PowerPlex^(TM)16体系OL等位基因序列分析及命名探讨

目的观察中国汉族人群PowerPlexTM16体系STR基因座分型标准物外等位基因(OL等位基因)的序列组成,探讨其类型及命名。方法应用PowerPlexTM16体系和ABI377或3100遗传分析仪,对10071名中国汉族无关个体的血样DNA进行15个STR基因座的分型,筛选出OL等位基因样本;对该样本进行单基因座扩增、聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染显色,获取等位基因条带并再次扩增和测序。结果在11个基因座检见OL等位基因,共32个,频率0.05‰￣4.02‰,各基因座OL等位基因数目1￣9个不等。按其组成分为四类:(1)重复单位完整重复,但重复次数在ladder范围外;(2)不完整重复;(3)侧翼序列个别碱基的插入或缺失;(4)较大片断的缺失。结论OL等位基因类型不一,既有重复次数的变化,也有侧翼序列或核心序列的变化,现有命名原则尚不能反映其组成类型。

PowerPlex^(TM) 16体系在中国人群中罕见等位基因及其类型

目的 分析PowerPlexTM 16体系基因座在中国人群中的罕见等位基因及其类型。方法 应用PCR-STR和DNA序列分析技术,对4650个无关个体在15个STR基因座中的罕见等位基因进行检测。结果 在PowerPlexTM16体系中的D7S820、D16S539、Penta E基因座,检测到2种类型的罕见等位基因,而TH01、D21S11、D5S818、D13S317、Penta D、D8S1179、TPOX、FGA基因座检测出1种类型。其等位基因频率均较低(0.215‰-7.097‰)。结论 超出ladder范围的罕见等位基因序列比相邻等位基因增加(或减少)1个或数个重复单位,因碱基的插入或缺失的罕见等位基因出现在两等位基因之间。

110 GHz在片16项误差模型校准件定值方法研究

现有商用集总参数校准件电路模型使用简便,但由于校准件电路模型的不完善、电路中参数在提取过程中采用拟合算法等原因,导致其定值准确度受限。从用于高频串扰修正的16项误差模型校准件设计入手,给出了校准件高精度的定值方法——即通过研制辅助的Multiline TRL校准标准,采用测试加仿真的方式对校准件进行定值,并采用定值文件作为定值样式。采用定值过的16项误差模型校准件校准在片测试系统,并与美国NIST基于Multiline TRL的二次校准方法比较,在110 GHz内,两者S21相差在0.30 dB以内,相位相差1°以内。所不同的是,16项误差模型校准件的个数远低于NIST,并且在校准过程中不需要移动探针。在保证准确度的前提下,大大提高了测试效率。

奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)的临床应用评估

为了评估商品化的奶牛乳房炎病原微生物20联核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)(后文简称为“检测试剂盒”)在临床应用中的适用性,本试验采用传统细菌分离培养、检测试剂盒、16S rRNA基因扩增子测序和药物敏感性试验对宁夏回族自治区9个牧场155份奶牛乳房炎奶样分别进行菌株鉴定和耐药性检测,并将检测试剂盒与其他3种检测结果进行比较和分析。结果显示,检测试剂盒与传统细菌分离培养在病原菌检出情况上基本保持一致,均主要检出了大肠杆菌、芽孢杆菌属和凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)等;检测试剂盒与16S rRNA基因扩增子测序结果在菌属组成上一致性较高,均主要检出了假单胞菌属、链球菌属和葡萄球菌属等;药物敏感性试验结果显示,检出率较高的66株病原菌分离株对β-内酰胺类抗菌药物的耐药率普遍偏高;奶样中β-内酰胺酶耐药基因blaZ的检测试剂盒检出结果与同一奶样中分离菌株的药物敏感性试验结果一致率达58%(7/12)。综上所述,该检测试剂盒具有较高的准确度和病原覆盖率,可为牧场奶牛乳房炎主要病原的快速诊断和耐药基因(blaZ)监测提供有效的技术支持,从而降低抗菌药物的使用量,以减少牧场经济损失。

跨膜蛋白16A在顽固性功能性便秘患者结肠中的表达及意义

目的探讨跨膜蛋白16A（TMEM16A）在顽固性功能性便秘患者结肠中的表达及意义。方法收集2014年2—6月间在南京军区总医院普通外科行外科手术切除的30例顽固性功能性便秘患者的结肠手术标本作为实验组（取材部位：乙状结肠全层标本）；选取30例经病理证实的非梗阻性结肠癌患者的手术标本作为对照组（取材部位：取距肿瘤至少5cm以上的正常结肠组织）。分别采用免疫荧光染色、RT—PCR以及Western blot法检测TMEM16A和c．kit在结肠中的表达。结果实验组和对照组结肠标本中，均见TMEM16A蛋白及c-kit的表达，在结肠中的表达部位分布基本一致。实验组结肠组织中TMEM16A和c—kit的免疫荧光表达、蛋白含量及mRNA的表达均明显低于对照组（TMEM16A：吸光度值为1．84±0．25比3．65±0．32，灰度比为0．66±0．07比1．04±0．17，mRNA相对表达量为0．41±0．05比1．00．c-kit：吸光度值为3．38±0．24比5．06±0．31，灰度比为0．64±0．06比0．98±0．09，mRNA相对表达量为0．18±0．08比1．00；均P〈0．05）。结论TMEM16A在顽固性功能性便秘患者结肠组织中表达降低。可能通过调控c—kit的表达来调节结肠平滑肌的运动，并可能成为顽固性功能性便秘治疗的新靶点。

HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌的应用研究

目的采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌，评价其优缺点。方法收集浙江、安徽等地74株临床非结核分枝杆菌，采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌，并用16SrRNA基因测序方法对其进行比较和评价。结果74株非结核分枝杆菌HAIN基因分型试剂盒鉴定结果为：31株胞内分枝杆菌，12株脓肿分枝杆菌，8株偶发分枝杆菌，6株堪萨斯分枝杆菌，5株鸟分枝杆菌，3株耻垢分枝杆菌，2株草分枝杆菌，2株瘰疬分枝杆菌，1株戈登分枝杆菌，另外有4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属，不能鉴定到种。8株结核分枝杆菌鉴定准确。与16S rRNA基因测序相比较，HAIN基因分型试剂盒除了4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属以外，其余70株非结核分枝杆菌均能鉴定到种，鉴定符合率为94．59％；并且它能进一步区分脓肿分枝杆菌和龟分枝杆菌，以及堪萨斯分枝杆菌和胃分枝杆菌。如果单纯鉴定HAIN基因分型试剂盒菌株范围之内的临床最常见非结核分枝杆菌菌株，鉴定符合率为100％。结论HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌时间短、操作简单、结果准确，可在临床推广使用。

土壤宏转录组RNA的提取方法评价

【目的】比较手工法和试剂盒法提取土壤RNA对原核微生物多样性的影响,评价两种方法研究土壤宏转录组的技术偏好性。【方法】针对黑龙江海伦砂质黑壤土、江苏滨海黏心夹砂土、江西鹰潭第四纪红黏土不同母质发育形成的三种水稻土,采用手工和试剂盒法分别获得微生物总RNA,利用高通量测序原核微生物16S r RNA多样性,通过紫外分光和琼脂糖凝胶电泳分析RNA质量,比较手工和试剂盒法提取RNA对水稻土原核微生物群落的影响规律。【结果】三种水稻土中试剂盒提取RNA的纯度皆高于手工法,但RNA提取总量不一致。试剂盒提取黑龙江和江苏水稻土的RNA总量高于手工法,而手工法提取的江西水稻土RNA总量高于试剂盒法。高通量测序发现土壤类型而不是RNA提取方法决定了原核微生物多样性指数和群落结构。3个水稻土共检测到27门和409属,两种RNA提取方法偏好性提取了19门和181属,这些门和属占水稻土微生物总丰度平均值分别为40.4%和44.4%。与手工提取RNA相比,试剂盒法发现11个微生物门的丰度显著偏高(P<0.05),但仅有Armatimonadetes门在三种水稻土同时存在专一偏好性;手工法提取也发现11个微生物门的丰度显著高于试剂盒法,并且仅有Firmicutes门在三种水稻土中同时存在专一偏好性。在微生物属水平,三种水稻土中均发现试剂盒法偏好性提取了2属,而手工法偏好性提取了5属。进一步针对72个优势微生物属(丰度>0.1%且同时存在于三种水稻土),发现其占所有微生物丰度80%强,且48属的变化规律与RNA提取方法无关。例如,手工法提取水稻土好氧甲烷氧化菌的规律为:黑龙江(1.68%)>江西(0.90%)>江苏(0.59%),而试剂盒法也得到一致结果,黑龙江(0.52%)>江西(0.18%)>江苏(0.13%)。【结论】两种RNA提取方法本身的特异偏好性较小。三种水稻土27门409属中,仅有2门7属可能存在方法本身的专一偏好性,即在三种水稻土中,这些微生物均被试剂盒法或手工法特异性偏好提取,占所有原核微生物门和属比例仅为7%和1%左右。此外,针对同一水稻土,手工和试剂盒法提取RNA的总量、纯度、微生物相对丰度明显不同,在原核微生物门和属的分类水平,约70%的门和22%的属的丰度具有统计显著性差异,但两种RNA提http://journals.im.ac.cn/actamicro取方法均能反映优势微生物类群在三种水稻土中的变异规律,土壤类型对原核微生物多样性的影响远大于RNA提取方法本身的偏好性。未来原核微生物宏转录组研究中,应优先考虑科学问题及其实验处理可能导致的微生物组及其转录差异,结合微生物RNA提取特点,最大限度地发挥宏转录组技术优势。