PCR-DGGE技术分析浸矿体系细菌群落结构的实验优化

为了研究低品位黄铜矿细菌搅拌浸出的浸矿菌液中的细菌群落结构,对PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术相关的实验方法进行了优化,主要涉及低丰度基因组DNA提取方法优化、16S rRNA基因的PCR扩增条件优化以及变性梯度凝胶电泳条件的优化.结果表明,采用分级离心多次浓缩的方法收集矿浆样品中的菌体,再用试剂盒提取基因组DNA,有较好效果;使用含特定"GC夹板"的引物5'-CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG-3'进行热启动降落PCR,能显著提高目的条带的PCR扩增效率;当DGGE电泳设置温度为60℃左右,胶浓度为6%,尿素变性梯度为30%～50%,恒定电压为100 V,时间为9 h时,可以获得效果较好的DGGE电泳图谱,该优化方案提高了对浸矿体系中细菌群落结构的检测效果.