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猪细小病毒SC-1株VP2基因的克隆及生物信息学分析 被引量:12
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作者 罗燕 郭万柱 +1 位作者 刘艳丽 殷华平 《动物医学进展》 CSCD 2005年第8期87-91,共5页
根据PPV NADL-2株基因组序列设计了一对引物,以复制型DNA为模板,通过PCR 扩增出长约2.0 kb的DNA片段,将其插入克隆载体质粒pUC19,构建重组质粒pPVP2,测序显示PPV-SC-1 VP2基因全长1 740 bp,共编码579个氨基酸.多序列比对结果显示,猪细... 根据PPV NADL-2株基因组序列设计了一对引物,以复制型DNA为模板,通过PCR 扩增出长约2.0 kb的DNA片段,将其插入克隆载体质粒pUC19,构建重组质粒pPVP2,测序显示PPV-SC-1 VP2基因全长1 740 bp,共编码579个氨基酸.多序列比对结果显示,猪细小病毒VP2基因保守性强,仅存在个别的差异;密码子偏向性分析结果表明,PPV-SC-1 VP2基因在同一氨基酸的不同密码子的选择上存在一定的偏向性,并且与PPV-SC-1 NS1在密码子的偏向性上具有相同的属性,主要偏向于使用以A结尾的密码子;氨基酸疏水性分析表明,PPV-SC-1 VP2蛋白在77~82、291~304、362~373、400~411、465~477等位点存在较明显的亲水区段;跨膜区结构分析显示该蛋白不存在显著意义的跨膜区;分析该蛋白的抗原位点可能位于60~68、81~88、266~275、351~357、398~404位点处. 展开更多
关键词 猪细小病毒 猪细小病毒SC1 VP2基因 克隆 生物信息学
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