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Establishment and Optimization of Rye-specific PCR Reaction System 被引量:3
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作者 任如意 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第2期201-204,共4页
[Objective] The aim was to establish the optimal rye-specific PCR reaction system for rye.[Method] The ordinary wheat "Chinese Spring",S165,rye,octoploid triticale and hexaploid triticale were used as materials to c... [Objective] The aim was to establish the optimal rye-specific PCR reaction system for rye.[Method] The ordinary wheat "Chinese Spring",S165,rye,octoploid triticale and hexaploid triticale were used as materials to carry out study on the effect of the amount of template DNA,primers,dNTPs,Mg2+ concentrations,Taq DNA polymerase and annealing temperature on the rye-specific PCR reaction system of rye.[Result] The genomic DNA extracted by modified CTAB DNA extraction method showed high quality,which was satisfied for the PCR reaction template.The rye-specific PCR reaction system was 25 μl,including 10 × buffer solution,1.5 mmol/L MgCl2,200 μmol/L dNTP,40 ng primers,40-60 ng DNA template and 1 U Taq DNA polymerase.[Conclusion] The optimal rye-specific PCR reaction system was established,which provided basis for the identification of exogenous germplasm of rye in wheat background. 展开更多
关键词 RYE pcr reaction system OPTIMIZATION
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基于主成分分析的多重定量PCR荧光串扰校正
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作者 王鹏 王振亚 +8 位作者 汪舜 张杰 张哲 杨天航 王弼陡 罗刚银 翁良飞 张翀宇 李原 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1151-1157,共7页
聚合酶链式反应(PCR)是分子生物学常用的检测手段,主要用于对生物的DNA或RNA进行检测。由于荧光光谱重叠和滤光片过滤带宽限制,检测时所获得的荧光数据通常会包含荧光通道之间的串扰,串扰的存在使PCR结果分析变得复杂,并可能影响最终的... 聚合酶链式反应(PCR)是分子生物学常用的检测手段,主要用于对生物的DNA或RNA进行检测。由于荧光光谱重叠和滤光片过滤带宽限制,检测时所获得的荧光数据通常会包含荧光通道之间的串扰,串扰的存在使PCR结果分析变得复杂,并可能影响最终的检测结果。选择合适的光学元件,并确定通道间的补偿矩阵,可以降低甚至消除荧光串扰。目前荧光补偿矩阵大多通过迭代计算获得,还没有一种简单的方法可以从混合的多通道荧光数据中找到荧光补偿矩阵。为了快速获得荧光补偿矩阵,减小计算量,采用主成分分析法(PCA)中确定主成分的方式,基于搭建的测试平台进行单一染料实验,获得染料的荧光信号在各个检测通道的分布情况,计算得到荧光补偿矩阵。通过分析补偿矩阵,发现对于搭建的硬件系统,Cy5染料对Cy5.5通道串扰较大,串扰比例为8.76%,同时Cy5.5染料对Cy5通道串扰影响也相对较大,比例约为6.2%;其次是ROX染料对HEX通道串扰,比例约为2.68%;HEX染料对FAM通道串扰,比例约为1.58%;FAM染料对HEX通道串扰相对较小,比例约为0.25%,其余通道无明显串扰,与荧光光谱反映的结果一致。采用得到的荧光补偿矩阵对单一染料实验得到的原始荧光数据进行处理,有效去除了非目标通道的荧光串扰,实现了荧光通道数据的解耦,验证了方法的可行性。最后设计了染料颜色分辨实验,将不同浓度的多种染料进行组合测试,并采用所提出的方法将得到的数据进行荧光补偿。实验结果表明,荧光通道各自的线性相关性较高,五个荧光通道的线性相关系数r均大于0.99,该结果进一步验证了该补偿方法的有效性。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应(pcr)检测 光谱分析 主成分分析 多重荧光检测 荧光串扰 荧光分离
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木本油料植物无患子SSR特征分析及SSR-PCR反应体系构建
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作者 周宵 蒋丽娟 +7 位作者 李昌珠 陈韵竹 李培旺 熊宇晴 张路红 盛克寨 杨艳 陈景震 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期72-83,共12页
无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶... 无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR。经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个。SSR长度范围在12~250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多。所有SSR共有435种不同重复单元。SSR不同类型重复基元频次分布在4~30次之间,主要分布在4~10频次,共有7090个SSR位点,占总频次的89.65%。SSR位点靶基因GO功能注释显示,无患子叶片转录组Unigene可分为3大类别51个小组;KEGG功能注释显示5大类别中,代谢通路占比最高为65.18%。通过对无患子SSR-PCR反应体系构建与优化,无患子SSR-PCR反应体系最佳组合为:循环次数37次、退火温度60℃、引物量2.0μL、DNA模板浓度为40 ng/μL。 展开更多
关键词 木本油料植物 EST-SSR 功能注释 pcr反应体系 生物柴油
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位点特异性PCR鉴别水牛角及其伪品
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作者 张竞研 谭冰艳 +5 位作者 康安 王协和 李松 陈盛君 刘睿 段金廒 《中国现代中药》 CAS 2024年第9期1462-1469,共8页
目的:开发一种针对水牛角的特异性聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法,快速、准确地鉴别水牛角与其他混伪品。方法:通过比对水牛、黄牛、牦牛、山羊等动物的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列差异,筛选水牛的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点... 目的:开发一种针对水牛角的特异性聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法,快速、准确地鉴别水牛角与其他混伪品。方法:通过比对水牛、黄牛、牦牛、山羊等动物的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列差异,筛选水牛的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计出相应的鉴别引物,并对影响PCR体系的相关条件进行优化,考察验证方法的耐受性和适用性。结果:PCR条件为扩增体系20μL、退火温度60℃、循环次数32次、DNA模板量为100 ng、10μmol·L^(-1)正反引物对各0.8μL时,使用设计的鉴别引物SN1对水牛角进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳后出现约358 bp的特异性条带,其他物种的样品均无条带出现。结论:该PCR鉴别方法特异性好,能迅速、准确地鉴别水牛角和其他常见动物角类样品,为水牛角的真伪鉴别提供参考。 展开更多
关键词 水牛角 聚合酶链式反应 鉴别
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基于PCR-LFIA的非洲猪瘟病毒核酸检测方法研究
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作者 向四意 苏晓娜 +4 位作者 张咏仪 陈俊杰 杨旭琼 沈玉栋 杨金易 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期928-932,共5页
该文利用聚合酶链式反应(PCR)技术进行扩增后,以侧流免疫层析方法(LFIA)对核酸进行检测,建立了一种非洲猪瘟病毒核酸的快速检测方法。通过设计引物,构建了pUC57-ASFV-(1-1941)质粒作为阳性质控品,采用柠檬酸三钠还原法制备胶体金颗粒用... 该文利用聚合酶链式反应(PCR)技术进行扩增后,以侧流免疫层析方法(LFIA)对核酸进行检测,建立了一种非洲猪瘟病毒核酸的快速检测方法。通过设计引物,构建了pUC57-ASFV-(1-1941)质粒作为阳性质控品,采用柠檬酸三钠还原法制备胶体金颗粒用于标记抗体建立免疫分析方法。通过优化实验条件,在质粒浓度1.6×10^(-2)~1.6×10^(8)copies/μL范围内,得到pUC57-ASFV-(1-1941)阳性质粒的检出限为1.6 copies/μL。该方法与其他猪病毒无交叉,特异性良好,可作为非洲猪瘟现场筛查的辅助方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟 聚合酶链式反应(pcr) 免疫层析 可视化
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基于嵌入式ARM的微流控PCR检测系统设计
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作者 张帅 胡志刚 +3 位作者 杜喆 祖向阳 王新征 马蓓蓓 《传感器与微系统》 CSCD 北大核心 2024年第1期76-79,83,共5页
为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现... 为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现微流控PCR检测过程中的流路运动、温度控制、荧光信号采集等功能的集成控制。采用Qt结合SQLite数据库设计了上位机软件,利用多线程和节点映射,实现对硬件模块的协调控制以及检测信息存储。实验表明:该系统运行稳定,人机交互效果好,可操作性高,满足微流控PCR的集成功能需求。 展开更多
关键词 嵌入式ARM 微流控聚合酶链式反应 控制系统 上位机软件 Qt软件
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旋转式三温区微流控PCR扩增平台的研制
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作者 孔振翔 姚延禄 周新丽 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期107-112,共6页
微流控芯片用于聚合酶链式反应(PCR)可提高检测效率和自动化程度,但目前把核酸提取、扩增、检测功能集成到一块芯片上仍比较困难,此外,微流控芯片专用PCR仪也存在温度控制不够快速、精准的问题。作者采用空间上温度循环代替时间上温度... 微流控芯片用于聚合酶链式反应(PCR)可提高检测效率和自动化程度,但目前把核酸提取、扩增、检测功能集成到一块芯片上仍比较困难,此外,微流控芯片专用PCR仪也存在温度控制不够快速、精准的问题。作者采用空间上温度循环代替时间上温度循环的设计思路,搭建了一套旋转式三温区微流控PCR扩增平台,对大肠杆菌进行核酸提取和扩增。结果表明,旋转式三温区微流控PCR扩增平台拥有较好的热均匀性和热稳定性,平台的升降温速率分别为3.5℃/s和2.67℃/s,单次循环时间为110 s。与9700型PCR仪相比,所建平台的温度控制方案更为简单、升降温速率更高、循环时间更短。本研究结果可为实现核酸提取、扩增一体化的微流控PCR设备的研发提供参考。 展开更多
关键词 微流控技术 聚合酶链式反应(pcr) 核酸扩增
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薄壳山核桃SSR-PCR体系优化及引物筛选
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作者 罗晓蕾 黄丹 +4 位作者 彭兵阳 王磊彬 毕慧慧 何的明 吕佳斌 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期138-147,共10页
【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,... 【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,以薄壳山核桃DNA作为模板,对影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系中的6个影响因素(DNA、Mg^(2+)、10×PCR Buffer、引物、Taq酶、dNTPs)进行单因素试验,根据单因素试验的结果确定各影响因素的适宜用量范围,再据此设计正交试验。【结果】根据正交试验扩增结果,确立薄壳山核桃的最佳反应体系(10μL)为:Taq酶0.15 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 0.1 mmol/L,引物1.0μmol/L,50 ng模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH_(2)O5.8μL。5个因素影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系的扩增效果,其影响程度大小依次为Taq酶>引物=DNA>Mg^(2+)>dNTPs。以8种薄壳山核桃DNA为模板,4对薄壳山核桃引物对优化后的薄壳山核桃SSR-PCR反应体系进行验证,均扩增出明亮清晰的条带,证明优化后的反应体系稳定可靠。利用优化后的反应体系在283对核桃及山核桃引物中筛选出高多态性薄壳山核桃引物12对,其多态性位点信息数均高于0.5。【结论】优化后的反应体系及筛选出的12对薄壳山核桃引物可直接用于后续的SSR分子标记试验,为薄壳山核桃亲缘关系鉴定、交配系统分析等研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 SSR-pcr反应体系 引物筛选 单因素试验 正交设计试验
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芦笋SSR-PCR反应体系的优化及验证
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作者 白扬 仪泽会 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第7期100-106,共7页
以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋SSR-PCR反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋... 以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋SSR-PCR反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋基因组DNA的SSR-PCR最优反应体系为:10μL反应体系中,50 ng·μL^(-1) DNA模板0.125μL,10μmol·L^(-1)上下游引物各0.5μL,2×Taq PCR Mix 3μL,灭菌ddH2O 5.875μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸35 s,循环25次;72℃延伸10 min,4℃保存。经5对引物组合和5个不同芦笋品种DNA扩增验证,该体系稳定可靠,可用于芦笋遗传多样性分析、种子纯度鉴定、分子标记辅助育种及重要农艺性状的图位克隆等工作。 展开更多
关键词 芦笋 SSR-pcr反应体系 正交设计
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天麻PCR‑层析试纸条快速可视化检测方法的建立与评价
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作者 马秋贺 马玉贺 +9 位作者 刘悦 李涛 刘昂 徐子强 柴金军 王艳茹 高丽君 夏薇 李明成 曲永梅 《上海中医药杂志》 CSCD 2024年第3期79-85,共7页
目的通过聚合酶链式反应(PCR)与层析试纸条结合的方法,实现天麻快速可视化真伪鉴别,并对其检测效果进行评价。方法采用一步法提取天麻及其伪品基因组DNA,应用NCBI数据库设计天麻特异性引物。采用DNA分子克隆技术制备天麻阳性质粒,作为... 目的通过聚合酶链式反应(PCR)与层析试纸条结合的方法,实现天麻快速可视化真伪鉴别,并对其检测效果进行评价。方法采用一步法提取天麻及其伪品基因组DNA,应用NCBI数据库设计天麻特异性引物。采用DNA分子克隆技术制备天麻阳性质粒,作为天麻阳性对照品。建立PCR-层析试纸条法鉴定天麻真伪,摸索最优实验条件,并进行方法学评价。结果①样品DNA提取的纯度符合要求,最优的PCR反应引物浓度为1μmol/L,循环为29次。②分子克隆的天麻阳性质粒序列与天麻DNA分子标记特异性指纹区片段序列同源性为98%,可作为天麻PCR-层析试纸条法的阳性对照品。③PCR-层析试纸条法的方法学评价结果显示:天麻对照药材在试纸条上出现两个条带,伪品和阴性对照品出现1个条带,与琼脂糖凝胶电泳法结果一致,特异性良好;PCR-层析试纸条法较琼脂糖凝胶电泳法的灵敏度高100倍,天麻DNA浓度为10-1 mg/L时,试纸条仍有模糊条带;在第3、6、9、12个月采用PCR-层析试纸条法进行检测,检测结果与预期一致,稳定性良好;混合样品验证显示,PCR-层析试纸条法的最低检测限为10%,而琼脂糖凝胶电泳法的最低检测限为50%。④采用PCR-层析试纸条法对15份市售天麻样品进行检测,鉴别出3个伪品,与琼脂糖凝胶电泳法结果一致。结论所构建的PCR-层析试纸条检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便快速,可在短时间内实现鉴定结果的可视化,检测结果准确、稳定,为道地药材天麻的真伪鉴别提供了新方法。 展开更多
关键词 天麻 聚合酶链式反应 试纸条 分子克隆 可视化鉴定 中药研究
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广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
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作者 张尚文 杨天为 +4 位作者 黄诗宇 李婷 高曼熔 何龙飞 张向军 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1646-1655,共10页
【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系,并筛选出适宜的SCoT引物,为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材,通过单因素试验和正... 【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系,并筛选出适宜的SCoT引物,为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材,通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化,并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示,DNA模板用量为40~70 ng,引物(10μmoL/L)用量为1.0~1.4μL,Mix预混液用量为9.0~12.0μL范围内扩增效果较好,通过L16(43)正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板(40 ng/μL)1.0μL,引物(10μmoL/L)1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物,并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点,其中多态性位点204个,多态性比率为66.89%,平均每条引物扩增出11.7个基因位点,有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数(Na)为1.7377,平均有效等位基因数(Ne)为1.5344,Nei’s基因多样性指数(H′)为0.3053,Shannon指数(I)为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443~0.6492,遗传距离为0.4320~0.6083,说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异,遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好,可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。 展开更多
关键词 瘤果紫玉盘 SCoT-pcr 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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A PCR-Based Method for Detecting Pathogen of Rice False Smut
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作者 Liu Lian-fu HaseebYounis +6 位作者 Peng Li-li Yang Shuo Yang Song-run Shu Yu-wei Wang Meng Mukadasi Rexiti Zhang Jun-hua 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2023年第3期30-35,共6页
Rice false smut is a destructive disease that affects rice grain badly.The disease seriously affects the yield and quality of rice in Heilongjiang Province.In this paper,a pair of specific primers was designed to dete... Rice false smut is a destructive disease that affects rice grain badly.The disease seriously affects the yield and quality of rice in Heilongjiang Province.In this paper,a pair of specific primers was designed to detect the false smut pathogen rapidly and efficiently.The results showed that the pair of primers had strong specificity for false smut pathogen.In addition,the sensitivity of this primer to the genomic DNA of rice false smut pathogen in PCR reaction was 1 pg.By using these primers,the rice false smut pathogen could be detected within 48 h after inoculation,and a PCR reaction system with good specificity and high sensitivity was established. 展开更多
关键词 rice false smut pcr reaction system molecular detection
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基于微流控技术的数字PCR的发展及其应用 被引量:2
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作者 田昌敏 杨祥良 杨海 《微纳电子技术》 CAS 北大核心 2023年第4期496-507,共12页
作为一种新兴的扩增检测技术,基于微流控的数字聚合酶链式反应(PCR)有着高通量、高灵敏度及高耐受性等优势,因而得到了研究者的广泛关注,其相关技术也在不断的发展中。综述了基于微流控的数字PCR的研究进展,重点讨论了基于微流控的数字... 作为一种新兴的扩增检测技术,基于微流控的数字聚合酶链式反应(PCR)有着高通量、高灵敏度及高耐受性等优势,因而得到了研究者的广泛关注,其相关技术也在不断的发展中。综述了基于微流控的数字PCR的研究进展,重点讨论了基于微流控的数字PCR的液滴打印技术、多层微流控芯片技术、微珠技术、聚二甲基硅氧烷(PDMS)技术等的不同实现方式。介绍了基于微流控的数字PCR在定量检测、精准分子诊断、肿瘤个性化诊断以及食品安全检测中的应用。最后,对基于微流控的数字PCR技术目前存在的不足和问题进行了阐述,并对其未来的研究方向和发展趋势进行了展望。 展开更多
关键词 数字聚合酶链式反应(pcr) 微流控技术 绝对定量检测 分子诊断 食品安全
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PCR可视化检测技术的开发及其在猪源性检测中的应用 被引量:1
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作者 何密鼓 杜凤 +4 位作者 丁盛 董娟 崔欣 陈蓉 唐卓 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2023年第8期163-169,共7页
该文以G-四链体和硫磺素T为报告体系,建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)可视化检测方法,仅需普通基因扩增仪和蓝光灯,即可在反应后通过肉眼观测荧光亮度直接判读结果,无需开盖,避免PCR产物污染问题的发生。并以猪... 该文以G-四链体和硫磺素T为报告体系,建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)可视化检测方法,仅需普通基因扩增仪和蓝光灯,即可在反应后通过肉眼观测荧光亮度直接判读结果,无需开盖,避免PCR产物污染问题的发生。并以猪源性DNA为检测目标设计特异性引物,建立猪源性可视化检测方法,通过对市售的牛、羊、兔、鸡、鸭肉对比,特异性良好,检测限达到0.01 ng/μL,可在混合肉DNA样品中检出1%的猪肉,并且能成功应用到实际食品样本的检测中。反应时间可控制在1 h以内,相较常用的实时荧光PCR,该方法既缩短时间,又不需要使用更昂贵的荧光PCR仪,且无需荧光基团修饰的探针,适合在简单的条件下进行快速定性检测。 展开更多
关键词 可视化 猪肉 G-四链体 聚合酶链式反应 硫磺素T 掺假
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基于DNA条形码和特异性PCR技术鉴别蚂蟥及其常见伪品 被引量:3
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作者 解盈盈 李军 +6 位作者 汪冰 于雅萌 栾永福 梅桂雪 张全芳 戴忠 林永强 《中国药事》 CAS 2023年第1期48-58,共11页
目的:建立蚂蟥特异性PCR鉴别方法,能够快速准确地鉴别蚂蟥与其常见伪品。方法:通过分析蚂蟥与其常见伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列,寻找蚂蟥SNP变异位点,设计特异性引物;通过对退火温度、循环次数、DNA模板量及Taq酶等关键因... 目的:建立蚂蟥特异性PCR鉴别方法,能够快速准确地鉴别蚂蟥与其常见伪品。方法:通过分析蚂蟥与其常见伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列,寻找蚂蟥SNP变异位点,设计特异性引物;通过对退火温度、循环次数、DNA模板量及Taq酶等关键因素的考察,确立最优反应体系及条件,并将特异性PCR方法应用到水蛭(蚂蟥)粉末中进行药材粉末的基原鉴别,同时为保证试验结果的准确性,将PCR扩增产物进行一代测序。结果:特异性PCR结果表明蚂蟥在400~600 bp有单一明亮条带,常见混伪品则无此条带,试验结果与一代测序结果一致,为蚂蟥。结论:该方法能够将蚂蟥与其常见伪品菲牛蛭、东北小水蛭、黑条、小黑条等区别,且能鉴别水蛭(蚂蟥)粉的基原,为提升中药监管力度,打击中药掺伪行为提供了强有力的技术支持。 展开更多
关键词 DNA条形码 聚合酶链式反应(pcr)法 蚂蟥 混伪品 蚂蟥粉
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亚甲基蓝介导的电化学传感界面PCR鼠伤寒沙门氏菌检测方法 被引量:1
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作者 高洁 陈伟 +3 位作者 洪婷 姚帮本 姚丽 徐建国 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第12期1706-1710,共5页
文章研究一种可用于快速检测牛奶中鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的方法,通过在聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增体系中加入嵌入式氧化/还原指示剂亚甲基蓝可以实现对扩增产物的电化学检测。文中所提出的... 文章研究一种可用于快速检测牛奶中鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的方法,通过在聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增体系中加入嵌入式氧化/还原指示剂亚甲基蓝可以实现对扩增产物的电化学检测。文中所提出的基于丝网印刷电极的电化学检测方法可在120 min内完成对鼠伤寒沙门氏菌的检测,线性范围为3×10^(1)~3×10^(7)CFU/mL,且不受牛奶基质影响。该方法快速、简便、特异性好,有望应用于食源性致病菌现场快速检测。 展开更多
关键词 鼠伤寒沙门氏菌 亚甲基蓝 聚合酶链式反应(pcr)扩增 电化学 快速检测
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基于实时荧光定量PCR的番木瓜多重PCR高效检测方法 被引量:1
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作者 张玉山 陈洁彬 +3 位作者 吴亮君 朱璇 欧阳淑芬 沈志华 《湖北农业科学》 2023年第9期170-174,共5页
以pCaMV35S基因核酸检测试剂盒反应体系为基础,添加多重PCR反应所需的目标基因引物和番木瓜(Carica papaya L.)DNA,进行多重PCR反应,同时考察不合成荧光探针的情况下对目标基因进行实时荧光定量检测。结果表明,在实时荧光定量PCR反应体... 以pCaMV35S基因核酸检测试剂盒反应体系为基础,添加多重PCR反应所需的目标基因引物和番木瓜(Carica papaya L.)DNA,进行多重PCR反应,同时考察不合成荧光探针的情况下对目标基因进行实时荧光定量检测。结果表明,在实时荧光定量PCR反应体系中,多重PCR扩增的基因条带比常规PCR扩增的基因条带更亮,在不合成荧光探针的情况下实现目标基因的实时荧光定量PCR反应,以期建立一种基于实时荧光定量PCR的多重PCR检测方法。 展开更多
关键词 转基因番木瓜(Carica papaya L.) 多重pcr反应 实时荧光定量pcr 荧光探针 pCaMV35S基因核酸检测试剂盒(pcr-荧光探针法)
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一种犬耳痒螨PCR检测方法的建立及应用
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作者 杜嘉玥 缑静敏 +2 位作者 要慧中 梁高星 林青 《动物医学进展》 北大核心 2023年第5期27-33,共7页
为了能从犬、猫耳垢中对犬耳痒螨(Otodectes cynotis)进行特异性检测,基于犬耳痒螨18S-ITS1基因序列设计特异性引物,通过对退火温度等条件进行优化,建立犬耳痒螨特异性PCR检测方法。结果显示,该方法能成功从犬耳痒螨DNA样本中扩增出352... 为了能从犬、猫耳垢中对犬耳痒螨(Otodectes cynotis)进行特异性检测,基于犬耳痒螨18S-ITS1基因序列设计特异性引物,通过对退火温度等条件进行优化,建立犬耳痒螨特异性PCR检测方法。结果显示,该方法能成功从犬耳痒螨DNA样本中扩增出352 bp的特异性条带,特异性良好;其最低检测DNA浓度为0.897 fg/μL,敏感性较高。用所建立的PCR检测方法对78只犬、猫的耳垢样本进行检测,犬耳痒螨的阳性率为66.7%,高于显微镜检测结果(阳性率为62.8%);对52份经PCR方法检测的犬耳痒螨阳性样本进行种群结构分析,未发现犬耳痒螨rDNA ITS1序列的遗传变异出现地理差异和宿主特异情况。结果表明,建立的PCR方法能够应用于临床检测犬、猫耳垢样本中的犬耳痒螨,为犬、猫耳螨病的诊断提供了一种辅助方法。 展开更多
关键词 犬耳痒螨 聚合酶链反应
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一种分区温控的实时荧光PCR快速热循环系统设计
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作者 陈尔东 高孜航 +1 位作者 王坤东 雷华明 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1196-1202,共7页
热循环系统是实时荧光聚合酶链式反应(PCR)仪的关键组成部分,决定了核酸检测效率和结果准确性.针对传统PCR检测系统的热循环耗费时间长、温度控制复杂的问题,设计了一种分区温控的实时荧光PCR热循环系统,包括热循环系统硬件电路和机械结... 热循环系统是实时荧光聚合酶链式反应(PCR)仪的关键组成部分,决定了核酸检测效率和结果准确性.针对传统PCR检测系统的热循环耗费时间长、温度控制复杂的问题,设计了一种分区温控的实时荧光PCR热循环系统,包括热循环系统硬件电路和机械结构,通过控制试液在不同恒温区切换实现快速热循环,采用增量式比例积分微分算法控制恒温区温度,控制精度达到±0.1℃.使用Fluent建立传热模型,分析试液热延迟现象预估试液变化规律.通过搭建PCR样机进行实验验证,试液升降温速率分别为3.8和4.4℃/s,证明了所提出PCR热循环系统能有效提高检测效率. 展开更多
关键词 聚合酶链反应仪 温度控制 比例积分微分控制 有限元方法 传热机制
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数字PCR芯片的荧光图像处理与分析 被引量:1
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作者 朱飞彪 汪磊 +1 位作者 朱灵 郑贤锋 《计算机与数字工程》 2023年第6期1376-1380,共5页
数字PCR技术是一种核酸分子绝对定量技术,该技术不依赖于对照样品和标准曲线,只需要在PCR扩增反应结束后根据终点荧光信号统计出阳性反应单元的数目,然后根据泊松分布原理就能计算出样品中核酸的原始浓度[1]。对获取的数字PCR芯片荧光... 数字PCR技术是一种核酸分子绝对定量技术,该技术不依赖于对照样品和标准曲线,只需要在PCR扩增反应结束后根据终点荧光信号统计出阳性反应单元的数目,然后根据泊松分布原理就能计算出样品中核酸的原始浓度[1]。对获取的数字PCR芯片荧光图像进行处理、识别并统计图像中阳性反应单元数量十分关键。论文针对荧光图像特点通过编程对数字PCR荧光图像处理和分析,采用连通域标记法最终实现对阳性反应单元的精确统计,整个过程无需人工干预,操作简单,结果较为准确。 展开更多
关键词 数字pcr荧光图像 图像处理 阳性反应单元 连通域
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