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利用强启动子PermE^*提高4"-异戊酰基转移酶基因在变铅青链霉菌TK24中对螺旋霉素的4"-异戊酰化水平 被引量:8
1
作者 杨永红 赫卫清 +4 位作者 李瑞芬 戴剑漉 杨劭 王以光 武临专 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期826-830,共5页
目的提高螺旋霉素生物转化为4"-异戊酰螺旋霉素的水平,为构建以4"-异戊酰螺旋霉素为主要组分的必特螺旋霉素新一代基因工程菌提供指导。方法构建重组质粒pKC1139-e-ist-ist和pKC1139-ist-ist,它们分别含有5'-上游插入红... 目的提高螺旋霉素生物转化为4"-异戊酰螺旋霉素的水平,为构建以4"-异戊酰螺旋霉素为主要组分的必特螺旋霉素新一代基因工程菌提供指导。方法构建重组质粒pKC1139-e-ist-ist和pKC1139-ist-ist,它们分别含有5'-上游插入红霉素抗性基因强启动子PermE*的4"-异戊酰基转移酶基因串连双拷贝,和4"-异戊酰基转移酶基因串连双拷贝;将它们分别导入到变铅青链霉菌TK24中,比较它们对螺旋霉素的4"-异戊酰化能力。结果在加入终浓度为50μg/mL螺旋霉素时,变铅青链霉菌TK24[pKC1139-e-ist-ist]比变铅青链霉菌TK24[pKC1139-ist-ist]对螺旋霉素的4"-异戊酰化水平提高近4倍。结论在变铅青链霉菌TK24中,PermE*可以增强4"-异戊酰基转移酶基因表达,明显提高对螺旋霉素的4"-异戊酰化水平。 展开更多
关键词 螺旋霉素 4"-异戊酰基转移酶基因 变铅青链霉菌TK24 perme* 生物转化 必特螺旋霉素
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中国和欧洲精准医疗发展现状研究 被引量:2
2
作者 王闻雅 王丽丽 +4 位作者 黄慧瑶 周童心 章颖 杜利 俞悦 《中国医药导刊》 2024年第1期2-43,共42页
随着精准医学相关技术不断成熟,精准医学体系逐渐成熟走向应用。全球精准医学处于高速发展阶段,其科学和社会价值日益凸显,但整体也面临多方面发展瓶颈,个体化诊疗体系尚未形成。本项目组采用科学文献检索、灰色文献搜索、咨询“地平线2... 随着精准医学相关技术不断成熟,精准医学体系逐渐成熟走向应用。全球精准医学处于高速发展阶段,其科学和社会价值日益凸显,但整体也面临多方面发展瓶颈,个体化诊疗体系尚未形成。本项目组采用科学文献检索、灰色文献搜索、咨询“地平线2020”国家咨询联络点、中国-欧盟精准医疗合作支持计划(IC2PerMed)专家调查等方法,系统梳理了中国、欧盟精准医疗有关的政策措施、规划方案和行动计划等资料和信息,对各种信息进行标准化、结构化处理并进行对比分析,形成本报告。报告内容涵盖:精准医疗概念演变过程;国际精准医疗联盟介绍;中欧精准医疗领域政策措施、规划方案和行动计划相关性的详细信息;中欧精准医疗模式下医疗健康研究的重点方向;全球精准医疗发展目标。本报告深入分析中欧精准医疗战略,找出双方战略、计划和行动的共同点、差异和差距;明确了各自的PM创新重点;指明了中欧医疗健康研究资助机制各自的优势与不足;探寻了未来全球卫生领域合作的热点。该报告一方面为IC2PerMed的专家小组在精准医疗国际标准、可转移性和扩大合作研究领域提供信息支撑,另一方面,也为促进欧盟和中国之间精准医疗领域合作指引方向,为促进中欧精准医疗合作奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 精准医学 个体化医疗 中国-欧盟国际精准医疗领域合作支持计划(IC2permed) 国际精准医疗联盟 科技创新合作
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求解HP模型蛋白质折叠问题的改进PERM算法 被引量:7
3
作者 陈矛 黄文奇 吕志鹏 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第9期1456-1461,共6页
pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对... pERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法.在介绍PERM算法核心思想的基础上,对影响算法效率的因素做了改进:重新定义了权重和权重预测公式,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一,得到了改进的PERM算法.对当前文献中的多个典型算例进行了测试,并与Monte Carlo算法和PERM进行了比较.结果表明,改进后的PERM算法在计算速度上比PERM有明显提高,在速度和优度上远高于Monte Carlo算法.特别是对链长为46的算例,找到了比文献中报道的结果能量更低的构形. 展开更多
关键词 NP难 蛋白质折叠 HP模型 增长型算法 perm算法
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求解蛋白质折叠构形预测问题的PERM改进算法 被引量:1
4
作者 黄文奇 崔茂林 《微计算机应用》 2004年第3期268-273,共6页
PERM算法用来求解蛋白质折叠构形预测问题具有非常高的效率。本文介绍了PERM算法的思想 ,并详细介绍了一种我们改进的PERM算法。
关键词 蛋白质折叠 NP HARD perm算法 HP格点模型 生物学 数学模型
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求解蛋白质折叠问题的改进PERM算法
5
作者 黄文奇 程念华 吕志鹏 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第7期1-3,共3页
在学习PERM算法的基础上 ,指出了影响PERM算法效率的关键因素 ,进而提出了一种改进的PERM算法———IPERM (ImprovedPERM ) .计算结果表明 ,IPERM的计算效率优于PERM算法 。
关键词 蛋白质折叠 perm Iperm 门限 裁减
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蛋白质在格子模型中改进的PERM算法
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作者 李小妹 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2007年第7期197-199,共3页
PERM算法是当前蛋白质结构预测的格子模型优化算法中最为有效的一种算法,在该算法的基础上,我们提出了一种改进的增长算法IPERM。该方法简化了PERM算法中的权重计算公式,在遇到不同类型的残基时选用不同的上下限阈值以提高算法的有效性... PERM算法是当前蛋白质结构预测的格子模型优化算法中最为有效的一种算法,在该算法的基础上,我们提出了一种改进的增长算法IPERM。该方法简化了PERM算法中的权重计算公式,在遇到不同类型的残基时选用不同的上下限阈值以提高算法的有效性,并根据链长的大小使用不同的网格尺寸。实验结果表明,改进的增长算法使得HP序列在格子模型中能更快地找到其能量最低构象。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 格子模型 perm
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Morphology and possible origins of the Perm anomaly in the lowermost mantle of Earth 被引量:1
7
作者 YuMei He LianXing Wen Yann Capdeville 《Earth and Planetary Physics》 CSCD 2021年第1期105-116,共12页
We have constrained a small-scale,dome-shaped low-velocity structure near the core-mantle boundary(CMB)of Earth beneath Perm(the Perm anomaly)using travel-time analysis and three-dimensional(3-D)forward waveform model... We have constrained a small-scale,dome-shaped low-velocity structure near the core-mantle boundary(CMB)of Earth beneath Perm(the Perm anomaly)using travel-time analysis and three-dimensional(3-D)forward waveform modeling of seismic data sampling of the mantle.The best-fitting dome-shaped model centers at 60.0°E,50.5°N,and has a height of 400 km and a radius that increases from 200 km at the top to 450 km at the CMB.Its velocity reduction varies from 0%at the top to–3.0%at 240km above the CMB to–3.5%at the CMB.A surrounding 240-km-thick high-velocity D''structure has also been detected.The Perm anomaly may represent a stable smallscale chemical pile in the lowermost mantle,although the hypothesis of a developing mantle plume cannot be ruled out. 展开更多
关键词 seismic velocity structure core-mantle boundary perm anomaly chemical pile
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Use of Wild-Growing Mushrooms for Therapeutic Purposes in the Perm Territory, Russia
8
作者 Lydia Perevedentseva 《Journal of Environmental Science and Engineering(A)》 2013年第4期236-242,共7页
On the Penn Territory (Prikamie), Russia, a systematic study of agarics and aphyllophoroid mushrooms has been conducted since 1975. The territory belongs to taiga. At present about 900 species of agarics and about 3... On the Penn Territory (Prikamie), Russia, a systematic study of agarics and aphyllophoroid mushrooms has been conducted since 1975. The territory belongs to taiga. At present about 900 species of agarics and about 300 species ofaphyllophoroid mushrooms have been discovered. 139 species of Phylum Basidiomycota (131 species) and Phylum Ascomycota (eight species) can be used for therapeutic purposes. The most common are mushrooms from families Russulaceae (15 species), Agaricaceae (11 species), Polyporaceae, Strophariaceae (10 species each). A considerable part of mushrooms (31 species) has bactericidal properties and 26 species can be used for treating malignant tumors. 展开更多
关键词 RUSSIA perm Territory TAIGA medicinal mushrooms.
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Permabit宣布推出业内首个提供主数据重复删除的嵌入式解决方案
9
《计算机与网络》 2010年第11期69-69,共1页
Permabit公司近日宣布推出一款新品-Albireo高性能数据优化软件。截止目前,Permabit已经有多个产品设计赢得了领先的OEM厂商青睐,而Albireo,这个业内首款也是唯一一款OEM嵌入式数据优化解决方案。将于2010年底通过这些OEM厂商正式上... Permabit公司近日宣布推出一款新品-Albireo高性能数据优化软件。截止目前,Permabit已经有多个产品设计赢得了领先的OEM厂商青睐,而Albireo,这个业内首款也是唯一一款OEM嵌入式数据优化解决方案。将于2010年底通过这些OEM厂商正式上市。Albireo作为新一代数据优化解决方案, 展开更多
关键词 嵌入式 删除 abit公司 OEM 优化软件 性能数据 perm 产品设计
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Rare Earth Perm anentMagnets Application toElectrical Machinery
10
《China Rare Earth Information》 2001年第3期2-2,共1页
关键词 Rare Earth perm anentMagnets Application toElectrical Machinery
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Pohar Perme法估算净生存率的应用实践与评价
11
作者 付瑞瑛 梅丹 +12 位作者 王晓锋 安澜 冉显会 张思维 李荔 王少明 陈茹 孙可欣 韩冰峰 徐梦圆 单天昊 曾红梅 魏文强 《中国肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期98-103,共6页
[目的]分别利用辽宁省大连市癌症患者数据和芬兰肿瘤登记处的结肠癌患者数据,应用Pohar Perme法估算癌症患者净生存率,并与Ederer Ⅱ法进行比较,评价Pohar Perme法在估算癌症患者净生存率时的应用价值。[方法]介绍Pohar Perme法估算净... [目的]分别利用辽宁省大连市癌症患者数据和芬兰肿瘤登记处的结肠癌患者数据,应用Pohar Perme法估算癌症患者净生存率,并与Ederer Ⅱ法进行比较,评价Pohar Perme法在估算癌症患者净生存率时的应用价值。[方法]介绍Pohar Perme法估算净生存率的概念、方法及原理。基于辽宁省大连市肿瘤登记处2015年诊断的癌症患者随访至2020年12月31日的数据信息,估算患者5年净生存率;基于芬兰肿瘤登记处1975—1980年诊断的结肠癌患者随访至1995年12月31日的数据信息,估算患者10年和15年净生存率。比较Pohar Perme法和Ederer Ⅱ法的结果,并绘制生存曲线。[结果]研究纳入辽宁省大连市肿瘤登记处癌症患者11 320例,芬兰肿瘤登记处癌症患者3 471例。Pohar Perme法和Ederer Ⅱ法估算大连市癌症患者总体5年净生存率分别为53.1%和54.1%,标准误均为0.5%。Pohar Perme法和Ederer Ⅱ法估算芬兰结肠癌患者10年净生存率分别为36.7%、36.5%,标准误分别为1.4%和1.2%;Pohar Perme法和Ederer Ⅱ法估算芬兰结肠癌患者15年净生存率分别为37.0%和36.0%,标准误分别为2.6%和1.4%。净生存率曲线显示随访5年时,两种方法结果相近。[结论] Pohar Perme法在估算5年净生存率时与Ederer Ⅱ法结果极为接近。在估算长期净生存率(≥10年)时,Pohar Perme法的标准误比Ederer Ⅱ法大。 展开更多
关键词 肿瘤登记 生存分析 净生存率 Pohar perme
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基于序列蒙特卡罗方法的3D人体运动跟踪 被引量:21
12
作者 陈睿 刘国翌 +2 位作者 赵国英 张俊 李华 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2005年第1期85-92,共8页
针对人体运动跟踪的特点 ,在退火粒子滤波方法的基础上 ,提出基于序列蒙特卡罗方法的 3D人体跟踪算法 通过状态空间分解提高了退火系数选择的鲁棒性 ;同时 ,在每次退火时采用PERM采样方法 ,而不是标准的重采样 ,能在一定程度上抑制观测... 针对人体运动跟踪的特点 ,在退火粒子滤波方法的基础上 ,提出基于序列蒙特卡罗方法的 3D人体跟踪算法 通过状态空间分解提高了退火系数选择的鲁棒性 ;同时 ,在每次退火时采用PERM采样方法 ,而不是标准的重采样 ,能在一定程度上抑制观测模型与真实分布之间的误差 ,从而提高算法的稳定性 通过模拟实验表明 。 展开更多
关键词 跟踪 随机采样 序列蒙特卡罗 模拟退火 perm
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一种多拷贝串联基因的链霉菌表达载体的构建方法 被引量:2
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作者 吴声栋 方志锴 +1 位作者 郑柏娇 连云阳 《海峡药学》 2016年第2期249-251,共3页
目的建立一种链霉菌外源基因多拷贝串联表达的载体构建方法。方法首先以链霉菌整合型载体p SET152为基础,构建表达载体p FIM001。该质粒携带链霉菌强启动子Perm E*,与下游外源基因组成表达盒;紧接着在载体p FIM001插入了tcs D基因构建质... 目的建立一种链霉菌外源基因多拷贝串联表达的载体构建方法。方法首先以链霉菌整合型载体p SET152为基础,构建表达载体p FIM001。该质粒携带链霉菌强启动子Perm E*,与下游外源基因组成表达盒;紧接着在载体p FIM001插入了tcs D基因构建质粒p FIM101,并且引入了XbaⅠ及SpeⅠ等位点;通过表达盒串联定向克隆法完成多拷贝tcs D的插入。结果成功构建外源多拷贝基因表达载体p FIM001,建立了表达盒串联定向克隆法,获得含不同拷贝tcs D基因的质粒。结论可以用这个方法构建多拷贝基因质粒。 展开更多
关键词 多拷贝串联表达 整合型载体pSET152 启动子perme* tcsD基因
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基于数据世系的网络协同入侵检测系统 被引量:1
14
作者 黄文 文春生 段国云 《计算机应用与软件》 CSCD 北大核心 2012年第4期289-292,共4页
目前还没有很好的入侵检测方法可以直接对网络复合攻击进行关联分析并获得较好的超报警规则。针对此问题,提出一种基于数据世系的网络协同入侵检测新方法:采用SYSLOG机制设置日志服务器,通过PERM重写技术获得日志世系数据库;利用where... 目前还没有很好的入侵检测方法可以直接对网络复合攻击进行关联分析并获得较好的超报警规则。针对此问题,提出一种基于数据世系的网络协同入侵检测新方法:采用SYSLOG机制设置日志服务器,通过PERM重写技术获得日志世系数据库;利用where世系定位复合攻击者,why世系重构攻击过程,并获得攻击链的信息和超报警规则。数据世系理论和实验证明新方法是可行和有效的。 展开更多
关键词 关联分析 IDS 复合攻击 数据世系 perm
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Streptomyces sahachiroi ATCC 33158中启动子P_(aziU1)的克隆及表达 被引量:1
15
作者 周俊 何璟 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期26-31,共6页
为鉴定和分析aziU1基因的启动子PaziU1,将该基因上游183bp的DNA片段和组成型强启动子PermE*(作为阳性对照)分别克隆到启动子探针载体pIJ8660中,以增强型的绿色荧光蛋白基因(egfp)作为报告基因,通过检测菌丝体中绿色荧光的强弱,对PaziU1... 为鉴定和分析aziU1基因的启动子PaziU1,将该基因上游183bp的DNA片段和组成型强启动子PermE*(作为阳性对照)分别克隆到启动子探针载体pIJ8660中,以增强型的绿色荧光蛋白基因(egfp)作为报告基因,通过检测菌丝体中绿色荧光的强弱,对PaziU1的启动子活性进行了定性和定量分析。PaziU1在3种不同的链霉菌Streptomyces sahachiroi、Streptomyces lividans ZX1和Streptomyces albus中均表现出启动子活性。PaziU1的启动子活性在初始培养的36h略低于PermE*,在培养48h后,PaziU1的表达活性高于PermE*。结果表明,Pazi U1与PermE*一样,是一个可以在链霉菌中组成型表达的强启动子。 展开更多
关键词 STREPTOMYCES sahachiroi ATCC 33158 perme* 启动子探针载体 PaziU1 增强型绿色荧光蛋白(EGFP) 组成型强启动子
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求解蛋白质折叠问题的拟物切片算法
16
作者 易国洪 《计算机与数字工程》 2007年第5期23-25,29,共4页
蛋白质结构预测问题在生物学领域具有重要的理论意义和现实意义,提出一种拟物切片算法,与目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最高效算法PERM进行对比分析。对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到较好的结果。
关键词 蛋白质折叠 HP格点模型 perm切片
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神经系统副肿瘤综合征中的肌阵挛
17
作者 陈浪 米秀娟 王学峰 《癫痫与神经电生理学杂志》 2016年第5期300-306,共7页
1940年,Guichard等Ⅲ首次使用“副肿瘤”一词来描述一位子宫肿瘤患者由于肿瘤引起的多发性颅神经病。目前认为副肿瘤综合征(paraneoplasticsyndrome)是指由肿瘤分泌的功能性肽类、激素以及肿瘤与宿主间发生反应引起的疾病。
关键词 神经系统 副肿瘤综合征(PNS) 斜视性眼肌阵挛-肌阵挛综合征(OMS) 僵人综合征 (SPS) 进行性脑脊髓炎体肌强直及肌阵挛(perm)
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受限于平行界面之间高分子链力学行为的研究 被引量:1
18
作者 沈瑜 张朝云 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第2期108-113,共6页
采用PERM(pruned-enriched-rosenbluth method)算法,和简立方格点上的自避行走模型,研究了受限于平行界面之间的星型高分子链和线型高分子链的力学行为,并将两种结果进行了比较.模拟结果表明,如果界面对高分子链存在吸附作用,界面之间距... 采用PERM(pruned-enriched-rosenbluth method)算法,和简立方格点上的自避行走模型,研究了受限于平行界面之间的星型高分子链和线型高分子链的力学行为,并将两种结果进行了比较.模拟结果表明,如果界面对高分子链存在吸附作用,界面之间距离D的增大需要外力的作用;如果界面对链没有吸附作用,则D的增大是一个自发的过程,无需外力的作用.随着界面间距D的增大,通过计算星型链和线型链的均方回转半径〈S2〉和形状因子〈δ*〉,研究了链尺寸和形状的变化情况.另外,为了更细微地了解星型链和线型链的结构及力学行为,还研究了受限高分子链在平行界面之间的轨链(train)、环链(bridge)和尾链(tail). 展开更多
关键词 受限高分子链 平行界面 高分子链吸附 perm算法
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三维吸附紧密高分子单链的力学性质研究 被引量:1
19
作者 李明 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第4期343-348,共6页
采用PERM(pruned-enriched Rosenbluth method)算法,研究了吸附在界面附近的紧密高分子链力学行为.发现当界面的吸附能比较大时,紧密高分子链从紧贴于吸附界面到逐渐远离的过程中,其外形会经历4种典型的变化.同时紧密高分子链的尺寸大小... 采用PERM(pruned-enriched Rosenbluth method)算法,研究了吸附在界面附近的紧密高分子链力学行为.发现当界面的吸附能比较大时,紧密高分子链从紧贴于吸附界面到逐渐远离的过程中,其外形会经历4种典型的变化.同时紧密高分子链的尺寸大小如<R2>/N、<S2>xy/N、<S2>z/N,形状参数<δ*>,热力学性质如每个键的平均自由能A/N,平均相互作用能<U>/N等,甚至所受外力的大小都会同时做出相应的变化,其出现变化的位置也一致.特别是随着紧密高分子链离开吸附界面的过程中,作用于高分子链上的外力明显出现几个力学平台,这与实验得到的结果完全一致.同时还研究了弱吸附能的情况,在这种情况下实验是很难进行的. 展开更多
关键词 紧密高分子链吸附 力学性质 perm算法
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嫁接于平行板的受限紧密高分子链末端距分布函数的研究
20
作者 苏加叶 章林溪 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第5期434-439,共6页
采用剪除增加Rosenbluth方法(Pruned-enriched-Rosenbluth method,PERM)算法计算了嫁接于平行板的受限紧密高分子链的末端距分布函数.由于受限紧密高分子链具有各向异性,重点研究了平行板方向x轴上的分布函数P(x),发现P(x)可以表示为ln[... 采用剪除增加Rosenbluth方法(Pruned-enriched-Rosenbluth method,PERM)算法计算了嫁接于平行板的受限紧密高分子链的末端距分布函数.由于受限紧密高分子链具有各向异性,重点研究了平行板方向x轴上的分布函数P(x),发现P(x)可以表示为ln[P(x)/Pm(x)]/ND-5/3=a0+a1u+a2u2+a3u3(其中u=x/ND-2/3).这里N为链长,Pm(x)为分布函数P(x)的最大值,两平行板的间距为D+1.通过计算P(x)的Shannon熵发现末端距分布函数P(x)的Shannon熵可以用来描述高分子链受限的程度,Shannon熵对平行板间距的变化非常敏感,对于同一链长N,P(x)的Shannon熵会随着D的增大而迅速减小,超过临界值Dc会趋向一个定值,即当D≥Dc时Shannon熵将趋于稳定,也说明了此时受限条件对紧密高分子链影响非常小.同时临界值Dc与链长N有关,Dc^Nλ,其中λ=0.543,并进行了一定的理论分析. 展开更多
关键词 受限紧密高分子链 末端距分布函数 Shannon熵 perm算法
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