66表达量,以及C12ORF66表达量与患儿预后的相关性。RT-... 目的探究12号染色体开放阅读框66(C12ORF66)对MYCN扩增神经母细胞瘤(NB)细胞系活性的调控效应。方法通过R2数据库GSE16476和GSE49710数据集,分析MYCN扩增和MYCN非扩增NB细胞中C12ORF66表达量,以及C12ORF66表达量与患儿预后的相关性。RT-qRCR检测正常组织永生化细胞系、MYCN扩增及MYCN非扩增细胞系中C12ORF66 mRNA表达差异。构建瞬时敲低和稳定敲低C12ORF66的MYCN扩增细胞株,对照组和敲低组细胞进行实时无标记动态细胞分析(RTCA)、集落形成能力检测及Ki67免疫荧光染色。结果R2数据库分析显示MYCN扩增NB患儿样本中C12ORF66表达显著高于MYCN非扩增NB患儿样本,并且C12ORF66表达与患儿预后负相关(P<0.05)。细胞实验表明,与MYCN非扩增细胞系CHLA-255和SH-SY5Y相比,C12ORF66在MYCN扩增细胞系BE(2)-C和SK-N-BE(2)中表达显著升高(P<0.001)。瞬时或稳定敲低C12ORF66,MYCN扩增NB细胞增殖显著减缓(P<0.001),集落形成能力显著降低(P<0.001),Ki67阳性细胞比例显著减少(P<0.05)。结论C12ORF66在MYCN扩增NB患儿样本和细胞系中高表达,且与患儿预后负相关,敲低C12ORF66显著抑制NB细胞活性。 展开更多
关键词 12号染色体开放阅读框66 SK-N-BE(2)细胞 MYCN扩增 细胞增殖
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HEV ORF3 cDNA序列分析及在HepG2细胞的表达
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作者 赵振宇 温雯静 +2 位作者 刘新胜 赵江波 刘晓东 《重庆医学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第23期3034-3036,共3页
目的对构建的HEV新疆株ORF3真核表达载体pcHEV3进行DNA序列分析,并转染HepG2细胞进行表达,为进一步探索ORF3蛋白功能提供基础。方法对HEV ORF3真核表达载体pcHEV3进行DNA测序,分析ORF3蛋白一级结构,脂质体介导法转染HepG2细胞,用免疫荧... 目的对构建的HEV新疆株ORF3真核表达载体pcHEV3进行DNA序列分析,并转染HepG2细胞进行表达,为进一步探索ORF3蛋白功能提供基础。方法对HEV ORF3真核表达载体pcHEV3进行DNA测序,分析ORF3蛋白一级结构,脂质体介导法转染HepG2细胞,用免疫荧光法鉴定ORF3蛋白的表达及细胞内定位。结果 HEV新疆株ORF3蛋白具有保守的PPLP基序,转染HepG2细胞后经免疫荧光鉴定能在细胞内表达。结论构建出HEV ORF3蛋白真核表达重组载体,并能在HepG2细胞表达,为进一步研究HEV ORF3蛋白的功能提供了实验基础。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 开放读码框架 表达载体
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2株微孢子虫热激蛋白Hsp70的ORF研究
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作者 马兰 李灿 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2013年第8期139-143,147,共6页
为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Exp... 为探讨微孢子虫的起源、分类地位及亲缘关系,在系统发育分析的基础上,对家蚕微孢子虫(Nosema.bombycis)和柞蚕微孢子虫(N.antheraeae)Hsp70基因的ORF序列进行克隆、测序,同时将2种微孢子虫的Hsp70基因的ORF序列翻译成氨基酸序列,利用Expasy蛋白质数据库的分析工具和DNAstar软件对其功能进行理论分析和预测。结果表明:家蚕微孢子虫和柞蚕微孢子虫的Hsp70氨基酸序列在N端均有一个高度保守的基序GIDLGTT,另外还有被作为线粒体Hsp70标志的2个保守的基序;氨基酸序列相似性比较结果发现,家蚕微孢子虫广东株Hsp70的蛋白氨基酸序列和家蚕微孢子虫日本株的相似性最近,约为96%。系统发育分析发现,微粒子属和变形虫属有较近的亲缘关系。功能预测表明,2种微孢子虫在信号肽剪切位点、跨膜结构域及糖基化位点、二级结构、亲水性、柔韧性等方面均存在异同。 展开更多
关键词 微孢子虫 热激蛋白70 开放读码框
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脑胶质瘤组织中miR⁃4744、RIOK2表达及其对患者预后的预测价值 被引量:1
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作者 段升强 乔建新 +2 位作者 徐新文 刘熙鹏 张秀峰 《疑难病杂志》 CAS 2023年第6期613-619,共7页
目的分析脑胶质瘤组织中微小RNA⁃4744(miR⁃4744)、右开放阅读框激酶2(RIOK2)表达情况及对患者预后的预测价值。方法纳入2014年12月—2017年11月河北北方学院附属第一医院神经外科收治脑胶质瘤患者102例,术中收集脑胶质瘤组织及相对应的... 目的分析脑胶质瘤组织中微小RNA⁃4744(miR⁃4744)、右开放阅读框激酶2(RIOK2)表达情况及对患者预后的预测价值。方法纳入2014年12月—2017年11月河北北方学院附属第一医院神经外科收治脑胶质瘤患者102例,术中收集脑胶质瘤组织及相对应的癌旁正常组织,实时荧光定量PCR法检测miR⁃4744、RIOK2信使RNA(mRNA)表达水平,免疫组化检测RIOK2蛋白表达。分析脑胶质瘤组织miR⁃4744、RIOK2 mRNA表达水平与患者临床病理特征的关系,miR⁃4744与RIOK2 mRNA表达水平的相关性,miR⁃4744、RIOK2 mRNA表达水平与预后的关系,脑胶质瘤患者预后的影响因素,miR⁃4744、RIOK2 mRNA表达水平对患者术后5年内死亡的预测价值。结果与癌旁组织比较,脑胶质瘤组织中miR⁃4744表达水平明显降低,RIOK2 mRNA和蛋白阳性率均明显升高[t(χ^(2))P=44.282/<0.001、15.538/<0.001、101.868/<0.001];脑胶质瘤组织miR⁃4744、RIOK2 mRNA表达水平与肿瘤分级、远处转移、卡氏功能状态(KPS)评分有关(miR⁃4744:χ^(2)/P=33.443/<0.001、45.773/<0.001、37.920/<0.001,RIOK2:χ^(2)/P=11.453/0.001、16.650/<0.001、16.592/<0.001);脑胶质瘤组织miR⁃4744与RIOK2 mRNA表达水平呈负相关(r/P=-0.636/<0.001);miR⁃4744低表达组患者5年生存率低于miR⁃4744高表达组,RIOK2 mRNA高表达组患者5年生存率低于RIOK2 mRNA低表达组(χ^(2)/P=20.874/<0.001、10.437/0.001);肿瘤分级Ⅲ~Ⅳ级、有远处转移、KPS评分<80分、miR⁃4744低表达、RIOK2 mRNA高表达是脑胶质瘤患者5年内死亡的独立危险因素[HR(95%CI)=2.224(1.297~3.813)、2.442(1.408~4.237)、2.815(1.506~5.261)、2.140(1.173~3.907)、2.114(1.129~3.958)];与存活组比较,死亡组脑胶质瘤组织miR⁃4744表达水平明显降低,RIOK2 mRNA表达水平明显升高(t/P=8.146/<0.001、3.324/0.001);miR⁃4744、RIOK2 mRNA、两者联合预测患者5年内死亡的曲线下面积(AUC)分别为0.752、0.711、0.885,两者联合预测患者5年内死亡的AUC高于单独预测的AUC(Z/P=3.147/0.002、3.531/0.004)。结论脑胶质瘤组织中miR⁃4744呈低表达,RIOK2 mRNA呈高表达,二者呈负相关,共同调控脑胶质瘤患者的病情进展,对患者预后预测具有较高价值。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 微小RNA⁃4744 右开放阅读框激酶2 预后
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单纯疱疹病毒2型潜伏相关转录子蛋白读码框2真核表达载体的构建及其在Vero细胞中的表达 被引量:4
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作者 杨慧兰 赵举峰 +3 位作者 樊建勇 周翠 黄小晏 齐维 《医学研究生学报》 CAS 2008年第9期899-903,I0001,共6页
目的:克隆单纯疱疹病毒2型(HSV-2)潜伏相关转录子蛋白读码框2(LAT ORF2)基因,构建真核表达载体并在真核细胞中表达,用于进一步研究LAT介导的HSV-2潜伏及激活感染机制。方法:以构建成功的pVAX-LAT重组质粒为模板,根据GenBank中HSV-2LATO... 目的:克隆单纯疱疹病毒2型(HSV-2)潜伏相关转录子蛋白读码框2(LAT ORF2)基因,构建真核表达载体并在真核细胞中表达,用于进一步研究LAT介导的HSV-2潜伏及激活感染机制。方法:以构建成功的pVAX-LAT重组质粒为模板,根据GenBank中HSV-2LATORF2基因的核苷酸序列设计引物,并在引物的5′端分别引入KpnⅠ和PstⅠ酶切位点。用PCR特异性扩增LAT基因ORF2片段,PCR产物纯化回收后经KpnⅠ、PstⅠ双酶切,再次回收后产物与同样经双酶切的pcDNA 6/myc-His B质粒进行连接,Amp抗性筛选阳性重组子,双酶切及测序鉴定连接产物。在脂质体介导下瞬时转染Vero细胞,用RT-PCR及SDS-PAGE检测其在Vero细胞中的表达。结果:重组质粒经KpnⅠ和PstⅠ双酶切获得预期大小的两条片段,测序表明ORF2正确,RT-PCR及SDS-PAGE显示转染了重组质粒的Vero细胞内有目的基因及其编码蛋白的表达。结论:成功构建了ORF2-pcDNA6/myc-His B重组质粒,并可在Vero细胞内有效表达。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒2 潜伏相关转录子 开放读码框 重组载体
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RIOK2与食管鳞状细胞癌根治术后患者预后的关系 被引量:1
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作者 王雯 蒲育 赵东利 《国际消化病杂志》 CAS 2021年第5期365-369,共5页
目的探究右开放阅读框激酶2(RIOK2)与食管鳞状细胞癌(ESCC)根治术后患者预后的关系。方法选择2012年4月至2015年6月在西安交通大学第一附属医院就诊的218例ESCC患者作为研究对象。采用蛋白质印迹法检测ESCC组织中RIOK2的表达水平,并分... 目的探究右开放阅读框激酶2(RIOK2)与食管鳞状细胞癌(ESCC)根治术后患者预后的关系。方法选择2012年4月至2015年6月在西安交通大学第一附属医院就诊的218例ESCC患者作为研究对象。采用蛋白质印迹法检测ESCC组织中RIOK2的表达水平,并分析其与患者预后的关系。结果218例ESCC患者的1年、3年和5年生存率分别为77.06%、46.33%和38.53%。生存组RIOK2的表达水平低于死亡组,两组差异有统计学意义(P<0.05)。与低表达RIOK2组比较,高表达RIOK2组的中位生存时间较短,差异有统计学意义(P<0.05)。Cox多因素回归分析结果显示,T分期、N分期、G分期和RIOK2均是ESCC患者预后的独立危险因素(P<0.05)。结论ESCC组织中RIOK2的表达水平与患者的预后有关,其表达水平越高提示患者5年生存率越低。 展开更多
关键词 食管鳞状细胞癌 预后 右开放阅读框激酶2
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上海及新疆地区猪戊型肝炎病毒开放阅读码框架2序列的克隆与分析
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作者 张维谊 鞠厚斌 +2 位作者 刘健 刘佩红 周锦萍 《中国动物传染病学报》 CAS 2010年第4期26-31,共6页
通过已建立的动物戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2(open reading frame 2,ORF2)保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分... 通过已建立的动物戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2(open reading frame 2,ORF2)保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分子生物学软件与47株已知HEV进行同源性、进化关系分析。结果23株序列从同源性比对和进化关系分析均属HEVⅣ型,上海株间507 bp的核苷酸同源性为94.1%~100.0%,与上海猪源(DQ450072)、日本人源Japan1(AB369690)亲缘关系近;3株新疆株507 bp间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%,与新疆猪源China SW1(AY594199)、中国人源T1株(AJ272108)亲缘关系近;上海株与新疆株间的核苷酸同源性为82.6%~100.0%,提示上海株与新疆株间存在差异。23株HEV在时间和地域关系分析,提示不同年份的新疆株存在差异,同年份不同猪场的新疆株进化关系存在差异,不同年份、不同区县的上海株进化关系也存在差异。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 开放读码框架2 序列分析
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2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析 被引量:2
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作者 熊陈勇 尹彦文 +11 位作者 施开创 李军 郑敏 韦显凯 冯淑萍 龙凤 屈素洁 陆文俊 周洪槿 黄海莲 谢守玉 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3099-3111,共13页
【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定... 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) 开放阅读框(orf) E基因 NS5基因 遗传多样性
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人肿瘤关联钙信号转导因子2的生物信息学分析 被引量:1
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作者 张玉洁 孙怡琳 +1 位作者 朱苹 马晓丽 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2020年第6期570-576,共7页
目的人肿瘤关联钙信号转导因子2(TACSTD2)在肿瘤形成过程中的促癌作用越来越受到重视。文中旨在采用生物信息学方法预测TACSTD2的分子结构和生物学功能,为进一步研究TACSTD2的功能提供借鉴。方法获取人源性TACSTD2基因mRNA和蛋白氨基酸... 目的人肿瘤关联钙信号转导因子2(TACSTD2)在肿瘤形成过程中的促癌作用越来越受到重视。文中旨在采用生物信息学方法预测TACSTD2的分子结构和生物学功能,为进一步研究TACSTD2的功能提供借鉴。方法获取人源性TACSTD2基因mRNA和蛋白氨基酸序列,利用生物信息学方法分析TACSTD2蛋白开放阅读框(ORF)、理化性质、信号肽、亚细胞定位,预测TACSTD2蛋白的跨膜结构、二级结构、三级结构、结构域、蛋白修饰位点,最后预测TACSTD2蛋白的互作蛋白并进行相关的通路分析,及TACSTD2在人不同正常组织和肿瘤组织中的mRNA和蛋白表达水平。结果TACSTD2的mR⁃NA序列得到的ORF有12个,最长的ORF是ORF1,共972bp,可编码323个氨基酸。TACSTD2蛋白亲水性的氨基酸要多于疏水性的氨基酸,表明TACSTD2蛋白属于亲水性蛋白。TACSTD2是一种高度保守的碱性分泌蛋白,在胞质内外均有跨膜区。TACSTD2氨基酸序列存在核定位信号(nuclear localization signal,NLS),提示TACSTD2可定位于细胞核。TACSTD2蛋白主要分布在细胞质膜、细胞外、细胞核以及细胞质。二级结构预测结果表明,TACSTD2蛋白主要为环状结构,其次为螺旋结构。TACSTD2蛋白有15个丝氨酸修饰位点,17个苏氨酸修饰位点,8个酪氨酸修饰位点。TACSTD2与Claudin(CLDN)家族蛋白存在蛋白互作。TACSTD2参与以下信号通路:细胞表面受体信号通路、视觉感知细胞增殖、上皮细胞迁移的负调控、上皮细胞增殖的调节、对刺激的反应等。与正常组织比较,TACSTD2的mRNA在宫颈癌、肺癌、甲状腺癌、子宫癌、肝癌、结直肠癌中等肿瘤组织高表达。结论TACSTD2在多种恶性肿瘤中高表达,可通过细胞表面受体信号参与恶性肿瘤细胞的增殖、迁移、粘附等过程,为进一步研究TACSTD2的功能提供借鉴。 展开更多
关键词 人肿瘤关联钙信号转导因子2 开放阅读框 蛋白结构 细胞增殖 生物信息学
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猪圆环病毒2型Cap蛋白在烟草叶绿体中的表达
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作者 林优红 程霞英 +6 位作者 杨东风 姜永厚 邢少辰 韦正乙 韩蕊莲 梁宗锁 杨宗岐 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期350-356,共7页
猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)可读框2(open reading frame 2,ORF2)基因编码具有多个抗原表位的病毒衣壳(Cap)蛋白,能在机体内有效引发免疫反应并产生中和抗体,是预防和治疗猪圆环病毒病(porcine circovirus-associate... 猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)可读框2(open reading frame 2,ORF2)基因编码具有多个抗原表位的病毒衣壳(Cap)蛋白,能在机体内有效引发免疫反应并产生中和抗体,是预防和治疗猪圆环病毒病(porcine circovirus-associated disease,PCVAD)的主要抗原。但Cap蛋白高昂的生产成本限制了它的广泛应用。为了探索Cap蛋白新的生产途径,本研究选择烟草叶绿体为表达平台,构建了ORF2抗原基因烟草叶绿体表达载体pNK-a03,并通过基因枪法(gene biolistics)将表达载体导入烟草叶绿体中。转化植株经PCR和RT-PCR检测,证实ORF2抗原基因已整合进烟草叶绿体基因组中且正常转录。蛋白质印迹检测和ELISA分析表明,Cap蛋白在烟草叶绿体内获得有效表达,具有免疫活性。此外,种子萌发研究结果显示,转基因烟草植株F1代具有aadA抗性,目的基因可正常进行遗传。这些研究结果为探索Cap蛋白的新型表达途径提供了理论基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 可读框2(orf2)基因 衣壳(Cap)蛋白 烟草叶绿体 基因枪转化
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猪圆环病毒2型基因组DNA的结构与功能研究进展 被引量:7
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作者 赵燕 喻正军 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第5期1176-1181,共6页
猪圆环病毒2型(PCV2)是引起猪圆环病毒病相关疾病的主要致病原,可损伤宿主的免疫系统,加剧一些细菌病和病毒病感染的临床症状,在全球养猪业中造成巨大损失。PCV2的基因组DNA含有11个开放阅读框(ORFs),其中至少有7个ORFs编码的蛋白质分... 猪圆环病毒2型(PCV2)是引起猪圆环病毒病相关疾病的主要致病原,可损伤宿主的免疫系统,加剧一些细菌病和病毒病感染的临床症状,在全球养猪业中造成巨大损失。PCV2的基因组DNA含有11个开放阅读框(ORFs),其中至少有7个ORFs编码的蛋白质分子质量大于5ku,但目前只有5种编码的蛋白(Rep、Rep′、Cap、ORF3和ORF4)发现于PCV2复制过程中。作者概述了当前PCV2基因组DNA的结构与功能,阐明PCV2的病原学,为防控PCV2感染提供科学依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2 基因组DNA 开放阅读框 病毒编码蛋白
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Analysis of molecular variation in porcine reproductive and respiratory syndrome virus in China between 2007 and 2012 被引量:2
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作者 Yuhang Cao Hongsheng Ouyang +4 位作者 Mingjun Zhang Fuwang Chen Xin Yang Daxing Pang Linzhu Ren 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2014年第3期183-188,共6页
In the present study, 89 porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV) isolates in China during 2007 to 2012 were randomly selected from the GenBank genetic sequence database. Evolutionary characteristics... In the present study, 89 porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV) isolates in China during 2007 to 2012 were randomly selected from the GenBank genetic sequence database. Evolutionary characteristics of these isolates were analyzed based on the sequences of non-struc-tural protein 2(Nsp2) and glycoprotein 5(GP5). The genetic variations of the isolates were also compared with six representative strains. The results showed that a high degree of genetic diversity exists among the PRRSV population in China. Highly pathogenic PRRSV isolates, with a discon-tinuous deletion of a 30 amino acid residue in the Nsp2 region, remained the most dominant virus throughout 2007–2012 in China. Owing to the extensive use of representative vaccine strains, natu-ral recombination events occurred between strains. Three isolates – HH08, DY, and YN-2011 – were more closely related to vaccine strains than the other isolates. Both YN-2011 and DY were the evolu-tionary products of recombination events between strains SP and CH-1R. The results of the present study provide useful information for the epidemiology of PRRSV as well as for vaccine development. 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 中国 分子变异 PRRSV GENBANK 序列数据库 基因变异 遗传多样性
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Higher Concentrations of Glucose or Insulin Increase the Risk of Various Types of Cancer in Obesity or Type 2 Diabetes by Decreasing the Expression of p27Kip1, a Cell Cycle Repressor Protein 被引量:1
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作者 Isao Eto 《American Journal of Molecular Biology》 2020年第1期1-11,共11页
Research Aims: Obesity and type 2 diabetes are known to be associated with increased risk of various types of cancer. However, the molecular biological mechanism of how the risk of cancer is increased in obesity or ty... Research Aims: Obesity and type 2 diabetes are known to be associated with increased risk of various types of cancer. However, the molecular biological mechanism of how the risk of cancer is increased in obesity or type 2 diabetes is not known. The aim this research is to investigate if the decreased expression of p27Kip1, a cell cycle repressor protein, plays a central role in this mechanism. Research Methods, Previous Studies and Theoretical Backgrounds: It is well known that the expression of p27Kip1 is increased by numerous nutritional or chemopreventive anti-cancer agents. But it has never been known that the expression of p27Kip1 could be decreased, rather than increased, and the risk of cancer could be increased, rather than decreased. This problem was solved recently and this new analytical method was used in this study. Results: 1) The expression of p27Kip1 was indeed significantly decreased in human obese type 2 diabetic individuals relative to the lean normal controls. 2) The expression of p27Kip1 was also significantly decreased in genetically obese rodents relative to the lean normal controls. Additionally, in obese rodents, the concentrations of glucose or insulin were significantly increased relative to the lean normal controls. 3) Using human cells cultured in vitro it was found that the increased concentrations of glucose or insulin decrease the expression of p27Kip1. Conclusions: These results suggest that higher concentrations of glucose or insulin increase the risk of various types of cancer in obesity or type 2 diabetes by decreasing the expression of p27Kip1. 展开更多
关键词 OBESITY Type 2 Diabetes CANCER P27KIP1 MRNA Translation Initiation 5’-Untranslated Region (5’UTR) 5’-End Cap of P27KIP1 MRNA Upstream open reading frame (uorf) Internal RIBOSOME Entry Site (IRES)
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亚砷酸钠所致L-02人肝细胞损伤与p14ARF表达下调及MDM2、 p53表达增加有关 被引量:3
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作者 王甜 赵哲仪 +2 位作者 穆银贵 谢婷婷 罗昭逊 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期507-512,共6页
目的研究亚砷酸钠(NaAsO2)致L-02人肝细胞损伤过程中p14可变读框(p14ARF)、鼠双微基因2(MDM2)和p53的表达变化。方法用(0、5、10、15、20、25)μmol/L NaAsO2分别处理L-02细胞48 h,相差显微镜观察细胞形态变化,CCK-8法检测细胞增殖,异... 目的研究亚砷酸钠(NaAsO2)致L-02人肝细胞损伤过程中p14可变读框(p14ARF)、鼠双微基因2(MDM2)和p53的表达变化。方法用(0、5、10、15、20、25)μmol/L NaAsO2分别处理L-02细胞48 h,相差显微镜观察细胞形态变化,CCK-8法检测细胞增殖,异硫氰酸荧光素标记的膜联素Ⅴ/碘化丙啶(annexinⅤ-FITC/PI)双标记结合流式细胞术检测细胞凋亡,实时荧光定量PCR和Western blot法分别检测p14ARF、MDM2和p53 mRNA及蛋白表达。结果与对照组相比,随着NaAsO2浓度增加,染砷组L-02肝细胞增殖活性逐渐降低,细胞凋亡率逐渐升高,p14ARF mRNA及蛋白水平逐渐降低,MDM2 mRNA及蛋白水平逐渐升高,p53 mRNA水平变化不明显,p53蛋白水平逐渐升高。结论NaAsO2所致L-02肝细胞损伤可能与p14ARF表达下调及p53、MDM2表达的上调有关。 展开更多
关键词 亚砷酸钠(NaAsO2) L-02肝细胞 p14可变读框(p14ARF) 鼠双微基因2(MDM2) P53
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乙醛脱氢酶2基因的可变剪接分析
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作者 夏万松 夏英 +5 位作者 韦四喜 周春欢 杜洪 袁婷 金泳 黄海 《贵州医科大学学报》 CAS 2021年第1期22-26,31,共6页
目的 探讨胃癌细胞中的乙醛脱氢酶2(ALDH2) m RNA发生可变剪接。方法 设计ALDH2基因特异性引物,用胃癌细胞(AGS、HGC-27、MKN45)、正常人胃黏膜上皮细胞GES-1和人外周全血白细胞提取RNA,进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,然后对ALDH... 目的 探讨胃癌细胞中的乙醛脱氢酶2(ALDH2) m RNA发生可变剪接。方法 设计ALDH2基因特异性引物,用胃癌细胞(AGS、HGC-27、MKN45)、正常人胃黏膜上皮细胞GES-1和人外周全血白细胞提取RNA,进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,然后对ALDH2扩增产物进行测序分析;使用DNAStar软件分析ALDH2变异体(V)的开放阅读框(ORF)。结果 ALDH2变异体1(V1)外显子2和外显子4发生可变剪接,V1外显子1的3’端和外显子3的5’端3个不同的位点发生可变剪接,V1存在8个长度超过100氨基酸的ORF。结论 ALDH2 m RNA存在多种可变剪接形式,提示其存在复杂的蛋白表达功能。 展开更多
关键词 胃肿瘤 胃肿瘤细胞 乙醛脱氢酶2 可变剪接 变异体 开放阅读框
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单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体基因ORF真核表达载体的构建及表达 被引量:1
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作者 杨慧兰 齐维 +1 位作者 樊建勇 赵举峰 《中国皮肤性病学杂志》 CAS 北大核心 2009年第11期721-723,共3页
目的构建单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体基因ORF片段真核表达载体,并在Vero细胞中进行表达。方法用PCR方法从已成功构建的pVAX-LAT重组质粒中扩增潜伏相关转录体基因ORF片段,克隆到pcDNA6/myc-his B质粒中,构建pcDNA-ORF重组质粒,双酶... 目的构建单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏相关转录体基因ORF片段真核表达载体,并在Vero细胞中进行表达。方法用PCR方法从已成功构建的pVAX-LAT重组质粒中扩增潜伏相关转录体基因ORF片段,克隆到pcDNA6/myc-his B质粒中,构建pcDNA-ORF重组质粒,双酶切及测序鉴定其正确性。以脂质体法瞬时转染Vero细胞,并用RT-PCR和Western blot检测其表达。结果双酶切及测序表明ORF片段大小及序列均正确,RT-PCR及Western blot显示重组质粒在Vero细胞中得到了表达。结论成功构建了pcDNA-ORF重组质粒,并可在Vero细胞内有效表达。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒Ⅱ型 潜伏相关转录体 蛋白读码框 真核表达
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口蹄疫病毒WFL株ORF基因真核表达质粒的构建及病毒的拯救
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作者 任林柱 王兴龙 +2 位作者 崔丽瑾 张辉 孟柯音 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期27-31,共5页
构建了FMDVWFL株ORF(open reading frame)基因真核表达质粒pEGFP-C1-A3I3,并进行了表达研究和共转染研究。结果发现,该质粒可以在BHK-21细胞中表达。将其与体外转录获得的FMDV RNA共转染BHK-21细胞后,用夹心ELISA、RT-PCR法以及电镜观... 构建了FMDVWFL株ORF(open reading frame)基因真核表达质粒pEGFP-C1-A3I3,并进行了表达研究和共转染研究。结果发现,该质粒可以在BHK-21细胞中表达。将其与体外转录获得的FMDV RNA共转染BHK-21细胞后,用夹心ELISA、RT-PCR法以及电镜观察证明共转染后的细胞培养液中有病毒粒子,且病毒量高于单独转染RNA所得病毒量。证明用FMDV基因组真核表达质粒与其基因组体外转录RNA共转染敏感细胞可提高拯救病毒的数量。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 开放性阅读框 真核表达 反向遗传技术 拯救
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酵母基因组中ORF数目与长度的关系
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作者 冯立芹 《生物信息学》 2011年第1期32-34,共3页
根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比... 根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设。进一步根据Г(α,β)分布估算了酵母基因组蛋白质编码序列的数目为5870个。该结果对于基因注释具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 基因组 开阅读框架(orf) Г(α β)分布
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木尔坦棉花曲叶病毒“C4 ORF”编码蛋白对病毒致病性的影响
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作者 郑信诗 尚鹏祥 +3 位作者 李景远 丁新伦 吴祖建 张洁 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2095-2104,共10页
【目的】通过分析发现木尔坦棉花曲叶病毒(cotton leaf curl Multan virus,CLCuMuV)C4开放阅读框(open reading frame,ORF)附近可编码3个不同大小的蛋白,而NCBI数据库登录的CLCuMuV各个分离物编码的C4蛋白大小也不尽相同,本研究试图通... 【目的】通过分析发现木尔坦棉花曲叶病毒(cotton leaf curl Multan virus,CLCuMuV)C4开放阅读框(open reading frame,ORF)附近可编码3个不同大小的蛋白,而NCBI数据库登录的CLCuMuV各个分离物编码的C4蛋白大小也不尽相同,本研究试图通过分析该3个假定的“C4 ORF”编码蛋白对病毒致病性的影响,以明确CLCuMuV C4蛋白ORF的确切定位。【方法】根据双生病毒编码蛋白的保守性,在CLCuMuV C4 ORF附近查找到3个大小不等的ORF,分别标记为C4-L(567 nt)、C4-M(546 nt)和C4-S(303 nt)。利用同源重组的方法将该3个ORF分别构建到PVX异源表达载体,通过农杆菌介导的植物接种法,分析PVX介导的3个蛋白在本氏烟表达对本氏烟症状的影响。利用同源重组的方法构建CLCuMuV野生型及C4-L或C4-S缺失突变型的侵染性克隆,同样通过农杆菌介导的植物接种法,分别与其伴随DNA-β分子的侵染性克隆接种本氏烟,分析C4-L或C4-S缺失对CLCuMuV致病性的影响,并利用Southern blot和Western blot分别对接种烟草的病毒基因组的积累量和病毒C4蛋白的表达量进行分析。同时利用Gateway系统载体对C4-L和C4-S蛋白在本氏烟叶片表皮细胞中的亚细胞定位进行分析。【结果】PVX异源表达载体接种本氏烟,结果发现PVX-C4-L和PVX-C4-S接种的本氏烟叶片卷曲、叶柄伸长,并且PVX-C4-S症状更重,而PVX-C4-M接种的本氏烟症状较轻或基本无症状,Western blot试验也在PVX-C4-L和PVX-C4-S接种组检测到了C4蛋白的表达,说明C4-S ORF编码的蛋白对PVX异源病毒的致病性影响最大。侵染性克隆接种本氏烟,结果发现野生型(CLCuMuV)和C4-L突变型(CLCuMuV-ΔL)接种的本氏烟叶片皱缩增生、叶柄和茎秆扭曲,而C4-S突变型(CLCuMuV-ΔS)和对照组(Mock)接种的本氏烟未显示任何症状,并且前两者的植株高度明显矮于后两者,同时Southern blot试验在CLCuMuV和CLCuMuV-ΔL接种的本氏烟中均检测到大量病毒基因组的积累,而Western blot试验也在其中检测到C4蛋白的表达,说明C4-S ORF编码的蛋白在CLCuMuV诱导寄主产生症状过程中起关键作用。亚细胞定位发现YFP-C4-L主要定位在本氏烟叶片表皮细胞的叶绿体,YFP-C4-S则定位在细胞膜或细胞质周边,并有点状聚集体结构。【结论】C4-S ORF编码的蛋白对CLCuMuV的侵染必不可少,而C4-L和C4-M ORF编码的蛋白对CLCuMuV的侵染不是必需。 展开更多
关键词 木尔坦棉花曲叶病毒 C4开放阅读框 致病性
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The ORF 113 of Heliocoverpa armigera Single Nucleopolyhedrovirus Encodes a Functional Fibroblast Growth Factor 被引量:2
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作者 Xiang LI Chang-yong LIANG Jian-hua SONG Xin-wen CHEN 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2008年第5期321-329,共9页
Fibroblast growth factor (FGF) is a key regulator of developmental processes. A FGF homolog (vFGF) is found in all lepidopteran baculoviruses. Autographa californica nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) and Bombyx mori NPV (... Fibroblast growth factor (FGF) is a key regulator of developmental processes. A FGF homolog (vFGF) is found in all lepidopteran baculoviruses. Autographa californica nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) and Bombyx mori NPV (BmNPV) vFGFs are chemotactic factors. Here we analyzed the vfgf of Helicoverpa armigera NPV (HearNPV), a group II NPV. The HearNPV vfgf transcripts were detected from 18 to 96 h post-infection (hpi) of Hz-AM1 cells with HearNPV and encoded a 36 kDa protein, which was secreted into the culture medium. HearNPV vFGF had strong affinity to heparin, a property important for FGF signaling via an FGF receptor. Unlike its AcMNPV homolog, HearNPV vFGF specially chemoattracted Hz-AM1, but not other insect cells such as Sf9 and Se-UCR and not the mammalian cells 293 and HepG2. HearNPV vFGF is also associated with the envelope of BV but is absent in occlusion-derived virus, which coordinated to the chemotatic activity analysis. 展开更多
关键词 棉铃虫 成纤维细胞 预防措施 杆状病毒
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