分子模拟研究不同随机RNA片段适体与大肠杆菌紧密黏附素的相互作用

为了促进开发大肠杆菌快速检测适体生物传感器,通过对已知RNA-蛋白质相互作用原理和复合物结构的分析,在对相关文献资料和基于分子模拟技术的网络资源充分了解的基础上,模拟预测研究了随机RNA序列与肠致病性大肠杆菌紧密黏附素蛋白的相互作用。结果表明,RNA高级结构主要依赖于其一级结构的序列信息。NPDock模拟不同随机RNA序列与紧密黏附素相互作用时,不同长度RNA序列均可与紧密黏附素发生相互作用,但作用位点和相互位置有一定差异;对于相同长度不同排布的RNA序列,相互作用的差异性主要与序列排布信息有关。对于分子模拟研究RNA-紧密黏附素相互作用方法的可行性,通过RNA-蛋白质相互作用位点在线预测方法(PRIdictor)进行验证,结果表明,预测出的蛋白质、RNA相互作用位点均位于相互作用预测结构的接触面上,说明对于RNA-蛋白质相互作用的模拟预测研究方法具有一定的可行性,将有助于通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。

分子对接比较随机RNA片段与同源建模蛋白及其模板的相互作用

为了促进开发大肠杆菌O157∶H7快速检测适体生物传感器,对其鞭毛蛋白紧密黏附素以肠致病性大肠杆菌紧密黏附素为模板,进行空间结构同源建模并作为目标抗原,用不同对接方法模拟预测研究比较其与随机RNA序列的相互作用。方法可行性通过模拟研究已知亲和性同一RNA适体与不同物种凝血酶相互作用论证。结果表明,不同随机RNA序列与不同菌株的紧密黏附素空间相互作用的位点预测有一定差异,说明针对不同蛋白质进行高亲和适体筛选具有一定的可行性。分子对接研究表明因不同长度RNA所形成空间结构不同,而与大肠杆菌O157∶H7紧密黏附素结合位点存在一定差异、与PRIdictor预测位点结果接近;具有不同RNA结构模体的片段对紧密黏附素的亲和力不同,有从不同片段中筛选高亲和力的RNA适体的可能。分子模拟进一步研究RNA-紧密黏附素相互作用的方法具有一定的可行性,将有助于进一步通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。