利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬...利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬+芦苇群落、盐地碱蓬群落、盐地碱蓬+补血草+碱蓬群落、补血草群落的过渡类型,而芦苇+穗状狐尾藻群落与其他群落类型差异较大;黄河三角洲湿地草本植被的分布主要与土壤因子中的土壤盐分、土壤pH等紧密相关,而与土壤全磷、全氮、有机质等养分无显著相关关系。将DPCoA和其他一些常用的植被排序方法进行了比较,相对于主分量分析(PCA)和除趋势对应分析(DCA)而言,DPCoA信息保留量更高,能够将物种组成和类别上较为接近的植物群落聚集在一起,而将差异较大的植物群落在排序图中分散开来,在揭示群落间相互关系以及植被与环境之间关系上可能更为有效。展开更多
To find the quantitative trait loci associated with wood density in teak(Tectona grandis L.f.), 21 co-dominant markers including 13 site specific recombinase and 8 EST-based co-dominant markers designed from lignin bi...To find the quantitative trait loci associated with wood density in teak(Tectona grandis L.f.), 21 co-dominant markers including 13 site specific recombinase and 8 EST-based co-dominant markers designed from lignin biosynthesis genes were applied to 174 teak plus tree clones at the National Germplasm Bank, Chandrapur,India. The germplasm bank exhibited 10.6% coefficient of variation for wood densities with 84.5 ± 31.3 genetic polymorphism(%). The highly panmictic set of genotypes(FST= 0.035 ± 0.004) harbored 96.47 ± 0.40 genetic variability(%). The average allelic frequency of the 21 codominant markers was 0.65 ± 0.11 with 12.9% pairs of loci in significant LD(p\0.05, R^2 values [ 0.1), confirming their suitability for a strong marker-trait association study. The marker CCoAMT-1 was significantly(p\0.01) associated with wood density showing stability by both GLM and MLM models and explained 4.3% of the phenotypic effect. The marker from the EST representing CCoAMT can be further developed for gene-assisted selection of elite genotypes of teak with greater wood density. Therefore, we believe that the report will help accelerate the genetic improvement and advance the breeding program of the species.展开更多
【目的】城市湖泊沉积物中的微生物群体是富营养环境生物修复的重要因素。本研究拟对中型富营养化湖泊——武汉东湖沉积物细菌群体结构及空间变化规律进行研究。加深对富营养湖泊微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提...【目的】城市湖泊沉积物中的微生物群体是富营养环境生物修复的重要因素。本研究拟对中型富营养化湖泊——武汉东湖沉积物细菌群体结构及空间变化规律进行研究。加深对富营养湖泊微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供参考。【方法】采用16S r RNA基因RFLP分析和序列分析技术获得细菌群体系统发育信息。采用PCoA法分析武汉东湖沉积物细菌群体内以及与其它湖泊沉积物细菌群体间的相似性。采用CCA法分析环境因素对细菌群体的影响。【结果】武汉东湖沉积物细菌群体包含13个门和2个未知种群。PCoA分析进一步表明来自东湖3个子湖的细菌群体与其它地域富营养化湖泊的微生物种群结构相似,并区别于重度富营养化子湖庙湖的细菌群体。在庙湖中,我们发现了Thermogymnomonas类古菌的含量显著偏高。CCA分析表明细菌的分布与沉积物中碳、氮和磷元素的含量显著相关。【结论】本研究进一步确证了环境因素对细菌群体组成和分布的调节作用,加深了对富营养水体微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供了参考。展开更多
度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文...度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。展开更多
文摘利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬+芦苇群落、盐地碱蓬群落、盐地碱蓬+补血草+碱蓬群落、补血草群落的过渡类型,而芦苇+穗状狐尾藻群落与其他群落类型差异较大;黄河三角洲湿地草本植被的分布主要与土壤因子中的土壤盐分、土壤pH等紧密相关,而与土壤全磷、全氮、有机质等养分无显著相关关系。将DPCoA和其他一些常用的植被排序方法进行了比较,相对于主分量分析(PCA)和除趋势对应分析(DCA)而言,DPCoA信息保留量更高,能够将物种组成和类别上较为接近的植物群落聚集在一起,而将差异较大的植物群落在排序图中分散开来,在揭示群落间相互关系以及植被与环境之间关系上可能更为有效。
基金partially funded in the form of Senior Research Fellowship(vide No.09/1164(0001)/2016-EMR-I)awarded to the first author(Vivek Vaishnav)by Government of India Council of Scientific and Industrial Research,New Delhi,which is gratefully acknowledged
文摘To find the quantitative trait loci associated with wood density in teak(Tectona grandis L.f.), 21 co-dominant markers including 13 site specific recombinase and 8 EST-based co-dominant markers designed from lignin biosynthesis genes were applied to 174 teak plus tree clones at the National Germplasm Bank, Chandrapur,India. The germplasm bank exhibited 10.6% coefficient of variation for wood densities with 84.5 ± 31.3 genetic polymorphism(%). The highly panmictic set of genotypes(FST= 0.035 ± 0.004) harbored 96.47 ± 0.40 genetic variability(%). The average allelic frequency of the 21 codominant markers was 0.65 ± 0.11 with 12.9% pairs of loci in significant LD(p\0.05, R^2 values [ 0.1), confirming their suitability for a strong marker-trait association study. The marker CCoAMT-1 was significantly(p\0.01) associated with wood density showing stability by both GLM and MLM models and explained 4.3% of the phenotypic effect. The marker from the EST representing CCoAMT can be further developed for gene-assisted selection of elite genotypes of teak with greater wood density. Therefore, we believe that the report will help accelerate the genetic improvement and advance the breeding program of the species.
文摘石竹科繁缕属(Stellaria L.)和孩儿参属(Pseudostellaria Pax)的关系一直备受关注。为了弄清它们之间的关系及属下分类等问题,选择繁缕属22种和孩儿参属8种,共30种植物51个形态特征,利用NTSYS-pc 2.10e软件中的UPGMA聚类分析方法和主坐标分析方法,对这2个属进行数值分类学研究。结果表明,繁缕属与孩儿参属是2个自然类群,除繁缕属的繁缕(S.media(L.)Cyr.)和鸡肠繁缕(S.neglecta Weihe ex Bluff et Fingerh)在聚类中不能分开外,其它物种都能很好地分开。两属有较近的关系,其中巫山繁缕(S.wushanensis Williams)是过渡种。此外,数量分类结果建议将细叶孩儿参(P.sylvatica(Maxim.)Pax)作为一个独立组处理。对性状的主坐标排序分析显示,根的形状、叶缘质地、花的形态(是否具花瓣、花瓣长度、花瓣裂数、深裂还是浅裂)和种子表面纹饰(是否具齿轮状、疣状突起)等在繁缕属与孩儿参属的分类中具有重要作用。
基金Supported by the National Natural Science Fund of China(31460027)~~
文摘【目的】城市湖泊沉积物中的微生物群体是富营养环境生物修复的重要因素。本研究拟对中型富营养化湖泊——武汉东湖沉积物细菌群体结构及空间变化规律进行研究。加深对富营养湖泊微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供参考。【方法】采用16S r RNA基因RFLP分析和序列分析技术获得细菌群体系统发育信息。采用PCoA法分析武汉东湖沉积物细菌群体内以及与其它湖泊沉积物细菌群体间的相似性。采用CCA法分析环境因素对细菌群体的影响。【结果】武汉东湖沉积物细菌群体包含13个门和2个未知种群。PCoA分析进一步表明来自东湖3个子湖的细菌群体与其它地域富营养化湖泊的微生物种群结构相似,并区别于重度富营养化子湖庙湖的细菌群体。在庙湖中,我们发现了Thermogymnomonas类古菌的含量显著偏高。CCA分析表明细菌的分布与沉积物中碳、氮和磷元素的含量显著相关。【结论】本研究进一步确证了环境因素对细菌群体组成和分布的调节作用,加深了对富营养水体微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供了参考。
文摘度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。
