基于紫外光谱-惩罚岭型线性判别对STR基因座分型研究

目的:结合紫外光谱(UV-s)和惩罚岭型线性判别(PRLDA)模式识别方法建立短串联重复序列(STR)的基因分型方法。方法:以D16S539基因座的9-9,12-13两种基因型为研究对象,研究包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)扩增条件和紫外检测条件,建立标准化扩增条件和检测条件,以此获得基因分型的标准物及其标准UV-s。以标准光谱为识别变量,建立了9-9与12-13基因型的PRLDA判别模型。结果:所建立的PRLDA模型有较大的类间距和较小的类内距,表明模型具有良好的稳健性,且预测样本均分布在校正样本集的范围之内,对预测样本也表现出了极强的判别能力。结论:该方法不需任何检测前处理,而只需一步PCR扩增和UV-s检测即可实现STR的基因分型,具有简单、快速、低成本等优点。