3'-terminus shifted bases degeneracy primers increasing sensitivity of polymerase chain reaction

目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4％(19/27)和85.2％(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。

Specific primers design based on the superoxide dismutase b gene for Trypanosoma cruzi as a screening tool:Validation method using strains from Colombia classified according to their discrete typing unit

Objective:To classify 21 new isolates of Trypanosoma cruai(T.cruzi) according to the Discrete Typing Unit(DTU) which they belong to,as well as tune up a new pair of primers designed to detect the parasite in biological samples.Methods:Strains were isolated,DNA extracted,and classified by using three Polymerase Chain Reactions(PCR).Subsequently this DNA was used along with other isolates of various biological samples,for a new PCR using primers designed.Finally,the amplified fragments were sequenced.Results:It was observed the predominance of DTU i in Colombia,as well as the specificity of our primers for detection of T.cruzi,while no band was obtained when other species were used.Conclusions:This work reveals the genetic variability of 21 new isolates of T.cruzi in Colombia.Our primers confirmed their specificity for detecting the presence of T.cruzi.

广西道地药材肉桂及阴香的DNA分子鉴定研究

建立一种能够准确鉴别肉桂及阴香的特异性聚合酶链式反应方法,以保障肉桂用药的安全性和有效性。通过对比分析肉桂及阴香的psbA-trnH序列差异找到特异性单核苷酸多态性位点,设计特异性引物,通过优化退火温度、循环次数,评估不同聚合酶种类和不同基因扩增仪等扩增条件对不同来源的肉桂及阴香进行特异性扩增,根据特异性扩增条带进行鉴别。结果表明退火温度为54℃,循环次数为35次时,肉桂经肉桂特异性引物扩增后在100~200 bp处出现特异性条带,阴香无条带;退火温度为56℃,循环次数为40次时,阴香经阴香引物扩增后在200~300 bp处出现特异性条带,肉桂无条带。该研究所建立的特异性PCR方法可以快速准确鉴别出肉桂及阴香,为控制肉桂的质量安全提供参考。

马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种real-time PCR检测方法的建立与应用

本研究建立了一种特异性实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法,根据模式菌株马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种ZW3的16S rDNA序列和全基因组序列设计筛选特异性引物,采用SYBR Green I荧光染料建立real-time PCR方法,并对方法的特异性、灵敏度、重复性和混合体系等进行检测。结果表明,本研究所建立的方法特异性强、灵敏度高、重复性好,建立real-time PCR的标准曲线,其决定系数R2为0.965,具有良好的线性关系,且在马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种及混合体系中可以特异性检出。综上,本研究建立的real-time PCR法可以快速、准确地检测马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种,为马乳酒样乳杆菌的特异性定性定量检测提供了一种新的方法。

基于微流控芯片技术的创伤弧菌特异性引物的筛选及验证

目的探讨适用于创伤弧菌的特异性引物,通过微流控芯片技术进行一站式检测,为快速检测出病原体奠定基础。方法通过NCBI网站获取靶基因序列,采用MEGA7.0软件对齐后设计出19对引物,BLAST确定引物的特异度,再通过引物性能、灵敏度、快速变温实验筛选适用于微流控的引物,最后对引物的特异度与灵敏度进行评价。结果成功筛选出1对适用于微流控的引物vvhA10,微流控检测结果发现其特异度与灵敏度较高。结论筛选出适用于微流控芯片的引物,用于全自动微流控检测可以满足应急检测或现场快速检测等方面的使用需求。

石油烃厌氧降解关键基因masD和bamA的实时荧光定量PCR检测方法与应用

masD和bamA是控制石油烃厌氧降解的关键基因,利用实时荧光定量PCR技术检测masD和bamA基因具有简便快速和易操作等优点.但目前所用方法存在扩增效率低,方法灵敏度较差的问题.本文根据引物设计原则,利用Allele ID6软件重新设计了扩增masD和bamA的实时荧光定量PCR引物,将质粒DNA进行8次10倍梯度稀释后构建实时荧光定量PCR标准曲线.优化后的体系(20μL)为:FastStart Essential DNA Green Master 10.0μL,上下游引物各0.4μL,RNase-Free Water 4.2μL,5.0μL DNA模板.利用新设计的引物扩增masD和bamA基因的最适退火温度分别为61℃和57℃.优化后的检测方法扩增效率提高至97.5%和71.2%,比文献报道的方法提高了7.6%—44.5%,具有更高的重复性和灵敏度.利用设计的引物对陕北5个地区石油污染土壤中的masD和bamA基因进行定量检测结果表明,石油污染土壤中普遍存在着控制石油烃厌氧降解的关键基因,所测定的土壤中bamA降解基因的拷贝数远高于masD降解基因.

温州苍南地区122例畲族MNS血型抗原和基因频率调查

目的:探讨温州苍南地区畲族人群MNS血型系统抗原和基因频率分布情况。方法:收集2021年10月至2022年4月温州医科大学附属苍南医院苍南地区122例畲族人群基本信息及外周血样,采用血清学方法鉴定MNS表现型,荧光聚合酶链反应-序列特异性引物法对MNS基因分型进行检测。结果:温州苍南地区畲族人群的MNS血型血清学定型与基因型结果一致。MNS血型系统的基因频率分别为:M=0.566、N=0.434、S=0.037、s=0.963。基因型MM、MN、NN的频率分别为0.254、0.123、0.623,基因型ss、Ss的频率分别为0.926、0.074,未检测到SS基因型。结论:温州苍南地区畲族人群MNS血型基因频率分布与报道的藏族、汉族其他人群分布相似又有差异,具有自身分布频率特点。

序列特异引物引导的聚合酶链式反应(PCR-SSP)结合血清学在疑难血型鉴定中的应用

目的 探讨血型血清学与序列特异引物引导的聚合酶链式反应(PCR-SSP)基因分型在ABO疑难血型鉴定中的作用。方法 用血清学分析鉴定的ABO疑难血型标本80例,同时采用PCR-SSP法进行基因分型,结合两种方法学结果,确定血型及制定输血策略。结果 血清学鉴定亚型40例,其他原因引起的抗原抗体缺失或减弱正常血型40例;PCR-SSP法基因分型亚型41例(3例二者结果不一致:血清学Ael型1例,基因分型O2O2;血清学O型1例,基因分型BO1;血清学A型1例,基因分型AB),正常血型39例。结论 使用血清学结合基因分型鉴定ABO疑难血型具有重要意义。

特异性检测干酪乳杆菌的引物探针设计

目的:基于肠杆菌科基因间重复共有序列聚合酶链反应(Enterobacterialrepetitive Intergenic Consensus PCR,ERIC-PCR)技术,设计特异性引物探针,实现干酪乳杆菌的靶向检测。方法:以干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)HP-B1142为研究对象,通过不同实验,优化干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)的ERICPCR反应体系。通过凝胶电泳获得特定的条带,对其进行测序和分析,设计出特异性的引物探针,达到对干酪乳杆菌靶向鉴别的目的。结果:通过不同实验,得到干酪乳杆菌的最佳ERIC-PCR反应体系;基于干酪乳杆菌ERIC基因片段,获得两对特异性引物,可在多种DNA的混合溶液中快速靶向鉴别出干酪乳杆菌。结论:基于ERIC-PCR技术获得的特异性引物探针,可高效、灵敏地实现复杂生境中干酪乳杆菌检出。

一种副干酪乳杆菌快速鉴定方法的建立及应用

目的:基于肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR),寻找并制备一对引物探针,灵敏、准确地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。方法:寻找副干酪乳杆菌HP-B1145的肠杆菌基因间重复一致序列(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)最佳反应体系,对ERIC片段回收纯化得到特定条带及序列结果,据此设计引物,快速鉴定副干酪乳杆菌。结果:根据回收得到的副干酪乳杆菌HP-B1145 ERIC片段,设计出了一对引物探针(1145-S-F:5’-GCAGGATGCTGATTGTTAGCAG-3’;1145-S-R:5’-CTCCGACCAAAGCGACTATGAC-3’)。结论:根据引物特异性、准确性、普适性、含量限度实验得出,设计的引物能准确灵敏地从复杂生境中鉴定副干酪乳杆菌。

基因Ⅰ、Ⅳ型戊型肝炎病毒高灵敏度通用引物的设计和初步应用

设计针对国内流行的戊型肝炎病毒(HEV)基因Ⅰ、Ⅳ型,在这两型序列的保守区域设计了一套RT-PCR引物--E引物,并将E引物与目前较常用的3对通用引物(Meng、ConORF1和ConORF2引物)比较了检测基因Ⅰ、Ⅳ型HEV的灵敏度.对基因Ⅰ型HEV,E引物能检出的稀释度为105,参考引物能检出的稀释度为102～104;对基因Ⅳ型HEV,E引物能检出的稀释度为102,参考引物能检出的稀释度为101～102.在17份HEV-IgM阳性血清中,E引物检出5份,检出率为29.4%;参考引物只能检出1份或2份,检出率最高为11.8%.E引物在33份HEV-IgM阳性的隐性感染血清中检出6份,阳性率18.2%;在79份HEV-IgM阳性的临床肝炎血清中检出36份,阳性率45.6%.以上结果初步表明,对于在国内流行的基因Ⅰ、Ⅳ型HEV,E引物的检测灵敏度要高于目前常用的通用引物.

通用引物PCR方法在地表水病原菌检测中的应用

为了探索通用引物PCR方法在地表水病原细菌检测中的应用价值,利用16S rRNA基因的高度保守性,设计并合成细菌的通用引物,采用合成的引物扩增参考菌株及西安市区不同地表水样,并对PCR产物分别进行序列测定及序列同源性分析,同时检测水样中的细菌总数和粪大肠杆菌浓度.结果显示,通用引物扩增4种参考菌株,320 bp处均可得到清晰的电泳条带,其特异性通过序列测定及同源性分析得到进一步验证;通用引物PCR可检出250 ng/L的埃希氏大肠杆菌标准菌株DNA,其PCR检测的灵敏度可达0.275 CFU/mL;用通用引物对西安市区不同地表水样进行PCR扩增,其中河、兴庆湖、大唐芙蓉园北湖、北石桥污水处理厂出水样品320 bp处都得到了清晰的电泳条带,而黑河水样没有条带;与之相对应的粪大肠杆菌群检测结果显示,只有北石桥污水处理厂出水和兴庆湖水样有粪大肠杆菌检出.

中国北方汉族人群HLA-A、HLA-B、HLA-DR等位基因频率检测及其临床意义

目的从基因水平了解中国北方地区汉族人群人类白细胞抗原HLA-A、HLA-B、HLA-DR位点的 等位基因(以下分别简称为A等位基因、B等位基因及DR等位基因)频率,获得更完整、准确的HLA群体遗传学 数据。方法 应用聚合酶链反应一序列特异性引物(PCR-SSP)方法对2000名北方汉族健康志愿者进行A、B、DR 等位基因分型。结果鉴定了17个A等位基因,32个B等位基因,13个DRB1等位基因。最常见的基因型分别 为A*02、B*13、DRB1*15,其相应基因频率范围分别为0.2400-0.2767、0.1330-0.1432和0.1557-0.1707。结 论 本结果可作为我国HLA多态性研究的群体资料和正常参考值,对群体遗传、疾病关联研究以及寻找HLA 相合的异基因造血干细胞供者具有重要意义。

ABO血型基因分型及应用

目的 :研究ABO血型基因分型的意义。方法 :采用聚合酶链反应 序列特异性引物 (PCR SSP)基因定型方法对ABO血型基因定型并观察其基因多态性分布特征和疑难血型检定。结果 :对已知ABO基因的DNA标本进行基因定型 ,证实文中的ABO基因定型方法可靠 ;对 10 4例健康、无血源关系的汉族个体ABO血型基因定型 ,结果与血清学所定表型完全符合 ;并用ABO基因分型技术解决临床输血前血型鉴定、产前胎儿血型鉴定、亲权试验及血清学亚型的正确性验证。结论

中药材鳖甲的位点特异性PCR鉴定研究

目的 本研究旨在建立一种简便、实用的鳖甲 DNA分子鉴定方法。方法 根据中华鳖和鳖甲混淆品原动物的 12 S r RNA基因片段的序列数据库 ,找出中华鳖与其它鳖科动物有明显区别的位点 ,设计 1对能特异性鉴别中华鳖的引物 ,然后利用鳖甲中残存的 DNA,通过 PCR扩增 ,即可准确鉴别鳖甲。结果 用这对引物对不同来源的10块鳖甲进行鉴定结果表明 ,其中有 3块为伪品 ,结果与 DNA序列分析鉴定一致。还测定了斑鼋和鳖甲一伪品12 S r RNA基因片段序列。结论 该引物配置药材鉴定试剂盒可在鳖甲类药材鉴定使用。

逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术同时检测水中多种肠道病毒

建立了一种利用通用引物RT-PCR技术检测水中肠道病毒的方法.利用脊髓灰质炎病毒1～3型,柯萨奇病毒B3型作为参考病毒株,根据肠道病毒RNA5′非编码区中具有高度同源性的序列来设计通用引物.比较了M-MLV酶和AMV酶的逆转录效果,AMV酶能够成功地从地表水和生活污水中逆转录病毒RNA,更适于实际应用.对比研究了PCR过程中的退火温度,c(Mg2+)等因素对RT-PCR检测结果的影响,选择退火温度55℃,c(Mg2+)为2 mmol/L的反应条件,优化了RT-PCR检测方法.通过检测水样中接种的连续稀释的病毒,确定了该检测方法的灵敏度为38 CCID50.考察人工污染的地表水、污水、二级处理出水样品发现,检测灵敏度基本一致.该方法可应用在实际环境的肠道病毒检测中.

提高PCR产物的几种有效方法

结合作者的工作实际 ,着重介绍了有效提高PCR产物的几种方法 :如怎样高效快速地设计PCR引物 ,怎样尽快确定PCR反应的最适退火温度 ,如何提高GC富集区的扩增效率等 ,为分子生物学工作者提供一些可以借鉴的方法及经验。

通用引物多重PCR技术检测3种病原微生物

为寻找快速且准确的病原微生物检测方法,在普通多重PCR（polymerase chain reaction）技术的基础上研究一种新的通用引物多重PCR（universal primers-multiplex PCR,UP-M-PCR）技术。利用该技术对食品中主要的3种致病菌——大肠杆菌、单增李斯特菌和沙门氏菌进行同时检测,经过单重PCR验证、二重以及三重UP-PCR反应条件和体系优化。结果表明,该方法的最低检测限为0.5pg目标DNA,复合引物和通用引物的加入量分别为2nmol/L和300nmol/L。此方法检测灵敏度高、病原菌检测限低,可在实践中应用。