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Fluorescence-based Multiplex PCR-Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) Analysis of 16S Ribosomal DNA Using Capillary Electrophoresis 被引量:4
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作者 高鹏 韩英 +6 位作者 许国旺 赵春霞 戴兵 李萍 王运铎 温杰 徐维家 《Journal of Microbiology and Immunology》 2004年第2期93-98,共6页
The rRNA genetic locus is found in all prokaryotic organisms, and is highly conservative, although its relatively stable variations are found frequently in different bacteria. The utility of this locus as a taxonomic ... The rRNA genetic locus is found in all prokaryotic organisms, and is highly conservative, although its relatively stable variations are found frequently in different bacteria. The utility of this locus as a taxonomic and phylogenetic tool has been reported widely. This study, aimed at 16S rRNA gene (16S rDNA) and with the help of biomolecular methods, attempted to achieve the goal of rapid identification of common pathogens. In this study, 333 clinical isolated pathogenic bacteria were collected. Two pairs of primers were chosen and labeled with different fluorescent dyes and then used to amplify the genomic DNA extracted from bacteria. The PCR products were then detected by capillary electrophoresis-single strand conformation polymorphism (CE-SSCP). In order to pursue higher resolution and peak-separation effect, a high efficient separating medium, liner polyacrylamidedel (LPA), was put to use in this study. Finally, every bacteria colony generated distinct patterns from each other, which were easily to be used for identification. These results indicated that PCR-CE-SSCP was a rapid identification method for bacterial identification, with the aspects of high efficiency and high precision. Compared with traditional method, this technology is of great utility for clinical use especially for its high sensitivity. 展开更多
关键词 S rRNA gene Pathogenic bacteria Polymerase chain reaction Capillary electrophoresis single strand conformation polymorphism
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Single nucleotide polymorphisms in the CDH17 gene of colorectal carcinoma 被引量:2
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作者 Ren-Yin Chen Juan-Juan Cao +4 位作者 Juan Chen Jian-Ping Yang Xiao-Bo Liu Guo-Qiang Zhao Yu-Feng Zhang 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第48期7251-7261,共11页
AIM:To investigate the relationship between c.343A>G and c.2216A>C polymorphism sites in the CDH17 gene and colorectal carcinoma.METHODS:Ninety-three non-consanguineous colorectal carcinoma patients admitted to ... AIM:To investigate the relationship between c.343A>G and c.2216A>C polymorphism sites in the CDH17 gene and colorectal carcinoma.METHODS:Ninety-three non-consanguineous colorectal carcinoma patients admitted to the Department of Oncology at the First Affiliated Hospital of Zhengzhou University were included in this study.Ninety-three peripheral venous blood samples,of approximately one milliliter from each patient,were collected betweenDecember 2009 and August 2010.The genomic DNA of these peripheral venous blood samples were extracted and purified using a Fermentas Genomic DNA Purification Kit(Fermentas,CA) according to the manufacturer' s protocol.The single nucleotide polymorphisms(SNPs) of the liver-intestine cadherin(CDH17) gene c.343A>G and c.2216A>C were determined by the polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism method(PCR-SSCP) in 93 peripheral venous blood samples from patients suffering with colorectal carcinoma.Typical samples that showed different migration bands in SSCP were confirmed by sequencing.Directed DNA sequencing was used to check the correctness of the genotype results from the PCR-SSCP method.RESULTS:There was a significant association between the c.2216 A>C SNPs of the CDH17 gene and the tumor-node-metastasis(TNM) grade,as well as with lymph node status,in 93 peripheral venous blood samples from colorectal carcinoma patients.The genotype frequencies of A/C,A/A,and C/C were 12.90%,33.33% and 53.76%,respectively.There was a significant correlation between lymph node metastasis,TNM grade,and the genotype distribution(P < 0.05).The C/C genotype raised the risk of lymph node metastasis and the TNM grade.There was a significant difference in the TNM grade and lymph node metastasis between the A/A and C/C genotypes(P = 0.003 and P = 0.013,respectively).Patients with colorectal carcinoma carrying the C allele tended to have a higher risk of lymph node metastasis and have a higher TNM grade.The difference between the TNM grades,as well as the lymph node metastasis of the two alleles,was statistically significant(P < 0.01).CONCLUSION:The SNPs of the CDH17 gene c.2216 A>C might be clinically important in the prognosis of colorectal carcinoma. 展开更多
关键词 single nucleotide polymorphisms Liver-intestine cadherin Colorectal carcinoma Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism method
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Application of PCR-SSCP in detecting rpoB drug resistant gene polymorphism of M. tuberculosis L-form from pneumoconiosis patients with tuberculosis
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作者 陆军 江姗 郑昭 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2006年第5期330-332,共3页
Objective: To study the relationship between the polymorphism of drug resistant gene rpoB and drug resistance against rifampicin(RFP) of M. tuberculosis L-forms, and to evaluate its clinical application. Methods: A to... Objective: To study the relationship between the polymorphism of drug resistant gene rpoB and drug resistance against rifampicin(RFP) of M. tuberculosis L-forms, and to evaluate its clinical application. Methods: A total of 52 clinical isolated strains of M. tuberculosis L-forms were collected. rpoB gene polymorphism was analyzed by polymerase chain reaction and single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and conventional antimicrobial susceptibility test (AST). Their results were compared. Results: AST results showed that 38 of 52 clinical isolated strains were drug resistance (73.08%),while PCR-SSCP indicated 65.38% (32/52) rpoB gene polymorphism. There was no statistic significance(χ2= 2.4914) between the 2 methods. Conclusion:Combined the application of PCR-SSCP with AST in detecting rpoB drug resistant gene polymorphism of M. tuberculosis L-form from pneumoconiosis patients with tuberculosis may have advantages at earlier diagnosis and guidance of clinical medications. 展开更多
关键词 PNEUMOCONIOSIS TUBERCULOSIS M. TUBERCULOSIS L-FORM drug-resistance RPOB polymerase chain reaction and single-strand conformation polymorphism antimicrobial susceptibility test
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Interleukin-10 promoter polymorphisms in patients with hepatitis B virus infection or hepatocellular carcinoma in Chinese Han ethnic population 被引量:9
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作者 Juan Wang, Hong Ni, Li Chen and Wen-Qin Song College of Life Sciences, Nankai Umversity, Tianjin 300071. China and College of Life Sciences, Shenzhen University, Shenzhen 518060, China 《Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International》 SCIE CAS 2006年第1期60-64,共5页
BACKGROUND: Since single nucleotide polymorphisms (SNPs) can serve as gene markers, polymorphism profiles may help scientists to identify the full collection of genes that contribute to the development of complex dise... BACKGROUND: Since single nucleotide polymorphisms (SNPs) can serve as gene markers, polymorphism profiles may help scientists to identify the full collection of genes that contribute to the development of complex diseases such as cancer. The distribution of interleukin-10 (IL-10) promoter polymorphisms in Chinese Han ethnic patients with hepatitis B virus (HBV) infection and hepatocellular carcinoma (HCC) was investigated in this study. METHODS: The polymorphisms of IL-10 promoter region were detected by pulymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and sequencing. Sixty-six health controls, 42 patients with HBV infection, 30 HCC patients, and cell line SMMC-7721 were examined this way. RESULTS: Polyrnorphisms of T/C or T/N on-872 site occurred frequently in Han ethnic population. Pulyrnorphisms were detected in HBV and HCC patients and cell line SMMC-7721. The hotspot among the pulymorphisms was inserting base A between-1058 and-1057. CONCLUSION: Polymorphisms of IL-10 promoter in HBV and HCC patients may be associated with HBV infection and HCC development. 展开更多
关键词 INTERLEUKIN-10 polymorphisms on promoter region polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism hepatitis B virus carcinoma hepatocellular
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Poly(ADP-ribose) polymerase-1 gene polymorphism in various Chinese nationalities
5
作者 Hairong Liang Junli Shao +4 位作者 Yuting Gao Linhua Liu Juanxiu Dai Yun He Huanwen Tang 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2011年第9期699-705,共7页
Poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1) can exacerbate ischemic brain injury and lessen ischemic neuronal death, which may be associated with PARP-1 polymorphisms. The present study investigated human PARP-1 gene ... Poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1) can exacerbate ischemic brain injury and lessen ischemic neuronal death, which may be associated with PARP-1 polymorphisms. The present study investigated human PARP-1 gene polymorphisms in various Chinese nationalities, the results of which could potentially help in the treatment and prevention of neurologic diseases. Genetic polymorphisms of seven exons in the PARP-1 gene, in 898 Chinese Han, Buyi, Shui, Miao, and Zhuang subjects, were investigated by PCR-single-strand conformation polymorphism. A single-strand conformation polymorphism variant in exons 12, 13, 16, and 17 of the PARP-1 gene was identified in 148 people, with two stationary bands showing three degenerative single strands. Results showed that the PARP-1 gene polymorphisms exist in various nationalities, and may act as a biomarker for susceptibility to disease. 展开更多
关键词 poly (ADP-ribose) polymerase-1 genetic polymorphism pcr-single-strand conformation polymorphism
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An automated fluorescent single strand conformation polymorphism technique for high throughput mutation screening
6
作者 翁建平 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2001年第11期27-30,104,共5页
Objective To develop a high throughput mutational detection method by mutiple fluorescence-labeled polymerase chain reaction(PCR)products.Methods A total of 27 known mutations including 22 substitutions,3 insertions(1... Objective To develop a high throughput mutational detection method by mutiple fluorescence-labeled polymerase chain reaction(PCR)products.Methods A total of 27 known mutations including 22 substitutions,3 insertions(1,2 and 7 bp)and 2 deletions(1 and 2 bp)in the hepatocyte nuclear factor(HNF)-4α,glucokinase and HNF-1α genes were tested.During nested PCR,amplified fragments were labeled with three fluorescent dyes.PCR products were visualized with an ABI-377 fluorescence sequencer using 5% glycerol or 10% sucrose in nondenaturing gel conditions.Results Twenty-five of 27 variants(93%)could be detected by combining 5% glycerol and 10% sucrosegel matrix conditions.Twenty-two of 27(82%)and 18 of 27(67%)variants were identified using 5%glycerol and 10% sucrose conditions,respectively.Conclusion This fluorescence-based PCR single strand conformation polymorphism technique represents a simple,non-hazardous,time-saving and sensitive method for high throughput mutation detection. 展开更多
关键词 genetics ·mutation · single strand conformation polymorphism ·electrophoresis · fluorescent label
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ADD1基因PCR-SSCPs标记与猪肌内脂肪含量及背膘厚的关系 被引量:22
7
作者 陈杰 赵茹茜 +2 位作者 杨晓静 佟辉 刘红林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期66-69,共4页
采用PCR SSCPs方法在苏太猪脂肪细胞定向分化因子 1(ADD1)基因第 347和 374位点发现单核苷酸多态性(SNP) ,分别为ADD1第 90和 99位氨基酸密码子的第 3位碱基 ,但这两个位点碱基的替换均没有引起氨基酸序列的变化。通过对 10 0头苏太猪... 采用PCR SSCPs方法在苏太猪脂肪细胞定向分化因子 1(ADD1)基因第 347和 374位点发现单核苷酸多态性(SNP) ,分别为ADD1第 90和 99位氨基酸密码子的第 3位碱基 ,但这两个位点碱基的替换均没有引起氨基酸序列的变化。通过对 10 0头苏太猪肥育猪背最长肌中肌内脂肪含量的相关分析 ,发现杂合子AB肌内脂肪含量最高 ,极显著地高于AA纯合子 (P <0 0 1) ,BB纯合子肌内脂肪含量介于AB和AA之间 ,并有高于AA纯合子的趋势 (P =0 11)。各基因型间背膘厚没有显著差异。提示ADD1基因该位点上的PCR SSCPs可能作为选择肌内脂肪含量 。 展开更多
关键词 脂肪细胞定向分化因子1 ADD1 基因 肌内脂肪 pcr-单链构型多态性 背膘厚
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猪食道口线虫ITS-1和ITS-2rDNA的PCR-SSCP分析 被引量:13
8
作者 林瑞庆 张新高 +4 位作者 胡友兰 李国清 翁亚彪 宋慧群 朱兴全 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期323-326,331,共5页
以采自我国不同地区猪体的食道口线虫虫株为研究对象,PCR扩增出ITS-1和ITS-2序列片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)方法分析PCR产物,对不同地区食道口线虫进行分子鉴定。所有样品经SSCP分析显示两种带型,第一种为有齿食道口线虫带型,... 以采自我国不同地区猪体的食道口线虫虫株为研究对象,PCR扩增出ITS-1和ITS-2序列片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)方法分析PCR产物,对不同地区食道口线虫进行分子鉴定。所有样品经SSCP分析显示两种带型,第一种为有齿食道口线虫带型,另一种为未定种食道口线虫带型。代表性样品的测序结果表明,未定种食道口线虫带型的样品为四棘食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪四棘食道口线虫的ITS序列,并建立了区分有齿食道口线虫和四棘食道口线虫的PCR-SSCP方法,从而为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 食道口线虫 ITS-1 ITS-2 单链构象多态性(SSCP)
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二花脸猪FSHR座位PCR-SSCP标记与产活仔数的关系 被引量:14
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作者 陈杰 刘红林 +1 位作者 姜志华 吴彦宁 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期53-56,共4页
采用PCR SSCP (PCR 单链构型多态性 )作为遗传标记 ,对二花脸猪促卵泡素受体 (FSHR)基因座位与产活仔数性状的关系进行了研究。结果表明 ,PCR SSCP分型共产生 2种等位基因 ,3种基因型。对不同标记基因型的二花脸猪群头胎产活仔数、头三... 采用PCR SSCP (PCR 单链构型多态性 )作为遗传标记 ,对二花脸猪促卵泡素受体 (FSHR)基因座位与产活仔数性状的关系进行了研究。结果表明 ,PCR SSCP分型共产生 2种等位基因 ,3种基因型。对不同标记基因型的二花脸猪群头胎产活仔数、头三胎产活仔数之和 ,及最高产活仔数进行单因子方差分析 ,发现该标记座位与最高产活仔数显著相关 ,其贡献率达 10 9%。基因效应分析表明 ,等位基因B的加性效应值为 0 37头 ,等位基因A的加性效应值为 - 0 6 0头。 展开更多
关键词 二花脸猪 促卵泡素受体(FSHR) pcr-单链构型多态性 产活仔数
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应用RT/PCR-SSCP法分析传染性法氏囊病病毒的变异性 被引量:7
10
作者 王永山 周宗安 +3 位作者 高健 刁振宇 邓小昭 罗函禄 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期321-323,共3页
根据传染性法氏囊病病毒 ( IBDV) c DNA序列 ,在病毒 VP2区域设计 1对引物 ,应用 RT/PCR-SSCP方法对 4个不同时间及不同地域从传染性法氏囊病 ( IBD)病鸡法氏囊组织中分离的 IBDV分离物进行了分析 ,发现 4个 IBDV分离物的 SSCP图谱均存... 根据传染性法氏囊病病毒 ( IBDV) c DNA序列 ,在病毒 VP2区域设计 1对引物 ,应用 RT/PCR-SSCP方法对 4个不同时间及不同地域从传染性法氏囊病 ( IBD)病鸡法氏囊组织中分离的 IBDV分离物进行了分析 ,发现 4个 IBDV分离物的 SSCP图谱均存在明显差异。本试验表明 ,IBDV变异在我国普遍存在 ,SSCP方法可用于 IBDV的变异性分析。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 变异性 RT/pcr-SSCP 鸡病
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PCR-SSCP及克隆测序法研究燃煤型砷中毒患者p53基因突变与皮肤癌的关系 被引量:7
11
作者 潘雪莉 张爱华 +1 位作者 黄晓欣 蒋宪瑶 《环境与职业医学》 CAS 北大核心 2004年第5期360-363,共4页
[目的 ]分析燃煤型砷中毒患者外周血中p5 3基因突变情况。 [方法 ]采用聚合酶链反应 单链构象多态性(PCR -SSCP)技术对 60例燃煤型砷中毒患者外周血中p5 3基因 5~ 8外显子的突变情况进行初筛 ,并进一步克隆测序 ,以确定突变位点及类型... [目的 ]分析燃煤型砷中毒患者外周血中p5 3基因突变情况。 [方法 ]采用聚合酶链反应 单链构象多态性(PCR -SSCP)技术对 60例燃煤型砷中毒患者外周血中p5 3基因 5~ 8外显子的突变情况进行初筛 ,并进一步克隆测序 ,以确定突变位点及类型。 [结果 ]癌变组p5 3基因突变率为 3 0 % ( 3 /10 ) ;癌前组为 16.67% ( 2 /12 ) ;一般病变组未发现突变 ( 0 /3 8)。对筛查出来的 5例突变阳性者进行克隆测序 ,突变均为G :C→A :T的转换 ,分别位于密码子 14 3、14 6及 15 1。[结论 ]燃煤型砷中毒患者外周血中p5 3基因突变的检出 。 展开更多
关键词 P53基因突变 燃煤型砷中毒 患者 外周血 皮肤癌 pcr-SSCP 克隆测序 密码子 外显子 发现
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绵羊PRNP等位基因PCR-SSCP分析条件的优化 被引量:4
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作者 赵春林 王川 +2 位作者 吴润 李发弟 柳纪省 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期721-727,共7页
为进行绵羊PRNP等位基因密码子136、154、171的多态性研究,建立适合于绵羊PRNP等位基因开放阅读框(ORF)内高变区PCR-SSCP分析方法,对凝胶浓度、交联度、甘油浓度、电泳电压、电泳时间、PCR产物与变性缓冲液比例、电泳缓冲液浓度、上样... 为进行绵羊PRNP等位基因密码子136、154、171的多态性研究,建立适合于绵羊PRNP等位基因开放阅读框(ORF)内高变区PCR-SSCP分析方法,对凝胶浓度、交联度、甘油浓度、电泳电压、电泳时间、PCR产物与变性缓冲液比例、电泳缓冲液浓度、上样量等影响因素进行了优化试验。在优化中引入了正交试验法,以使优化过程简化,结果可靠。结果表明,交联度49∶1、甘油浓度0%、凝胶浓度12%、电泳电压200 V、PCR产物上样量≥2.0μL且<4.0μL、PCR产物与变性缓冲液比例1∶4、0.5×TBE缓冲液及4℃电泳45 h为最佳试验条件,据此建立了绵羊PRNP等位基因136、154、171密码子的PCR-SSCP分析方法。 展开更多
关键词 绵羊 PRNP等位基因 聚合酶链式反应-单链构象多态性 正交试验 分析条件优化
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常见食源性感染致病菌属、种用PCR-RFLP及PCR-SSCP技术鉴定探讨 被引量:4
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作者 洪帮兴 江丽芳 +3 位作者 胡玉山 方丹云 陶剑平 晏辉钧 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期151-155,共5页
【目的】探讨运用聚合酶链反应邛艮制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)进行食源性感染常见致病菌属种鉴定的可行性。【方法】选择细菌23S rDNA基因作为鉴别细菌属的靶基因,通过设计合适的通... 【目的】探讨运用聚合酶链反应邛艮制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)进行食源性感染常见致病菌属种鉴定的可行性。【方法】选择细菌23S rDNA基因作为鉴别细菌属的靶基因,通过设计合适的通用引物进行PCR扩增,并对13属食源性感染常见致病菌和5种不同血清型大肠杆菌扩增产物的酶切片段进行RFLP分析和SSCP分析。【结果】运用通用引物可以扩增出13 属食源性感染常见致病菌的23S rDNA基因HpaⅡ酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱,利于进行细菌属的鉴定。不同种属食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大,不利于进行种属间鉴别。对5种不同血清型大肠杆菌的23S rDNA基因扩增产物的RFLP和SSCP分析表明,不同血清型大肠杆菌表现出相似的RFLP图谱。SSCP图谱的变异性较大,这有利于进行血清型间鉴别甚至株间的鉴别。【结论】PCR-RFLP和PCR-SSCP具有应用于食源性感染常见致病菌种、属鉴别诊断的潜力。 展开更多
关键词 23S RDNA 限制性片段长度多态性 单链构象多态性 聚合酶链反应 食源性感染
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绵羊LHR基因PCR-SSCP多态性与繁殖性状的关联分析 被引量:4
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作者 王利红 高勤学 +3 位作者 张伟 靳春方 李玉春 王锋 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期362-369,共8页
通过聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测绵羊品种(湖羊、晋中绵羊和陵川半细毛羊)促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性,并研究该基因多态性对湖羊性早熟和产羔数的... 通过聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测绵羊品种(湖羊、晋中绵羊和陵川半细毛羊)促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性,并研究该基因多态性对湖羊性早熟和产羔数的影响。结果表明:在6对引物扩增产物中,只有引物P2和P6的扩增片段具有多态性,引物P2扩增区存在2种基因型,分别为LL和LM型,在3个绵羊品种中均未检测到MM型;引物P6扩增区存在6种不同的SSCP带型,经序列比对分析存在T2053A、A2044T和G2003A的错义突变。湖羊和晋中绵羊P2扩增区基因型分布差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊均存在极显著差异(P<0.01);P6扩增区的2 053、2 044、2 003位点各基因型分布在湖羊和晋中绵羊间差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊间存在显著差异。P2扩增位点仅陵川半细毛羊的基因分布不符合哈迪-温伯格定律;P6扩增区湖羊和晋中绵羊在各突变位点的等位基因频率处于群体平衡状态,陵川半细毛羊除2 003突变位点基因分布处于群体不平衡状态外,其余突变位点的等位基因频率分布符合哈迪-温伯格定律;LHR外显子11区不同基因型湖羊各胎次产羔数差异不显著(P>0.05),表明LHR外显子11对湖羊的性早熟和高繁殖力性状没有显著影响。 展开更多
关键词 促黄体素受体基因 聚合酶链式反应-单链构象多态性 繁殖力 湖羊 晋中绵羊 陵川半细毛羊
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PCR-SSCP检测非霍奇金淋巴瘤患者骨髓克隆性T细胞受体基因重排及其临床意义 被引量:7
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作者 徐兵 田红 周淑芸 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期397-400,共4页
背景与目的:进一步了解非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkinslymphoma,NHL)患者骨髓标本克隆T细胞受体(Tcellreceptor,TCR)基因重排情况及临床意义。方法:应用聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)联合单链构象多态性(single-strandconfor... 背景与目的:进一步了解非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkinslymphoma,NHL)患者骨髓标本克隆T细胞受体(Tcellreceptor,TCR)基因重排情况及临床意义。方法:应用聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)联合单链构象多态性(single-strandconformationpolymorphism,SSCP)分析43例NHL患者骨髓标本TCRVγI-Jγ基因重排情况。结果:43例NHL患者有26例(60.5%)存在克隆性TCRVγI-Jγ基因重排。16例骨髓形态学检查未发现淋巴瘤细胞浸润者中有3例(18.8%)发现克隆性TCRVγI-Jγ基因重排,此3例患者分别于4~9个月后行骨髓形态检查时发现淋巴瘤细胞浸润;27例骨髓形态学检查有淋巴瘤细胞浸润者有23例(85.2%)存在克隆性TCRVγI-Jγ基因重排阳性。26例PCR扩增阳性病例经SSCP分析发现7例(26.9%)存在寡/亚克隆重排。7例存在寡/亚克隆重排患者经3~11个月有5例(71.4%)发展为白血病,存在寡/亚克隆重排NHL患者1年内转化为白血病的发生率显著高于无寡/亚克隆重排患者(10.5%)(P<0.005)。结论:应用PCR检测NHL患者骨髓标本克隆性TCRVγI-Jγ基因重排可较骨髓形态学检查更早发现NHL患者骨髓浸润微小病灶。具有寡/亚克隆NHL患者更易发展为白血病,还可发展为急性非淋巴细胞白血病。 展开更多
关键词 非霍奇金淋巴瘤 T细胞受体基因重排 寡克隆 亚克隆 聚合酶链反应 单链构象多态性
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PCR-SSCP技术在植物病毒学上的应用 被引量:9
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作者 魏太云 林含新 +2 位作者 吴祖建 林奇英 谢联辉 《福建农业大学学报》 CSCD 2000年第2期181-186,共6页
聚合酶链式反应及单链构象多态性技术作为一种区分检测基因组之间微小差异的有效方法 ,具有快速、简便、灵敏和适用于大样品量筛选的特点 .本文详细介绍了该技术的条件优化及改进策略 .该技术在植物病毒学上主要应用于 :(1)分子变异 ;(... 聚合酶链式反应及单链构象多态性技术作为一种区分检测基因组之间微小差异的有效方法 ,具有快速、简便、灵敏和适用于大样品量筛选的特点 .本文详细介绍了该技术的条件优化及改进策略 .该技术在植物病毒学上主要应用于 :(1)分子变异 ;(2 )混合侵染的检测 ;(3) 展开更多
关键词 植物病毒 应用 pcr-SSCP 分子变异 分子流行病学
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生物陶粒与生物活性炭上微生物群落结构的PCR-SSCP技术解析 被引量:13
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作者 刘小琳 刘文君 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期924-928,共5页
采用PCR-SSCP(单链构象多态性)技术,以16S rRNA基因的V4-V5区为靶对象,分析用于饮用水处理的生物陶粒和生物活性炭上的微生物群落结构.对生物陶粒和生物活性炭上的微生物分别进行超声波洗脱、R2A和LB平板培养后提取基因组DNA.结果表明,... 采用PCR-SSCP(单链构象多态性)技术,以16S rRNA基因的V4-V5区为靶对象,分析用于饮用水处理的生物陶粒和生物活性炭上的微生物群落结构.对生物陶粒和生物活性炭上的微生物分别进行超声波洗脱、R2A和LB平板培养后提取基因组DNA.结果表明,除生物活性炭超声波洗脱不能提取到DNA外,其他处理均能提取到大小在10 kb以上的基因组DNA,但所提取的量有较大差异.以提取的DNA为模板分别进行PCR,均能扩增到408 bp的基因片段.这些片段经λ核酸外切酶消化处理后进行SSCP电泳.结果显示,超声波洗脱、R2A和LB培养对试验结果影响不明显.生物陶粒的微生物基因扩增片段SSCP图谱相同,且只出现1条带.测序后与基因组数据库对比,结果显示其与uncultured Pseudomonas sp.clone FTL201 16S rDNA(GenBank登录号AF509293.1)片段同源性为92%.生物活性炭的微生物基因扩增片段SSCP图谱也相同,但有2条带.测序对比的结果表明,这2个基因片段与Bacillus sp.JH19 16S rDNA(GenBank登录号DQ232748.1)片段和Bacterium VA-S-11 16S rDNA(GenBank登录号AY395279.1)片段的同源性分别为100%和99%. 展开更多
关键词 生物陶粒 生物活性炭 微生物群落 群落结构 单链构象多态性
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PCR-LIS-SSCP检测大肠癌PTEN基因的点突变 被引量:13
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作者 柯细松 曾昭淳 刘万里 《实用癌症杂志》 2002年第1期28-30,共3页
目的 探讨PTEN基因突变在大肠癌发病机理中的作用。方法 应用聚合酶链反应 -低离子强度 -单链构象多态性技术 ,对大肠癌及正常大肠石蜡包埋组织中PTEN的第 7、第 8个外显子进行点突变检测。结果 在 60例大肠癌组织中 ,第 7个外显子S... 目的 探讨PTEN基因突变在大肠癌发病机理中的作用。方法 应用聚合酶链反应 -低离子强度 -单链构象多态性技术 ,对大肠癌及正常大肠石蜡包埋组织中PTEN的第 7、第 8个外显子进行点突变检测。结果 在 60例大肠癌组织中 ,第 7个外显子SSCP带型异常的有 2 8例 ,阳性率为 46.7% (χ2 =5 .0 81,P <0 .0 5 ) ,第 8个外显子未见阳性带。在 10例正常大肠组织中 ,2个外显子均未见异常SSCP带型。结论 大肠癌组织中PTEN的第 7个外显子点突变的发生率高 。 展开更多
关键词 PTEN基因 大肠癌 点突变 单链构象多态性 pcr-LIS-SSCP 发病机理
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PCR-SSCP法检测乙型肝炎病毒前C区基因变异 被引量:2
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作者 朱传武 罗端德 +3 位作者 曾令兰 李淑莉 李伟 高勇 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期393-396,共4页
为探索一种快速、简便检测乙型肝炎病毒 (HBV)前 C区基因变异的方法 ,用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增 94例乙肝患者血清 HBV前 C区基因片断 ,阳性扩增产物用单链构象多态性 (SSCP)法进行检测 ,对具有不同特征性电泳图谱的 PCR产物再以直... 为探索一种快速、简便检测乙型肝炎病毒 (HBV)前 C区基因变异的方法 ,用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增 94例乙肝患者血清 HBV前 C区基因片断 ,阳性扩增产物用单链构象多态性 (SSCP)法进行检测 ,对具有不同特征性电泳图谱的 PCR产物再以直接测序法加以核定 ,以辨别不同图谱与野生株、变异株或野生株、变异株混合感染之间的关系。结果显示 :有 86例患者 HBV前 C区 PCR扩增阳性 ,SSCP法检测发现有 3种常见的特征性电泳图谱 ,测序后证实 ,它们分别代表了野生株、变异株 (nt1896位 G→ A)及野生株、变异株混合感染的 SSCP图谱 ;在某些变异株图谱中 ,尚可见其它位点也存在变异 ,其中以 nt1899位 G→ A突变最为常见。提示 :以 PCR- SSCP技术检测 HBV前C区变异具有敏感性高 ,特异性强 ,简单、快捷、价廉等优点 ,而且特别适用于大样本的筛检 ,因此有应用价值 。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 单链构象多态性 乙型肝炎病毒 变异
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应用PCR-SSCP检测结核分支杆菌链霉素耐药基因的研究 被引量:2
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作者 吴雪琼 庄玉辉 +2 位作者 何秀云 李国利 张晓刚 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 1997年第3期12-14,共3页
结核病耐药问题十分严重,传统的药敏实验需1~2月。Sm是一线抗结核药物,结核分支杆菌耐Sm最常见的分子机制是由于核糖体S12蛋白编码基因(rpsL)突变。该文应用PCR-SSCP分析了62个结核分支杆菌临床分离株的rpsL基因,以H37Rv标准菌... 结核病耐药问题十分严重,传统的药敏实验需1~2月。Sm是一线抗结核药物,结核分支杆菌耐Sm最常见的分子机制是由于核糖体S12蛋白编码基因(rpsL)突变。该文应用PCR-SSCP分析了62个结核分支杆菌临床分离株的rpsL基因,以H37Rv标准菌株为对照,13个药物敏感菌株中12个rpsL基因未见SSCP异常;37个耐Sm株中,31个(83.8%)有rpsL基因泳动异常;12个耐其它抗结核药物林中,仅1个单链DNA泳动异常。因此,PCR-SSCP有希望成为简便、快速地检测结核分支杆菌耐药突变株的方法,弥补常规药敏试验的不足,指导临床治疗。 展开更多
关键词 pcr-SSCP 耐药基因 结核分支杆菌 结核病
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