猪CAST基因PCR-RFLPs与肉质相关性的分析

利用PCR-RFLP技术对新荣昌Ⅰ系猪(70头)的CAST基因进行多态分析,并就限制性酶切位点多态性与新荣昌Ⅰ系猪肉的嫩度、肉色、滴水损失、失水率、大理石纹和肌内脂肪含量等肉质性状之间的相关性进行了分析。结果表明,首次发现的CAST/MspⅠ酶切位点中,DD基因型与肌脂含量IMP(%)存在显著正相关;CAST-RsaI酶切位点中,EF基因型与失水率LMR(%)存在显著负相关。

滩羊生长激素基因PCR-RFLPs反应体系的优化

以宁夏滩羊基因组DNA为模板 ,研究影响滩羊PCR -RFLPs扩增的因素 ,实验结果表明 :特异性引物的浓度、Mg2 + 浓度、模板DNA的完整性 ,浓度、纯度、TaqDNA聚合酶、变性温度、退火温度和循环次数等诸多因素对PCR -RFLPs扩增影响较大。为此我们对PCR -RFLPs的反应体系和反应程序进行了研究和浓度梯度对比试验 ,建立了滩羊GH基因PCR

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′ 端上游区(HinfI RFLP)和第二内含子内(HinfI RFLP、HaeⅢ RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明:(1)在5′ 端上游区的HinfI RFLP位点上,所有的品种都有变异,但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh);(2)在第二内含子内的HinfI RFLP位点上,二花脸只有BB基因型,而其它品种都表现出多态性;(3)在第二内含子内的HaeⅢ RFLP位点上,只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在,等位基因D的频率分别为0 86,0 98和0 68,其余8个猪种均表现为DD型。

鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌的PCR-RFLP分子鉴别

根据鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌fliC基因可变区两端的保守序列设计1对引物,PCR扩增出约600bp的产物,用Hin6I对PCR产物进行酶切,经RFLP分析区分鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌的生物型。利用该技术对6株鸡白痢沙门氏菌标准株及2株鸡伤寒沙门氏菌标准株进行分子鉴别,得到的结果与预计的RFLP模式相符,证明该方法可行。在此基础上对我国不同地区、不同年代的191株鸡沙门氏菌进行分子鉴别,191株中有185株分离株符合鸡白痢沙门氏菌的RFLP模式,6株分离株符合鸡伤寒沙门氏菌的RFLP模式,其中有176株PCR-RFLP鉴定结果与生化特性符合率达100%,另有15株根据生化特性不能鉴别。

利用mtCOIPCR-RFLP技术鉴定中国境内九个烟粉虱隐种

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一个物种复合体,包括31个以上形态上无法区分的隐种,其中少数隐种是世界性入侵害虫。目前,在中国境内分布有2个入侵隐种和13个土著隐种。快速、高效的鉴别方法对掌握烟粉虱田间发生规律及制定相关防控策略具有重要意义。然而到目前为止,除了mtCOI基因测序比对外,尚未有一种简便的方法可以有效地区分多个烟粉虱隐种。本研究采用mtCOI PCR-RFLP技术,单独或组合使用TaqI,VspI,Van91I,NcoI和FokI这5种限制性内切酶,酶切烟粉虱mtCOI的PCR扩增片段,鉴别分布在中国境内的9个烟粉虱隐种。结果表明,单独使用TaqI酶切,可鉴别出MEAM1和China1两个隐种,使用TaqI+NcoI分步酶切可鉴定出MED和Asia1两个隐种,使用TaqI+Van91I分步酶切可鉴定出Asia II3和Asia II9两个隐种,使用TaqI+VspI+FokI分步酶切可鉴定出Asia II1,Asia II6和Asia II73个隐种。本研究为高效鉴别中国境内的多个烟粉虱隐种提供了方法。

猪H-FABP基因PCR-RFLP分子标记研究

利用PCR-RFLP(Hinf 、Hae 和Msp 3种限制性内切酶)分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉白猪、八眉猪和野猪等8个猪种,共计265头猪心脏脂肪酸结合蛋白基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异。结果表明,在Hinf -RFLP位点上,上述猪种和野猪均存在多态性,等位基因H的频率分别为0.7500,0.7188,0.9167,0.3333,0.1250,0.6909,0.1167,0.8500和0.9375;除汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)外,其余猪种的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinderg平衡状态(P>0.05);大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉白猪和野猪表现为低度多态性(PIC<0.25),杜洛克猪、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态性(0.25<PIC<0.5);而在Hae -RFLP和Msp -RFLP位点上,仅内江猪、荣昌猪、汉江黑猪和八眉猪为单态。

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DRB基因外显子2PCR-RFLP及PCR-SSCP多态性分析

采用PCR RFLP法和PCR SSCP法对 1 7头五指山猪、2 8头二花脸猪以及 2 8头皮特兰猪SLA DRB外显子 2进行分型。采用PCR RFLP技术分型 ,结果显示 :限制酶MspⅠ酶切可分出 1种RFLP带 ,即M :1 4 3bp/ 1 0 2bp ;限制酶RsaⅠ酶切可分出 4种RFLP带 ,分别为A :1 4 1bp/ 93bp/ 1 1bp ,B :1 1 1bp/ 6 9bp/ 5 4bp/ 1 1bp ,C :1 80bp/ 5 4bp/ 1 1bp以及D :93bp/ 4 8bp/ 39bp/ 5 4bp/ 1 1bp。检测发现 ,五指山猪有 2种RFLP带型 :AA和BB ,二花脸猪有 3种RFLP带型 :AA、BB和AB ,皮特兰猪有 3种RFLP带型 :AA、CC和BD。比较五指山猪、二花脸猪与皮特兰猪 ,发现 3个品种都是以A带为主 ,分别占到 0 6 9、0 73和 0 82 ,品种之间差别不显著。采用PCR SSCP技术共分出 7种标记带型 ,分别为αα、αδ、ββ、γγ、αγ、δδ、βε ,其中五指山猪有 3种带型 ,分别为αα、αδ和 ββ ,二花脸猪有 3种带型 ,分别为αα、γγ和αγ ,而皮特兰则出现 5种带型 ,分别为αα、δδ、αδ、βε和 ββ。在 3个品种猪中均存在α带 ,且其频率在各自品种中均最高 ,在五指山猪和皮特兰猪中δ带出现的频率次之 ,相应的在这两个猪种中杂合型αδ带型出现的频率则最高。Hardy Weinberg平衡分析表明 ,二花脸猪SLA DRB基因外显子

高黎贡山旱冬瓜Frankia的IGS PCR-RFLP分析

在云南省高黎贡山自然保护区海拔 1310～ 2 4 0 0m的范围内 ,采集 30个旱冬瓜根瘤样品 ,直接从根瘤中提取FrankiaDNA ,对其nifD nifK基因间隔区 (intergenicspacer,IGS)和 16S 2 3SrDNAIGS进行PCR RFLP分析 .结果表明 ,nifD nifKIGS的PCR产物长度差异很大 ,经HaeⅢ和AfaⅠ双酶切后 ,得到 15种酶切带型 ,检测到多种基因型的菌株同时与同一株宿主植物共生 ;16S 2 3SrDNAIGS的PCR产物长度相似 ,酶切后亦区分出 15种酶切带型 .通过对两个基因间隔区的PCR RFLP联合分析 ,发现高黎贡山旱冬瓜Frankia存在 2

长江流域3个群体草鱼mtDNAD-loop区段的PCR-RFLP分析

对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体 DNA 的 D-loop 区段进行 PCR 扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop 区段长度约为1.6kbp,监利群体中的1尾约为1.8kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.0466、0.00180;监利群体与邗江(或九江)群体间的 Rogers 遗传距离为0.0403;x^2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05).这些结果表明草鱼 mtDNA D-loop 区段的遗传多样性很低.

半番鸭MC1R基因SNP位点的发现和PCR-RFLP多态性分析

为了检测半番鸭MC1R基因的多态性,并分析其多态性与半番鸭羽色性状的相关性,以羽色表型极端的黑白羽半番鸭为研究对象,首先采用克隆测序的方法寻找MC1R基因编码区的SNP突变位点,结果发现MC1R基因编码区存在7个SNP,其中同义突变A399G位点为限制性内酶切Hin61的识别位点。其次针对酶切位点,利用PCR-RFLP方法鉴定A399G位点的基因多态性,结果显示,白羽半番鸭存在AG和GG两种基因型,而黑羽半番鸭只表现出1种基因型AG。最后经卡方独立性检验分析,表明A399G位点的基因型与半番鸭羽色无显著相关(P>0.05),这可能与该突变位点未引起蛋白质相应部位的氨基酸发生改变有关。基因型GG是否为白羽半番鸭特有,尚需加大样本进一步分析验证。

应用PCR-RFLP法鉴别肉制品中的猪和牛源性成分

以动物线粒体DNA中Cytb区段的保守序列为目的基因进行PCR-RFLP,从猪、牛、羊、鸡、鸭、兔6种生肉及高压猪肉、猪肉火腿肠、猪肉枣、猪肉松、牛肉干、牛肉枣、牛肉火腿肠7种加工肉制品中鉴别出猪源性和牛源性成分。所有样品经PCR扩增均产生359 bp的片段。扩增子采用AluⅠ限制性酶切所产生的片段差异可用于区分猪肉和牛肉。

大豆根腐病病原菌PCR-RFLP鉴定体系的建立

利用PCR-RFLP法对大豆根腐病的4种致病菌和3种非致病菌代表菌株进行分子判别研究。结果显示，7个菌株DNA进行PCR扩增得到的rDNA-ITS序列片段长度为600900bp，除立枯丝核菌、瓜果腐霉和毛霉菌代表菌株DNA扩增出的rDNA-ITS片段长度之间没有显著差异外，其他菌株DNA扩增出的rDNA-ITS片段长度差异显著。因此各菌株通过PCR-RFLP法扩增出的rDNA—ITS序列片段之间的大小差异可将侵染大豆的各根腐病致病菌和非致病菌初步区分开。而利用A／uI内切酶对各菌株的PCR产物进行酶切，依据酶切片段之间的大小差异，可进一步将7种菌株区分开，因此利用rDNA-ITS序列分析方法对大豆根腐病这种复合侵染病害的病原菌进行分子判别具有可行性，同时也是建立作物根部复合侵染病害病原种类的分子检测的一种重要方法。

大通牦牛生长激素基因和Κ-酪蛋白基因的PCR—RFLP研究

利用PCR-RFLP技术检测了大通牦牛生长激素(growth hormone,GH)基因和Κ-酪蛋白(Κ- casein,Κ-CN)基因部分序列的遗传多态性,结果表明:大通牦牛群体中被检测的两个位点均存在遗传多态 性。GH基因PCR—RFLP位点等位基因A和B的基因频率分别为0．1755和0．8255;(?)-CN基因PCR-RFLP 位点等位基因A和B的基因频率分别为0．1117和0．8 883。GH基因和(?)-CN基因PCR-RFLP位点的基因 型分布均极显著偏离Hardy—Weinberg平衡定理(P<0．01)。大通牦牛群体内平均基因一致度和基因多样度分 别为0．7561和0．2439。

3个群体草鱼mtDNAD-Loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA(m tDNA)D-Loop区段的限制性片段长度多态性(RFLP)进行了分析。PCR扩增出的m tDNA D-Loop区段,用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示:扩增出的142尾试验鱼的m tDNA D-Loop区段为1.6 kbp,长沙群体中的两尾为1.8kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型,142尾为另一种单倍型;瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,长沙群体内的分别为0.0816、0.00315;长沙群体与瑞昌(或宁河)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.0000343和0.6783;χ2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。表明离草鱼m tDNA D-Loop区段的遗传多样性很低。

18Sr RNA基因巢式PCR-RFLP分析两株牛源隐孢子虫分离株

目的18S rRNA巢式聚合酶链反应(Nested PCR)-限制片段长度多态性(restriction fragment length polymor-phism,RFLP)鉴定上海(简称SH-BOV)和徐州(简称XZ-BOV)两株牛源隐孢子虫。方法改良-抗酸染色确定感染隐孢子虫的上海株和徐州株牛粪,提取DNA后经18S rRNA基因巢式PCR扩增,扩增产物测序后用Blast和MEGA软件进行同源性和系统发育分析。同时扩增产物分别用SspⅠ和VspⅠ单酶切,且XZ-BOV扩增产物用DdeⅠ酶切后进行RFLP分析。结果通过18S rRNA基因分析,SH-BOV与1株巴西牛隐孢子虫Cryptospridiumbovis同源性为100%,种系发育树上两者在同一分支;XZ-BOV与安氏隐孢子虫C.andersoni同源性为99%,种系发育树上两者在同一分支。扩增产物分别用SspⅠ和VspⅠ单酶切后,可鉴别出SH-BOV为C.bovis,XZ-BOV为C.andersoni或C.muris。XZ-BOV扩增产物用DdeⅠ酶切后可鉴别出XZ-BOV为C.andersoni。结论上海株牛源隐孢子虫(SH-BOV)鉴定为牛隐孢子虫(C.bovis),徐州株牛源隐孢子虫(XZ-BOV)鉴定为安氏隐孢子虫(C.andersoni)。

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PER—RFLP方法，对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测，并对其遗传多样性进行分析。结果表明：两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性，在三种基因型中AB基因型出现频率最高，山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异（P〈0．05）。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0．3265～0．5062和0．2655～0．5019之间，多态信息含量分别在0．2688～0．4268和0．2264—0．3736之间。研究结果提示：杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低，其遗传一致性最好，其余猪种均表现为中度多态，表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。

应用PCR/RFLP技术对广西禽白血病病毒的检测与分型研究

对2000～2003年间从广西的南宁、玉林、桂林、钦州、柳州、梧州等地采集的有肿瘤/可疑肿瘤的250份鸡病例进行肿瘤病的检测。结果发现,外源性禽白血病阳性的有32份,阳性率为12.8%。其中,同时为马立克氏病阳性的有30份,两者共感染率高达93.75%(30/32);根据禽白血病病毒囊膜糖蛋白gp85基因的限制性片段长度多态性分析,对其中20份外源性禽白血病病毒进行分型鉴定,结果证实全部属于A亚群。

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区（rDNAITS）序列进行了测序分析．结果表明：何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6．91％、18．10％和42．20％，ITS2区的差异率分别为10．00％、19．40％和43．90％；而何首乌种内各居群间ITS1和ITS2区的差异率分别为0．00％～2．13％和0．00％～1．03％．基于何首乌及其混淆品的rDNAITS序列的差异，找出一个位于ITS2间隔区的何首乌特征性M6I酶切位点，用M6I酶对何首乌rDNAITS序列扩增产物酶切后得到含约531bp和109bp的两片段的聚合酶链反应一限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）图谱，而其混淆品的rDNAITS序列扩增产物不能被NsbI酶切，故图谱呈单一条带．利用建立的PCR．RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品．

应用PCR-RFLP技术鉴别松材线虫与拟松材线虫

应用PCR-RFLP技术分析松材线虫与拟松材线虫之间的差异。实验扩增出松材线虫rDNA-ITS区片段长度约为890 bp,拟松材线虫rDNA-ITS区片段长度约为930 bp。用5种限制性内切酶对两种线虫的ITS区扩增产物进行酶切,结果表明:(1)DraI酶切松材线虫群体均产生两个长度约510 bp和380 bp的片段,而拟松材线虫均不能被DraI酶切;(2)所有的松材线虫群体与拟松材线虫群体的ITS区扩增产物均不能被ApaI酶切;(3)用MspI酶切松材线虫群体,除GZ02不能够被酶切外,其余样本能够产生两条长度分别为530 bp和360 bp的谱带。拟松材线虫群体,都能产生3条一致的亮带,长度分别为340 bp2、90 bp、180 bp;(4)所有松材线虫样本均不能被SalI酶切,而拟松材线虫群体均能够被酶切为两个720 bp和220 bp的片段;(5)XhoI酶切松材线虫ITS区为两条大小分别为520 bp和370 bp的谱带。而拟松材线虫产生两条大小分别为530 bp和400 bp的谱带。因此,内切酶DraI、SalI可以用于检测松材线虫与拟松材线虫。MspI、ApaI、XhoI不宜用于鉴别松材线虫与拟松材线虫。

FSHR基因的PCR-RFLP对牛双胎性状的标记分析

FSHR基因 5’端 (包括侧翼序列和第一外显子 )的限制性内切酶TaqⅠ的PCR -RFLP标记研究发现 ,在秦川牛中双胎母牛的A基因频率 (0 5 5 0 0 )和AA基因型频率 (0 5 0 0 0 )分别高于单胎母牛的A基因频率 (0 35 0 0 )和AA基因型频率 (0 30 0 0 ) ;在黑白花奶牛中双胎母牛的B基因频率 (0 5 937)和BB基因型频率 (0 6 875 )均高于单胎母牛的B基因频率 (0 5 4 16 )和BB基因型频率 (0 4 16 7) ,也就是FSHR基因的 5’端的PCR -RFLP标记在一个品种内单胎母牛和双胎母牛之间有一定趋势 ,但两个品种的趋势不同。