鸡金银羽位点基因型PCR-RFLP鉴定方法的建立及其应用研究

为了建立一个快速、简便、有效鉴定鸡金银羽位点基因型的方法,试验通过对金银羽等位基因位点核苷酸序列进行分析,设计合成一对引物,应用该对引物对海兰褐、伊莎褐和大午金凤等采用金银羽羽色自别雌雄的蛋鸡配套系商品代公鸡(金银羽等位基因杂合,Ss)和母鸡(金羽等位基因半合子,s-)进行了PCR-RFLP基因型鉴定分析。结果显示,PCR-RFLP方法的鉴定结果与实际基因型一致;采用该方法从960只白羽太行鸡母鸡中鉴定得到3只不携带显性白羽等位基因的银羽母鸡(银羽等位基因半合子,S-);以海兰褐父母代父本公鸡(金羽等位基因纯合,ss)作为父本与用本方法鉴定得到的3只银羽太行鸡母鸡进行杂交,来模拟金银羽自别雌雄的海兰褐蛋鸡商品代鸡的生产,获得的后代雏鸡绒羽颜色表型和性别符合海兰褐商品代鸡金银羽羽色自别雌雄的规律。上述结果表明,建立的PCR-RFLP方法能够快速、简便、有效且低成本地鉴定鸡金银羽位点基因型,为银羽纯合品系的建立提供了一个有效的个体金银羽位点基因型鉴定的方法。

石菖蒲药材及饮片掺混藏菖蒲PCR-RFLP鉴别方法研究

目的通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法建立快速鉴别石菖蒲药材及饮片掺混藏菖蒲的方法。方法对石菖蒲和藏菖蒲的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列酶切位点进行比对分析,选择藏菖蒲的特异性酶切位点AluI,设计PCR-RFLP反应引物,对影响PCR-RFLP反应的退火温度、引物浓度、循环数、酶切时间等条件进行优化,对该方法的准确性进行考察。利用建立的PCR-RFLP鉴别方法对不同产地的石菖蒲、藏菖蒲及掺混样品进行适用性考察。结果建立了石菖蒲药材及饮片掺混藏菖蒲的PCR-RFLP鉴别方法,在退火温度60℃、循环数为30时,藏菖蒲或掺有藏菖蒲的石菖蒲样品经过特异性引物扩增后,能被AluI酶酶切,在100~300 bp检出2条单一DNA条带,石菖蒲样品则无此条带。该方法能对石菖蒲药材及饮片中掺混的藏菖蒲进行准确鉴别,并对石菖蒲中掺入藏菖蒲的检出限为3%。结论建立的PCR-RFLP鉴别方法稳定性好、灵敏度高,可用于石菖蒲与藏菖蒲鉴别及石菖蒲中掺混藏菖蒲的检测,为石菖蒲与藏菖蒲药材的质量控制提供参考。

基于ITS序列PCR-RFLP鉴别大蓟药材及饮片中掺伪飞廉、魁蓟的方法研究

[目的]利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP),建立快速鉴别大蓟混伪品飞廉和魁蓟的方法。[方法]通过比对ITS基因序列,分别筛选飞廉、魁蓟的限制性内切酶位点并设计鉴别引物。考察PCR反应的退火温度、循环数及不同酶的适用性,对酶切反应时间和酶切底物量进行优化。同时对该方法适应性及掺伪比例的专属性、稳定性进行考察。[结果]当退火温度为58~60℃、循环数为30个时,样品均能扩增出一条379 bp的DNA条带。底物为8μL、酶切温度为37℃、酶切反应120 min时,ZraI酶将飞廉切割成120 bp和259 bp两条DNA条带;DNA底物为8μL、酶切温度为37℃、酶切反应60 min时,ApaLI酶将魁蓟切割成126 bp和253 bp两条DNA条带。[结论]试验建立的PCR-RFLP方法能够准确地鉴别大蓟混伪品飞廉、魁蓟,避免此类药材的混用,以保证临床用药安全。

梅花鹿鞭与马鹿鞭PCR-RFLP鉴别研究

目的建立一种应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)鉴别梅花鹿鞭与马鹿鞭的方法。方法根据梅花鹿与马鹿的细胞色素b基因序列的差异,设计并选取DNA限制性内切酶MseI来区分梅花鹿鞭和马鹿鞭。采用改良SDS法提取样本基因组DNA,经PCR扩增后进行RFLP分析,并优化PCR-RFLP反应体系及反应条件,用优化的PCR-RFLP体系对市售鹿鞭样本进行鉴定。结果经PCR-RFLP分析,MseI可切割梅花鹿与马鹿Cyt b片段,前者被切成2个片段,后者被切成3个片段,从而将两者进行鉴别。结论本实验建立的PCR-RFLP方法可准确鉴别梅花鹿鞭与马鹿鞭。

基于ITS序列PCR-RFLP鉴别北柴胡混伪品藏柴胡

目的基于ITS序列用PCR-RFLP方法鉴别北柴胡药材掺伪藏柴胡的方法。方法分析并筛选出藏柴胡特有的限制性内切酶AseⅠ,用Primer Premier 5.0设计特异性引物,对引物PCR扩增条件和酶切试验进行优化,并对该方法的准确性进行了考察。结果PCR扩增的目的片段为331 bp,且建立的PCR反应方法对不同的酶均具有适应性。限制性内切酶AseⅠ将藏柴胡切成79 bp和252 bp两个片段,而北柴胡及其他柴胡均不能被酶切,且掺伪检出限为1%。结论PCR-RFLP方法实现了准确鉴别北柴胡中的混伪品藏柴胡。

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′ 端上游区(HinfI RFLP)和第二内含子内(HinfI RFLP、HaeⅢ RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明:(1)在5′ 端上游区的HinfI RFLP位点上,所有的品种都有变异,但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh);(2)在第二内含子内的HinfI RFLP位点上,二花脸只有BB基因型,而其它品种都表现出多态性;(3)在第二内含子内的HaeⅢ RFLP位点上,只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在,等位基因D的频率分别为0 86,0 98和0 68,其余8个猪种均表现为DD型。

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶RsaⅠ对中国地方猪种小梅山、中梅山及国外猪种大约克SLA DQB基因外显子 2的2 73bp扩增产物进行多态性分析。小梅山猪酶切后出现两种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB) ;中梅山猪中出现 4种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB) ;大约克猪中出现 5种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB)、2 73bp 2 4 6bp 2 7bp(AD)。分析发现 ,SLA DQB基因外显子 2的 11、94和 12 4位碱基表现出多态性并在 3个猪种中检测到A、B、C和D 4个等位基因 ;χ2 适合性检验结果表明 ,小梅山、中梅山及大约克SLA DQB基因外显子 2在RsaⅠ酶切位点已经达到了Hardy

猪MyoG基因的PCR-RFLP分型及其与生长性能和肌纤维数目的相关性分析

对33头申农号猪MyoG基因进行PCR-RFLP分型,结果发现3种基因型(MM,MN和NN)。M基因频率为51.5%,N基因频率为48.5%。对不同基因型猪初生重和断奶重分析发现,NN型猪初生重显著高于其他基因型猪(P<0.05),但断奶重差异不显著。根据不同基因型共屠宰12头申农号猪,取半腱肌、半膜肌和股二头肌做冰冻切片,HE染色,并计算肌纤维数目,结果表明,不同基因型猪间半腱肌和半膜肌肌纤维密度差异显著(P<0.05),其中NN型肌纤维密度高于其他基因型。

IGF2基因PCR-RFLP多态性与脂肪沉积相关性状的关联分析

胰岛素样生长因子 2在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用 ,是影响猪瘦肉量的主要候选基因。采用PCR RFLP技术 ,分析了IGF2基因第 8内含子部分片段在猪资源家系群体中的NciⅠ酶切片段多态性分布。IGF2基因该片段具有两个NciⅠ酶切位点 (切点位于第 8内含子 ,分别记录为位点A和位点B) ,两位点在资源家系中均具有多态性。IGF2基因B位点酶切未突变个体均比酶切突变的个体背膘薄 18 2 8% (P<0 0 1) ,肥肉率低 2 2 4 3% (P <0 0 1) ,瘦肉率高 8 71% (P <0 0 1) ,位点A具有相同的影响趋势。在该研究群体中 ,IGF2基因发挥作用的方式主要为加性效应 。

我国南方常见的6种寡毛实蝇PCR-RFLP快速鉴定研究

应用PCR-RFLP技术,对我国南方发生和诱捕到的6种寡毛实蝇开展了快速鉴定方法研究,结果表明,设计出的2组引物对6种供试实蝇线粒体DNA(mtDNA)的PCR扩增片断大小分别约为350bp和450bp。用限制性内切酶MSEI和DRAI对PCR扩增产物进行酶切,得到的酶切位点可将供试的6种实蝇区分开来。该方法不受供试实蝇食物源的影响,对各种虫态(卵、幼虫、蛹)和不同性别的成虫均适用,可用于实蝇的快速鉴定。

药用植物束花石斛、流苏石斛及其形态相似种的PCR-RFLP鉴别研究

目的建立简易的采用rDNAITS区作为分子标记对中药石斛的基源植物进行分子鉴定的技术。方法用聚合酶链反应—限制性片段长度多态性(PCRRFLP)方法获得ITS片段的限制性图谱。束花石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用ClaI和ApaLI酶切,流苏石斛及其形态相似种的PCR扩增产物用SphI酶切。结果根据预测的PCRRFLP图谱,可以鉴别药用植物束花石斛、流苏石斛及它们的形态相似种。用这种方法鉴定了市场上收集的25件商品束花石斛、流苏石斛新鲜药材的原植物。结论rDNAITS的PCRRFLP可用于鉴定石斛药材的原植物,具有简便、费用低的优点。

鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌的PCR-RFLP分子鉴别

根据鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌fliC基因可变区两端的保守序列设计1对引物,PCR扩增出约600bp的产物,用Hin6I对PCR产物进行酶切,经RFLP分析区分鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌的生物型。利用该技术对6株鸡白痢沙门氏菌标准株及2株鸡伤寒沙门氏菌标准株进行分子鉴别,得到的结果与预计的RFLP模式相符,证明该方法可行。在此基础上对我国不同地区、不同年代的191株鸡沙门氏菌进行分子鉴别,191株中有185株分离株符合鸡白痢沙门氏菌的RFLP模式,6株分离株符合鸡伤寒沙门氏菌的RFLP模式,其中有176株PCR-RFLP鉴定结果与生化特性符合率达100%,另有15株根据生化特性不能鉴别。

细胞色素B基因PCR-RFLP鉴定阿胶原料

用细胞色素B基因PCR-RFLP方法对阿胶原料进行鉴定。提取马、牛、驴3种动物干皮DNA,PCR扩增细胞色素B基因保守区域的359 bp片段,用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切,采用琼脂糖凝胶电泳获得了DNA指纹图谱,根据获得的DNA指纹图谱判定样品所属物种。该方法不仅简便,还可以100%准确鉴定阿胶原料皮样所属物种来源,适合作为常规技术应用于阿胶原料鉴定。

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物(PCR1、PCR2、PCR3)分别扩增猪肌细胞生成素(MyoG)基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现:(1)在PCR1MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。(2)在PCR2MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。(3)在PCR3MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。(4)在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。

我国主要地方绵羊品种mtDNA D-loop区PCR-RFLP研究

利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,提示我国主要地方绵羊品种起源于两个母系祖先。线粒体DNADloop区多态度为0.0421%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度较为贫乏。

西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。

从我国20种感病植物中扩增植原体16SrDNA片段及其RFLP分析

本研究收集了２０种感染植原体的植物材料，从患病材料和相应健康植物组织中提取总ＤＮＡ用作ＰＣＲ模板，选择两对通用引物进行巢式ＰＣＲ，扩增植原体的１６ＳｒＤＮＡ片段，回收扩增产物，通过限制性酶切片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分析进行分类。２０种患病植物材料中的植原体有１３种属于翠菊黄化种，２种属于白腊树黄化种，３种属于花生丛枝种，２种属于三叶草丛生种。

利用mtCOIPCR-RFLP技术鉴定中国境内九个烟粉虱隐种

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一个物种复合体,包括31个以上形态上无法区分的隐种,其中少数隐种是世界性入侵害虫。目前,在中国境内分布有2个入侵隐种和13个土著隐种。快速、高效的鉴别方法对掌握烟粉虱田间发生规律及制定相关防控策略具有重要意义。然而到目前为止,除了mtCOI基因测序比对外,尚未有一种简便的方法可以有效地区分多个烟粉虱隐种。本研究采用mtCOI PCR-RFLP技术,单独或组合使用TaqI,VspI,Van91I,NcoI和FokI这5种限制性内切酶,酶切烟粉虱mtCOI的PCR扩增片段,鉴别分布在中国境内的9个烟粉虱隐种。结果表明,单独使用TaqI酶切,可鉴别出MEAM1和China1两个隐种,使用TaqI+NcoI分步酶切可鉴定出MED和Asia1两个隐种,使用TaqI+Van91I分步酶切可鉴定出Asia II3和Asia II9两个隐种,使用TaqI+VspI+FokI分步酶切可鉴定出Asia II1,Asia II6和Asia II73个隐种。本研究为高效鉴别中国境内的多个烟粉虱隐种提供了方法。

3个群体草鱼mtDNAD-Loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA(m tDNA)D-Loop区段的限制性片段长度多态性(RFLP)进行了分析。PCR扩增出的m tDNA D-Loop区段,用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示:扩增出的142尾试验鱼的m tDNA D-Loop区段为1.6 kbp,长沙群体中的两尾为1.8kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型,142尾为另一种单倍型;瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,长沙群体内的分别为0.0816、0.00315;长沙群体与瑞昌(或宁河)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.0000343和0.6783;χ2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。表明离草鱼m tDNA D-Loop区段的遗传多样性很低。

应用RAPD标记和细胞质基因组PCR-RFLP技术研究大花蕙兰的遗传多样性

利用RAPD、叶绿体和线粒体基因组PCRRFLP标记系统评价了大花蕙兰20个品种的遗传多样性。在50个RAPD引物分析中,有36个引物(72.0%)能揭示材料间的多态性,材料间遗传相似系数为0.503～0.765,平均0.598,根据遗传相似系数进行聚类分析表明,RAPD标记能将所有材料区分开。在7个叶绿体基因组(cpDNA)的PCRRFLP分析中,6个标记(87.5%)可扩增出1至多条清晰的谱带;扩增产物经7种限制性内切酶消化后,6个标记的19种引物/酶组合共检测到53条DNA片段,其中多态性片段有37条,占69.8%;材料间遗传相似系数变化范围为0.571～0.949,平均值为0.766。在8个线粒体基因组(mtDNA)的PCRRFLP标记分析中,只有3个(37.5%)标记能得到1条清晰的谱带;利用7种限制性内切酶对3个标记的扩增产物消化后,在10种标记/酶组合中,共检测到33条酶切片段,其中21条(63.6%)具有多态性;遗传相似系数为0.634～1.000,平均0.829。这些结果表明,RAPD标记揭示的大花蕙兰遗传多样性最高,其次为cpDNAPCRRFLP标记,而mtDNAPCRRFLP标记揭示的遗传多样性最低。